Protein–RNA interactions for Protein: Q15427

SF3B4, Splicing factor 3B subunit 4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 424 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B4Q15427 MAP3K11-203ENST00000524856 3787 ntTSL 215.64■□□□□ 0.098e-9■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 MAP3K11-209ENST00000530949 546 ntTSL 414.86□□□□□ -0.038e-9■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 MAP3K11-208ENST00000530153 2830 ntTSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.058e-9■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 MAP3K11-204ENST00000526293 571 ntTSL 413.6□□□□□ -0.238e-9■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 MAP3K11-207ENST00000529839 561 ntTSL 412.83□□□□□ -0.368e-9■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 MAP3K11-212ENST00000534110 585 ntTSL 412.49□□□□□ -0.418e-9■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 PLXNB2-206ENST00000434732 253 ntTSL 212.1□□□□□ -0.478e-9■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 PAXBP1-208ENST00000472588 1410 ntTSL 1 (best)19.98■□□□□ 0.792e-6■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 CPED1-204ENST00000428526 2219 ntTSL 27.16□□□□□ -1.264e-9■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 CPED1-205ENST00000443817 1118 ntTSL 1 (best)4.62□□□□□ -1.674e-9■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 CALM3-205ENST00000486500 2536 ntTSL 212.2□□□□□ -0.461e-14■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 CALM3-207ENST00000595072 721 ntTSL 210.46□□□□□ -0.731e-14■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC19.19■□□□□ 0.662e-8■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 SNAP23-216ENST00000568331 557 ntTSL 419.19■□□□□ 0.662e-8■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 SNAP23-213ENST00000566327 568 ntTSL 418.1■□□□□ 0.492e-8■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 SNAP23-221ENST00000568859 565 ntTSL 414.55□□□□□ -0.082e-8■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 SNAP23-211ENST00000566035 846 ntTSL 36.16□□□□□ -1.422e-8■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 SNAP23-217ENST00000568451 573 ntTSL 45.87□□□□□ -1.472e-8■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 SNAP23-204ENST00000561526 565 ntTSL 45.81□□□□□ -1.482e-8■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 VDAC3-203ENST00000518563 719 ntTSL 223.43■■□□□ 1.345e-6■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 VDAC3-207ENST00000521348 784 ntTSL 511.81□□□□□ -0.525e-6■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 VDAC3-205ENST00000520115 580 ntTSL 411.3□□□□□ -0.65e-6■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 VDAC3-209ENST00000522069 625 ntTSL 59.65□□□□□ -0.865e-6■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 CNOT11-202ENST00000420107 552 ntTSL 25.51□□□□□ -1.535e-6■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 VDAC3-202ENST00000518495 531 ntTSL 35.18□□□□□ -1.585e-6■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 LINC01578-205ENST00000555227 1078 ntTSL 54.66□□□□□ -1.662e-11■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 MALAT1-212ENST00000618132 725 ntTSL 2 BASIC7.99□□□□□ -1.132e-62■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 MALAT1-207ENST00000613376 132 ntTSL 3 BASIC1.86□□□□□ -2.112e-62■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 ARHGEF2-216ENST00000495070 571 ntTSL 415.17■□□□□ 0.022e-10■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 ARHGEF2-215ENST00000487755 2176 ntTSL 213□□□□□ -0.332e-10■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 ARHGEF2-207ENST00000465079 693 ntTSL 210.14□□□□□ -0.792e-10■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 KIF23-208ENST00000559283 1081 ntTSL 56.88□□□□□ -1.312e-10■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 ATL2-211ENST00000456736 578 ntTSL 315.57■□□□□ 0.086e-8■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 STXBP5-204ENST00000367481 9177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC8.52□□□□□ -1.052e-7■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 STXBP5-203ENST00000367480 3297 ntTSL 5 BASIC8.13□□□□□ -1.112e-7■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 STXBP5-201ENST00000321680 3456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC8.09□□□□□ -1.112e-7■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 ZNF133-210ENST00000535822 2341 ntTSL 3 BASIC17.58■□□□□ 0.41e-6■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 ARL6IP4-213ENST00000536073 562 ntTSL 217.57■□□□□ 0.41e-6■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 ABCD1-202ENST00000370129 1016 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.291e-6■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 ZNF133-205ENST00000401790 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.261e-6■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 ZNF133-206ENST00000402618 2622 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.221e-6■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 ZNF133-212ENST00000622607 2660 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC16.42■□□□□ 0.221e-6■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 ZNF133-211ENST00000538547 2245 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.151e-6■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 ZNF133-204ENST00000396026 2717 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.121e-6■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 ZNF133-203ENST00000377671 2701 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.75□□□□□ -0.211e-6■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 ZNF133-201ENST00000316358 2242 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.33□□□□□ -0.441e-6■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 ZNF133-215ENST00000630056 1999 ntTSL 2 BASIC11.5□□□□□ -0.571e-6■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 ZNF133-214ENST00000628216 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC10.75□□□□□ -0.691e-6■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 ZNF133-213ENST00000626025 616 ntTSL 59.33□□□□□ -0.921e-6■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 