Protein–RNA interactions for Protein: P53999

SUB1, Activated RNA polymerase II transcriptional coactivator p15, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 127 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SUB1P53999 MLF1-208ENST00000478894 1372 ntTSL 2 BASIC3.67□□□□□ -1.824e-14■■■■■ 66.1
SUB1P53999 MLF1-203ENST00000392822 2157 ntTSL 5 BASIC2.39□□□□□ -2.034e-14■■■■■ 66.1
SUB1P53999 PSMB5-206ENST00000555895 444 ntTSL 310.47□□□□□ -0.732e-9■■■■■ 66
SUB1P53999 HNRNPC-203ENST00000430246 4501 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC2.93□□□□□ -1.942e-7■■■■■ 65.8
SUB1P53999 ATP5A1-208ENST00000589252 662 ntTSL 514.47□□□□□ -0.091e-9■■■■■ 65.6
SUB1P53999 TRAPPC4-210ENST00000531290 1135 ntTSL 216.49■□□□□ 0.231e-9■■■■■ 65.6
SUB1P53999 TRAPPC4-214ENST00000533632 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.57□□□□□ -0.721e-9■■■■■ 65.6
SUB1P53999 TRAPPC4-202ENST00000434101 794 ntTSL 2 BASIC9.99□□□□□ -0.811e-9■■■■■ 65.6
SUB1P53999 TRAPPC4-212ENST00000533058 1209 ntTSL 2 BASIC9.99□□□□□ -0.811e-9■■■■■ 65.6
SUB1P53999 TRAPPC4-211ENST00000533012 817 ntTSL 28.74□□□□□ -1.011e-9■■■■■ 65.6
SUB1P53999 TRAPPC4-201ENST00000359005 849 ntTSL 2 BASIC8.74□□□□□ -1.011e-9■■■■■ 65.6
SUB1P53999 TRAPPC4-206ENST00000525303 654 ntTSL 2 BASIC7.21□□□□□ -1.261e-9■■■■■ 65.6
SUB1P53999 DDB1-203ENST00000451943 1224 ntTSL 26.91□□□□□ -1.31e-13■■■■■ 65.5
SUB1P53999 TTLL12-201ENST00000216129 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.069e-40■■■■■ 65.5
SUB1P53999 TTLL12-203ENST00000484711 2451 ntTSL 212.57□□□□□ -0.49e-40■■■■■ 65.5
SUB1P53999 CPNE3-203ENST00000517490 4865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.67□□□□□ -1.57e-8■■■■■ 65.2
SUB1P53999 CPNE3-208ENST00000614678 4201 ntTSL 1 (best)4.19□□□□□ -1.747e-8■■■■■ 65.2
SUB1P53999 GFM1-204ENST00000472383 656 ntTSL 31.76□□□□□ -2.136e-13■■■■■ 65
SUB1P53999 CLEC3B-203ENST00000490386 708 ntTSL 321.53■■□□□ 1.042e-12■■■■■ 65
SUB1P53999 EXOSC7-209ENST00000486727 1647 ntTSL 28.35□□□□□ -1.072e-12■■■■■ 65
SUB1P53999 EXOSC7-202ENST00000459856 434 ntTSL 36.08□□□□□ -1.442e-12■■■■■ 65
SUB1P53999 SNX2-213ENST00000514949 2119 ntTSL 2 BASIC14.15□□□□□ -0.142e-11■■■■■ 65
SUB1P53999 SNX2-201ENST00000379516 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.472e-11■■■■■ 65
SUB1P53999 SNX2-206ENST00000507321 484 ntTSL 23.53□□□□□ -1.842e-11■■■■■ 65
SUB1P53999 SNX2-209ENST00000510372 1412 ntTSL 23.06□□□□□ -1.922e-11■■■■■ 65
SUB1P53999 SNX2-204ENST00000506847 798 ntTSL 52.6□□□□□ -1.992e-11■■■■■ 65
SUB1P53999 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.264e-31■■■■■ 65
SUB1P53999 DAZAP2-203ENST00000436900 1811 ntTSL 59.06□□□□□ -0.964e-31■■■■■ 65
SUB1P53999 DAZAP2-205ENST00000449723 2098 ntTSL 5 BASIC9□□□□□ -0.974e-31■■■■■ 65
SUB1P53999 DAZAP2-214ENST00000552459 3664 ntTSL 28.99□□□□□ -0.974e-31■■■■■ 65
SUB1P53999 DAZAP2-215ENST00000604900 1045 ntTSL 3 BASIC8.33□□□□□ -1.084e-31■■■■■ 65
SUB1P53999 DAZAP2-202ENST00000425012 1117 ntTSL 2 BASIC6.3□□□□□ -1.44e-31■■■■■ 65
SUB1P53999 MYL12A-207ENST00000579226 947 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC8.32□□□□□ -1.081e-7■■■■■ 65
