RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000428064.5

LIMS1-208, Transcript of LIM zinc finger domain containing 1, humanhuman

TSL 2

Gene LIMS1, Length 637 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1-208ENST00000428064 NISCHQ9Y2I1 1504 aa52.56■■■■■ 6.01
LIMS1-208ENST00000428064 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa47.19■■■■■ 5.14
LIMS1-208ENST00000428064 ABCC9O60706 1549 aa46.75■■■■■ 5.07
LIMS1-208ENST00000428064 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa44.74■■■■■ 4.75
LIMS1-208ENST00000428064 NACADO15069 1562 aa44.51■■■■■ 4.72
LIMS1-208ENST00000428064 MYO15BQ96JP2 1530 aa44.05■■■■■ 4.64
LIMS1-208ENST00000428064 DCAF8L2P0C7V8 631 aa43.98■■■■■ 4.63
LIMS1-208ENST00000428064 UNC13AQ9UPW8 1703 aa43.73■■■■■ 4.59
LIMS1-208ENST00000428064 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP43.64■■■■■ 4.58
LIMS1-208ENST00000428064 DNAJC5BQ9UF47 199 aa43.61■■■■■ 4.57
LIMS1-208ENST00000428064 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa43.54■■■■■ 4.56
LIMS1-208ENST00000428064 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP43.47■■■■■ 4.55
LIMS1-208ENST00000428064 BICRAQ9NZM4 1560 aa43.41■■■■■ 4.54
LIMS1-208ENST00000428064 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa43■■■■■ 4.47
LIMS1-208ENST00000428064 SCRIBQ14160 1630 aa42.84■■■■■ 4.45
LIMS1-208ENST00000428064 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa42.34■■■■■ 4.37
LIMS1-208ENST00000428064 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP42.33■■■■■ 4.37
LIMS1-208ENST00000428064 CECR2Q9BXF3 1484 aa42.15■■■■■ 4.34
LIMS1-208ENST00000428064 NCAPD3P42695 1498 aa41.06■■■■■ 4.16
LIMS1-208ENST00000428064 SMARCA4P51532 1647 aa40.97■■■■■ 4.15
LIMS1-208ENST00000428064 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa40.93■■■■■ 4.14
LIMS1-208ENST00000428064 SMARCA2P51531 1590 aa40.87■■■■■ 4.13
LIMS1-208ENST00000428064 HMGXB3Q12766 1538 aa40.83■■■■■ 4.13
LIMS1-208ENST00000428064 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP40.82■■■■■ 4.12
LIMS1-208ENST00000428064 PEG3Q9GZU2 1588 aa40.65■■■■■ 4.1
LIMS1-208ENST00000428064 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP40.53■■■■■ 4.08
LIMS1-208ENST00000428064 MROH2BQ7Z745 1585 aa40.45■■■■■ 4.07
LIMS1-208ENST00000428064 ERCC6Q03468 1493 aa40.39■■■■■ 4.06
LIMS1-208ENST00000428064 CUX2O14529 1486 aa40.36■■■■■ 4.05
LIMS1-208ENST00000428064 NESP48681 1621 aa40.23■■■■■ 4.03
LIMS1-208ENST00000428064 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa40.14■■■■■ 4.02
LIMS1-208ENST00000428064 WIZO95785 1651 aa39.98■■■■□ 3.99
LIMS1-208ENST00000428064 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa39.97■■■■□ 3.99
LIMS1-208ENST00000428064 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP39.92■■■■□ 3.98
LIMS1-208ENST00000428064 PDS5BQ9NTI5 1447 aa39.83■■■■□ 3.97
LIMS1-208ENST00000428064 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa39.8■■■■□ 3.96
LIMS1-208ENST00000428064 CADPSQ9ULU8 1353 aa39.77■■■■□ 3.96
LIMS1-208ENST00000428064 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP39.69■■■■□ 3.94
LIMS1-208ENST00000428064 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP39.55■■■■□ 3.92
LIMS1-208ENST00000428064 MRC2Q9UBG0 1479 aa39.48■■■■□ 3.91
LIMS1-208ENST00000428064 WDR62O43379 1518 aa39.42■■■■□ 3.9
LIMS1-208ENST00000428064 CFTRP13569 1480 aa39.41■■■■□ 3.9
LIMS1-208ENST00000428064 CEP164Q9UPV0 1460 aa39.37■■■■□ 3.89
LIMS1-208ENST00000428064 FANCD2Q9BXW9 1451 aa39.31■■■■□ 3.88
LIMS1-208ENST00000428064 PRDM2Q13029 1718 aa39.11■■■■□ 3.85
LIMS1-208ENST00000428064 CCDC88BA6NC98 1476 aa39.03■■■■□ 3.84
LIMS1-208ENST00000428064 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP38.98■■■■□ 3.83
LIMS1-208ENST00000428064 TOPBP1Q92547 1522 aa38.61■■■■□ 3.77
LIMS1-208ENST00000428064 ABCC8Q09428 1581 aa38.61■■■■□ 3.77