ZNF133-207ENST00000425686 637 ntTSL 39.19□□□□□ -0.941e-6■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 ZNF133-208ENST00000434018 523 ntTSL 38.36□□□□□ -1.071e-6■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 ZNF133-202ENST00000360010 481 ntTSL 57.81□□□□□ -1.161e-6■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 WDR59-221ENST00000569968 393 ntTSL 27.51□□□□□ -1.211e-6■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 FAM3C-203ENST00000426156 662 ntTSL 524.83■■□□□ 1.572e-8■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.632e-8■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 FAM3C-202ENST00000412653 561 ntTSL 415.15■□□□□ 0.022e-8■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 MLXIPL-209ENST00000467221 774 ntTSL 59.91□□□□□ -0.826e-30■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 SNORD15B-201ENST00000384714 146 ntBASIC2.88□□□□□ -1.958e-59■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 PAPOLA-217ENST00000555912 2277 ntTSL 27.32□□□□□ -1.241e-11■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 PAPOLA-224ENST00000557406 450 ntTSL 32.27□□□□□ -2.051e-11■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 MRE11-201ENST00000323929 6897 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC7.16□□□□□ -1.262e-6■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 MRE11-204ENST00000407439 2684 ntTSL 2 BASIC5.69□□□□□ -1.52e-6■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 MRE11-203ENST00000393241 2604 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC5.14□□□□□ -1.592e-6■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 MRE11-202ENST00000323977 2588 ntTSL 1 (best) BASIC4.67□□□□□ -1.662e-6■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 FADS1-208ENST00000473263 574 ntTSL 418.99■□□□□ 0.635e-10■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 FADS1-218ENST00000544696 567 ntTSL 317.34■□□□□ 0.375e-10■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 FADS1-217ENST00000544309 581 ntTSL 316.79■□□□□ 0.285e-10■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 FADS1-202ENST00000421879 583 ntTSL 314.89□□□□□ -0.035e-10■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 FADS1-219ENST00000545245 709 ntTSL 414.89□□□□□ -0.035e-10■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 CTCFL-219ENST00000608720 2241 ntTSL 1 (best)14.3□□□□□ -0.125e-10■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 CTCFL-205ENST00000423479 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.1□□□□□ -0.155e-10■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 FADS1-207ENST00000466716 640 ntTSL 513.87□□□□□ -0.195e-10■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 CTCFL-218ENST00000608440 2749 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.35e-10■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 CTCFL-203ENST00000422109 2964 ntTSL 1 (best)12.99□□□□□ -0.335e-10■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 CTCFL-208ENST00000432255 2955 ntTSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.335e-10■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 CTCFL-213ENST00000607923 2964 ntTSL 1 (best)12.99□□□□□ -0.335e-10■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 CTCFL-204ENST00000422869 2966 ntTSL 1 (best) BASIC12.58□□□□□ -0.45e-10■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 CTCFL-217ENST00000608425 2915 ntTSL 1 (best) BASIC12.53□□□□□ -0.45e-10■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 FADS1-209ENST00000491310 525 ntTSL 512.53□□□□□ -0.45e-10■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 FADS1-203ENST00000424501 926 ntTSL 312.17□□□□□ -0.465e-10■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 FADS1-220ENST00000545405 582 ntTSL 211.96□□□□□ -0.495e-10■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 CTCFL-202ENST00000371196 3491 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.79□□□□□ -0.525e-10■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 CTCFL-211ENST00000502686 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.555e-10■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 FADS1-214ENST00000540767 742 ntTSL 311.54□□□□□ -0.565e-10■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 FADS1-205ENST00000448607 559 ntTSL 410.86□□□□□ -0.675e-10■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 CTCFL-209ENST00000433949 2234 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.57□□□□□ -0.725e-10■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 CTCFL-207ENST00000429804 3864 ntTSL 1 (best) BASIC10.31□□□□□ -0.765e-10■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 CTCFL-221ENST00000608903 2135 ntTSL 1 (best) BASIC10.13□□□□□ -0.795e-10■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 FADS1-212ENST00000539419 563 ntTSL 410.12□□□□□ -0.795e-10■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 CTCFL-206ENST00000426658 3996 ntTSL 1 (best)10.05□□□□□ -0.85e-10■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 CTCFL-214ENST00000608108 1628 ntTSL 1 (best)9.9□□□□□ -0.825e-10■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 CTCFL-216ENST00000608263 4040 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC9.9□□□□□ -0.825e-10■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 CTCFL-201ENST00000243914 3567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC9.7□□□□□ -0.865e-10■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 CTCFL-212ENST00000539382 2262 ntTSL 1 (best) BASIC9.67□□□□□ -0.865e-10■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 CTCFL-222ENST00000609232 3668 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC9.37□□□□□ -0.915e-10■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 CTCFL-220ENST00000608858 905 ntTSL 1 (best)8.45□□□□□ -1.065e-10■□□□□ 9.4
SF3B4Q15427 LTBP4-213ENST00000595529 814 ntTSL 513.54□□□□□ -0.245e-6■□□□□ 9.3
SF3B4Q15427 SUN1-223ENST00000459810 569 ntTSL 418■□□□□ 0.478e-16■□□□□ 9.3
SF3B4Q15427 SUN1-224ENST00000463848 659 ntTSL 410.92□□□□□ -0.668e-16■□□□□ 9.3
SF3B4Q15427 GARS-203ENST00000454308 814 ntTSL 517.98■□□□□ 0.477e-10■□□□□ 9.3
Retrieved 100 of 47,349 protein–RNA pairs in 3604.2 ms