Protein–RNA interactions for Protein: Q01081

U2AF1, Splicing factor U2AF 35 kDa subunit, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 240 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
U2AF1Q01081 SEPT6-209ENST00000489216 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.173e-8■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 SOS1-204ENST00000451331 579 ntTSL 421.96■■□□□ 1.113e-8■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 RNF19A-201ENST00000341084 4285 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.093e-8■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 RNF19A-204ENST00000519342 562 ntTSL 420.61■□□□□ 0.893e-8■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 INTS11-226ENST00000525285 579 ntTSL 419.91■□□□□ 0.783e-8■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 SEPT6-204ENST00000360156 2609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.543e-8■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 INTS11-244ENST00000532952 773 ntTSL 318.31■□□□□ 0.523e-8■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 TTC17-202ENST00000299240 3648 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.283e-8■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 INTS11-246ENST00000534345 485 ntTSL 416.11■□□□□ 0.173e-8■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 RNF19A-203ENST00000517584 317 ntTSL 1 (best)14.9□□□□□ -0.023e-8■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 TTC17-201ENST00000039989 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.4□□□□□ -0.13e-8■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 ZBTB40-203ENST00000400239 1855 ntTSL 514.25□□□□□ -0.131e-15■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 ZBTB40-204ENST00000404138 8992 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC11.56□□□□□ -0.561e-15■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 RNF19A-210ENST00000522369 612 ntTSL 411.29□□□□□ -0.63e-8■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 RNF19A-209ENST00000522182 544 ntTSL 411.29□□□□□ -0.63e-8■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 ZBTB40-201ENST00000374651 8368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.1□□□□□ -0.631e-15■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 ZBTB40-202ENST00000375647 8685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.08□□□□□ -0.631e-15■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 UBR4-206ENST00000419533 5583 ntTSL 510.78□□□□□ -0.683e-8■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 RNF19A-213ENST00000523481 547 ntTSL 410.37□□□□□ -0.753e-8■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 RNF19A-202ENST00000432381 432 ntTSL 1 (best)8.5□□□□□ -1.053e-8■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 RUNX1-210ENST00000467577 264 ntTSL 58.28□□□□□ -1.083e-8■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 SOS1-201ENST00000395038 4123 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC8.1□□□□□ -1.113e-8■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 TTC17-208ENST00000526774 3360 ntTSL 1 (best)7.12□□□□□ -1.273e-8■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 RNF19A-205ENST00000519449 4330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.08□□□□□ -1.283e-8■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 RNF19A-206ENST00000519527 817 ntTSL 36.43□□□□□ -1.383e-8■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 SOS1-203ENST00000426016 8517 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC5.72□□□□□ -1.493e-8■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 SOS1-202ENST00000402219 8314 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC4.53□□□□□ -1.683e-8■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 HNRNPA2B1-205ENST00000476233 