Protein–RNA interactions for Protein: Q9NRJ3

CCL28, C-C motif chemokine 28, humanhuman

Predictions only

Length 127 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCL28Q9NRJ3 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCL28Q9NRJ3 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCL28Q9NRJ3 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCL28Q9NRJ3 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCL28Q9NRJ3 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCL28Q9NRJ3 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCL28Q9NRJ3 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCL28Q9NRJ3 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCL28Q9NRJ3 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCL28Q9NRJ3 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCL28Q9NRJ3 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
CCL28Q9NRJ3 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCL28Q9NRJ3 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCL28Q9NRJ3 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCL28Q9NRJ3 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCL28Q9NRJ3 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCL28Q9NRJ3 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCL28Q9NRJ3 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.98
CCL28Q9NRJ3 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
CCL28Q9NRJ3 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCL28Q9NRJ3 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCL28Q9NRJ3 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCL28Q9NRJ3 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCL28Q9NRJ3 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCL28Q9NRJ3 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCL28Q9NRJ3 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
CCL28Q9NRJ3 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCL28Q9NRJ3 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCL28Q9NRJ3 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCL28Q9NRJ3 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
CCL28Q9NRJ3 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCL28Q9NRJ3 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCL28Q9NRJ3 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCL28Q9NRJ3 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCL28Q9NRJ3 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCL28Q9NRJ3 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCL28Q9NRJ3 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCL28Q9NRJ3 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCL28Q9NRJ3 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
CCL28Q9NRJ3 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCL28Q9NRJ3 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCL28Q9NRJ3 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCL28Q9NRJ3 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.96
CCL28Q9NRJ3 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCL28Q9NRJ3 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCL28Q9NRJ3 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCL28Q9NRJ3 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCL28Q9NRJ3 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCL28Q9NRJ3 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCL28Q9NRJ3 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCL28Q9NRJ3 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCL28Q9NRJ3 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCL28Q9NRJ3 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCL28Q9NRJ3 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCL28Q9NRJ3 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCL28Q9NRJ3 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCL28Q9NRJ3 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCL28Q9NRJ3 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCL28Q9NRJ3 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCL28Q9NRJ3 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCL28Q9NRJ3 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCL28Q9NRJ3 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCL28Q9NRJ3 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCL28Q9NRJ3 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCL28Q9NRJ3 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCL28Q9NRJ3 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCL28Q9NRJ3 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCL28Q9NRJ3 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCL28Q9NRJ3 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCL28Q9NRJ3 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCL28Q9NRJ3 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
CCL28Q9NRJ3 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCL28Q9NRJ3 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCL28Q9NRJ3 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCL28Q9NRJ3 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
CCL28Q9NRJ3 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCL28Q9NRJ3 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCL28Q9NRJ3 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCL28Q9NRJ3 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCL28Q9NRJ3 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
CCL28Q9NRJ3 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCL28Q9NRJ3 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCL28Q9NRJ3 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC21■□□□□ 0.95
CCL28Q9NRJ3 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCL28Q9NRJ3 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCL28Q9NRJ3 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCL28Q9NRJ3 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCL28Q9NRJ3 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCL28Q9NRJ3 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCL28Q9NRJ3 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCL28Q9NRJ3 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCL28Q9NRJ3 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCL28Q9NRJ3 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCL28Q9NRJ3 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCL28Q9NRJ3 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCL28Q9NRJ3 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCL28Q9NRJ3 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCL28Q9NRJ3 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCL28Q9NRJ3 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCL28Q9NRJ3 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.8 ms