Protein–RNA interactions for Protein: O43172

PRPF4, U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 522 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PRPF4O43172 AKAP11-201ENST00000025301 9920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.7□□□□□ -1.662e-55■■■■■ 171.7
PRPF4O43172 SYNCRIP-201ENST00000355238 6449 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.32e-7■■■■■ 99.5
PRPF4O43172 PRPF19-201ENST00000227524 2157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.552e-26■■■■■ 98.1
PRPF4O43172 PRPF19-202ENST00000535326 779 ntTSL 513.22□□□□□ -0.292e-26■■■■■ 98.1
PRPF4O43172 PRPF19-205ENST00000540473 169 ntTSL 56.16□□□□□ -1.422e-26■■■■■ 98.1
PRPF4O43172 SYNCRIP-202ENST00000369622 3023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.259e-8■■■■■ 93.9
PRPF4O43172 SYNCRIP-203ENST00000444272 610 ntTSL 313.26□□□□□ -0.299e-8■■■■■ 93.9
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PRPF4O43172 MGRN1-207ENST00000587145 577 ntTSL 410.83□□□□□ -0.687e-28■■■■■ 89.9
PRPF4O43172 PUF60-218ENST00000531995 631 ntTSL 317.63■□□□□ 0.413e-22■■■■■ 85.1
PRPF4O43172 PSME4-201ENST00000389993 6581 ntTSL 1 (best)15.18■□□□□ 0.022e-19■■■■■ 84.3
PRPF4O43172 PSME4-202ENST00000404125 7099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.092e-19■■■■■ 84.3
PRPF4O43172 SPOPL-203ENST00000430968 558 ntTSL 523.35■■□□□ 1.335e-77■■■■■ 82.9
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PRPF4O43172 C3-209ENST00000597442 469 ntTSL 312.76□□□□□ -0.372e-16■■■■■ 74.5
PRPF4O43172 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.053e-21■■■■■ 70.7
PRPF4O43172 NIT1-216ENST00000496861 1351 ntTSL 1 (best)24.29■■□□□ 1.483e-21■■■■■ 70.7
PRPF4O43172 NIT1-204ENST00000392190 1518 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC14.08□□□□□ -0.163e-21■■■■■ 70.7
PRPF4O43172 NIT1-213ENST00000491497 1078 ntTSL 514.05□□□□□ -0.163e-21■■■■■ 70.7
PRPF4O43172 NIT1-202ENST00000368008 2081 ntTSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.163e-21■■■■■ 70.7
PRPF4O43172 NIT1-203ENST00000368009 1362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.213e-21■■■■■ 70.7
PRPF4O43172 NIT1-209ENST00000479266 567 ntTSL 313.3□□□□□ -0.283e-21■■■■■ 70.7
PRPF4O43172 NIT1-212ENST00000486962 550 ntTSL 312.68□□□□□ -0.383e-21■■■■■ 70.7
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PRPF4O43172 NIT1-206ENST00000473918 223 ntTSL 37.72□□□□□ -1.173e-21■■■■■ 70.7
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PRPF4O43172 LAMP1-201ENST00000332556 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.769e-17■■■■■ 68.6
PRPF4O43172 BCS1L-201ENST00000359273 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.691e-15■■■■■ 68.6
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PRPF4O43172 BCS1L-204ENST00000392111 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.311e-15■■■■■ 68.6
PRPF4O43172 BCS1L-202ENST00000392109 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.311e-15■■■■■ 68.6
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PRPF4O43172 BCS1L-205ENST00000412366 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.071e-15■■■■■ 68.6
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PRPF4O43172 WNK4-201ENST00000246914 4001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.03□□□□□ -0.482e-8■■■■■ 63.6
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PRPF4O43172 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.455e-7■■■■■ 59.2
PRPF4O43172 SURF1-202ENST00000437995 813 ntTSL 518.57■□□□□ 0.565e-7■■■■■ 59.2
PRPF4O43172 SPOPL-201ENST00000280098 6025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.677e-11■■■■■ 59.2
PRPF4O43172 ANKRD20A5P-205ENST00000581181 1180 ntTSL 323.17■■□□□ 1.32e-14■■■■■ 58
PRPF4O43172 ANKRD20A5P-207ENST00000581935 2089 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.112e-14■■■■■ 58
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PRPF4O43172 PRELID3A-202ENST00000440960 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.594e-6■■■■■ 57.5
PRPF4O43172 PRELID3A-208ENST00000590956 777 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.124e-6■■■■■ 57.5
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PRPF4O43172 PRELID3A-206ENST00000589565 777 ntTSL 315.33■□□□□ 0.044e-6■■■■■ 57.5
PRPF4O43172 PRELID3A-205ENST00000588729 529 ntTSL 414.99□□□□□ -0.014e-6■■■■■ 57.5
PRPF4O43172 PRELID3A-204ENST00000587862 580 ntTSL 514.86□□□□□ -0.034e-6■■■■■ 57.5
PRPF4O43172 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.797e-9■■■■■ 57.2
PRPF4O43172 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.77e-9■■■■■ 57.2
PRPF4O43172 CLK2-204ENST00000471047 701 ntTSL 39.8□□□□□ -0.847e-9■■■■■ 57.2
PRPF4O43172 STK25-223ENST00000470438 515 ntTSL 517.07■□□□□ 0.324e-15■■■■■ 55.7
PRPF4O43172 UNC93A-201ENST00000230256 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.75□□□□□ -0.211e-16■■■■■ 54.1
PRPF4O43172 UNC93A-202ENST00000366829 1810 ntTSL 1 (best) BASIC12.24□□□□□ -0.451e-16■■■■■ 54.1
PRPF4O43172 STXBP2-205ENST00000593854 704 ntTSL 217.54■□□□□ 0.42e-15■■■■■ 53.4
PRPF4O43172 KCTD9-211ENST00000524217 400 ntTSL 214.29□□□□□ -0.122e-10■■■■■ 53.4
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