SUB1P53999 MYL12A-206ENST00000578611 1004 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC7.2□□□□□ -1.261e-7■■■■■ 65
SUB1P53999 MYL12A-201ENST00000217652 1229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.88□□□□□ -1.311e-7■■■■■ 65
SUB1P53999 MYL12A-204ENST00000578038 463 ntTSL 33.7□□□□□ -1.821e-7■■■■■ 65
SUB1P53999 MYL12A-202ENST00000536605 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.05□□□□□ -2.081e-7■■■■■ 65
SUB1P53999 MYL12A-209ENST00000580887 899 ntTSL 1 (best) BASIC2.05□□□□□ -2.081e-7■■■■■ 65
SUB1P53999 IARS2-201ENST00000366922 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.07□□□□□ -0.486e-11■■■■■ 64.8
SUB1P53999 NONO-203ENST00000373856 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.12□□□□□ -0.794e-77■■■■■ 64.7
SUB1P53999 NONO-211ENST00000473525 1430 ntTSL 58.57□□□□□ -1.044e-77■■■■■ 64.7
SUB1P53999 NONO-212ENST00000474431 644 ntTSL 55.69□□□□□ -1.54e-77■■■■■ 64.7
SUB1P53999 NONO-210ENST00000472185 397 ntTSL 54.61□□□□□ -1.674e-77■■■■■ 64.7
SUB1P53999 RPL15-208ENST00000435882 1063 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC9.6□□□□□ -0.872e-15■■■■■ 64.6
SUB1P53999 HBG1-201ENST00000330597 808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.22□□□□□ -1.731e-45■■■■■ 64.4
SUB1P53999 AMFR-208ENST00000566757 1844 nt12.73□□□□□ -0.371e-9■■■■■ 64.4
SUB1P53999 AMFR-210ENST00000568325 1230 ntTSL 210.1□□□□□ -0.791e-9■■■■■ 64.4
SUB1P53999 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.115e-10■■■■■ 64.4
SUB1P53999 UBE2B-203ENST00000503080 657 ntTSL 22.2□□□□□ -2.065e-10■■■■■ 64.4
SUB1P53999 UBE2B-202ENST00000499038 682 ntTSL 31.55□□□□□ -2.165e-10■■■■■ 64.4
SUB1P53999 GCLM-201ENST00000370238 4857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.121e-13■■■■■ 63.9
SUB1P53999 GCLM-204ENST00000615724 3008 ntTSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.511e-13■■■■■ 63.9
SUB1P53999 ABTB2-201ENST00000435224 4902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.32e-13■■■■■ 63.9
SUB1P53999 ACSS2-211ENST00000477932 2450 ntTSL 516.24■□□□□ 0.197e-10■■■■■ 63.8
SUB1P53999 ACSS2-201ENST00000253382 2925 ntTSL 2 BASIC14.29□□□□□ -0.127e-10■■■■■ 63.8
SUB1P53999 ACSS2-210ENST00000476922 1527 ntTSL 213.69□□□□□ -0.227e-10■■■■■ 63.8
SUB1P53999 ACSS2-202ENST00000360596 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.16□□□□□ -0.467e-10■■■■■ 63.8
SUB1P53999 ACSS2-214ENST00000481284 2851 ntTSL 27.77□□□□□ -1.177e-10■■■■■ 63.8
SUB1P53999 RPL9-207ENST00000506581 371 ntTSL 52.21□□□□□ -2.062e-10■■■■■ 63.8
SUB1P53999 SLC25A13-202ENST00000416240 3192 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC10.38□□□□□ -0.757e-9■■■■■ 63.8
SUB1P53999 SLC25A13-201ENST00000265631 3136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC7.41□□□□□ -1.227e-9■■■■■ 63.8
SUB1P53999 ATP5F1-202ENST00000369722 3156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.96□□□□□ -0.58e-17■■■■■ 63.8
SUB1P53999 ATP5F1-201ENST00000369721 1040 ntTSL 25.9□□□□□ -1.468e-17■■■■■ 63.8
SUB1P53999 ATP5F1-204ENST00000468818 859 ntTSL 33.37□□□□□ -1.878e-17■■■■■ 63.8
SUB1P53999 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.561e-13■■■■■ 63.7
SUB1P53999 CAPN2-201ENST00000295006 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.381e-13■■■■■ 63.7
