Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 UBE3A-220ENST00000630424 5075 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.5□□□□□ -0.096e-7■■■■■ 109.6
SF3B1O75533 UBE3A-209ENST00000625778 3217 ntTSL 5 BASIC14.29□□□□□ -0.126e-7■■■■■ 109.6
SF3B1O75533 UBE3A-228ENST00000638155 9131 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.77□□□□□ -0.26e-7■■■■■ 109.6
SF3B1O75533 UBE3A-226ENST00000637886 8725 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.51□□□□□ -0.256e-7■■■■■ 109.6
SF3B1O75533 UBE3A-205ENST00000566215 3176 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC6.88□□□□□ -1.316e-7■■■■■ 109.6
SF3B1O75533 UBE3A-219ENST00000629886 436 ntTSL 35.1□□□□□ -1.596e-7■■■■■ 109.6
SF3B1O75533 UBE3A-203ENST00000428984 2986 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC4.74□□□□□ -1.656e-7■■■■■ 109.6
SF3B1O75533 UBE3A-202ENST00000397954 2873 ntTSL 5 BASIC4.08□□□□□ -1.766e-7■■■■■ 109.6
SF3B1O75533 UBE3A-216ENST00000628733 706 ntTSL 51.72□□□□□ -2.136e-7■■■■■ 109.6
SF3B1O75533 LMNB2-201ENST00000325327 4671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.395e-6■■■■■ 109.6
SF3B1O75533 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.383e-6■■■■■ 109.6
SF3B1O75533 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.243e-6■■■■■ 109.6
SF3B1O75533 AKT1-211ENST00000554848 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.93e-6■■■■■ 109.6
SF3B1O75533 AKT1-214ENST00000555528 3066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.293e-6■■■■■ 109.6
SF3B1O75533 AKT1-208ENST00000554581 3916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.24□□□□□ -0.453e-6■■■■■ 109.6
SF3B1O75533 AKT1-202ENST00000402615 3913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.32□□□□□ -0.63e-6■■■■■ 109.6
SF3B1O75533 MARK4-203ENST00000587566 553 ntTSL 515.77■□□□□ 0.124e-6■■■■■ 109.5
SF3B1O75533 SMAD3-201ENST00000327367 6247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.273e-6■■■■■ 109.5
SF3B1O75533 SAMD4B-209ENST00000599712 925 ntTSL 414.15□□□□□ -0.141e-6■■■■■ 109.5
SF3B1O75533 STK40-208ENST00000482458 900 ntTSL 328■■■□□ 2.074e-6■■■■■ 109.5
SF3B1O75533 YES1-204ENST00000581960 487 ntTSL 326.77■■□□□ 1.884e-6■■■■■ 109.4
SF3B1O75533 YES1-202ENST00000577611 568 ntTSL 421.97■■□□□ 1.114e-6■■■■■ 109.4
SF3B1O75533 MITF-211ENST00000457080 382 ntTSL 1 (best)13.01□□□□□ -0.332e-6■■■■■ 109.4
SF3B1O75533 BRCA1-216ENST00000484087 1495 ntTSL 57.39□□□□□ -1.233e-17■■■■■ 109.4
SF3B1O75533 BRCA1-217ENST00000487825 800 ntTSL 54.92□□□□□ -1.623e-17■■■■■ 109.4
SF3B1O75533 BRCA1-212ENST00000473961 958 ntTSL 23.59□□□□□ -1.833e-17■■■■■ 109.4
SF3B1O75533 TFR2-212ENST00000476304 2421 ntTSL 517.8■□□□□ 0.441e-6■■■■■ 109.4
SF3B1O75533 TFR2-202ENST00000431692 2631 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.261e-6■■■■■ 109.4
SF3B1O75533 TFR2-201ENST00000223051 2888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.031e-6■■■■■ 109.4
SF3B1O75533 TFR2-205ENST00000462107 3131 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.02□□□□□ -0.171e-6■■■■■ 109.4
SF3B1O75533 TFR2-206ENST00000465294 2763 ntTSL 213.85□□□□□ -0.191e-6■■■■■ 109.4
SF3B1O75533 CENPP-203ENST00000375587 8766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.323e-6■■■■■ 109.3
