Protein–RNA interactions for Protein: Q01081

U2AF1, Splicing factor U2AF 35 kDa subunit, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 240 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
U2AF1Q01081 GRB10-207ENST00000402578 4760 ntTSL 1 (best) BASIC10.64□□□□□ -0.714e-7■■■■■ 27.1
U2AF1Q01081 RIF1-207ENST00000454583 3552 ntTSL 26.56□□□□□ -1.363e-6■■■■■ 27.1
U2AF1Q01081 DKC1-201ENST00000369550 2577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.975e-13■■■■■ 27.1
U2AF1Q01081 DKC1-213ENST00000620277 3079 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.895e-13■■■■■ 27.1
U2AF1Q01081 DKC1-207ENST00000473552 656 ntTSL 213.07□□□□□ -0.325e-13■■■■■ 27.1
U2AF1Q01081 DKC1-206ENST00000452771 708 ntTSL 512.78□□□□□ -0.365e-13■■■■■ 27.1
U2AF1Q01081 DKC1-205ENST00000437719 686 ntTSL 311.98□□□□□ -0.495e-13■■■■■ 27.1
U2AF1Q01081 DKC1-203ENST00000413910 851 ntTSL 510.4□□□□□ -0.745e-13■■■■■ 27.1
U2AF1Q01081 TMA16-209ENST00000513272 803 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.663e-7■■■■■ 27
U2AF1Q01081 TMA16-201ENST00000358572 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.893e-7■■■■■ 27
U2AF1Q01081 TMA16-208ENST00000513134 747 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.063e-7■■■■■ 27
U2AF1Q01081 TMA16-206ENST00000509657 933 ntTSL 58.26□□□□□ -1.093e-7■■■■■ 27
U2AF1Q01081 TMA16-203ENST00000506214 843 ntTSL 26.94□□□□□ -1.33e-7■■■■■ 27
U2AF1Q01081 TMA16-202ENST00000503148 630 ntTSL 24.15□□□□□ -1.753e-7■■■■■ 27
U2AF1Q01081 CCSER2-203ENST00000372088 7657 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.481e-8■■■■■ 27
U2AF1Q01081 CCSER2-208ENST00000494586 474 ntTSL 212.13□□□□□ -0.471e-8■■■■■ 27
U2AF1Q01081 CCSER2-209ENST00000498300 805 ntTSL 39.92□□□□□ -0.821e-8■■■■■ 27
U2AF1Q01081 CCSER2-207ENST00000494144 1562 ntTSL 26.95□□□□□ -1.31e-8■■■■■ 27
U2AF1Q01081 CCSER2-210ENST00000543283 5888 ntTSL 2 BASIC6.06□□□□□ -1.441e-8■■■■■ 27
U2AF1Q01081 CCSER2-206ENST00000493409 878 ntTSL 54.62□□□□□ -1.671e-8■■■■■ 27
U2AF1Q01081 CCSER2-201ENST00000224756 7664 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.34□□□□□ -1.711e-8■■■■■ 27
U2AF1Q01081 CNTROB-215ENST00000576922 1468 ntTSL 522.41■■□□□ 1.182e-7■■■■■ 27
U2AF1Q01081 CNTROB-214ENST00000576723 2461 ntTSL 217.5■□□□□ 0.392e-7■■■■■ 27
U2AF1Q01081 CNTROB-203ENST00000565740 2783 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.282e-7■■■■■ 27
U2AF1Q01081 CNTROB-202ENST00000563694 3705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.152e-7■■■■■ 27
U2AF1Q01081 CNTROB-201ENST00000380262 3769 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.072e-7■■■■■ 27
U2AF1Q01081 CNTROB-207ENST00000571632 2960 ntTSL 214.74□□□□□ -0.052e-7■■■■■ 27
U2AF1Q01081 CASC3-207ENST00000581849 580 ntTSL 229.87■■■□□ 2.373e-7■■■■■ 27
U2AF1Q01081 CASC3-203ENST00000418132 1986 ntTSL 1 (best)27.57■■■□□ 23e-7■■■■■ 27
U2AF1Q01081 CASC3-210ENST00000584997 543 ntTSL 313.88□□□□□ -0.193e-7■■■■■ 27
U2AF1Q01081 USP34-207ENST00000463046 6307 ntTSL 27.84□□□□□ -1.153e-7■■■■■ 27
U2AF1Q01081 CLK1-209ENST00000472679 461 ntTSL 27.27□□□□□ -1.253e-7■■■■■ 27
U2AF1Q01081 USP34-211ENST00000472706 556 ntTSL 45.83□□□□□ -1.483e-7■■■■■ 27