SUB1P53999 CWC27-201ENST00000381070 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.01□□□□□ -0.651e-13■■■■■ 63.7
SUB1P53999 CAPN2-202ENST00000433674 3264 ntTSL 2 BASIC8.19□□□□□ -1.11e-13■■■■■ 63.7
SUB1P53999 CAPN2-209ENST00000487223 2991 ntTSL 24.58□□□□□ -1.681e-13■■■■■ 63.7
SUB1P53999 GALNT12-202ENST00000470473 772 ntTSL 24.3□□□□□ -1.721e-13■■■■■ 63.7
SUB1P53999 CAPN2-206ENST00000474026 4130 ntTSL 23.94□□□□□ -1.781e-13■■■■■ 63.7
SUB1P53999 CAPN2-204ENST00000463997 2547 ntTSL 23.71□□□□□ -1.821e-13■■■■■ 63.7
SUB1P53999 CWC27-205ENST00000545000 881 ntTSL 22.61□□□□□ -1.991e-13■■■■■ 63.7
SUB1P53999 ADH5-201ENST00000296412 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.05□□□□□ -1.285e-7■■■■■ 63.4
SUB1P53999 FUS-209ENST00000566605 1787 ntTSL 1 (best)20.82■□□□□ 0.925e-7■■■■■ 63.3
SUB1P53999 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.725e-7■■■■■ 63.3
SUB1P53999 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.365e-7■■■■■ 63.3
SUB1P53999 FUS-201ENST00000254108 5119 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.135e-7■■■■■ 63.3
SUB1P53999 FUS-206ENST00000487509 4920 ntTSL 212.53□□□□□ -0.45e-7■■■■■ 63.3
SUB1P53999 ATP6V1H-202ENST00000359530 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.22□□□□□ -0.452e-15■■■■■ 63.1
SUB1P53999 ATP6V1H-201ENST00000355221 2365 ntTSL 1 (best) BASIC11.6□□□□□ -0.552e-15■■■■■ 63.1
SUB1P53999 ATP6V1H-207ENST00000520188 1967 ntTSL 2 BASIC9.72□□□□□ -0.852e-15■■■■■ 63.1
SUB1P53999 ATP6V1H-203ENST00000396774 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC9.46□□□□□ -0.92e-15■■■■■ 63.1
SUB1P53999 ATP6V1H-215ENST00000523343 467 ntTSL 36.3□□□□□ -1.42e-15■■■■■ 63.1
SUB1P53999 ATP6V1H-204ENST00000518072 494 ntTSL 25.79□□□□□ -1.482e-15■■■■■ 63.1
SUB1P53999 ATP6V1H-217ENST00000523899 527 ntTSL 35.54□□□□□ -1.522e-15■■■■■ 63.1
SUB1P53999 ATP6V1H-213ENST00000522159 423 ntTSL 31.75□□□□□ -2.132e-15■■■■■ 63.1
SUB1P53999 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.216e-9■■■■■ 63.1
SUB1P53999 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.146e-9■■■■■ 63.1
SUB1P53999 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.086e-9■■■■■ 63.1
SUB1P53999 AP2S1-202ENST00000352203 793 ntTSL 2 BASIC12.9□□□□□ -0.346e-9■■■■■ 63.1
SUB1P53999 AP2S1-204ENST00000597020 707 ntTSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.346e-9■■■■■ 63.1
SUB1P53999 AP2S1-209ENST00000601498 898 ntTSL 2 BASIC9.78□□□□□ -0.846e-9■■■■■ 63.1
SUB1P53999 PRDX1-206ENST00000483583 530 ntTSL 216.75■□□□□ 0.272e-51■■■■■ 62.9
SUB1P53999 PRDX1-204ENST00000424390 795 ntTSL 210.53□□□□□ -0.722e-51■■■■■ 62.9
SUB1P53999 PRDX1-205ENST00000447184 606 ntTSL 56.32□□□□□ -1.42e-51■■■■■ 62.9
SUB1P53999 PSMA6-205ENST00000554457 4730 nt6.37□□□□□ -1.391e-7■■■■■ 62.9
SUB1P53999 PSMA6-213ENST00000556221 423 ntTSL 31.59□□□□□ -2.151e-7■■■■■ 62.9
SUB1P53999 KDM3A-201ENST00000312912 4886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.76□□□□□ -0.212e-13■■■■■ 62.7
SUB1P53999 KDM3A-203ENST00000409556 4928 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.31□□□□□ -0.282e-13■■■■■ 62.7
Retrieved 100 of 11,644 protein–RNA pairs in 32.1 ms