Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 KIF18B-203ENST00000590129 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.166e-10■■■■■ 87.6
SF3B1O75533 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.977e-6■■■■■ 87.5
SF3B1O75533 DNAJC7-201ENST00000316603 1468 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.387e-6■■■■■ 87.5
SF3B1O75533 DNAJC7-202ENST00000426588 1774 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.117e-6■■■■■ 87.5
SF3B1O75533 DNAJC7-211ENST00000588814 1719 ntTSL 215.22■□□□□ 0.037e-6■■■■■ 87.5
SF3B1O75533 MINDY3-206ENST00000477891 2307 ntTSL 1 (best)10.8□□□□□ -0.681e-6■■■■■ 87.5
SF3B1O75533 MINDY3-201ENST00000277632 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.68□□□□□ -0.861e-6■■■■■ 87.5
SF3B1O75533 CARM1-207ENST00000589693 601 ntTSL 512.14□□□□□ -0.475e-6■■■■■ 87.5
SF3B1O75533 RERE-213ENST00000480342 2710 ntTSL 210.19□□□□□ -0.783e-6■■■■■ 87.5
SF3B1O75533 SH3GL3-204ENST00000492099 1170 ntTSL 1 (best)29.73■■■□□ 2.354e-7■■■■■ 87.5
SF3B1O75533 SH3GL3-205ENST00000563901 1647 ntTSL 1 (best)28.92■■■□□ 2.224e-7■■■■■ 87.5
SF3B1O75533 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.014e-7■■■■■ 87.5
SF3B1O75533 SH3GL3-201ENST00000324537 2012 ntTSL 2 BASIC9.62□□□□□ -0.874e-7■■■■■ 87.5
SF3B1O75533 CERS2-202ENST00000345896 2170 ntTSL 230.12■■■□□ 2.413e-6■■■■■ 87.4
SF3B1O75533 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.13e-6■■■■■ 87.4
SF3B1O75533 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.883e-6■■■■■ 87.4
SF3B1O75533 POC1A-202ENST00000394970 1999 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.917e-6■■■■■ 87.4
SF3B1O75533 POC1A-203ENST00000474012 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.57e-6■■■■■ 87.4
SF3B1O75533 POC1A-201ENST00000296484 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.417e-6■■■■■ 87.4
SF3B1O75533 LRRC8B-203ENST00000439853 7474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.1□□□□□ -1.114e-6■■■■■ 87.4
SF3B1O75533 PKP4-205ENST00000426248 4134 ntTSL 1 (best)16.11■□□□□ 0.172e-6■■■■■ 87.4
SF3B1O75533 PKP4-201ENST00000389757 5777 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC10.65□□□□□ -0.72e-6■■■■■ 87.4
SF3B1O75533 PKP4-202ENST00000389759 4443 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC8.66□□□□□ -1.022e-6■■■■■ 87.4
SF3B1O75533 PKP4-217ENST00000628904 3856 ntTSL 5 BASIC7.6□□□□□ -1.192e-6■■■■■ 87.4
SF3B1O75533 KNL1-212ENST00000534204 565 ntTSL 413.46□□□□□ -0.251e-6■■■■■ 87.4
SF3B1O75533 HM13-219ENST00000487964 902 ntTSL 517.74■□□□□ 0.433e-6■■■■■ 87.3
SF3B1O75533 HM13-220ENST00000492709 1248 ntTSL 516.62■□□□□ 0.253e-6■■■■■ 87.3
SF3B1O75533 HM13-213ENST00000469126 756 ntTSL 516.44■□□□□ 0.223e-6■■■■■ 87.3
SF3B1O75533 HM13-222ENST00000494153 757 ntTSL 515.55■□□□□ 0.083e-6■■■■■ 87.3
SF3B1O75533 HM13-206ENST00000460389 1075 ntTSL 515.34■□□□□ 0.053e-6■■■■■ 87.3
