Protein–RNA interactions for Protein: Q01081

U2AF1, Splicing factor U2AF 35 kDa subunit, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 240 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
U2AF1Q01081 CACNA2D4-220ENST00000585732 2566 ntTSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.673e-9■■■■■ 101.8
U2AF1Q01081 CACNA2D4-201ENST00000280663 5936 ntTSL 216.82■□□□□ 0.283e-9■■■■■ 101.8
U2AF1Q01081 CACNA2D4-206ENST00000537784 2876 ntTSL 1 (best)15□□□□□ -0.013e-9■■■■■ 101.8
U2AF1Q01081 CACNA2D4-219ENST00000585708 3273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.78□□□□□ -0.043e-9■■■■■ 101.8
U2AF1Q01081 CACNA2D4-202ENST00000382722 5475 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.063e-9■■■■■ 101.8
U2AF1Q01081 CACNA2D4-222ENST00000587995 3883 ntTSL 5 BASIC12.65□□□□□ -0.383e-9■■■■■ 101.8
U2AF1Q01081 CACNA2D4-203ENST00000444595 4450 ntTSL 1 (best)12.52□□□□□ -0.43e-9■■■■■ 101.8
U2AF1Q01081 CACNA2D4-221ENST00000586184 3499 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.52□□□□□ -0.413e-9■■■■■ 101.8
U2AF1Q01081 CACNA2D4-223ENST00000588077 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.46□□□□□ -0.573e-9■■■■■ 101.8
U2AF1Q01081 SRP54-212ENST00000556992 529 ntTSL 25.77□□□□□ -1.492e-52■■■■■ 92.8
U2AF1Q01081 AP003306.1-201ENST00000529875 353 ntTSL 2 BASIC6.89□□□□□ -1.314e-21■■■■■ 89.2
U2AF1Q01081 PTPRJ-207ENST00000613246 7851 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.251e-24■■■■■ 81.7
U2AF1Q01081 MUC16-202ENST00000596768 2888 ntTSL 511.75□□□□□ -0.538e-24■■■■■ 79.2
U2AF1Q01081 MUC16-204ENST00000599436 4079 ntTSL 511.69□□□□□ -0.548e-24■■■■■ 79.2
U2AF1Q01081 MUC16-205ENST00000601404 4078 ntTSL 59.48□□□□□ -0.898e-24■■■■■ 79.2
U2AF1Q01081 HNRNPK-208ENST00000481820 957 ntTSL 27.25□□□□□ -1.253e-43■■■■■ 75.8
U2AF1Q01081 HNRNPK-210ENST00000492865 528 ntTSL 26.11□□□□□ -1.433e-43■■■■■ 75.8
U2AF1Q01081 LUC7L3-204ENST00000503798 663 ntTSL 36.03□□□□□ -1.445e-42■■■■■ 73.1
U2AF1Q01081 PTP4A1-201ENST00000370651 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.052e-20■■■■■ 72.7
U2AF1Q01081 PTP4A1-206ENST00000627002 447 ntTSL 5 BASIC9.98□□□□□ -0.812e-20■■■■■ 72.7
U2AF1Q01081 PTP4A1-205ENST00000626021 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.11□□□□□ -1.592e-20■■■■■ 72.7
U2AF1Q01081 SRSF11-201ENST00000370949 3034 ntTSL 1 (best) BASIC6.82□□□□□ -1.323e-22■■■■■ 72.2
U2AF1Q01081 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC31.95■■■□□ 2.712e-29■■■■■ 68.5
U2AF1Q01081 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC31.24■■■□□ 2.592e-29■■■■■ 68.5
U2AF1Q01081 WIPI2-206ENST00000466014 1700 ntTSL 1 (best)30.4■■■□□ 2.462e-29■■■■■ 68.5
U2AF1Q01081 WIPI2-203ENST00000401525 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.772e-29■■■■■ 68.5
U2AF1Q01081 WIPI2-211ENST00000484262 1504 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.242e-29■■■■■ 68.5
U2AF1Q01081 WIPI2-201ENST00000288828 4476 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.192e-29■■■■■ 68.5
U2AF1Q01081 WIPI2-205ENST00000465102 643 ntTSL 213.16□□□□□ -0.32e-29■■■■■ 68.5
U2AF1Q01081 WIPI2-213ENST00000488359 602 ntTSL 312.1□□□□□ -0.472e-29■■■■■ 68.5
U2AF1Q01081 WIPI2-210ENST00000480238 470 ntTSL 311.46□□□□□ -0.572e-29■■■■■ 68.5
U2AF1Q01081 KIF23-205ENST00000558346 1656 ntTSL 1 (best)21.66■■□□□ 1.063e-13■■■■■ 65.9
