Protein–RNA interactions for Protein: Q01081

U2AF1, Splicing factor U2AF 35 kDa subunit, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 240 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
U2AF1Q01081 RETREG2-207ENST00000452293 609 ntTSL 434.95■■■■□ 3.196e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC34.48■■■■□ 3.116e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 TAPT1-206ENST00000505317 1376 ntTSL 233.13■■■□□ 2.896e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC30.41■■■□□ 2.466e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 RETREG2-201ENST00000273048 2533 ntTSL 1 (best)30.21■■■□□ 2.436e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 GPX4-208ENST00000592940 1184 ntTSL 530.05■■■□□ 2.46e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 TAPT1-207ENST00000505603 1634 ntTSL 229.11■■■□□ 2.256e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.196e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 RDX-211ENST00000530749 2558 ntTSL 228.36■■■□□ 2.136e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.816e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 GPX4-207ENST00000589115 812 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.626e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 RETREG2-203ENST00000430297 4618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.66e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 TAPT1-201ENST00000405303 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.566e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 GPX4-209ENST00000593032 583 ntTSL 324.7■■□□□ 1.546e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 GPX4-201ENST00000354171 919 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.536e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 TAPT1-213ENST00000511156 483 ntTSL 324.18■■□□□ 1.466e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 GPX4-210ENST00000611653 793 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.456e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 GPX4-212ENST00000616066 924 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.316e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 VPS13B-201ENST00000355155 2822 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.226e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 SPG11-215ENST00000559193 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 16e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 RDX-201ENST00000343115 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.986e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 GPX4-206ENST00000588919 803 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.936e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 RETREG2-205ENST00000443757 558 ntTSL 420.68■□□□□ 0.96e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 RETREG2-209ENST00000465672 550 ntTSL 420.53■□□□□ 0.886e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 RDX-209ENST00000530131 1911 ntTSL 220.25■□□□□ 0.836e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 GPX4-203ENST00000585480 501 ntTSL 220.09■□□□□ 0.816e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 CHORDC1-204ENST00000529402 809 ntTSL 319.78■□□□□ 0.767e-11■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 RDX-218ENST00000544551 4117 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.686e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 TAPT1-211ENST00000508888 837 ntTSL 318.31■□□□□ 0.526e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 LAMP2-203ENST00000434600 2089 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.496e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 RETREG2-204ENST00000430747 563 ntTSL 217.81■□□□□ 0.446e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 LAMP2-201ENST00000200639 1867 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.436e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 RETREG2-208ENST00000458520 992 ntTSL 315.98■□□□□ 0.156e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 METTL17-223ENST00000557279 730 ntTSL 315.75■□□□□ 0.116e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 KPNA4-201ENST00000334256 8981 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.096e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 CHORDC1-208ENST00000533062 575 ntTSL 415.39■□□□□ 0.057e-11■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 METTL17-204ENST00000553441 635 ntTSL 214.98□□□□□ -0.016e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 METTL17-210ENST00000554751 556 ntTSL 514.54□□□□□ -0.086e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 NFRKB-201ENST00000446488 5093 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.06□□□□□ -0.166e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 CHORDC1-202ENST00000457199 2003 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.267e-11■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 SGK1-207ENST00000461976 553 ntTSL 413.23□□□□□ -0.297e-11■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 CHORDC1-207ENST00000530765 564 ntTSL 4 BASIC13.12□□□□□ -0.317e-11■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 RETREG2-206ENST00000452022 729 ntTSL 312.91□□□□□ -0.346e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 SGK1-228ENST00000532856 573 ntTSL 212.27□□□□□ -0.457e-11■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 SGK1-208ENST00000472859 523 ntTSL 312.27□□□□□ -0.457e-11■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 NFRKB-209ENST00000531755 3066 ntTSL 512.11□□□□□ -0.476e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 GPX4-204ENST00000587648 536 ntTSL 212.05□□□□□ -0.486e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 TAPT1-212ENST00000510868 709 ntTSL 511.54□□□□□ -0.566e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 METTL17-209ENST00000554588 1077 ntTSL 211.46□□□□□ -0.576e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 