RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000425718.1

APOE-202, Transcript of apolipoprotein E, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene APOE, Length 923 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
APOE-202ENST00000425718 NISCHQ9Y2I1 1504 aa57.2■■■■■ 6.75
APOE-202ENST00000425718 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa50.74■■■■■ 5.71
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APOE-202ENST00000425718 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP47.79■■■■■ 5.24
APOE-202ENST00000425718 NACADO15069 1562 aa47.5■■■■■ 5.19
APOE-202ENST00000425718 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa47.49■■■■■ 5.19
APOE-202ENST00000425718 MYO15BQ96JP2 1530 aa47.47■■■■■ 5.19
APOE-202ENST00000425718 DCAF8L2P0C7V8 631 aa47.4■■■■■ 5.18
APOE-202ENST00000425718 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa47.39■■■■■ 5.18
APOE-202ENST00000425718 UNC13AQ9UPW8 1703 aa46.27■■■■■ 5
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APOE-202ENST00000425718 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa45.61■■■■■ 4.89
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APOE-202ENST00000425718 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP44.37■■■■■ 4.69
APOE-202ENST00000425718 CECR2Q9BXF3 1484 aa44.34■■■■■ 4.69
APOE-202ENST00000425718 SMARCA4P51532 1647 aa44.28■■■■■ 4.68
APOE-202ENST00000425718 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa44.21■■■■■ 4.67
APOE-202ENST00000425718 MROH2BQ7Z745 1585 aa44■■■■■ 4.63
APOE-202ENST00000425718 DNAJC5BQ9UF47 199 aa43.95■■■■■ 4.63
APOE-202ENST00000425718 SMARCA2P51531 1590 aa43.93■■■■■ 4.62
APOE-202ENST00000425718 PEG3Q9GZU2 1588 aa43.88■■■■■ 4.61
APOE-202ENST00000425718 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa43.81■■■■■ 4.6
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APOE-202ENST00000425718 HMGXB3Q12766 1538 aa43.65■■■■■ 4.58
APOE-202ENST00000425718 WIZO95785 1651 aa43.61■■■■■ 4.57
APOE-202ENST00000425718 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP43.55■■■■■ 4.56
APOE-202ENST00000425718 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP43.27■■■■■ 4.52
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APOE-202ENST00000425718 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa42.56■■■■■ 4.4
APOE-202ENST00000425718 CADPSQ9ULU8 1353 aa42.48■■■■■ 4.39
APOE-202ENST00000425718 CFTRP13569 1480 aa42.36■■■■■ 4.37
APOE-202ENST00000425718 PRDM2Q13029 1718 aa42.32■■■■■ 4.37
APOE-202ENST00000425718 NESP48681 1621 aa42.32■■■■■ 4.37
APOE-202ENST00000425718 PDS5BQ9NTI5 1447 aa42.24■■■■■ 4.35
APOE-202ENST00000425718 ERCC6Q03468 1493 aa42.09■■■■■ 4.33
APOE-202ENST00000425718 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa42■■■■■ 4.31
APOE-202ENST00000425718 FANCD2Q9BXW9 1451 aa41.98■■■■■ 4.31
APOE-202ENST00000425718 CEP164Q9UPV0 1460 aa41.92■■■■■ 4.3
APOE-202ENST00000425718 MRC2Q9UBG0 1479 aa41.71■■■■■ 4.27
APOE-202ENST00000425718 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP41.68■■■■■ 4.26
APOE-202ENST00000425718 ABCC8Q09428 1581 aa41.6■■■■■ 4.25
APOE-202ENST00000425718 WDR62O43379 1518 aa41.55■■■■■ 4.24
APOE-202ENST00000425718 CUX2O14529 1486 aa41.47■■■■■ 4.23
APOE-202ENST00000425718 DNMBPQ6XZF7 1577 aa41.46■■■■■ 4.23
APOE-202ENST00000425718 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP41.46■■■■■ 4.23
APOE-202ENST00000425718 TOPBP1Q92547 1522 aa41.39■■■■■ 4.22
APOE-202ENST00000425718 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP41.31■■■■■ 4.21e-7■■■□□ 15.3
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APOE-202ENST00000425718 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa41.21■■■■■ 4.19
APOE-202ENST00000425718 TOP2BQ02880 1626 aa41.2■■■■■ 4.19
APOE-202ENST00000425718 SYNJ1O43426 1573 aa41.11■■■■■ 4.17
APOE-202ENST00000425718 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP41.06■■■■■ 4.16
APOE-202ENST00000425718 FGD5Q6ZNL6 1462 aa41.06■■■■■ 4.16
APOE-202ENST00000425718 IFT140Q96RY7 1462 aa41.02■■■■■ 4.16
APOE-202ENST00000425718 SOGA1O94964 1423 aa40.93■■■■■ 4.14
APOE-202ENST00000425718 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP40.89■■■■■ 4.14
APOE-202ENST00000425718 WDR97A6NE52 1622 aa40.82■■■■■ 4.13
APOE-202ENST00000425718 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa40.79■■■■■ 4.12
APOE-202ENST00000425718 TRIM41Q8WV44 630 aa40.78■■■■■ 4.12
APOE-202ENST00000425718 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa40.76■■■■■ 4.12
APOE-202ENST00000425718 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP40.61■■■■■ 4.09
APOE-202ENST00000425718 CHIC1Q5VXU3 224 aa40.61■■■■■ 4.09
APOE-202ENST00000425718 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP40.61■■■■■ 4.09
APOE-202ENST00000425718 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa40.53■■■■■ 4.08
APOE-202ENST00000425718 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP40.51■■■■■ 4.08
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APOE-202ENST00000425718 KIF27Q86VH2 1401 aa40.45■■■■■ 4.07
APOE-202ENST00000425718 PBRM1Q86U86 1689 aa40.43■■■■■ 4.06
APOE-202ENST00000425718 GRIN2BQ13224 1484 aa40.41■■■■■ 4.06
APOE-202ENST00000425718 ERICH3Q5RHP9 1530 aa40.33■■■■■ 4.05
APOE-202ENST00000425718 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP40.28■■■■■ 4.04
APOE-202ENST00000425718 EEA1Q15075 1411 aa40.22■■■■■ 4.03
APOE-202ENST00000425718 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa40.19■■■■■ 4.03
APOE-202ENST00000425718 CUL7Q14999 1698 aa40.15■■■■■ 4.02
APOE-202ENST00000425718 ADAMTS12P58397 1594 aa40.1■■■■■ 4.01
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APOE-202ENST00000425718 SYNJ2O15056 1496 aa40.07■■■■■ 4.01
APOE-202ENST00000425718 FHAD1B1AJZ9 1412 aa40.07■■■■■ 4
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APOE-202ENST00000425718 CHD1O14646 1710 aa40.01■■■■■ 4
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APOE-202ENST00000425718 CSRNP3Q8WYN3 585 aa39.9■■■■□ 3.98
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APOE-202ENST00000425718 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa39.81■■■■□ 3.96
APOE-202ENST00000425718 OSCARQ8IYS5 282 aa39.79■■■■□ 3.96
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APOE-202ENST00000425718 KIF21BO75037 1637 aa39.68■■■■□ 3.94
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APOE-202ENST00000425718 KIAA0586Q9BVV6 1533 aa39.47■■■■□ 3.91
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