U2AF1Q01081 KIF23-213ENST00000561089 2743 ntTSL 1 (best)14.38□□□□□ -0.113e-13■■■■■ 65.9
U2AF1Q01081 KIF23-207ENST00000559279 3411 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.323e-13■■■■■ 65.9
U2AF1Q01081 KIF23-201ENST00000260363 3713 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.39□□□□□ -0.593e-13■■■■■ 65.9
U2AF1Q01081 KIF23-202ENST00000352331 3351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.77□□□□□ -0.683e-13■■■■■ 65.9
U2AF1Q01081 KIF23-203ENST00000395392 3357 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.13□□□□□ -0.793e-13■■■■■ 65.9
U2AF1Q01081 CPSF6-202ENST00000435070 6616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.14□□□□□ -0.956e-8■■■■■ 62.2
U2AF1Q01081 SRP54-202ENST00000546080 2187 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.452e-23■■■■■ 60.6
U2AF1Q01081 SRP54-201ENST00000216774 2279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.322e-23■■■■■ 60.6
U2AF1Q01081 SRP54-213ENST00000556994 2327 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.53□□□□□ -0.082e-23■■■■■ 60.6
U2AF1Q01081 SRP54-208ENST00000555557 1949 ntTSL 2 BASIC13.61□□□□□ -0.232e-23■■■■■ 60.6
U2AF1Q01081 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC29.87■■■□□ 2.371e-19■■■■■ 60.2
U2AF1Q01081 SF1-221ENST00000633899 591 ntTSL 427.91■■■□□ 2.061e-19■■■■■ 60.2
U2AF1Q01081 SF1-215ENST00000482693 755 ntTSL 222.39■■□□□ 1.171e-19■■■■■ 60.2
U2AF1Q01081 SF1-207ENST00000413951 623 ntTSL 222.23■■□□□ 1.151e-19■■■■■ 60.2
U2AF1Q01081 SF1-208ENST00000432725 475 ntTSL 420.6■□□□□ 0.891e-19■■■■■ 60.2
U2AF1Q01081 PHTF2-211ENST00000470215 606 ntTSL 55.61□□□□□ -1.513e-9■■■■■ 59.9
U2AF1Q01081 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.091e-13■■■■■ 59.9
U2AF1Q01081 C6orf136-204ENST00000446773 1496 ntTSL 1 (best)25.58■■□□□ 1.691e-13■■■■■ 59.9
U2AF1Q01081 C6orf136-203ENST00000376473 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.421e-13■■■■■ 59.9
U2AF1Q01081 C6orf136-206ENST00000463794 445 ntTSL 322.08■■□□□ 1.131e-13■■■■■ 59.9
U2AF1Q01081 C6orf136-210ENST00000484551 613 ntTSL 321.96■■□□□ 1.111e-13■■■■■ 59.9
U2AF1Q01081 C6orf136-212ENST00000488383 1337 ntTSL 521.23■□□□□ 0.991e-13■■■■■ 59.9
U2AF1Q01081 C6orf136-202ENST00000376471 614 ntTSL 3 BASIC19.14■□□□□ 0.651e-13■■■■■ 59.9
U2AF1Q01081 C6orf136-211ENST00000487873 464 ntTSL 318.61■□□□□ 0.571e-13■■■■■ 59.9
U2AF1Q01081 C6orf136-208ENST00000467801 583 ntTSL 217.99■□□□□ 0.471e-13■■■■■ 59.9
U2AF1Q01081 C6orf136-207ENST00000465699 692 ntTSL 315.5■□□□□ 0.071e-13■■■■■ 59.9
U2AF1Q01081 LYSMD3-202ENST00000453259 553 ntTSL 319.02■□□□□ 0.642e-12■■■■■ 59
U2AF1Q01081 LYSMD3-204ENST00000509384 1538 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.272e-12■■■■■ 59
U2AF1Q01081 LYSMD3-201ENST00000315948 4259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.3□□□□□ -0.922e-12■■■■■ 59
U2AF1Q01081 LYSMD3-203ENST00000500869 3863 ntTSL 1 (best) BASIC9.2□□□□□ -0.942e-12■■■■■ 59
U2AF1Q01081 HSPH1-201ENST00000320027 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.636e-16■■■■■ 58.8
U2AF1Q01081 HSPH1-202ENST00000380405 3480 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.426e-16■■■■■ 58.8
U2AF1Q01081 HSPH1-206ENST00000602786 3488 ntTSL 1 (best)17.55■□□□□ 0.46e-16■■■■■ 58.8
U2AF1Q01081 HSPH1-204ENST00000445273 4987 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.056e-16■■■■■ 58.8
