RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000513284.5

RNF4-218, Transcript of ring finger protein 4, humanhuman

TSL 4

Gene RNF4, Length 517 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RNF4-218ENST00000513284 NISCHQ9Y2I1 1504 aa28.95■■■□□ 2.23
RNF4-218ENST00000513284 ABCC9O60706 1549 aa26.78■■□□□ 1.88
RNF4-218ENST00000513284 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa26.09■■□□□ 1.77
RNF4-218ENST00000513284 DNAJC5BQ9UF47 199 aa25.83■■□□□ 1.73
RNF4-218ENST00000513284 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa25.14■■□□□ 1.62
RNF4-218ENST00000513284 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP24.94■■□□□ 1.58
RNF4-218ENST00000513284 NACADO15069 1562 aa24.86■■□□□ 1.57
RNF4-218ENST00000513284 DCAF8L2P0C7V8 631 aa24.73■■□□□ 1.55
RNF4-218ENST00000513284 UNC13AQ9UPW8 1703 aa24.61■■□□□ 1.53
RNF4-218ENST00000513284 BICRAQ9NZM4 1560 aa24.56■■□□□ 1.52
RNF4-218ENST00000513284 MYO15BQ96JP2 1530 aa24.35■■□□□ 1.49
RNF4-218ENST00000513284 CECR2Q9BXF3 1484 aa24.16■■□□□ 1.46
RNF4-218ENST00000513284 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa24.13■■□□□ 1.45
RNF4-218ENST00000513284 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa24.03■■□□□ 1.44
RNF4-218ENST00000513284 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa24■■□□□ 1.43
RNF4-218ENST00000513284 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP23.93■■□□□ 1.42
RNF4-218ENST00000513284 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP23.84■■□□□ 1.41
RNF4-218ENST00000513284 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa23.83■■□□□ 1.41
RNF4-218ENST00000513284 SCRIBQ14160 1630 aa23.8■■□□□ 1.4
RNF4-218ENST00000513284 CUX2O14529 1486 aa23.24■■□□□ 1.31
RNF4-218ENST00000513284 ERCC6Q03468 1493 aa23.06■■□□□ 1.28
RNF4-218ENST00000513284 NCAPD3P42695 1498 aa23.04■■□□□ 1.28
RNF4-218ENST00000513284 NESP48681 1621 aa22.89■■□□□ 1.25
RNF4-218ENST00000513284 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa22.88■■□□□ 1.25
RNF4-218ENST00000513284 HMGXB3Q12766 1538 aa22.72■■□□□ 1.23
RNF4-218ENST00000513284 SMARCA2P51531 1590 aa22.69■■□□□ 1.22
RNF4-218ENST00000513284 TRIM41Q8WV44 630 aa22.68■■□□□ 1.22
RNF4-218ENST00000513284 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP22.67■■□□□ 1.22
RNF4-218ENST00000513284 SMARCA4P51532 1647 aa22.65■■□□□ 1.22
RNF4-218ENST00000513284 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP22.55■■□□□ 1.2
RNF4-218ENST00000513284 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa22.51■■□□□ 1.19
RNF4-218ENST00000513284 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa22.46■■□□□ 1.19
RNF4-218ENST00000513284 PEG3Q9GZU2 1588 aa22.45■■□□□ 1.18
RNF4-218ENST00000513284 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP22.43■■□□□ 1.18
RNF4-218ENST00000513284 PDS5BQ9NTI5 1447 aa22.43■■□□□ 1.18
RNF4-218ENST00000513284 MROH2BQ7Z745 1585 aa22.34■■□□□ 1.17
RNF4-218ENST00000513284 CADPSQ9ULU8 1353 aa22.31■■□□□ 1.16
RNF4-218ENST00000513284 MRC2Q9UBG0 1479 aa22.27■■□□□ 1.16
RNF4-218ENST00000513284 WDR62O43379 1518 aa22.23■■□□□ 1.15
RNF4-218ENST00000513284 OSCARQ8IYS5 282 aa22.19■■□□□ 1.14
RNF4-218ENST00000513284 CEP164Q9UPV0 1460 aa22.04■■□□□ 1.12
RNF4-218ENST00000513284 FANCD2Q9BXW9 1451 aa22.02■■□□□ 1.12
RNF4-218ENST00000513284 WIZO95785 1651 aa22.01■■□□□ 1.11
RNF4-218ENST00000513284 CFTRP13569 1480 aa21.93■■□□□ 1.1
RNF4-218ENST00000513284 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP21.92■■□□□ 1.1
RNF4-218ENST00000513284 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa21.89■■□□□ 1.09
RNF4-218ENST00000513284 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa21.89■■□□□ 1.09
RNF4-218ENST00000513284 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa21.89■■□□□ 1.09
