RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000478021.1

TRAF4-211, Transcript of TNF receptor associated factor 4, humanhuman

TSL 3

Gene TRAF4, Length 718 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRAF4-211ENST00000478021 NISCHQ9Y2I1 1504 aa55.64■■■■■ 6.5
TRAF4-211ENST00000478021 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa49.58■■■■■ 5.53
TRAF4-211ENST00000478021 ABCC9O60706 1549 aa48.78■■■■■ 5.4
TRAF4-211ENST00000478021 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa46.76■■■■■ 5.08
TRAF4-211ENST00000478021 DCAF8L2P0C7V8 631 aa46.65■■■■■ 5.06
TRAF4-211ENST00000478021 NACADO15069 1562 aa46.62■■■■■ 5.05
TRAF4-211ENST00000478021 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP46.31■■■■■ 5
TRAF4-211ENST00000478021 MYO15BQ96JP2 1530 aa46.21■■■■■ 4.99
TRAF4-211ENST00000478021 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa45.96■■■■■ 4.95
TRAF4-211ENST00000478021 UNC13AQ9UPW8 1703 aa45.81■■■■■ 4.92
TRAF4-211ENST00000478021 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP45.53■■■■■ 4.88
TRAF4-211ENST00000478021 BICRAQ9NZM4 1560 aa45.39■■■■■ 4.86
TRAF4-211ENST00000478021 SCRIBQ14160 1630 aa45.31■■■■■ 4.84
TRAF4-211ENST00000478021 DNAJC5BQ9UF47 199 aa45.02■■■■■ 4.8
TRAF4-211ENST00000478021 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa44.77■■■■■ 4.76
TRAF4-211ENST00000478021 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP44.2■■■■■ 4.67
TRAF4-211ENST00000478021 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa44.1■■■■■ 4.65
TRAF4-211ENST00000478021 CECR2Q9BXF3 1484 aa43.81■■■■■ 4.6
TRAF4-211ENST00000478021 SMARCA4P51532 1647 aa43.26■■■■■ 4.52
TRAF4-211ENST00000478021 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP43.14■■■■■ 4.5
TRAF4-211ENST00000478021 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa43.03■■■■■ 4.48
TRAF4-211ENST00000478021 NCAPD3P42695 1498 aa43■■■■■ 4.47
TRAF4-211ENST00000478021 SMARCA2P51531 1590 aa42.97■■■■■ 4.47
TRAF4-211ENST00000478021 MROH2BQ7Z745 1585 aa42.93■■■■■ 4.46
TRAF4-211ENST00000478021 HMGXB3Q12766 1538 aa42.81■■■■■ 4.44
TRAF4-211ENST00000478021 PEG3Q9GZU2 1588 aa42.78■■■■■ 4.44
TRAF4-211ENST00000478021 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP42.69■■■■■ 4.42
TRAF4-211ENST00000478021 WIZO95785 1651 aa42.5■■■■■ 4.39
TRAF4-211ENST00000478021 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP42.31■■■■■ 4.36
TRAF4-211ENST00000478021 NESP48681 1621 aa42.16■■■■■ 4.34
TRAF4-211ENST00000478021 ERCC6Q03468 1493 aa42.03■■■■■ 4.32
TRAF4-211ENST00000478021 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP41.97■■■■■ 4.31
TRAF4-211ENST00000478021 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa41.94■■■■■ 4.3
TRAF4-211ENST00000478021 CADPSQ9ULU8 1353 aa41.76■■■■■ 4.27
TRAF4-211ENST00000478021 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa41.68■■■■■ 4.26
TRAF4-211ENST00000478021 PDS5BQ9NTI5 1447 aa41.64■■■■■ 4.26
TRAF4-211ENST00000478021 CUX2O14529 1486 aa41.6■■■■■ 4.25
TRAF4-211ENST00000478021 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP41.54■■■■■ 4.24
TRAF4-211ENST00000478021 CCDC88BA6NC98 1476 aa41.47■■■■■ 4.23
TRAF4-211ENST00000478021 CFTRP13569 1480 aa41.47■■■■■ 4.23
TRAF4-211ENST00000478021 FANCD2Q9BXW9 1451 aa41.32■■■■■ 4.2
TRAF4-211ENST00000478021 CEP164Q9UPV0 1460 aa41.29■■■■■ 4.2
TRAF4-211ENST00000478021 MRC2Q9UBG0 1479 aa41.28■■■■■ 4.2
TRAF4-211ENST00000478021 PRDM2Q13029 1718 aa41.24■■■■■ 4.19
TRAF4-211ENST00000478021 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP41.16■■■■■ 4.18
TRAF4-211ENST00000478021 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa41.16■■■■■ 4.18
TRAF4-211ENST00000478021 WDR62O43379 1518 aa41.14■■■■■ 4.18
TRAF4-211ENST00000478021 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP40.94■■■■■ 4.14
TRAF4-211ENST00000478021 TOPBP1Q92547 1522 aa40.65■■■■■ 4.1
