Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 IFT122-215ENST00000507564 3824 ntTSL 1 (best) BASIC10.61□□□□□ -0.714e-6■■■■■ 191.3
SF3B1O75533 IFT122-210ENST00000504021 3541 ntTSL 2 BASIC10.55□□□□□ -0.724e-6■■■■■ 191.3
SF3B1O75533 IFT122-205ENST00000431818 4414 ntTSL 2 BASIC10.29□□□□□ -0.764e-6■■■■■ 191.3
SF3B1O75533 IFT122-206ENST00000440957 4007 ntTSL 2 BASIC10.07□□□□□ -0.84e-6■■■■■ 191.3
SF3B1O75533 IFT122-225ENST00000512220 4057 ntTSL 210.07□□□□□ -0.84e-6■■■■■ 191.3
SF3B1O75533 SC5D-203ENST00000524683 2391 ntTSL 29.74□□□□□ -0.854e-6■■■■■ 191.3
SF3B1O75533 DHX29-201ENST00000251636 4502 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC9.51□□□□□ -0.896e-7■■■■■ 191.3
SF3B1O75533 IFT122-202ENST00000347300 3841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.5□□□□□ -0.894e-6■■■■■ 191.3
SF3B1O75533 IFT122-201ENST00000296266 4151 ntTSL 1 (best) BASIC9.41□□□□□ -0.94e-6■■■■■ 191.3
SF3B1O75533 GANC-201ENST00000318010 7781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.69□□□□□ -1.184e-6■■■■■ 191.3
SF3B1O75533 NDUFA10-206ENST00000419408 662 ntTSL 511.07□□□□□ -0.642e-6■■■■■ 190.8
SF3B1O75533 EPN1-207ENST00000591743 593 ntTSL 421.27■□□□□ 0.997e-7■■■■■ 190.7
SF3B1O75533 AARS2-201ENST00000244571 3854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.04□□□□□ -0.81e-6■■■■■ 190.6
SF3B1O75533 ANKRD54-203ENST00000407117 789 ntTSL 330.53■■■□□ 2.485e-8■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.945e-8■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 LMBR1-209ENST00000434453 2229 ntTSL 525.56■■□□□ 1.685e-8■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.685e-8■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.547e-16■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.365e-8■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 PPFIA3-212ENST00000602897 1615 ntTSL 223.28■■□□□ 1.327e-16■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 PPFIA3-211ENST00000602848 1638 ntTSL 1 (best)23.28■■□□□ 1.327e-16■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 ANKRD54-205ENST00000413497 794 ntTSL 322.91■■□□□ 1.265e-8■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.255e-8■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 ANKRD54-207ENST00000434930 735 ntTSL 522.8■■□□□ 1.245e-8■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 LMBR1-203ENST00000414218 451 ntTSL 522.67■■□□□ 1.225e-8■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 ANKRD54-204ENST00000411961 946 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.035e-8■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 15e-8■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.972e-6■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 ANKRD54-211ENST00000609454 825 ntTSL 3 BASIC21.07■□□□□ 0.965e-8■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 PABPC1L-216ENST00000490798 1384 ntTSL 320.94■□□□□ 0.942e-9■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 TJP2-205ENST00000423935 614 ntTSL 220.6■□□□□ 0.897e-16■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 PABPC1L-204ENST00000255136 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.892e-9■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 EHMT1-211ENST00000482340 691 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.837e-16■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 SPCS2-208ENST00000532972 839 ntTSL 219.59■□□□□ 0.733e-12■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 TSNARE1-207ENST00000521825 346 ntTSL 319.4■□□□□ 0.75e-8■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 SPCS2-207ENST00000530257 612 ntTSL 3 BASIC19■□□□□ 0.633e-12■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 ANKRD54-208ENST00000458278 623 ntTSL 318.85■□□□□ 0.615e-8■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 SPCS2-202ENST00000526361 772 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.593e-12■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 SPCS2-204ENST00000527225 321 ntTSL 518.74■□□□□ 0.593e-12■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 ANKRD54-206ENST00000424350 597 ntTSL 318.6■□□□□ 0.575e-8■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 EHMT1-216ENST00000493484 1182 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.557e-16■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 PABPC1L-217ENST00000537323 1910 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.552e-9■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 AHCYL2-201ENST00000325006 5056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.542e-6■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 ANKRD54-202ENST00000406423 954 ntTSL 3 BASIC18.35■□□□□ 0.535e-8■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 PMS1-206ENST00000418224 3018 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.485e-8■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 NF2-208ENST00000403435 2568 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.432e-6■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 PPFIA3-213ENST00000602905 799 ntTSL 217.39■□□□□ 0.377e-16■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 PMS1-213ENST00000441310 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.375e-8■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 ZFP62-203ENST00000506377 725 ntTSL 1 (best)17.25■□□□□ 0.355e-8■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 UBL7-209ENST00000567435 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.347e-16■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 DCAF13-204ENST00000521716 537 ntTSL 217.16■□□□□ 0.347e-16■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 UBA6-AS1-201ENST00000498917 1445 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.38e-8■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 MAP2K5-201ENST00000178640 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.285e-8■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 