Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
HOXD9P28356 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
HOXD9P28356 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
HOXD9P28356 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
HOXD9P28356 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
HOXD9P28356 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
HOXD9P28356 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
HOXD9P28356 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
HOXD9P28356 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
HOXD9P28356 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
HOXD9P28356 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
HOXD9P28356 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
HOXD9P28356 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
HOXD9P28356 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC26.53■■□□□ 1.84
HOXD9P28356 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
HOXD9P28356 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
HOXD9P28356 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.84
HOXD9P28356 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
HOXD9P28356 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
HOXD9P28356 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
HOXD9P28356 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
HOXD9P28356 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
HOXD9P28356 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
HOXD9P28356 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC26.48■■□□□ 1.83
HOXD9P28356 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
HOXD9P28356 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.48■■□□□ 1.83
HOXD9P28356 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC26.48■■□□□ 1.83
HOXD9P28356 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC26.48■■□□□ 1.83
HOXD9P28356 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
HOXD9P28356 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
HOXD9P28356 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
HOXD9P28356 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
HOXD9P28356 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
HOXD9P28356 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
HOXD9P28356 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC26.46■■□□□ 1.83
HOXD9P28356 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
HOXD9P28356 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
HOXD9P28356 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
HOXD9P28356 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
HOXD9P28356 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
HOXD9P28356 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
HOXD9P28356 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
HOXD9P28356 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
HOXD9P28356 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
HOXD9P28356 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
HOXD9P28356 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
HOXD9P28356 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC26.39■■□□□ 1.82
HOXD9P28356 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.82
HOXD9P28356 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
HOXD9P28356 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC26.39■■□□□ 1.82
HOXD9P28356 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC26.39■■□□□ 1.81
HOXD9P28356 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
HOXD9P28356 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
HOXD9P28356 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
HOXD9P28356 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
HOXD9P28356 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
HOXD9P28356 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC26.36■■□□□ 1.81
HOXD9P28356 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
HOXD9P28356 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
HOXD9P28356 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
HOXD9P28356 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
HOXD9P28356 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
HOXD9P28356 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
HOXD9P28356 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
HOXD9P28356 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
HOXD9P28356 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
HOXD9P28356 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
HOXD9P28356 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
HOXD9P28356 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
HOXD9P28356 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
HOXD9P28356 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
HOXD9P28356 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
HOXD9P28356 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
HOXD9P28356 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
HOXD9P28356 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC26.33■■□□□ 1.8
HOXD9P28356 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
HOXD9P28356 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
HOXD9P28356 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
HOXD9P28356 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
HOXD9P28356 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
HOXD9P28356 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
HOXD9P28356 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC26.31■■□□□ 1.8
HOXD9P28356 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC26.31■■□□□ 1.8
HOXD9P28356 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
HOXD9P28356 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.31■■□□□ 1.8
HOXD9P28356 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
HOXD9P28356 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
HOXD9P28356 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
HOXD9P28356 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
HOXD9P28356 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
HOXD9P28356 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC26.29■■□□□ 1.8
HOXD9P28356 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
HOXD9P28356 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
HOXD9P28356 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
HOXD9P28356 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
HOXD9P28356 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
HOXD9P28356 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
HOXD9P28356 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
HOXD9P28356 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
HOXD9P28356 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.9 ms