SF3B1O75533 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.038e-7■■■■■ 109.3
SF3B1O75533 ZC3H3-201ENST00000262577 3280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.14□□□□□ -0.472e-6■■■■■ 109.2
SF3B1O75533 DGUOK-201ENST00000264093 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.758e-7■■■■■ 109.2
SF3B1O75533 DGUOK-202ENST00000348222 880 ntTSL 2 BASIC19.74■□□□□ 0.758e-7■■■■■ 109.2
SF3B1O75533 DGUOK-208ENST00000629438 1029 ntTSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.758e-7■■■■■ 109.2
SF3B1O75533 DGUOK-203ENST00000418996 703 ntTSL 1 (best)17.64■□□□□ 0.418e-7■■■■■ 109.2
SF3B1O75533 DGUOK-205ENST00000462685 715 ntTSL 315.09■□□□□ 0.018e-7■■■■■ 109.2
SF3B1O75533 DGUOK-206ENST00000489796 692 ntTSL 311.51□□□□□ -0.578e-7■■■■■ 109.2
SF3B1O75533 CCDC144NL-AS1-205ENST00000439794 481 ntTSL 315.96■□□□□ 0.152e-6■■■■■ 109.2
SF3B1O75533 CBFA2T3-210ENST00000569464 1327 ntTSL 1 (best)15.09■□□□□ 0.012e-6■■■■■ 109.1
SF3B1O75533 FAAP20-210ENST00000440825 855 ntTSL 330.36■■■□□ 2.453e-6■■■■■ 109.1
SF3B1O75533 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC29.78■■■□□ 2.363e-6■■■■■ 109.1
SF3B1O75533 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.083e-6■■■■■ 109.1
SF3B1O75533 FAAP20-201ENST00000378543 569 ntTSL 225.79■■□□□ 1.723e-6■■■■■ 109.1
SF3B1O75533 FAAP20-206ENST00000414253 2216 ntTSL 225.11■■□□□ 1.613e-6■■■■■ 109.1
SF3B1O75533 FAAP20-203ENST00000400918 811 ntTSL 224.47■■□□□ 1.513e-6■■■■■ 109.1
SF3B1O75533 FAAP20-209ENST00000428120 2313 ntTSL 1 (best)23.9■■□□□ 1.423e-6■■■■■ 109.1
SF3B1O75533 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.271e-6■■■■■ 109.1
SF3B1O75533 FAAP20-212ENST00000476803 701 ntTSL 220■□□□□ 0.793e-6■■■■■ 109.1
SF3B1O75533 FAAP20-205ENST00000401813 2543 ntTSL 1 (best)19.76■□□□□ 0.753e-6■■■■■ 109.1
SF3B1O75533 FAAP20-211ENST00000469733 2280 ntTSL 217.75■□□□□ 0.433e-6■■■■■ 109.1
SF3B1O75533 GNA13-201ENST00000439174 4922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.332e-6■■■■■ 109.1
SF3B1O75533 UAP1L1-202ENST00000409858 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.252e-6■■■■■ 109.1
SF3B1O75533 RNF4-213ENST00000509388 569 ntTSL 315.97■□□□□ 0.151e-6■■■■■ 109.1
SF3B1O75533 ATXN10-202ENST00000381061 3135 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.084e-6■■■■■ 109.1
SF3B1O75533 FAAP20-214ENST00000497675 4478 ntTSL 215.49■□□□□ 0.073e-6■■■■■ 109.1
SF3B1O75533 RNF4-202ENST00000502316 855 ntTSL 215.33■□□□□ 0.041e-6■■■■■ 109.1
SF3B1O75533 RNF4-208ENST00000507247 616 ntTSL 1 (best)15.17■□□□□ 0.021e-6■■■■■ 109.1
SF3B1O75533 RNF4-215ENST00000511843 586 ntTSL 514.53□□□□□ -0.081e-6■■■■■ 109.1
SF3B1O75533 LRSAM1-204ENST00000373324 3044 ntTSL 2 BASIC14.52□□□□□ -0.091e-12■■■■■ 109.1
SF3B1O75533 LRSAM1-203ENST00000373322 2849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.091e-12■■■■■ 109.1
SF3B1O75533 STAG3L3-203ENST00000436857 1033 ntTSL 2 BASIC14.3□□□□□ -0.121e-6■■■■■ 109.1
SF3B1O75533 LRSAM1-201ENST00000300417 3146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.1□□□□□ -0.151e-12■■■■■ 109.1
SF3B1O75533 FAAP20-213ENST00000487186 3576 ntTSL 213.81□□□□□ -0.23e-6■■■■■ 109.1
SF3B1O75533 UAP1L1-201ENST00000360271 3201 ntTSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.312e-6■■■■■ 109.1
