Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 USP7-208ENST00000563961 4533 ntTSL 514.35□□□□□ -0.113e-6■■■■■ 96.9
SF3B1O75533 USP7-215ENST00000566273 577 ntTSL 412.8□□□□□ -0.363e-6■■■■■ 96.9
SF3B1O75533 USP7-212ENST00000566004 559 ntTSL 47.59□□□□□ -1.193e-6■■■■■ 96.9
SF3B1O75533 USP7-207ENST00000563085 3194 ntTSL 26.66□□□□□ -1.343e-6■■■■■ 96.9
SF3B1O75533 GPBP1-208ENST00000514387 3310 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.13□□□□□ -0.952e-6■■■■■ 96.9
SF3B1O75533 GPBP1-203ENST00000424459 4683 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC8.47□□□□□ -1.052e-6■■■■■ 96.9
SF3B1O75533 GPBP1-204ENST00000506184 2857 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC4.42□□□□□ -1.72e-6■■■■■ 96.9
SF3B1O75533 GPBP1-205ENST00000511209 2243 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC4.33□□□□□ -1.722e-6■■■■■ 96.9
SF3B1O75533 CCDC138-203ENST00000412964 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.076e-7■■■■■ 96.9
SF3B1O75533 CCDC138-202ENST00000409529 2364 ntTSL 213.44□□□□□ -0.266e-7■■■■■ 96.9
SF3B1O75533 CCDC138-201ENST00000295124 2383 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.16□□□□□ -0.36e-7■■■■■ 96.9
SF3B1O75533 KLHDC4-217ENST00000566661 2232 ntTSL 517.87■□□□□ 0.452e-6■■■■■ 96.9
SF3B1O75533 KLHDC4-208ENST00000562261 1065 ntTSL 316.71■□□□□ 0.272e-6■■■■■ 96.9
SF3B1O75533 NOL4L-209ENST00000485364 885 ntTSL 1 (best)26.4■■□□□ 1.822e-6■■■■■ 96.9
SF3B1O75533 PIP5K1B-208ENST00000541509 2664 ntTSL 2 BASIC14.5□□□□□ -0.095e-6■■■■■ 96.9
SF3B1O75533 PIP5K1B-201ENST00000265382 2654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.67□□□□□ -1.345e-6■■■■■ 96.9
SF3B1O75533 PIP5K1B-207ENST00000478500 3335 ntTSL 1 (best)4.8□□□□□ -1.645e-6■■■■■ 96.9
SF3B1O75533 STAT5B-201ENST00000293328 5103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.162e-7■■■■■ 96.8
SF3B1O75533 LIMS1-208ENST00000428064 637 ntTSL 223.16■■□□□ 1.34e-6■■■■■ 96.8
SF3B1O75533 LIMS1-215ENST00000544547 4461 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.114e-6■■■■■ 96.8
SF3B1O75533 SMYD3-203ENST00000391836 732 ntTSL 512.73□□□□□ -0.372e-6■■■■■ 96.8
SF3B1O75533 SMYD3-216ENST00000492487 634 ntTSL 38.92□□□□□ -0.982e-6■■■■■ 96.8
SF3B1O75533 TBC1D9B-212ENST00000521469 2741 ntTSL 1 (best)16.1■□□□□ 0.173e-6■■■■■ 96.8
SF3B1O75533 TBC1D9B-208ENST00000519746 2755 ntTSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.113e-6■■■■■ 96.8
SF3B1O75533 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.281e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 GRAMD1A-212ENST00000600231 2534 ntTSL 222.29■■□□□ 1.161e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 GRAMD1A-211ENST00000599564 2825 ntTSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.381e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 GRAMD1A-202ENST00000411896 2523 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.341e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.64e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 NECAB3-222ENST00000607805 969 ntTSL 523.27■■□□□ 1.326e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 NECAB3-211ENST00000485399 1373 ntTSL 223.26■■□□□ 1.316e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.182e-7■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.164e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 NAA35-203ENST00000416045 690 ntTSL 322.06■■□□□ 1.122e-7■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.056e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 NECAB3-213ENST00000488489 2142 ntTSL 221.01■□□□□ 0.956e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 NECAB3-220ENST00000606699 1022 ntTSL 220.51■□□□□ 0.876e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 ELP6-202ENST00000412761 705 ntTSL 520.38■□□□□ 0.854e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 ELP6-210ENST00000449409 579 ntTSL 320.38■□□□□ 0.854e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 NECAB3-202ENST00000375238 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.816e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 ELP6-205ENST00000439305 880 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.794e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 ELP6-215ENST00000494161 487 ntTSL 319.92■□□□□ 0.784e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 GDPD1-201ENST00000284116 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.724e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 ELP6-207ENST00000444760 1008 ntTSL 519.27■□□□□ 0.684e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 AC099811.2-203ENST00000592574 958 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.634e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 WDR59-202ENST00000536050 1752 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.624e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 NECAB3-214ENST00000493590 625 ntTSL 518.53■□□□□ 0.566e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 GDPD1-202ENST00000578026 934 ntTSL 318.33■□□□□ 0.534e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 ELP6-208ENST00000445044 1011 ntTSL 317.36■□□□□ 0.374e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 ELP6-209ENST00000446787 894 ntTSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.334e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 ELP6-212ENST00000461208 594 ntTSL 216.9■□□□□ 0.34e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 ELP6-206ENST00000442215 1277 ntTSL 516.66■□□□□ 0.264e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 