RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000487034.5

RPL13-208, Transcript of ribosomal protein L13, human

TSL 1 (best)

Gene RPL13, Length 615 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
RPL13-208	ENST00000487034	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		55.82	■■■■■ 6.53
RPL13-208	ENST00000487034	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		49.99	■■■■■ 5.59
RPL13-208	ENST00000487034	ABCC9	O60706	1549 aa		49.48	■■■■■ 5.51
RPL13-208	ENST00000487034	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		47.29	■■■■■ 5.16
RPL13-208	ENST00000487034	NACAD	O15069	1562 aa		47.08	■■■■■ 5.13
RPL13-208	ENST00000487034	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		46.64	■■■■■ 5.06
RPL13-208	ENST00000487034	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		46.55	■■■■■ 5.04
RPL13-208	ENST00000487034	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	46.42	■■■■■ 5.02
RPL13-208	ENST00000487034	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		46.39	■■■■■ 5.02
RPL13-208	ENST00000487034	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		46.18	■■■■■ 4.98
RPL13-208	ENST00000487034	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		46.09	■■■■■ 4.97
RPL13-208	ENST00000487034	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		46.05	■■■■■ 4.96
RPL13-208	ENST00000487034	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	46.03	■■■■■ 4.96	2e-10	■□□□□ 9.6
RPL13-208	ENST00000487034	SCRIB	Q14160	1630 aa		45.52	■■■■■ 4.88
RPL13-208	ENST00000487034	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		45.41	■■■■■ 4.86
RPL13-208	ENST00000487034	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	44.82	■■■■■ 4.76
RPL13-208	ENST00000487034	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		44.79	■■■■■ 4.76
RPL13-208	ENST00000487034	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		44.53	■■■■■ 4.72
RPL13-208	ENST00000487034	SMARCA4	P51532	1647 aa		43.5	■■■■■ 4.55
RPL13-208	ENST00000487034	NCAPD3	P42695	1498 aa		43.46	■■■■■ 4.55
RPL13-208	ENST00000487034	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		43.4	■■■■■ 4.54
RPL13-208	ENST00000487034	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	43.28	■■■■■ 4.52
RPL13-208	ENST00000487034	SMARCA2	P51531	1590 aa		43.27	■■■■■ 4.52
RPL13-208	ENST00000487034	HMGXB3	Q12766	1538 aa		43.24	■■■■■ 4.51
RPL13-208	ENST00000487034	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		43.13	■■■■■ 4.5
RPL13-208	ENST00000487034	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		43.04	■■■■■ 4.48
RPL13-208	ENST00000487034	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	42.94	■■■■■ 4.47
RPL13-208	ENST00000487034	NES	P48681	1621 aa		42.68	■■■■■ 4.42
RPL13-208	ENST00000487034	ERCC6	Q03468	1493 aa		42.61	■■■■■ 4.41
RPL13-208	ENST00000487034	WIZ	O95785	1651 aa		42.54	■■■■■ 4.4
RPL13-208	ENST00000487034	CUX2	O14529	1486 aa		42.52	■■■■■ 4.4
RPL13-208	ENST00000487034	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		42.44	■■■■■ 4.38
RPL13-208	ENST00000487034	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	42.28	■■■■■ 4.36
RPL13-208	ENST00000487034	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	42.25	■■■■■ 4.35
RPL13-208	ENST00000487034	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		42.19	■■■■■ 4.34
RPL13-208	ENST00000487034	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		42.1	■■■■■ 4.33
RPL13-208	ENST00000487034	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		42.05	■■■■■ 4.32
RPL13-208	ENST00000487034	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	42.03	■■■■■ 4.32
RPL13-208	ENST00000487034	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		41.94	■■■■■ 4.3
RPL13-208	ENST00000487034	CFTR	P13569	1480 aa		41.78	■■■■■ 4.28
RPL13-208	ENST00000487034	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		41.77	■■■■■ 4.28
RPL13-208	ENST00000487034	WDR62	O43379	1518 aa		41.74	■■■■■ 4.27
RPL13-208	ENST00000487034	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		41.66	■■■■■ 4.26
RPL13-208	ENST00000487034	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		41.66	■■■■■ 4.26
RPL13-208	ENST00000487034	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		41.49	■■■■■ 4.23
RPL13-208	ENST00000487034	PRDM2	Q13029	1718 aa		41.47	■■■■■ 4.23
RPL13-208	ENST00000487034	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	41.37	■■■■■ 4.21
