Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZN17

LIN28B, Protein lin-28 homolog B, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 250 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIN28BQ6ZN17 RPS13P2-201ENST00000437890 455 ntBASIC9.79□□□□□ -0.843e-11■■■■■ 94.4
LIN28BQ6ZN17 LINC00534-204ENST00000524361 620 ntTSL 37.16□□□□□ -1.265e-9■■■■■ 94.4
LIN28BQ6ZN17 LINC00534-202ENST00000523283 772 ntTSL 26.6□□□□□ -1.355e-9■■■■■ 94.4
LIN28BQ6ZN17 LINC00534-203ENST00000523406 812 ntTSL 3 BASIC6.6□□□□□ -1.355e-9■■■■■ 94.4
LIN28BQ6ZN17 LINC00534-201ENST00000517400 793 ntTSL 2 BASIC4.3□□□□□ -1.725e-9■■■■■ 94.4
LIN28BQ6ZN17 IFITM3-201ENST00000399808 808 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.431e-22■■■■■ 93.6
LIN28BQ6ZN17 IFITM3-202ENST00000526811 543 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.291e-22■■■■■ 93.6
LIN28BQ6ZN17 IFITM3-204ENST00000602735 713 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.271e-22■■■■■ 93.6
LIN28BQ6ZN17 IGF2BP2-202ENST00000382199 3688 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.038e-34■■■■■ 93.4
LIN28BQ6ZN17 IGF2BP2-203ENST00000421047 1711 ntTSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.178e-34■■■■■ 93.4
LIN28BQ6ZN17 IGF2BP2-204ENST00000457616 3426 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.77□□□□□ -0.368e-34■■■■■ 93.4
LIN28BQ6ZN17 IGF2BP2-201ENST00000346192 3291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.26□□□□□ -0.458e-34■■■■■ 93.4
LIN28BQ6ZN17 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.296e-12■■■■■ 93.4
LIN28BQ6ZN17 IQGAP1-201ENST00000268182 7233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.87□□□□□ -1.159e-64■■■■■ 93.4
LIN28BQ6ZN17 LARP1-209ENST00000519194 529 ntTSL 27.32□□□□□ -1.242e-20■■■■■ 93.3
LIN28BQ6ZN17 PPT1-207ENST00000527311 638 ntTSL 317.99■□□□□ 0.475e-29■■■■■ 92.5
LIN28BQ6ZN17 PPT1-218ENST00000641924 550 nt16.57■□□□□ 0.245e-29■■■■■ 92.5
LIN28BQ6ZN17 PPT1-208ENST00000529905 1836 ntTSL 515.91■□□□□ 0.145e-29■■■■■ 92.5
LIN28BQ6ZN17 PPT1-205ENST00000449045 1957 ntTSL 2 BASIC15.65■□□□□ 0.15e-29■■■■■ 92.5
LIN28BQ6ZN17 PPT1-215ENST00000641471 2368 ntBASIC15.53■□□□□ 0.085e-29■■■■■ 92.5
LIN28BQ6ZN17 PPT1-203ENST00000433473 2267 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.095e-29■■■■■ 92.5
LIN28BQ6ZN17 PPT1-212ENST00000641236 2481 nt14.26□□□□□ -0.135e-29■■■■■ 92.5
LIN28BQ6ZN17 PPT1-204ENST00000439754 2195 ntTSL 3 BASIC13.24□□□□□ -0.295e-29■■■■■ 92.5
LIN28BQ6ZN17 PPT1-213ENST00000641319 2388 ntBASIC13.06□□□□□ -0.325e-29■■■■■ 92.5
LIN28BQ6ZN17 PPT1-217ENST00000641691 2253 nt13.02□□□□□ -0.325e-29■■■■■ 92.5
LIN28BQ6ZN17 PPT1-210ENST00000530704 2340 ntTSL 1 (best)12.29□□□□□ -0.445e-29■■■■■ 92.5
LIN28BQ6ZN17 PPT1-219ENST00000642050 4010 ntAPPRIS P2 BASIC11.49□□□□□ -0.575e-29■■■■■ 92.5
LIN28BQ6ZN17 PPT1-209ENST00000530076 1872 ntTSL 2 BASIC10.62□□□□□ -0.715e-29■■■■■ 92.5
LIN28BQ6ZN17 PPT1-211ENST00000641083 2353 nt10.62□□□□□ -0.715e-29■■■■■ 92.5
LIN28BQ6ZN17 PPT1-201ENST00000372775 563 ntTSL 37.58□□□□□ -1.25e-29■■■■■ 92.5
LIN28BQ6ZN17 PPT1-214ENST00000641381 618 nt6.75□□□□□ -1.335e-29■■■■■ 92.5
LIN28BQ6ZN17 EIF2S3-202ENST00000423068 773 ntTSL 24.16□□□□□ -1.743e-13■■■■■ 92.4
LIN28BQ6ZN17 RAN-205ENST00000477395 762 ntTSL 518.91■□□□□ 0.627e-16■■■■■ 92.2