U2AF1Q01081 USP34-201ENST00000398571 11357 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.45□□□□□ -1.543e-7■■■■■ 27
U2AF1Q01081 CLK1-208ENST00000464454 484 ntTSL 25.39□□□□□ -1.553e-7■■■■■ 27
U2AF1Q01081 USP34-202ENST00000411912 4309 ntTSL 55.1□□□□□ -1.593e-7■■■■■ 27
U2AF1Q01081 CLK1-206ENST00000461326 435 ntTSL 25.07□□□□□ -1.63e-7■■■■■ 27
U2AF1Q01081 CLK1-214ENST00000496205 480 ntTSL 24.77□□□□□ -1.653e-7■■■■■ 27
U2AF1Q01081 USP34-205ENST00000453734 2708 ntTSL 1 (best)3.64□□□□□ -1.833e-7■■■■■ 27
U2AF1Q01081 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.217e-7■■■■■ 26.8
U2AF1Q01081 PWWP2A-201ENST00000307063 3346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.657e-7■■■■■ 26.8
U2AF1Q01081 PWWP2A-202ENST00000456329 3991 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.487e-7■■■■■ 26.8
U2AF1Q01081 PWWP2A-203ENST00000520662 407 ntTSL 37.29□□□□□ -1.247e-7■■■■■ 26.8
U2AF1Q01081 GABRE-211ENST00000491339 2072 ntTSL 211.58□□□□□ -0.567e-7■■■■■ 26.8
U2AF1Q01081 CCNL1-215ENST00000474539 4799 ntTSL 1 (best)5.82□□□□□ -1.481e-18■■■■□ 26.7
U2AF1Q01081 CCNL1-204ENST00000464316 3843 ntTSL 1 (best)4.71□□□□□ -1.651e-18■■■■□ 26.7
U2AF1Q01081 CCNL1-221ENST00000479052 458 ntTSL 33.87□□□□□ -1.791e-18■■■■□ 26.7
U2AF1Q01081 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.28■■■□□ 2.61e-7■■■■□ 26.7
U2AF1Q01081 ST20-MTHFS-202ENST00000494999 632 ntTSL 329.35■■■□□ 2.291e-7■■■■□ 26.7
U2AF1Q01081 ZNF385A-215ENST00000552382 1516 ntTSL 328.07■■■□□ 2.081e-7■■■■□ 26.7
U2AF1Q01081 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.021e-7■■■■□ 26.7
U2AF1Q01081 ST20-MTHFS-203ENST00000615374 679 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.641e-7■■■■□ 26.7
U2AF1Q01081 MTHFS-202ENST00000559722 948 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.581e-7■■■■□ 26.7
U2AF1Q01081 PTBP2-209ENST00000482253 2029 ntTSL 224.06■■□□□ 1.441e-7■■■■□ 26.7
U2AF1Q01081 ZNF385A-211ENST00000550779 2099 ntTSL 523.63■■□□□ 1.371e-7■■■■□ 26.7
U2AF1Q01081 ZNF385A-202ENST00000352268 2076 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.331e-7■■■■□ 26.7
U2AF1Q01081 ZNF385A-203ENST00000394313 2430 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.161e-7■■■■□ 26.7
U2AF1Q01081 ZNF385A-212ENST00000551109 2369 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.091e-7■■■■□ 26.7
U2AF1Q01081 ZNF385A-201ENST00000338010 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.81e-7■■■■□ 26.7
U2AF1Q01081 ZNF385A-213ENST00000551771 1111 ntTSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.721e-7■■■■□ 26.7
U2AF1Q01081 ZNF385A-205ENST00000546970 2494 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.661e-7■■■■□ 26.7
U2AF1Q01081 ZNF385A-204ENST00000546919 775 ntTSL 515.63■□□□□ 0.091e-7■■■■□ 26.7
U2AF1Q01081 ZNF385A-207ENST00000549937 761 ntTSL 514.68□□□□□ -0.061e-7■■■■□ 26.7
U2AF1Q01081 PTBP2-204ENST00000459735 791 ntTSL 511.76□□□□□ -0.531e-7■■■■□ 26.7
U2AF1Q01081 PTBP2-202ENST00000370198 3054 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.41□□□□□ -0.581e-7■■■■□ 26.7
U2AF1Q01081 PTBP2-201ENST00000370197 3057 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.41□□□□□ -0.581e-7■■■■□ 26.7
U2AF1Q01081 PTBP2-207ENST00000476419 1691 ntTSL 1 (best)11.2□□□□□ -0.621e-7■■■■□ 26.7