TRAF4-211ENST00000478021 DNMBPQ6XZF7 1577 aa40.58■■■■■ 4.09
TRAF4-211ENST00000478021 ABCC8Q09428 1581 aa40.54■■■■■ 4.08
TRAF4-211ENST00000478021 IFT140Q96RY7 1462 aa40.41■■■■■ 4.06
TRAF4-211ENST00000478021 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP40.31■■■■■ 4.04
TRAF4-211ENST00000478021 CUX1P39880 1505 aa40.28■■■■■ 4.04
TRAF4-211ENST00000478021 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP40.28■■■■■ 4.04
TRAF4-211ENST00000478021 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP40.23■■■■■ 4.03
TRAF4-211ENST00000478021 FGD5Q6ZNL6 1462 aa40.18■■■■■ 4.02
TRAF4-211ENST00000478021 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP40.15■■■■■ 4.02
TRAF4-211ENST00000478021 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa40.15■■■■■ 4.02
TRAF4-211ENST00000478021 SOGA1O94964 1423 aa40.1■■■■■ 4.01
TRAF4-211ENST00000478021 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP40.04■■■■■ 45e-10■■■■□ 23.7
TRAF4-211ENST00000478021 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP39.93■■■■□ 3.98
TRAF4-211ENST00000478021 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP39.91■■■■□ 3.98
TRAF4-211ENST00000478021 SYNJ1O43426 1573 aa39.89■■■■□ 3.98
TRAF4-211ENST00000478021 WDR97A6NE52 1622 aa39.88■■■■□ 3.97
TRAF4-211ENST00000478021 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa39.87■■■■□ 3.97
TRAF4-211ENST00000478021 TOP2BQ02880 1626 aa39.86■■■■□ 3.97
TRAF4-211ENST00000478021 OSCARQ8IYS5 282 aa39.84■■■■□ 3.97
TRAF4-211ENST00000478021 CHD1O14646 1710 aa39.74■■■■□ 3.95
TRAF4-211ENST00000478021 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa39.73■■■■□ 3.95
TRAF4-211ENST00000478021 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa39.68■■■■□ 3.94
TRAF4-211ENST00000478021 PBRM1Q86U86 1689 aa39.65■■■■□ 3.94
TRAF4-211ENST00000478021 GRIN2BQ13224 1484 aa39.65■■■■□ 3.94
TRAF4-211ENST00000478021 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa39.64■■■■□ 3.94
TRAF4-211ENST00000478021 GAPVD1Q14C86 1478 aa39.63■■■■□ 3.94
TRAF4-211ENST00000478021 FBLN2P98095 1184 aa39.62■■■■□ 3.93
TRAF4-211ENST00000478021 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP39.56■■■■□ 3.92
TRAF4-211ENST00000478021 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP39.43■■■■□ 3.9
TRAF4-211ENST00000478021 SYNJ2O15056 1496 aa39.42■■■■□ 3.9
TRAF4-211ENST00000478021 TRIM41Q8WV44 630 aa39.41■■■■□ 3.9
TRAF4-211ENST00000478021 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa39.32■■■■□ 3.89
TRAF4-211ENST00000478021 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa39.32■■■■□ 3.89
TRAF4-211ENST00000478021 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa39.32■■■■□ 3.89
TRAF4-211ENST00000478021 ADAMTS12P58397 1594 aa39.29■■■■□ 3.88
TRAF4-211ENST00000478021 ARHGEF11O15085 1522 aa39.25■■■■□ 3.87
TRAF4-211ENST00000478021 ERICH3Q5RHP9 1530 aa39.24■■■■□ 3.87
TRAF4-211ENST00000478021 CLASP1Q7Z460 1538 aa39.22■■■■□ 3.87
TRAF4-211ENST00000478021 FHAD1B1AJZ9 1412 aa39.15■■■■□ 3.86
TRAF4-211ENST00000478021 GRIN2AQ12879 1464 aa39.15■■■■□ 3.86
TRAF4-211ENST00000478021 KIF27Q86VH2 1401 aa39.06■■■■□ 3.84
TRAF4-211ENST00000478021 CEP170Q5SW79 1584 aa39.02■■■■□ 3.84
TRAF4-211ENST00000478021 NUP160Q12769 1436 aa38.97■■■■□ 3.83
TRAF4-211ENST00000478021 ARAP1Q96P48 1450 aa38.94■■■■□ 3.82
TRAF4-211ENST00000478021 IGF1RP08069 1367 aa38.93■■■■□ 3.82
TRAF4-211ENST00000478021 CYB5RLQ6IPT4 315 aa38.89■■■■□ 3.82
TRAF4-211ENST00000478021 CUL7Q14999 1698 aa38.88■■■■□ 3.81
TRAF4-211ENST00000478021 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa38.74■■■■□ 3.79
TRAF4-211ENST00000478021 SHROOM2Q13796 1616 aa38.73■■■■□ 3.79
TRAF4-211ENST00000478021 ERCC6L2Q5T890 1561 aa38.73■■■■□ 3.79
TRAF4-211ENST00000478021 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa38.71■■■■□ 3.79
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