Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC42Q96M95 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC42Q96M95 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC42Q96M95 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC42Q96M95 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC42Q96M95 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC42Q96M95 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC42Q96M95 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC42Q96M95 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC42Q96M95 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC42Q96M95 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CCDC42Q96M95 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CCDC42Q96M95 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.58■■■□□ 2.01
CCDC42Q96M95 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
CCDC42Q96M95 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
CCDC42Q96M95 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
CCDC42Q96M95 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
CCDC42Q96M95 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
CCDC42Q96M95 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
CCDC42Q96M95 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
CCDC42Q96M95 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC27.56■■■□□ 2
CCDC42Q96M95 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC27.55■■■□□ 2
CCDC42Q96M95 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
CCDC42Q96M95 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
CCDC42Q96M95 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
CCDC42Q96M95 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC27.54■■■□□ 2
CCDC42Q96M95 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC27.53■■■□□ 2
CCDC42Q96M95 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
CCDC42Q96M95 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CCDC42Q96M95 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
CCDC42Q96M95 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
CCDC42Q96M95 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC27.51■■■□□ 2
CCDC42Q96M95 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
CCDC42Q96M95 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
CCDC42Q96M95 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
CCDC42Q96M95 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
CCDC42Q96M95 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC27.5■■□□□ 1.99
CCDC42Q96M95 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
CCDC42Q96M95 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC42Q96M95 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC42Q96M95 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
CCDC42Q96M95 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
CCDC42Q96M95 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
CCDC42Q96M95 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
CCDC42Q96M95 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
CCDC42Q96M95 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CCDC42Q96M95 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC27.45■■□□□ 1.99
CCDC42Q96M95 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
CCDC42Q96M95 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
CCDC42Q96M95 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
CCDC42Q96M95 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC42Q96M95 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC42Q96M95 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC42Q96M95 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
CCDC42Q96M95 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
CCDC42Q96M95 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC27.42■■□□□ 1.98
CCDC42Q96M95 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CCDC42Q96M95 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
CCDC42Q96M95 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CCDC42Q96M95 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CCDC42Q96M95 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC42Q96M95 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC42Q96M95 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC42Q96M95 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC42Q96M95 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC42Q96M95 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC42Q96M95 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC42Q96M95 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC42Q96M95 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC42Q96M95 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
CCDC42Q96M95 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
CCDC42Q96M95 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
CCDC42Q96M95 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
CCDC42Q96M95 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
CCDC42Q96M95 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
CCDC42Q96M95 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
CCDC42Q96M95 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
CCDC42Q96M95 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
CCDC42Q96M95 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
CCDC42Q96M95 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
CCDC42Q96M95 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
CCDC42Q96M95 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC42Q96M95 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC42Q96M95 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC42Q96M95 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC42Q96M95 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC42Q96M95 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC42Q96M95 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC42Q96M95 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC42Q96M95 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC42Q96M95 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC42Q96M95 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC42Q96M95 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC42Q96M95 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
CCDC42Q96M95 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
CCDC42Q96M95 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
CCDC42Q96M95 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
CCDC42Q96M95 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
CCDC42Q96M95 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
CCDC42Q96M95 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 7.1 ms