RNF4-218ENST00000513284 ARHGEF11O15085 1522 aa21.76■■□□□ 1.07
RNF4-218ENST00000513284 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP21.76■■□□□ 1.07
RNF4-218ENST00000513284 CYB5RLQ6IPT4 315 aa21.73■■□□□ 1.07
RNF4-218ENST00000513284 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP21.69■■□□□ 1.06
RNF4-218ENST00000513284 IFT140Q96RY7 1462 aa21.64■■□□□ 1.06
RNF4-218ENST00000513284 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP21.63■■□□□ 1.05
RNF4-218ENST00000513284 TRHP20396 242 aaPredicted RBP21.61■■□□□ 1.05
RNF4-218ENST00000513284 TOPBP1Q92547 1522 aa21.55■■□□□ 1.04
RNF4-218ENST00000513284 ARAP1Q96P48 1450 aa21.54■■□□□ 1.04
RNF4-218ENST00000513284 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP21.5■■□□□ 1.033e-8■■■■■ 35.4
RNF4-218ENST00000513284 PRDM2Q13029 1718 aa21.49■■□□□ 1.03
RNF4-218ENST00000513284 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP21.49■■□□□ 1.03
RNF4-218ENST00000513284 CCDC88BA6NC98 1476 aa21.49■■□□□ 1.03
RNF4-218ENST00000513284 CHD1O14646 1710 aa21.44■■□□□ 1.02
RNF4-218ENST00000513284 FBLN2P98095 1184 aa21.43■■□□□ 1.02
RNF4-218ENST00000513284 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP21.4■■□□□ 1.02
RNF4-218ENST00000513284 ABCC8Q09428 1581 aa21.4■■□□□ 1.02
RNF4-218ENST00000513284 DNMBPQ6XZF7 1577 aa21.36■■□□□ 1.01
RNF4-218ENST00000513284 AEBP2Q6ZN18 517 aaPredicted RBP21.34■■□□□ 1.01
RNF4-218ENST00000513284 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP21.3■■□□□ 1
RNF4-218ENST00000513284 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa21.28■■□□□ 1
RNF4-218ENST00000513284 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP21.28■■□□□ 1
RNF4-218ENST00000513284 CLASP1Q7Z460 1538 aa21.23■□□□□ 0.99
RNF4-218ENST00000513284 SOGA1O94964 1423 aa21.21■□□□□ 0.99
RNF4-218ENST00000513284 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa21.19■□□□□ 0.98
RNF4-218ENST00000513284 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP21.18■□□□□ 0.98
RNF4-218ENST00000513284 SYNJ1O43426 1573 aa21.09■□□□□ 0.97
RNF4-218ENST00000513284 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP21.07■□□□□ 0.96
RNF4-218ENST00000513284 FGD5Q6ZNL6 1462 aa21.07■□□□□ 0.96
RNF4-218ENST00000513284 GAPVD1Q14C86 1478 aa21.05■□□□□ 0.96
RNF4-218ENST00000513284 GRIN2BQ13224 1484 aa21.04■□□□□ 0.96
RNF4-218ENST00000513284 SYNJ2O15056 1496 aa21.03■□□□□ 0.96
RNF4-218ENST00000513284 WDR97A6NE52 1622 aa21.02■□□□□ 0.96
RNF4-218ENST00000513284 CUX1P39880 1505 aa20.99■□□□□ 0.95
RNF4-218ENST00000513284 ERCC6L2Q5T890 1561 aa20.93■□□□□ 0.94
RNF4-218ENST00000513284 PBRM1Q86U86 1689 aa20.85■□□□□ 0.93
RNF4-218ENST00000513284 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa20.79■□□□□ 0.92
RNF4-218ENST00000513284 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa20.78■□□□□ 0.92
RNF4-218ENST00000513284 CEP170Q5SW79 1584 aa20.77■□□□□ 0.92
RNF4-218ENST00000513284 GRIN2AQ12879 1464 aa20.77■□□□□ 0.92
RNF4-218ENST00000513284 NUP160Q12769 1436 aa20.76■□□□□ 0.91
RNF4-218ENST00000513284 KIF13AQ9H1H9 1805 aa20.73■□□□□ 0.91
RNF4-218ENST00000513284 SHROOM2Q13796 1616 aa20.69■□□□□ 0.9
RNF4-218ENST00000513284 KDM4FA0A1W2PPD8 638 aa20.66■□□□□ 0.9
RNF4-218ENST00000513284 ADAMTS12P58397 1594 aa20.64■□□□□ 0.9
RNF4-218ENST00000513284 FAM69CQ0P6D2 419 aa20.63■□□□□ 0.89
RNF4-218ENST00000513284 FHAD1B1AJZ9 1412 aa20.61■□□□□ 0.89
RNF4-218ENST00000513284 JPH4Q96JJ6 628 aa20.61■□□□□ 0.89
RNF4-218ENST00000513284 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP20.61■□□□□ 0.89
RNF4-218ENST00000513284 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP20.59■□□□□ 0.892e-6■■■■■ 29.9
RNF4-218ENST00000513284 ABCC10Q5T3U5 1492 aa20.58■□□□□ 0.89
RNF4-218ENST00000513284 ILDR1Q86SU0 546 aaPredicted RBP20.58■□□□□ 0.89
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 2136 ms