Protein–RNA interactions for Protein: O75351

VPS4B, Vacuolar protein sorting-associated protein 4B, humanhuman

Predictions only

Length 444 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4BO75351 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS4BO75351 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS4BO75351 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS4BO75351 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS4BO75351 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS4BO75351 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS4BO75351 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS4BO75351 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS4BO75351 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS4BO75351 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
VPS4BO75351 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
VPS4BO75351 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
VPS4BO75351 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
VPS4BO75351 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS4BO75351 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS4BO75351 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS4BO75351 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS4BO75351 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS4BO75351 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS4BO75351 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS4BO75351 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS4BO75351 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS4BO75351 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS4BO75351 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS4BO75351 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
VPS4BO75351 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
VPS4BO75351 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
VPS4BO75351 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS4BO75351 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS4BO75351 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS4BO75351 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS4BO75351 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS4BO75351 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS4BO75351 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS4BO75351 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS4BO75351 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
VPS4BO75351 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
VPS4BO75351 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
VPS4BO75351 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS4BO75351 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS4BO75351 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS4BO75351 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS4BO75351 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS4BO75351 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS4BO75351 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS4BO75351 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS4BO75351 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS4BO75351 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS4BO75351 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS4BO75351 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS4BO75351 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS4BO75351 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS4BO75351 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS4BO75351 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS4BO75351 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
VPS4BO75351 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
VPS4BO75351 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
VPS4BO75351 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
VPS4BO75351 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.53
VPS4BO75351 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
VPS4BO75351 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.53
VPS4BO75351 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS4BO75351 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS4BO75351 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS4BO75351 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS4BO75351 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS4BO75351 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS4BO75351 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS4BO75351 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS4BO75351 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS4BO75351 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS4BO75351 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS4BO75351 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS4BO75351 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS4BO75351 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS4BO75351 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS4BO75351 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS4BO75351 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS4BO75351 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS4BO75351 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
VPS4BO75351 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
VPS4BO75351 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS4BO75351 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS4BO75351 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS4BO75351 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS4BO75351 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS4BO75351 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS4BO75351 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS4BO75351 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS4BO75351 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS4BO75351 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS4BO75351 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
VPS4BO75351 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
VPS4BO75351 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
VPS4BO75351 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
VPS4BO75351 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
VPS4BO75351 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
VPS4BO75351 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
VPS4BO75351 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
VPS4BO75351 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.9 ms