1220 ntTSL 1 (best)7.23□□□□□ -1.258e-11■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 PRPF4B-206ENST00000481109 2364 ntTSL 1 (best)11.59□□□□□ -0.553e-14■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 PRPF4B-203ENST00000463634 2590 ntTSL 510.59□□□□□ -0.713e-14■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 PRPF4B-205ENST00000480058 6775 ntTSL 1 (best)7.64□□□□□ -1.193e-14■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 PRPF4B-202ENST00000461612 629 ntTSL 25.71□□□□□ -1.53e-14■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 HIPK3-205ENST00000531504 591 ntTSL 226.35■■□□□ 1.818e-15■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 HIPK3-203ENST00000456517 7399 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.538e-15■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 HIPK3-201ENST00000303296 7408 ntTSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.48e-15■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 HIPK3-202ENST00000379016 7345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.198e-15■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 HIPK3-204ENST00000525975 3668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.75□□□□□ -1.498e-15■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 PSMA3-AS1-212ENST00000556400 604 ntTSL 218.92■□□□□ 0.628e-9■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 PSMA3-AS1-208ENST00000555275 903 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.168e-9■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 PSMA3-AS1-209ENST00000555707 1983 ntTSL 1 (best)13.78□□□□□ -0.28e-9■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 PSMA3-AS1-214ENST00000557660 2360 ntTSL 2 BASIC13.43□□□□□ -0.268e-9■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 PSMA3-AS1-205ENST00000554378 741 ntTSL 1 (best)13.33□□□□□ -0.288e-9■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 PSMA3-AS1-204ENST00000554360 2475 ntTSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.388e-9■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 PSMA3-AS1-211ENST00000556225 839 ntTSL 4 BASIC12.14□□□□□ -0.478e-9■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 PSMA3-AS1-210ENST00000556002 1039 ntTSL 2 BASIC11.25□□□□□ -0.618e-9■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 C14orf37-203ENST00000554218 572 ntTSL 410.59□□□□□ -0.718e-9■■■■■ 28.3
U2AF1Q01081 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.061e-7■■■■■ 28.2
U2AF1Q01081 PDLIM5-205ENST00000380180 2020 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.781e-7■■■■■ 28.2
U2AF1Q01081 SSBP1-215ENST00000612337 884 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.41e-7■■■■■ 28.2
U2AF1Q01081 ID2-202ENST00000331129 623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.391e-20■■■■■ 28.2
U2AF1Q01081 PDLIM5-212ENST00000509333 743 ntTSL 221.62■■□□□ 1.051e-7■■■■■ 28.2
U2AF1Q01081 SSBP1-214ENST00000498107 636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.011e-7■■■■■ 28.2
U2AF1Q01081 PDS5A-201ENST00000303538 7176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.991e-7■■■■■ 28.2
U2AF1Q01081 PDLIM5-202ENST00000318007 1960 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.891e-7■■■■■ 28.2
U2AF1Q01081 SSBP1-201ENST00000265304 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.641e-7■■■■■ 28.2
U2AF1Q01081 SFMBT2-202ENST00000379711 692 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.511e-7■■■■■ 28.2
U2AF1Q01081 SSBP1-206ENST00000467681 630 ntTSL 218.23■□□□□ 0.511e-7■■■■■ 28.2
U2AF1Q01081 PDLIM5-220ENST00000514830 802 ntTSL 215.96■□□□□ 0.151e-7■■■■■ 28.2
U2AF1Q01081 SFMBT2-204ENST00000397167 8024 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.031e-7■■■■■ 28.2