U2AF1Q01081 PTBP2-203ENST00000426398 3027 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.06□□□□□ -0.81e-7■■■■□ 26.7
U2AF1Q01081 PTBP2-208ENST00000476783 779 ntTSL 1 (best)7.07□□□□□ -1.281e-7■■■■□ 26.7
U2AF1Q01081 PTBP2-210ENST00000492905 776 ntTSL 1 (best)7.07□□□□□ -1.281e-7■■■■□ 26.7
U2AF1Q01081 PTBP2-211ENST00000609116 12014 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC4.34□□□□□ -1.711e-7■■■■□ 26.7
U2AF1Q01081 PRPF4B-209ENST00000494674 1727 ntTSL 513.98□□□□□ -0.176e-7■■■■□ 26.6
U2AF1Q01081 CSE1L-201ENST00000262982 3553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.033e-6■■■■□ 26.5
U2AF1Q01081 CSE1L-202ENST00000396192 3459 ntTSL 5 BASIC14.71□□□□□ -0.063e-6■■■■□ 26.5
U2AF1Q01081 CSE1L-203ENST00000469700 1401 ntTSL 1 (best)6.54□□□□□ -1.363e-6■■■■□ 26.5
U2AF1Q01081 KMT2C-204ENST00000418061 710 ntTSL 58.79□□□□□ -13e-6■■■■□ 26.5
U2AF1Q01081 KMT2C-209ENST00000485241 479 ntTSL 56.68□□□□□ -1.343e-6■■■■□ 26.5
U2AF1Q01081 CNBP-208ENST00000504813 1549 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.744e-13■■■■□ 26.3
U2AF1Q01081 CNBP-210ENST00000512338 502 ntTSL 419.42■□□□□ 0.74e-13■■■■□ 26.3
U2AF1Q01081 CNBP-201ENST00000422453 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.584e-13■■■■□ 26.3
U2AF1Q01081 CNBP-203ENST00000446936 1623 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.574e-13■■■■□ 26.3
U2AF1Q01081 CNBP-204ENST00000451728 1641 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.574e-13■■■■□ 26.3
U2AF1Q01081 CNBP-205ENST00000500450 1516 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.564e-13■■■■□ 26.3
U2AF1Q01081 CNBP-209ENST00000507573 641 ntTSL 217.79■□□□□ 0.444e-13■■■■□ 26.3
U2AF1Q01081 CNBP-207ENST00000502976 1626 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.384e-13■■■■□ 26.3
U2AF1Q01081 CNBP-202ENST00000441626 1040 ntTSL 2 BASIC15.65■□□□□ 0.14e-13■■■■□ 26.3
U2AF1Q01081 CNBP-206ENST00000502372 1026 ntTSL 513.44□□□□□ -0.264e-13■■■■□ 26.3
U2AF1Q01081 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.43■■■■■ 4.223e-8■■■■□ 26.2
U2AF1Q01081 SLC17A2-201ENST00000265425 1493 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.163e-8■■■■□ 26.2
U2AF1Q01081 SLC25A28-202ENST00000434701 1005 ntTSL 515.93■□□□□ 0.143e-8■■■■□ 26.2
U2AF1Q01081 SLC17A2-202ENST00000360488 2270 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.18□□□□□ -0.623e-8■■■■□ 26.2
U2AF1Q01081 SLC25A28-204ENST00000496035 744 ntTSL 311.17□□□□□ -0.623e-8■■■■□ 26.2
U2AF1Q01081 YTHDF2-204ENST00000475796 358 ntTSL 210.18□□□□□ -0.781e-11■■■■□ 26.2
U2AF1Q01081 YTHDF2-205ENST00000476976 657 ntTSL 39.44□□□□□ -0.91e-11■■■■□ 26.2
U2AF1Q01081 SLC17A2-203ENST00000377850 2524 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC8.24□□□□□ -1.093e-8■■■■□ 26.2
U2AF1Q01081 GS1-600G8.3-201ENST00000431486 2249 ntTSL 1 (best) BASIC12.58□□□□□ -0.394e-7■■■■□ 26.1
U2AF1Q01081 RPL37-206ENST00000511787 435 ntTSL 317.34■□□□□ 0.373e-6■■■■□ 26
U2AF1Q01081 RPL37-202ENST00000504562 505 ntTSL 215.16■□□□□ 0.023e-6■■■■□ 26
U2AF1Q01081 RPL37-205ENST00000509877 637 ntTSL 5 BASIC10.65□□□□□ -0.73e-6■■■■□ 26
U2AF1Q01081 RPL37-203ENST00000507642 425 ntTSL 39.78□□□□□ -0.843e-6■■■■□ 26
Retrieved 100 of 10,096 protein–RNA pairs in 426.9 ms