RPL13-208	ENST00000487034	TOPBP1	Q92547	1522 aa		40.95	■■■■■ 4.15
RPL13-208	ENST00000487034	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		40.84	■■■■■ 4.13
RPL13-208	ENST00000487034	IFT140	Q96RY7	1462 aa		40.81	■■■■■ 4.12
RPL13-208	ENST00000487034	ABCC8	Q09428	1581 aa		40.78	■■■■■ 4.12
RPL13-208	ENST00000487034	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	40.77	■■■■■ 4.12
RPL13-208	ENST00000487034	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	40.64	■■■■■ 4.1
RPL13-208	ENST00000487034	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	40.61	■■■■■ 4.09
RPL13-208	ENST00000487034	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	40.57	■■■■■ 4.08
RPL13-208	ENST00000487034	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		40.44	■■■■■ 4.06
RPL13-208	ENST00000487034	CUX1	P39880	1505 aa		40.43	■■■■■ 4.06
RPL13-208	ENST00000487034	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	40.39	■■■■■ 4.06
RPL13-208	ENST00000487034	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	40.37	■■■■■ 4.05	2e-12	■■■■■ 31.6
RPL13-208	ENST00000487034	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		40.37	■■■■■ 4.05
RPL13-208	ENST00000487034	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		40.34	■■■■■ 4.05
RPL13-208	ENST00000487034	SOGA1	O94964	1423 aa		40.25	■■■■■ 4.03
RPL13-208	ENST00000487034	CHD1	O14646	1710 aa		40.22	■■■■■ 4.03
RPL13-208	ENST00000487034	WDR97	A6NE52	1622 aa		40.2	■■■■■ 4.03
RPL13-208	ENST00000487034	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	40.14	■■■■■ 4.02
RPL13-208	ENST00000487034	TRIM41	Q8WV44	630 aa		40.14	■■■■■ 4.02
RPL13-208	ENST00000487034	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		40.11	■■■■■ 4.01
RPL13-208	ENST00000487034	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		40.11	■■■■■ 4.01
RPL13-208	ENST00000487034	RIMBP3	Q9UFD9	1639 aa		40.11	■■■■■ 4.01
RPL13-208	ENST00000487034	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		40.02	■■■■■ 4
RPL13-208	ENST00000487034	ARHGEF11	O15085	1522 aa		40.01	■■■■■ 4
RPL13-208	ENST00000487034	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		39.93	■■■■□ 3.98
RPL13-208	ENST00000487034	GRIN2B	Q13224	1484 aa		39.93	■■■■□ 3.98
RPL13-208	ENST00000487034	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		39.92	■■■■□ 3.98
RPL13-208	ENST00000487034	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	39.92	■■■■□ 3.98
RPL13-208	ENST00000487034	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		39.91	■■■■□ 3.98
RPL13-208	ENST00000487034	PBRM1	Q86U86	1689 aa		39.89	■■■■□ 3.98
RPL13-208	ENST00000487034	SYNJ1	O43426	1573 aa		39.87	■■■■□ 3.97
RPL13-208	ENST00000487034	TOP2B	Q02880	1626 aa		39.87	■■■■□ 3.97
RPL13-208	ENST00000487034	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		39.83	■■■■□ 3.97
RPL13-208	ENST00000487034	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		39.81	■■■■□ 3.96
RPL13-208	ENST00000487034	FBLN2	P98095	1184 aa		39.8	■■■■□ 3.96
RPL13-208	ENST00000487034	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	39.79	■■■■□ 3.96
RPL13-208	ENST00000487034	SYNJ2	O15056	1496 aa		39.77	■■■■□ 3.96
RPL13-208	ENST00000487034	ARAP1	Q96P48	1450 aa		39.68	■■■■□ 3.94
RPL13-208	ENST00000487034	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	39.61	■■■■□ 3.93
RPL13-208	ENST00000487034	ADAMTS12	P58397	1594 aa		39.57	■■■■□ 3.92
RPL13-208	ENST00000487034	GRIN2A	Q12879	1464 aa		39.46	■■■■□ 3.91
RPL13-208	ENST00000487034	CYB5RL	Q6IPT4	315 aa		39.46	■■■■□ 3.91
RPL13-208	ENST00000487034	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		39.42	■■■■□ 3.9
RPL13-208	ENST00000487034	CEP170	Q5SW79	1584 aa		39.37	■■■■□ 3.89
RPL13-208	ENST00000487034	NUP160	Q12769	1436 aa		39.35	■■■■□ 3.89
RPL13-208	ENST00000487034	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		39.34	■■■■□ 3.89
RPL13-208	ENST00000487034	ERCC6L2	Q5T890	1561 aa		39.21	■■■■□ 3.87
RPL13-208	ENST00000487034	SHROOM2	Q13796	1616 aa		39.19	■■■■□ 3.86
RPL13-208	ENST00000487034	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		39.03	■■■■□ 3.84
RPL13-208	ENST00000487034	KIF27	Q86VH2	1401 aa		38.96	■■■■□ 3.83
RPL13-208	ENST00000487034	IGF1R	P08069	1367 aa		38.95	■■■■□ 3.83
RPL13-208	ENST00000487034	CUL7	Q14999	1698 aa		38.94	■■■■□ 3.82
RPL13-208	ENST00000487034	PRG4	Q92954	1404 aa	Predicted RBP	38.81	■■■■□ 3.8

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