LIN28BQ6ZN17 RAN-207ENST00000536606 572 ntTSL 311.91□□□□□ -0.57e-16■■■■■ 92.2
LIN28BQ6ZN17 TRAP1-214ENST00000575854 595 ntTSL 313.69□□□□□ -0.221e-13■■■■■ 91.6
LIN28BQ6ZN17 CDK16-217ENST00000522234 1679 ntTSL 221.52■■□□□ 1.041e-19■■■■■ 91.4
LIN28BQ6ZN17 ABHD2-201ENST00000352732 8735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.81□□□□□ -13e-9■■■■■ 90.8
LIN28BQ6ZN17 CCT2-202ENST00000543146 2189 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.351e-10■■■■■ 90
LIN28BQ6ZN17 CCT2-201ENST00000299300 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.241e-10■■■■■ 90
LIN28BQ6ZN17 CCT2-203ENST00000544368 1728 ntTSL 5 BASIC10.36□□□□□ -0.751e-10■■■■■ 90
LIN28BQ6ZN17 CCT2-208ENST00000550010 1754 ntTSL 59.16□□□□□ -0.941e-10■■■■■ 90
LIN28BQ6ZN17 CMTR1-202ENST00000455891 1280 ntTSL 223.22■■□□□ 1.311e-8■■■■■ 89.9
LIN28BQ6ZN17 CMTR1-201ENST00000373451 4033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.93□□□□□ -0.661e-8■■■■■ 89.9
LIN28BQ6ZN17 CDK16-216ENST00000520893 943 ntTSL 522.77■■□□□ 1.248e-20■■■■■ 89.1
LIN28BQ6ZN17 CDK16-208ENST00000517426 1574 ntTSL 521.65■■□□□ 1.068e-20■■■■■ 89.1
LIN28BQ6ZN17 CDK16-213ENST00000519758 991 ntTSL 319.51■□□□□ 0.718e-20■■■■■ 89.1
LIN28BQ6ZN17 CDK16-215ENST00000520295 573 ntTSL 417.4■□□□□ 0.388e-20■■■■■ 89.1
LIN28BQ6ZN17 CDK16-223ENST00000622098 2968 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.338e-20■■■■■ 89.1
LIN28BQ6ZN17 CDK16-209ENST00000517479 520 ntTSL 416.62■□□□□ 0.258e-20■■■■■ 89.1
LIN28BQ6ZN17 CDK16-218ENST00000522883 601 ntTSL 415.42■□□□□ 0.068e-20■■■■■ 89.1
LIN28BQ6ZN17 CDK16-210ENST00000517997 562 ntTSL 414.74□□□□□ -0.058e-20■■■■■ 89.1
LIN28BQ6ZN17 CDK16-202ENST00000357227 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.188e-20■■■■■ 89.1
LIN28BQ6ZN17 CDK16-204ENST00000457458 3158 ntTSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.368e-20■■■■■ 89.1
LIN28BQ6ZN17 RPL30-202ENST00000396070 440 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.559e-30■■■■■ 88.8
LIN28BQ6ZN17 RPL30-206ENST00000518850 614 ntTSL 216.83■□□□□ 0.289e-30■■■■■ 88.8
LIN28BQ6ZN17 RPL30-211ENST00000521726 1129 ntTSL 316.81■□□□□ 0.289e-30■■■■■ 88.8
LIN28BQ6ZN17 RPL30-205ENST00000518164 1128 ntTSL 1 (best)13.88□□□□□ -0.199e-30■■■■■ 88.8
LIN28BQ6ZN17 RPL30-213ENST00000523172 274 ntTSL 5 BASIC13.88□□□□□ -0.199e-30■■■■■ 88.8
LIN28BQ6ZN17 RPL30-201ENST00000287038 543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.239e-30■■■■■ 88.8
LIN28BQ6ZN17 RPL30-209ENST00000521291 575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.54□□□□□ -0.569e-30■■■■■ 88.8
LIN28BQ6ZN17 RPL30-210ENST00000521534 573 ntTSL 23.46□□□□□ -1.869e-30■■■■■ 88.8
LIN28BQ6ZN17 ITGAV-204ENST00000433736 3288 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC5.02□□□□□ -1.614e-8■■■■■ 88.3
LIN28BQ6ZN17 ECH1-216ENST00000601778 799 ntTSL 516.17■□□□□ 0.182e-10■■■■■ 88.3
LIN28BQ6ZN17 ECH1-201ENST00000221418 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.22e-10■■■■■ 88.3
LIN28BQ6ZN17 RPL30-203ENST00000517489 631 ntTSL 216.85■□□□□ 0.291e-29■■■■■ 87.1
LIN28BQ6ZN17 PODXL2-201ENST00000342480 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.794e-12■■■■■ 87.1
LIN28BQ6ZN17 EIF5-201ENST00000216554 5945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.345e-14■■■■■ 87.1