LIMS1-208ENST00000428064 IFT140Q96RY7 1462 aa38.58■■■■□ 3.77
LIMS1-208ENST00000428064 DNMBPQ6XZF7 1577 aa38.53■■■■□ 3.76
LIMS1-208ENST00000428064 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP38.42■■■■□ 3.74
LIMS1-208ENST00000428064 OSCARQ8IYS5 282 aa38.41■■■■□ 3.74
LIMS1-208ENST00000428064 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP38.31■■■■□ 3.72
LIMS1-208ENST00000428064 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP38.29■■■■□ 3.72
LIMS1-208ENST00000428064 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP38.23■■■■□ 3.71
LIMS1-208ENST00000428064 TRIM41Q8WV44 630 aa38.17■■■■□ 3.7
LIMS1-208ENST00000428064 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP38.08■■■■□ 3.692e-8■■■■■ 33.4
LIMS1-208ENST00000428064 WDR97A6NE52 1622 aa38.03■■■■□ 3.68
LIMS1-208ENST00000428064 SOGA1O94964 1423 aa38.01■■■■□ 3.68
LIMS1-208ENST00000428064 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa38.01■■■■□ 3.67
LIMS1-208ENST00000428064 CUX1P39880 1505 aa38.01■■■■□ 3.67
LIMS1-208ENST00000428064 FGD5Q6ZNL6 1462 aa38■■■■□ 3.67
LIMS1-208ENST00000428064 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa37.97■■■■□ 3.67
LIMS1-208ENST00000428064 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa37.97■■■■□ 3.67
LIMS1-208ENST00000428064 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa37.97■■■■□ 3.67
LIMS1-208ENST00000428064 CHD1O14646 1710 aa37.96■■■■□ 3.67
LIMS1-208ENST00000428064 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP37.89■■■■□ 3.66
LIMS1-208ENST00000428064 ARHGEF11O15085 1522 aa37.87■■■■□ 3.65
LIMS1-208ENST00000428064 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP37.85■■■■□ 3.65
LIMS1-208ENST00000428064 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa37.75■■■■□ 3.63
LIMS1-208ENST00000428064 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP37.73■■■■□ 3.63
LIMS1-208ENST00000428064 GRIN2BQ13224 1484 aa37.71■■■■□ 3.63
LIMS1-208ENST00000428064 FBLN2P98095 1184 aa37.68■■■■□ 3.62
LIMS1-208ENST00000428064 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa37.63■■■■□ 3.61
LIMS1-208ENST00000428064 PBRM1Q86U86 1689 aa37.61■■■■□ 3.61
LIMS1-208ENST00000428064 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa37.59■■■■□ 3.61
LIMS1-208ENST00000428064 SYNJ2O15056 1496 aa37.58■■■■□ 3.61
LIMS1-208ENST00000428064 GAPVD1Q14C86 1478 aa37.58■■■■□ 3.61
LIMS1-208ENST00000428064 CLASP1Q7Z460 1538 aa37.57■■■■□ 3.61
LIMS1-208ENST00000428064 SYNJ1O43426 1573 aa37.56■■■■□ 3.6
LIMS1-208ENST00000428064 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa37.54■■■■□ 3.6
LIMS1-208ENST00000428064 TOP2BQ02880 1626 aa37.51■■■■□ 3.6
LIMS1-208ENST00000428064 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP37.51■■■■□ 3.6
LIMS1-208ENST00000428064 ARAP1Q96P48 1450 aa37.5■■■■□ 3.59
LIMS1-208ENST00000428064 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP37.48■■■■□ 3.59
LIMS1-208ENST00000428064 CYB5RLQ6IPT4 315 aa37.43■■■■□ 3.58
LIMS1-208ENST00000428064 ADAMTS12P58397 1594 aa37.27■■■■□ 3.56
LIMS1-208ENST00000428064 GRIN2AQ12879 1464 aa37.23■■■■□ 3.55
LIMS1-208ENST00000428064 ERICH3Q5RHP9 1530 aa37.19■■■■□ 3.54
LIMS1-208ENST00000428064 FHAD1B1AJZ9 1412 aa37.13■■■■□ 3.53
LIMS1-208ENST00000428064 NUP160Q12769 1436 aa37.12■■■■□ 3.53
LIMS1-208ENST00000428064 CEP170Q5SW79 1584 aa37.08■■■■□ 3.53
LIMS1-208ENST00000428064 SHROOM2Q13796 1616 aa36.98■■■■□ 3.51
LIMS1-208ENST00000428064 TRHP20396 242 aaPredicted RBP36.92■■■■□ 3.5
LIMS1-208ENST00000428064 ERCC6L2Q5T890 1561 aa36.91■■■■□ 3.5
LIMS1-208ENST00000428064 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa36.75■■■■□ 3.47
LIMS1-208ENST00000428064 KIF27Q86VH2 1401 aa36.73■■■■□ 3.47
LIMS1-208ENST00000428064 CUL7Q14999 1698 aa36.7■■■■□ 3.47
LIMS1-208ENST00000428064 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP36.66■■■■□ 3.46
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