Protein–RNA interactions for Protein: Q15427

SF3B4, Splicing factor 3B subunit 4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 424 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B4Q15427 IVD-204ENST00000481262 999 ntTSL 54.95□□□□□ -1.621e-6■■■■■ 61.3
SF3B4Q15427 RPL13-208ENST00000487034 615 ntTSL 1 (best)20.16■□□□□ 0.823e-38■■■■■ 61.2
SF3B4Q15427 RPL13-205ENST00000467736 528 ntTSL 315.25■□□□□ 0.033e-38■■■■■ 61.2
SF3B4Q15427 RPL13-213ENST00000565571 568 ntTSL 212.92□□□□□ -0.343e-38■■■■■ 61.2
SF3B4Q15427 SLC43A1-207ENST00000533066 999 ntTSL 316.33■□□□□ 0.24e-23■■■■■ 61.1
SF3B4Q15427 SLC43A1-206ENST00000530159 788 ntTSL 514.7□□□□□ -0.064e-23■■■■■ 61.1
SF3B4Q15427 NEDD4-202ENST00000435532 5869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.011e-17■■■■■ 61.1
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SF3B4Q15427 NEDD4-209ENST00000508871 5707 ntTSL 1 (best)3.61□□□□□ -1.831e-17■■■■■ 61.1
SF3B4Q15427 NEDD4-208ENST00000508342 7235 ntTSL 1 (best) BASIC2.89□□□□□ -1.951e-17■■■■■ 61.1
SF3B4Q15427 NEDD4-204ENST00000503468 6339 ntTSL 1 (best)2.73□□□□□ -1.971e-17■■■■■ 61.1
SF3B4Q15427 NEDD4-205ENST00000506154 6751 ntTSL 1 (best) BASIC2.33□□□□□ -2.041e-17■■■■■ 61.1
SF3B4Q15427 AMD1-206ENST00000465404 782 ntTSL 56.26□□□□□ -1.413e-10■■■■■ 60.9
SF3B4Q15427 CCNL2-216ENST00000488340 1598 ntTSL 219.61■□□□□ 0.731e-8■■■■■ 60.9
SF3B4Q15427 CCNL2-213ENST00000481223 2815 ntTSL 217.98■□□□□ 0.471e-8■■■■■ 60.9
SF3B4Q15427 CCNL2-201ENST00000400809 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.241e-8■■■■■ 60.9
SF3B4Q15427 CCNL2-218ENST00000496007 4452 ntTSL 213.07□□□□□ -0.321e-8■■■■■ 60.9
SF3B4Q15427 MIR6741-201ENST00000618782 63 ntBASIC9.6□□□□□ -0.871e-17■■■■■ 60.8
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SF3B4Q15427 RANBP1-206ENST00000421656 333 ntTSL 314.67□□□□□ -0.062e-19■■■■■ 60.8
SF3B4Q15427 RANBP1-214ENST00000488484 699 ntTSL 213.87□□□□□ -0.192e-19■■■■■ 60.8
SF3B4Q15427 RANBP1-209ENST00000432879 744 ntTSL 312.95□□□□□ -0.342e-19■■■■■ 60.8
SF3B4Q15427 GCKR-205ENST00000472290 1302 ntTSL 1 (best)11.95□□□□□ -0.52e-7■■■■■ 60.8
SF3B4Q15427 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.462e-18■■■■■ 60.7
SF3B4Q15427 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.532e-18■■■■■ 60.7
SF3B4Q15427 TNKS1BP1-202ENST00000427750 1946 ntTSL 217.76■□□□□ 0.432e-18■■■■■ 60.7
SF3B4Q15427 ATRAID-205ENST00000484646 548 ntTSL 214.93□□□□□ -0.022e-18■■■■■ 60.7
SF3B4Q15427 ATRAID-207ENST00000606999 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.332e-18■■■■■ 60.7
SF3B4Q15427 ATRAID-202ENST00000405489 1059 ntTSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.482e-18■■■■■ 60.7
SF3B4Q15427 ATRAID-203ENST00000419744 612 ntTSL 26.98□□□□□ -1.292e-18■■■■■ 60.7
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SF3B4Q15427 RBM5-226ENST00000496179 1406 ntTSL 58.8□□□□□ -12e-10■■■■■ 60.5
SF3B4Q15427 TULP4-204ENST00000613390 804 ntTSL 514.79□□□□□ -0.042e-33■■■■■ 60.5
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SF3B4Q15427 CFB-279ENST00000475617 586 ntTSL 46.49□□□□□ -1.371e-7■■■■■ 60.5
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SF3B4Q15427 UBE2D3-209ENST00000394804 4166 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC11.05□□□□□ -0.643e-70■■■■■ 60.5
SF3B4Q15427 UBE2D3-232ENST00000514755 593 ntTSL 49.89□□□□□ -0.833e-70■■■■■ 60.5
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SF3B4Q15427 UBE2D3-227ENST00000508818 584 ntTSL 29.27□□□□□ -0.933e-70■■■■■ 60.5
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SF3B4Q15427 UBE2D3-222ENST00000508238 547 ntTSL 47.26□□□□□ -1.253e-70■■■■■ 60.5