VPS13B-210ENST00000521932 1055 ntTSL 311.12□□□□□ -0.636e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 CHORDC1-203ENST00000525317 1136 ntTSL 511.06□□□□□ -0.647e-11■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 VPS13B-206ENST00000496144 5625 ntTSL 511.01□□□□□ -0.656e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 TAPT1-215ENST00000513359 749 ntTSL 510.99□□□□□ -0.656e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 CHORDC1-210ENST00000533739 582 ntTSL 210.73□□□□□ -0.697e-11■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 NFRKB-202ENST00000524746 4114 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.62□□□□□ -0.716e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 NFRKB-203ENST00000524794 4351 ntTSL 1 (best) BASIC10.4□□□□□ -0.756e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 METTL17-206ENST00000553564 900 ntTSL 59.91□□□□□ -0.826e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 LAMP2-202ENST00000371335 4030 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.88□□□□□ -0.836e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 CHORDC1-211ENST00000533772 566 ntTSL 59.87□□□□□ -0.837e-11■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 SGK1-230ENST00000534658 763 ntTSL 59.85□□□□□ -0.837e-11■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 CHORDC1-209ENST00000533724 5361 ntTSL 29.67□□□□□ -0.867e-11■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 METTL17-218ENST00000555670 803 ntTSL 59.66□□□□□ -0.866e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 CHORDC1-201ENST00000320585 2654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.23□□□□□ -0.937e-11■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 SGK1-224ENST00000530421 592 ntTSL 48.16□□□□□ -1.17e-11■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 VPS13B-202ENST00000357162 14019 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC7.95□□□□□ -1.146e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 RDX-203ENST00000527537 3403 ntTSL 1 (best)7.79□□□□□ -1.166e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 RDX-213ENST00000532461 3286 ntTSL 1 (best)7.44□□□□□ -1.226e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 VPS13B-203ENST00000358544 14094 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC7.41□□□□□ -1.226e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 TAPT1-205ENST00000505152 740 ntTSL 57.19□□□□□ -1.266e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 SGK1-227ENST00000532021 696 ntTSL 36.74□□□□□ -1.337e-11■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 METTL17-215ENST00000555390 551 ntTSL 34.82□□□□□ -1.646e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 HSF2-203ENST00000465214 642 ntTSL 24.79□□□□□ -1.646e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 PSME4-207ENST00000478731 514 ntTSL 24.3□□□□□ -1.726e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 RDX-215ENST00000533961 771 ntTSL 24.24□□□□□ -1.736e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 SGK1-221ENST00000525700 541 ntTSL 43.61□□□□□ -1.837e-11■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 SGK1-218ENST00000524387 576 ntTSL 43.46□□□□□ -1.867e-11■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 SGK1-225ENST00000531575 576 ntTSL 42.17□□□□□ -2.067e-11■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 CSTF3-204ENST00000524556 558 ntTSL 319.64■□□□□ 0.738e-37■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 CSTF3-202ENST00000431742 715 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.678e-37■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 CSTF3-206ENST00000524827 693 ntTSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.558e-37■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 CSTF3-205ENST00000524775 434 ntTSL 415.58■□□□□ 0.088e-37■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 CSTF3-203ENST00000438862 1132 ntTSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.058e-37■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 CSTF3-201ENST00000323959 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.96□□□□□ -0.988e-37■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 CSTF3-207ENST00000526480 479 ntTSL 37.94□□□□□ -1.148e-37■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 BRWD1-201ENST00000333229 10141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.191e-6■■■■□ 22
U2AF1Q01081 BRWD1-204ENST00000380800 7605 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.161e-6■■■■□ 22
U2AF1Q01081 BRWD1-203ENST00000342449 12929 ntTSL 1 (best) BASIC9.04□□□□□ -0.961e-6■■■■□ 22
U2AF1Q01081 TXNIP-204ENST00000582401 2926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.67□□□□□ -0.861e-9■■■■□ 22
U2AF1Q01081 TXNIP-203ENST00000488537 1509 ntTSL 59.41□□□□□ -0.95e-29■■■■□ 22
U2AF1Q01081 USP48-202ENST00000374730 570 ntTSL 46.04□□□□□ -1.442e-10■■■■□ 21.9
U2AF1Q01081 PIEZO1-201ENST00000301015 8072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.872e-6■■■■□ 21.9
U2AF1Q01081 SLC26A6-220ENST00000489483 5682 ntTSL 218.57■□□□□ 0.566e-7■■■■□ 21.9
U2AF1Q01081 RUNX1-216ENST00000482318 1710 ntTSL 1 (best)29.15■■■□□ 2.262e-7■■■■□ 21.8
U2AF1Q01081 RUNX1-204ENST00000399237 822 ntTSL 528.69■■■□□ 2.182e-7■■■■□ 21.8
U2AF1Q01081 RUNX1-207ENST00000437180 5967 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.152e-7■■■■□ 21.8
U2AF1Q01081 RUNX1-203ENST00000358356 2720 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.12e-7■■■■□ 21.8
U2AF1Q01081 RUNX1-201ENST00000300305 6222 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.882e-7■■■■□ 21.8
U2AF1Q01081 RUNX1-202ENST00000344691 7274 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.682e-7■■■■□ 21.8
U2AF1Q01081 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.863e-8■■■■□ 21.8
U2AF1Q01081 NAP1L4-201ENST00000380542 2511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.013e-8■■■■□ 21.8
Retrieved 100 of 10,096 protein–RNA pairs in 49.8 ms