PMS1-212ENST00000432292 3234 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.265e-8■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 SPCS2-201ENST00000263672 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.233e-12■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 BRI3-203ENST00000473967 819 ntTSL 516.41■□□□□ 0.225e-8■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 PMS1-221ENST00000624204 3417 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.115e-8■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 NF2-209ENST00000403999 2999 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.12e-6■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 UBL7-201ENST00000361351 1360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.097e-16■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 DDX11-228ENST00000545115 545 ntTSL 515.62■□□□□ 0.092e-9■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 AHCYL2-202ENST00000446544 5026 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.092e-6■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 PPFIA3-206ENST00000602655 3493 ntTSL 1 (best)15.58■□□□□ 0.087e-16■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 ZEB1-218ENST00000560196 1014 ntTSL 1 (best)15.16■□□□□ 0.025e-8■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 DDX11-216ENST00000539702 951 ntTSL 514.97□□□□□ -0.012e-9■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 PPFIA3-203ENST00000602351 4341 ntTSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.037e-16■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 PMS1-201ENST00000342075 3012 ntTSL 214.69□□□□□ -0.065e-8■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 UBL7-206ENST00000565335 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.197e-16■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 ANKRD54-209ENST00000464849 456 ntTSL 313.78□□□□□ -0.25e-8■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 PABPC1L-207ENST00000372824 2223 ntTSL 2 BASIC13.6□□□□□ -0.232e-9■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 UBL7-205ENST00000565130 792 ntTSL 313.5□□□□□ -0.257e-16■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 PMS1-204ENST00000409823 2795 ntTSL 5 BASIC13.4□□□□□ -0.265e-8■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 SPCS2-209ENST00000610881 2711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.313e-12■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 TMEM260-201ENST00000261556 4264 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.315e-6■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 PABPC1L-211ENST00000476056 1214 ntTSL 512.95□□□□□ -0.342e-9■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 PABPC1L-205ENST00000372819 2100 ntTSL 2 BASIC12.81□□□□□ -0.362e-9■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 STAG1-203ENST00000434713 5064 ntTSL 5 BASIC12.54□□□□□ -0.44e-9■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 UBL7-204ENST00000564488 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.33□□□□□ -0.447e-16■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 RERE-217ENST00000507012 418 ntTSL 512.03□□□□□ -0.487e-16■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 MROH1-211ENST00000544576 3673 ntTSL 1 (best) BASIC12.03□□□□□ -0.487e-9■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 BRI3-206ENST00000491463 567 ntTSL 411.74□□□□□ -0.535e-8■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 PABPC1L-208ENST00000372826 854 ntTSL 511.17□□□□□ -0.622e-9■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 STAG1-210ENST00000629124 4322 ntTSL 5 BASIC10.71□□□□□ -0.694e-9■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 TJP2-203ENST00000377259 588 ntTSL 310.71□□□□□ -0.697e-16■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 STAG1-207ENST00000483235 5206 ntTSL 1 (best)10.59□□□□□ -0.714e-9■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 UBL7-203ENST00000563081 621 ntTSL 310.35□□□□□ -0.757e-16■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 PDCL-201ENST00000259467 2813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.18□□□□□ -0.785e-8■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 PABPC1L-203ENST00000217075 670 ntTSL 5 BASIC9.91□□□□□ -0.822e-9■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 EHMT1-249ENST00000637949 575 ntTSL 59.82□□□□□ -0.847e-16■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 PABPC1L-212ENST00000479873 1178 ntTSL 29.79□□□□□ -0.842e-9■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 FAM199X-202ENST00000493442 7457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.61□□□□□ -0.875e-8■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 AL110292.1-202ENST00000552303 568 ntTSL 4 BASIC9.16□□□□□ -0.943e-8■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 RERE-207ENST00000464972 743 ntTSL 59.11□□□□□ -0.957e-16■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 SPCS2-206ENST00000528265 577 ntTSL 58.91□□□□□ -0.983e-12■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 STAG1-202ENST00000383202 6055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.1□□□□□ -1.114e-9■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 ZFP62-207ENST00000512132 4010 ntTSL 2 BASIC7.92□□□□□ -1.145e-8■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 ZNF639-201ENST00000326361 6064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.9□□□□□ -1.152e-6■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 STAG1-208ENST00000487065 2914 ntTSL 1 (best)7.82□□□□□ -1.164e-9■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 PMS1-208ENST00000421722 2285 ntTSL 27.43□□□□□ -1.225e-8■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 PMS1-217ENST00000450931 2817 ntTSL 27.35□□□□□ -1.235e-8■■■■■ 189.5
SF3B1O75533 STAG1-201ENST00000236698 5951 ntTSL 1 (best) BASIC7.01□□□□□ -1.294e-9■■■■■ 189.5
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