U2AF1Q01081 PDLIM5-206ENST00000437932 5713 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ 01e-7■■■■■ 28.2
U2AF1Q01081 SFMBT2-203ENST00000379713 2402 ntTSL 2 BASIC15□□□□□ -0.011e-7■■■■■ 28.2
U2AF1Q01081 SFMBT2-201ENST00000361972 7922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.051e-7■■■■■ 28.2
U2AF1Q01081 SSBP1-210ENST00000481508 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.18□□□□□ -0.141e-7■■■■■ 28.2
U2AF1Q01081 PDLIM5-223ENST00000627587 1853 ntTSL 212.55□□□□□ -0.41e-7■■■■■ 28.2
U2AF1Q01081 PDLIM5-210ENST00000508216 1794 ntTSL 2 BASIC12.24□□□□□ -0.451e-7■■■■■ 28.2
U2AF1Q01081 PDLIM5-207ENST00000503974 2081 ntTSL 2 BASIC11.99□□□□□ -0.491e-7■■■■■ 28.2
U2AF1Q01081 SBNO1-203ENST00000602398 4313 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC11.96□□□□□ -0.491e-7■■■■■ 28.2
U2AF1Q01081 PDLIM5-213ENST00000509357 554 ntTSL 511.66□□□□□ -0.541e-7■■■■■ 28.2
U2AF1Q01081 PDLIM5-222ENST00000615540 6219 ntTSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.561e-7■■■■■ 28.2
U2AF1Q01081 SSBP1-208ENST00000469123 662 ntTSL 511.41□□□□□ -0.581e-7■■■■■ 28.2
U2AF1Q01081 PDLIM5-201ENST00000317968 6083 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.09□□□□□ -0.631e-7■■■■■ 28.2
U2AF1Q01081 PDLIM5-221ENST00000542407 2979 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC10.13□□□□□ -0.791e-7■■■■■ 28.2
U2AF1Q01081 PDLIM5-219ENST00000514743 3356 ntTSL 2 BASIC9.29□□□□□ -0.921e-7■■■■■ 28.2
U2AF1Q01081 SSBP1-205ENST00000465582 731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC8.61□□□□□ -1.031e-7■■■■■ 28.2
U2AF1Q01081 SSBP1-204ENST00000465167 517 ntTSL 57.65□□□□□ -1.181e-7■■■■■ 28.2
U2AF1Q01081 PDLIM5-214ENST00000510099 554 ntTSL 46.23□□□□□ -1.411e-7■■■■■ 28.2
U2AF1Q01081 SSBP1-211ENST00000484178 676 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC5.76□□□□□ -1.491e-7■■■■■ 28.2
U2AF1Q01081 PDLIM5-211ENST00000508531 480 ntTSL 44.92□□□□□ -1.621e-7■■■■■ 28.2
U2AF1Q01081 PDLIM5-218ENST00000513341 794 ntTSL 34.7□□□□□ -1.661e-7■■■■■ 28.2
U2AF1Q01081 PDS5A-210ENST00000513798 494 ntTSL 33.39□□□□□ -1.871e-7■■■■■ 28.2
U2AF1Q01081 MVD-212ENST00000565842 285 ntTSL 332.28■■■□□ 2.762e-26■■■■■ 28.1
U2AF1Q01081 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.312e-26■■■■■ 28.1
U2AF1Q01081 MVD-204ENST00000562741 217 ntTSL 228.4■■■□□ 2.142e-26■■■■■ 28.1
U2AF1Q01081 MVD-210ENST00000565610 507 ntTSL 326.49■■□□□ 1.832e-26■■■■■ 28.1
U2AF1Q01081 MVD-208ENST00000563785 888 ntTSL 225.11■■□□□ 1.612e-26■■■■■ 28.1
U2AF1Q01081 MVD-214ENST00000567064 758 ntTSL 325.08■■□□□ 1.612e-26■■■■■ 28.1
U2AF1Q01081 MVD-216ENST00000568709 809 ntTSL 524.96■■□□□ 1.592e-26■■■■■ 28.1
U2AF1Q01081 MVD-217ENST00000569177 870 ntTSL 522.66■■□□□ 1.222e-26■■■■■ 28.1
U2AF1Q01081 MVD-215ENST00000568133 853 ntTSL 322.04■■□□□ 1.122e-26■■■■■ 28.1
U2AF1Q01081 MVD-206ENST00000563170 904 ntTSL 321.99■■□□□ 1.112e-26■■■■■ 28.1
U2AF1Q01081 MVD-207ENST00000563463 543 ntTSL 321.06■□□□□ 0.962e-26■■■■■ 28.1
U2AF1Q01081 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.271e-20■■■■■ 28.1
U2AF1Q01081 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.191e-20■■■■■ 28.1
U2AF1Q01081 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.031e-20■■■■■ 28.1
U2AF1Q01081 EIF4A1-203ENST00000577269 1319 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.281e-8■■■■■ 28
U2AF1Q01081 EIF4A1-201ENST00000293831 1756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.931e-8■■■■■ 28
U2AF1Q01081 EIF4A1-236ENST00000584901 1021 ntTSL 215.32■□□□□ 0.041e-8■■■■■ 28
U2AF1Q01081 EIF4A1-218ENST00000581544 1444 ntTSL 215.08■□□□□ 01e-8■■■■■ 28
U2AF1Q01081 AC016876.2-201ENST00000581621 4554 ntTSL 2 BASIC14.78□□□□□ -0.041e-8■■■■■ 28
U2AF1Q01081 EIF4A1-225ENST00000582746 1645 ntTSL 5 BASIC14.3□□□□□ -0.121e-8■■■■■ 28
Retrieved 100 of 10,096 protein–RNA pairs in 292.5 ms