Protein–RNA interactions for Protein: O43172

PRPF4, U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 522 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PRPF4O43172 UBE3A-227ENST00000638011 8742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.112e-8■□□□□ 10.1
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PRPF4O43172 UBE3A-220ENST00000630424 5075 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.94□□□□□ -0.022e-8■□□□□ 10.1
PRPF4O43172 UBE3A-224ENST00000635914 9352 ntTSL 5 BASIC14.76□□□□□ -0.052e-8■□□□□ 10.1
PRPF4O43172 UBE3A-209ENST00000625778 3217 ntTSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.072e-8■□□□□ 10.1
PRPF4O43172 UBE3A-228ENST00000638155 9131 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.03□□□□□ -0.162e-8■□□□□ 10.1
PRPF4O43172 UBE3A-226ENST00000637886 8725 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.02□□□□□ -0.172e-8■□□□□ 10.1
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PRPF4O43172 UBE3A-219ENST00000629886 436 ntTSL 34.07□□□□□ -1.762e-8■□□□□ 10.1
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PRPF4O43172 UBE3A-216ENST00000628733 706 ntTSL 52.93□□□□□ -1.942e-8■□□□□ 10.1
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PRPF4O43172 SAMD4A-204ENST00000554335 3003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.343e-10■□□□□ 10.1
PRPF4O43172 LMNA-201ENST00000347559 3137 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.194e-6■□□□□ 10.1
PRPF4O43172 LMNA-206ENST00000368300 3190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.71□□□□□ -0.374e-6■□□□□ 10.1
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PRPF4O43172 PMS2CL-204ENST00000486256 3327 ntTSL 1 (best) BASIC9.97□□□□□ -0.817e-7■□□□□ 10.1
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PRPF4O43172 SLC16A3-222ENST00000619321 2015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.64■□□□□ 0.731e-8■□□□□ 10.1
PRPF4O43172 APOE-202ENST00000425718 923 ntTSL 1 (best)23.23■■□□□ 1.317e-8■□□□□ 10
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PRPF4O43172 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC19.8■□□□□ 0.767e-8■□□□□ 10
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PRPF4O43172 MCFD2-207ENST00000409913 3975 ntTSL 1 (best) BASIC9.69□□□□□ -0.863e-7■□□□□ 10
PRPF4O43172 ELOVL2-201ENST00000354666 3997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.58□□□□□ -0.883e-11■□□□□ 10
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PRPF4O43172 SF3B2-210ENST00000530981 1080 ntTSL 58.62□□□□□ -1.032e-9■□□□□ 10
PRPF4O43172 MCFD2-206ENST00000409800 3955 ntTSL 4 BASIC6.88□□□□□ -1.313e-7■□□□□ 10
PRPF4O43172 MCFD2-202ENST00000409105 4210 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC6.86□□□□□ -1.313e-7■□□□□ 10
PRPF4O43172 ATXN1L-202ENST00000565676 445 ntTSL 35.94□□□□□ -1.463e-7■□□□□ 10
PRPF4O43172 DGKD-204ENST00000430834 5379 ntTSL 1 (best)15.69■□□□□ 0.17e-7■□□□□ 10
PRPF4O43172 DGKD-201ENST00000264057 6297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.137e-7■□□□□ 10
PRPF4O43172 DGKD-202ENST00000409813 6228 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.187e-7■□□□□ 10
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PRPF4O43172 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.31e-6■□□□□ 10
PRPF4O43172 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.991e-6■□□□□ 10
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PRPF4O43172 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.978e-9■□□□□ 10
PRPF4O43172 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.868e-9■□□□□ 10
PRPF4O43172 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.13e-6■□□□□ 10
PRPF4O43172 RBMS1-204ENST00000409289 1490 ntTSL 5 BASIC8.47□□□□□ -1.053e-6■□□□□ 10
PRPF4O43172 RBMS1-203ENST00000409075 1550 ntTSL 1 (best) BASIC5.86□□□□□ -1.473e-6■□□□□ 10
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