LIN28BQ6ZN17 EIF5-205ENST00000558506 4384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.385e-14■■■■■ 87.1
LIN28BQ6ZN17 ABCB10-203ENST00000498158 877 ntTSL 55.41□□□□□ -1.543e-13■■■■■ 86.5
LIN28BQ6ZN17 STT3A-205ENST00000525946 1383 ntTSL 26.95□□□□□ -1.32e-19■■■■■ 85.4
LIN28BQ6ZN17 PDPK1-216ENST00000569721 330 ntTSL 523.11■■□□□ 1.294e-31■■■■■ 85
LIN28BQ6ZN17 PDPK1-201ENST00000268673 4728 ntTSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.174e-31■■■■■ 85
LIN28BQ6ZN17 PDPK1-202ENST00000342085 7241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.82□□□□□ -0.24e-31■■■■■ 85
LIN28BQ6ZN17 BCL2L13-210ENST00000485631 1110 ntTSL 215.97■□□□□ 0.152e-39■■■■■ 84.7
LIN28BQ6ZN17 ABCB10-201ENST00000344517 3857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.215e-7■■■■■ 84.4
LIN28BQ6ZN17 RPS27AP11-201ENST00000402798 447 ntBASIC4.85□□□□□ -1.638e-25■■■■■ 83.9
LIN28BQ6ZN17 ITGAV-202ENST00000374907 6903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.114e-8■■■■■ 83.8
LIN28BQ6ZN17 ITGAV-201ENST00000261023 7030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.15□□□□□ -0.144e-8■■■■■ 83.8
LIN28BQ6ZN17 ARRDC4-201ENST00000268042 4072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.041e-25■■■■■ 83.7
LIN28BQ6ZN17 LRRC59-202ENST00000503118 438 ntTSL 57.86□□□□□ -1.154e-9■■■■■ 83.4
LIN28BQ6ZN17 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.562e-8■■■■■ 83.1
LIN28BQ6ZN17 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.712e-8■■■■■ 83.1
LIN28BQ6ZN17 TMEM98-205ENST00000578289 806 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.122e-8■■■■■ 83.1
LIN28BQ6ZN17 PLOD3-208ENST00000460132 578 ntTSL 316.58■□□□□ 0.244e-11■■■■■ 83
LIN28BQ6ZN17 PLOD3-205ENST00000440925 536 ntTSL 416.3■□□□□ 0.24e-11■■■■■ 83
LIN28BQ6ZN17 PLOD3-211ENST00000466881 661 ntTSL 212.77□□□□□ -0.374e-11■■■■■ 83
LIN28BQ6ZN17 FLNB-201ENST00000295956 9463 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC9.95□□□□□ -0.823e-16■■■■■ 83
LIN28BQ6ZN17 FLNB-204ENST00000429972 9430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.89□□□□□ -0.833e-16■■■■■ 83
LIN28BQ6ZN17 FLNB-202ENST00000358537 9391 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC9.48□□□□□ -0.893e-16■■■■■ 83
LIN28BQ6ZN17 FLNB-214ENST00000493452 7402 ntTSL 1 (best) BASIC9.07□□□□□ -0.963e-16■■■■■ 83
LIN28BQ6ZN17 FLNB-212ENST00000490882 8079 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.89□□□□□ -0.993e-16■■■■■ 83
LIN28BQ6ZN17 ATP13A3-202ENST00000429136 3729 ntTSL 1 (best)5.3□□□□□ -1.561e-37■■■■■ 82.4
LIN28BQ6ZN17 ATP13A3-206ENST00000461660 3517 ntTSL 1 (best)4.26□□□□□ -1.731e-37■■■■■ 82.4
LIN28BQ6ZN17 TRAP1-212ENST00000575671 2309 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.311e-13■■■■■ 82.4
LIN28BQ6ZN17 MAPK9-204ENST00000393362 1344 ntTSL 537.89■■■■□ 3.662e-24■■■■■ 82.1
LIN28BQ6ZN17 MAPK9-211ENST00000523583 657 ntTSL 530.7■■■□□ 2.512e-24■■■■■ 82.1
LIN28BQ6ZN17 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.322e-24■■■■■ 82.1
LIN28BQ6ZN17 MAPK9-205ENST00000397072 1416 ntTSL 1 (best) BASIC12.71□□□□□ -0.382e-24■■■■■ 82.1
LIN28BQ6ZN17 MAPK9-213ENST00000539014 1668 ntTSL 1 (best) BASIC6.96□□□□□ -1.32e-24■■■■■ 82.1
LIN28BQ6ZN17 DNMT1-201ENST00000340748 5408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.366e-36■■■■■ 82
Retrieved 100 of 21,972 protein–RNA pairs in 339.1 ms