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SF3B4Q15427 MRPL55-222ENST00000457264 544 ntTSL 315.36■□□□□ 0.051e-12■■■■■ 60.4
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SF3B4Q15427 MRPL55-218ENST00000366747 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.271e-12■■■■■ 60.4
SF3B4Q15427 MRPL55-214ENST00000366741 603 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.38□□□□□ -0.271e-12■■■■■ 60.4
SF3B4Q15427 MRPL55-205ENST00000366731 1423 ntTSL 2 BASIC12.38□□□□□ -0.431e-12■■■■■ 60.4
SF3B4Q15427 MRPL55-224ENST00000464148 636 ntTSL 512.22□□□□□ -0.451e-12■■■■■ 60.4
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SF3B4Q15427 MRPL55-207ENST00000366733 834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.82□□□□□ -0.521e-12■■■■■ 60.4
SF3B4Q15427 MRPL55-209ENST00000366735 1212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.44□□□□□ -0.581e-12■■■■■ 60.4
SF3B4Q15427 MRPL55-210ENST00000366736 660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.41□□□□□ -0.581e-12■■■■■ 60.4
SF3B4Q15427 MRPL55-234ENST00000497758 470 ntTSL 310.67□□□□□ -0.71e-12■■■■■ 60.4
SF3B4Q15427 MRPL55-213ENST00000366740 644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC10.65□□□□□ -0.71e-12■■■■■ 60.4
SF3B4Q15427 MRPL55-212ENST00000366739 641 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC10.45□□□□□ -0.741e-12■■■■■ 60.4
SF3B4Q15427 MRPL55-203ENST00000336520 744 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC10.34□□□□□ -0.751e-12■■■■■ 60.4
SF3B4Q15427 MRPL55-221ENST00000430433 864 ntTSL 5 BASIC10.34□□□□□ -0.751e-12■■■■■ 60.4
SF3B4Q15427 MRPL55-223ENST00000459783 694 ntTSL 5 BASIC9.16□□□□□ -0.941e-12■■■■■ 60.4
SF3B4Q15427 MRPL55-204ENST00000348259 661 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC8.67□□□□□ -1.021e-12■■■■■ 60.4
SF3B4Q15427 MRPL55-216ENST00000366744 726 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC8.55□□□□□ -1.041e-12■■■■■ 60.4
SF3B4Q15427 MRPL55-211ENST00000366738 705 ntTSL 1 (best) BASIC7.25□□□□□ -1.251e-12■■■■■ 60.4
SF3B4Q15427 PLCG1-206ENST00000470528 510 ntTSL 417.49■□□□□ 0.395e-24■■■■■ 60.4
SF3B4Q15427 VPS36-205ENST00000492650 540 ntTSL 53.46□□□□□ -1.863e-11■■■■■ 60.4
SF3B4Q15427 RNPS1-219ENST00000566397 1685 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.21e-14■■■■■ 60.4
SF3B4Q15427 RBM39-218ENST00000449489 432 ntTSL 56.76□□□□□ -1.332e-62■■■■■ 60.3
SF3B4Q15427 RBM39-211ENST00000426951 840 ntTSL 1 (best)4.24□□□□□ -1.732e-62■■■■■ 60.3
SF3B4Q15427 CD46-216ENST00000490278 747 ntTSL 23.87□□□□□ -1.792e-25■■■■■ 60.3
SF3B4Q15427 EEF2-203ENST00000596417 218 ntTSL 29.23□□□□□ -0.938e-18■■■■■ 60.2
SF3B4Q15427 RPL14-204ENST00000435633 966 ntTSL 219.49■□□□□ 0.712e-7■■■■■ 60.2
SF3B4Q15427 RPL14-202ENST00000396203 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.282e-7■■■■■ 60.2
SF3B4Q15427 RPL14-203ENST00000416518 812 ntTSL 3 BASIC11.14□□□□□ -0.632e-7■■■■■ 60.2
SF3B4Q15427 RPL14-208ENST00000479563 794 ntTSL 1 (best)9.76□□□□□ -0.852e-7■■■■■ 60.2
SF3B4Q15427 RPL14-201ENST00000338970 7072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.89□□□□□ -1.312e-7■■■■■ 60.2
SF3B4Q15427 EIF4A1-216ENST00000580888 710 ntTSL 215.45■□□□□ 0.068e-7■■■■■ 60.2
SF3B4Q15427 EIF4A1-208ENST00000578476 573 ntTSL 214.97□□□□□ -0.018e-7■■■■■ 60.2
SF3B4Q15427 EIF4A1-236ENST00000584901 1021 ntTSL 210.56□□□□□ -0.728e-7■■■■■ 60.2
SF3B4Q15427 EIF4A1-226ENST00000582848 591 ntTSL 310.56□□□□□ -0.728e-7■■■■■ 60.2
SF3B4Q15427 EIF4A1-223ENST00000582169 552 ntTSL 49.73□□□□□ -0.858e-7■■■■■ 60.2
Retrieved 100 of 47,349 protein–RNA pairs in 3741.3 ms