U2AF1Q01081 HSPH1-209ENST00000630972 3570 ntTSL 1 (best) BASIC13.24□□□□□ -0.296e-16■■■■■ 58.8
U2AF1Q01081 PGM3-201ENST00000283977 2219 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.452e-16■■■■■ 53.7
U2AF1Q01081 PGM3-204ENST00000505470 561 ntTSL 415.62■□□□□ 0.092e-16■■■■■ 53.7
U2AF1Q01081 PGM3-210ENST00000510258 750 ntTSL 314.99□□□□□ -0.012e-16■■■■■ 53.7
U2AF1Q01081 PGM3-205ENST00000506587 1971 ntTSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.262e-16■■■■■ 53.7
U2AF1Q01081 PGM3-212ENST00000513973 6107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.87□□□□□ -0.832e-16■■■■■ 53.7
U2AF1Q01081 PGM3-215ENST00000616566 5905 ntTSL 2 BASIC8.13□□□□□ -1.112e-16■■■■■ 53.7
U2AF1Q01081 PGM3-211ENST00000512866 2013 ntTSL 1 (best) BASIC8.1□□□□□ -1.112e-16■■■■■ 53.7
U2AF1Q01081 PGM3-207ENST00000507554 556 ntTSL 46.21□□□□□ -1.422e-16■■■■■ 53.7
U2AF1Q01081 SF1-209ENST00000433274 2317 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.794e-10■■■■■ 53.5
U2AF1Q01081 SRSF11-214ENST00000484162 4008 ntTSL 1 (best)7.96□□□□□ -1.132e-20■■■■■ 52.2
U2AF1Q01081 AC005394.2-201ENST00000592347 3113 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.443e-15■■■■■ 50.9
U2AF1Q01081 AC005381.1-201ENST00000593065 769 ntTSL 3 BASIC15.65■□□□□ 0.13e-15■■■■■ 50.9
U2AF1Q01081 AC005394.1-201ENST00000589999 1269 ntTSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.263e-15■■■■■ 50.9
U2AF1Q01081 LUC7L3-203ENST00000503728 783 ntTSL 55.82□□□□□ -1.483e-12■■■■■ 50.3
U2AF1Q01081 LUC7L3-222ENST00000513969 419 ntTSL 32.05□□□□□ -2.083e-12■■■■■ 50.3
U2AF1Q01081 AIG1-204ENST00000367601 727 ntTSL 516.4■□□□□ 0.223e-11■■■■■ 50.2
U2AF1Q01081 AIG1-205ENST00000447498 444 ntTSL 516.05■□□□□ 0.163e-11■■■■■ 50.2
U2AF1Q01081 AIG1-202ENST00000357847 1395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.82□□□□□ -0.363e-11■■■■■ 50.2
U2AF1Q01081 AIG1-201ENST00000275235 1202 ntTSL 2 BASIC11.58□□□□□ -0.563e-11■■■■■ 50.2
U2AF1Q01081 AIG1-209ENST00000629020 3636 ntTSL 2 BASIC9.68□□□□□ -0.863e-11■■■■■ 50.2
U2AF1Q01081 AIG1-206ENST00000458219 593 ntTSL 29.13□□□□□ -0.953e-11■■■■■ 50.2
U2AF1Q01081 AIG1-208ENST00000494282 3393 ntTSL 1 (best) BASIC7.58□□□□□ -1.23e-11■■■■■ 50.2
U2AF1Q01081 AIG1-207ENST00000470265 572 ntTSL 25.42□□□□□ -1.543e-11■■■■■ 50.2
U2AF1Q01081 CD53-201ENST00000271324 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.44□□□□□ -1.061e-14■■■■■ 49.2
U2AF1Q01081 CD53-204ENST00000476408 756 ntTSL 58.43□□□□□ -1.061e-14■■■■■ 49.2
U2AF1Q01081 PTH2R-202ENST00000419079 811 ntTSL 28.01□□□□□ -1.131e-14■■■■■ 49.2
U2AF1Q01081 CD53-202ENST00000464329 416 ntTSL 26.45□□□□□ -1.381e-14■■■■■ 49.2
U2AF1Q01081 CD53-205ENST00000497404 917 ntTSL 55.81□□□□□ -1.481e-14■■■■■ 49.2
U2AF1Q01081 PROSER1-201ENST00000352251 5168 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.073e-11■■■■■ 48.4
U2AF1Q01081 PROSER1-211ENST00000625998 5102 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.763e-11■■■■■ 48.4
U2AF1Q01081 PROSER1-203ENST00000436678 501 ntTSL 53.92□□□□□ -1.783e-11■■■■■ 48.4
U2AF1Q01081 PROSER1-207ENST00000496138 418 ntTSL 32.08□□□□□ -2.083e-11■■■■■ 48.4
U2AF1Q01081 SF1-203ENST00000377387 2947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.334e-10■■■■■ 47.9
Retrieved 100 of 10,096 protein–RNA pairs in 49.9 ms