ELP6-201ENST00000296149 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.244e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 ELP6-203ENST00000414236 557 ntTSL 516.48■□□□□ 0.234e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 DGKD-204ENST00000430834 5379 ntTSL 1 (best)15.95■□□□□ 0.144e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 NECAB3-219ENST00000606690 900 ntTSL 515.88■□□□□ 0.136e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 NECAB3-203ENST00000439478 925 ntTSL 515.88■□□□□ 0.136e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 AC004922.1-201ENST00000638617 2430 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.134e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 PDE4A-203ENST00000380702 4781 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.084e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 ELP6-204ENST00000425291 594 ntTSL 215.45■□□□□ 0.064e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 ELP6-214ENST00000485029 578 ntTSL 215.45■□□□□ 0.064e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 C17orf53-201ENST00000245382 2272 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -04e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 RABGAP1L-209ENST00000457696 1847 ntTSL 1 (best)15.02□□□□□ -0.014e-8■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 PDE4A-209ENST00000592685 2707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.78□□□□□ -0.044e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 ZNF862-202ENST00000460379 594 ntTSL 414.3□□□□□ -0.124e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 C17orf53-203ENST00000585683 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.96□□□□□ -0.174e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 ZNF862-201ENST00000223210 6950 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.37□□□□□ -0.274e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 GDPD1-205ENST00000581140 1265 ntTSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.34e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 C17orf53-202ENST00000319977 2725 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.72□□□□□ -0.374e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 ZNF862-206ENST00000489820 554 ntTSL 411.92□□□□□ -0.54e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 WDR59-223ENST00000616369 1953 ntTSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.54e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 AC099811.2-202ENST00000592248 694 ntTSL 310.97□□□□□ -0.654e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 LMOD1-202ENST00000616739 3058 ntTSL 5 BASIC10.88□□□□□ -0.674e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 LMOD1-201ENST00000367288 3970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.1□□□□□ -0.794e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 GDPD1-203ENST00000579020 834 ntTSL 59.89□□□□□ -0.834e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 SOS1-201ENST00000395038 4123 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC6.48□□□□□ -1.374e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 GDPD1-204ENST00000579076 585 ntTSL 25.28□□□□□ -1.564e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 SOS1-203ENST00000426016 8517 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC4.6□□□□□ -1.674e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 SOS1-202ENST00000402219 8314 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC4.46□□□□□ -1.74e-6■■■■■ 96.6
SF3B1O75533 ABCF1-205ENST00000475993 2860 ntTSL 1 (best)10.98□□□□□ -0.651e-6■■■■■ 96.5
SF3B1O75533 RERE-202ENST00000377464 6733 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.31□□□□□ -0.287e-7■■■■■ 96.5
SF3B1O75533 EEF2-202ENST00000594885 580 ntTSL 222.75■■□□□ 1.232e-18■■■■■ 96.5
SF3B1O75533 EEF2-206ENST00000600720 573 ntTSL 320.21■□□□□ 0.832e-18■■■■■ 96.5
SF3B1O75533 AKT2-228ENST00000537834 1402 ntTSL 219.43■□□□□ 0.75e-6■■■■■ 96.5
SF3B1O75533 MORC3-206ENST00000492336 1290 ntTSL 1 (best)15.65■□□□□ 0.12e-6■■■■■ 96.5
SF3B1O75533 SNRPD2-206ENST00000588301 702 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.61■□□□□ 0.092e-18■■■■■ 96.5
SF3B1O75533 TSC2-211ENST00000467949 590 ntTSL 415.27■□□□□ 0.047e-6■■■■■ 96.5
SF3B1O75533 SNRPD2-203ENST00000585392 379 ntTSL 3 BASIC13.61□□□□□ -0.232e-18■■■■■ 96.5
SF3B1O75533 SNRPD2-207ENST00000588599 805 ntTSL 3 BASIC12.44□□□□□ -0.422e-18■■■■■ 96.5
SF3B1O75533 AKT2-224ENST00000492463 737 ntTSL 512.42□□□□□ -0.425e-6■■■■■ 96.5
SF3B1O75533 SNRPD2-204ENST00000587367 596 ntTSL 3 BASIC12.04□□□□□ -0.482e-18■■■■■ 96.5
SF3B1O75533 SNRPD2-202ENST00000391932 615 ntTSL 2 BASIC11.42□□□□□ -0.582e-18■■■■■ 96.5
SF3B1O75533 SNRPD2-201ENST00000342669 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.14□□□□□ -0.632e-18■■■■■ 96.5
SF3B1O75533 SNRPD2-208ENST00000590212 454 ntTSL 3 BASIC10.84□□□□□ -0.672e-18■■■■■ 96.5
SF3B1O75533 NDOR1-201ENST00000344894 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.972e-6■■■■■ 96.5
SF3B1O75533 NDOR1-204ENST00000458322 1829 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.882e-6■■■■■ 96.5
SF3B1O75533 NDOR1-203ENST00000427047 2315 ntTSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.732e-6■■■■■ 96.5
SF3B1O75533 NDOR1-206ENST00000613750 1151 ntTSL 317.87■□□□□ 0.452e-6■■■■■ 96.5
SF3B1O75533 NDOR1-202ENST00000371521 2497 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.082e-6■■■■■ 96.5
SF3B1O75533 FLOT1-210ENST00000484168 1101 ntTSL 523.69■■□□□ 1.384e-7■■■■■ 96.4
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1627.5 ms