SF3B1O75533 RNF4-216ENST00000511859 1373 ntTSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.341e-6■■■■■ 109.1
SF3B1O75533 UAP1L1-203ENST00000474787 4412 ntTSL 212.86□□□□□ -0.352e-6■■■■■ 109.1
SF3B1O75533 RNF4-222ENST00000541204 2796 ntTSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.371e-6■■■■■ 109.1
SF3B1O75533 LRSAM1-202ENST00000323301 3376 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.69□□□□□ -0.381e-12■■■■■ 109.1
SF3B1O75533 RNF4-201ENST00000314289 3088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.381e-6■■■■■ 109.1
SF3B1O75533 ATXN10-201ENST00000252934 3329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.384e-6■■■■■ 109.1
SF3B1O75533 GNA13-202ENST00000541118 1502 ntTSL 2 BASIC12.61□□□□□ -0.392e-6■■■■■ 109.1
SF3B1O75533 ZNF236-202ENST00000320610 7124 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.49□□□□□ -0.412e-6■■■■■ 109.1
SF3B1O75533 RNF4-218ENST00000513284 517 ntTSL 412.46□□□□□ -0.411e-6■■■■■ 109.1
SF3B1O75533 ZNF33B-205ENST00000486187 1941 ntTSL 212.09□□□□□ -0.473e-6■■■■■ 109.1
SF3B1O75533 RNF4-212ENST00000509258 893 ntTSL 1 (best) BASIC11.99□□□□□ -0.491e-6■■■■■ 109.1
SF3B1O75533 ATAD5-201ENST00000321990 6869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.512e-6■■■■■ 109.1
SF3B1O75533 ZNF236-203ENST00000543926 8206 ntTSL 1 (best)11.41□□□□□ -0.582e-6■■■■■ 109.1
SF3B1O75533 RNF4-221ENST00000513643 516 ntTSL 310.59□□□□□ -0.711e-6■■■■■ 109.1
SF3B1O75533 ZNF236-201ENST00000253159 8124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.05□□□□□ -0.82e-6■■■■■ 109.1
SF3B1O75533 HDAC3-216ENST00000523088 699 ntTSL 37.35□□□□□ -1.233e-6■■■■■ 109.1
SF3B1O75533 ZNF33B-201ENST00000359467 5958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC7.34□□□□□ -1.233e-6■■■■■ 109.1
SF3B1O75533 RNF4-214ENST00000511600 4123 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC6.96□□□□□ -1.31e-6■■■■■ 109.1
SF3B1O75533 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.133e-6■■■■■ 109.1
SF3B1O75533 E2F4-208ENST00000567007 2615 ntTSL 219.94■□□□□ 0.783e-6■■■■■ 109.1
SF3B1O75533 CRY1-204ENST00000550633 830 ntTSL 318.85■□□□□ 0.611e-7■■■■■ 109.1
SF3B1O75533 TONSL-201ENST00000409379 4502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.142e-6■■■■■ 109.1
SF3B1O75533 STX12-202ENST00000440806 718 ntTSL 319.46■□□□□ 0.712e-6■■■■■ 109
SF3B1O75533 SEPT9-215ENST00000586521 601 ntTSL 418.81■□□□□ 0.62e-6■■■■■ 109
SF3B1O75533 EHMT1-219ENST00000626066 1297 ntTSL 518.5■□□□□ 0.555e-6■■■■■ 109
SF3B1O75533 EHMT1-250ENST00000637977 2167 ntTSL 516.11■□□□□ 0.175e-6■■■■■ 109
SF3B1O75533 RRP1-207ENST00000497547 3022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.174e-6■■■■■ 109
SF3B1O75533 KDM2B-215ENST00000542973 3170 ntTSL 2 BASIC13.85□□□□□ -0.192e-6■■■■■ 109
SF3B1O75533 PHLPP2-204ENST00000567016 4812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.03□□□□□ -0.322e-6■■■■■ 109
SF3B1O75533 SEPT9-235ENST00000591020 582 ntTSL 412.01□□□□□ -0.492e-6■■■■■ 109
SF3B1O75533 RACK1-227ENST00000512805 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.3□□□□□ -0.62e-6■■■■■ 109
SF3B1O75533 RACK1-221ENST00000509148 888 ntTSL 210.99□□□□□ -0.652e-6■■■■■ 109
SF3B1O75533 RACK1-225ENST00000511566 825 ntTSL 3 BASIC10.84□□□□□ -0.672e-6■■■■■ 109
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1462.9 ms