SF3B1O75533 HM13-211ENST00000468559 675 ntTSL 514.08□□□□□ -0.163e-6■■■■■ 87.3
SF3B1O75533 HM13-217ENST00000483310 755 ntTSL 313.4□□□□□ -0.263e-6■■■■■ 87.3
SF3B1O75533 HM13-212ENST00000469097 801 ntTSL 512.8□□□□□ -0.363e-6■■■■■ 87.3
SF3B1O75533 HM13-215ENST00000474466 440 ntTSL 311.16□□□□□ -0.623e-6■■■■■ 87.3
SF3B1O75533 HM13-214ENST00000472128 865 ntTSL 511.07□□□□□ -0.643e-6■■■■■ 87.3
SF3B1O75533 SREBF1-201ENST00000261646 4178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.22e-6■■■■■ 87.3
SF3B1O75533 SREBF1-202ENST00000355815 4253 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.87□□□□□ -0.192e-6■■■■■ 87.3
SF3B1O75533 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.822e-6■■■■■ 87.3
SF3B1O75533 MIIP-207ENST00000498685 1392 ntTSL 219.12■□□□□ 0.654e-7■■■■■ 87.3
SF3B1O75533 PTGFRN-201ENST00000393203 6178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.034e-6■■■■■ 87.3
SF3B1O75533 CR1L-201ENST00000294997 1587 ntTSL 1 (best)8.05□□□□□ -1.124e-6■■■■■ 87.3
SF3B1O75533 KDM4B-201ENST00000159111 5593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.362e-6■■■■■ 87.3
SF3B1O75533 KDM4B-203ENST00000536461 5027 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.262e-6■■■■■ 87.3
SF3B1O75533 KDM4B-211ENST00000611640 5703 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.252e-6■■■■■ 87.3
SF3B1O75533 PMPCA-204ENST00000444897 2316 ntTSL 216.81■□□□□ 0.288e-7■■■■■ 87.3
SF3B1O75533 PPARGC1B-203ENST00000394320 4803 ntTSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.043e-6■■■■■ 87.3
SF3B1O75533 PPARGC1B-202ENST00000360453 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.23e-6■■■■■ 87.3
SF3B1O75533 PPARGC1B-201ENST00000309241 10568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC8.65□□□□□ -1.023e-6■■■■■ 87.3
SF3B1O75533 TET1-201ENST00000373644 9288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.75□□□□□ -1.492e-6■■■■■ 87.2
SF3B1O75533 APLP2-217ENST00000533195 560 ntTSL 423.08■■□□□ 1.292e-6■■■■■ 87.1
SF3B1O75533 APLP2-218ENST00000533532 584 ntTSL 223.08■■□□□ 1.292e-6■■■■■ 87.1
SF3B1O75533 APLP2-214ENST00000530132 542 ntTSL 423.08■■□□□ 1.292e-6■■■■■ 87.1
SF3B1O75533 APLP2-216ENST00000532456 664 ntTSL 421.45■■□□□ 1.022e-6■■■■■ 87.1
SF3B1O75533 NCOR2-202ENST00000404121 7175 ntTSL 5 BASIC13.88□□□□□ -0.195e-6■■■■■ 87.1
SF3B1O75533 NCOR2-201ENST00000356219 7226 ntTSL 5 BASIC13.54□□□□□ -0.245e-6■■■■■ 87.1
SF3B1O75533 PHF3-209ENST00000509330 2969 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.032e-6■■■■■ 87.1
SF3B1O75533 PHF3-204ENST00000481385 2787 ntTSL 214.44□□□□□ -0.12e-6■■■■■ 87.1
SF3B1O75533 PHF3-205ENST00000494284 2854 ntTSL 212.54□□□□□ -0.42e-6■■■■■ 87.1
SF3B1O75533 PHF3-208ENST00000506783 3700 ntTSL 1 (best)9.59□□□□□ -0.872e-6■■■■■ 87.1
SF3B1O75533 ZNF564-203ENST00000427105 575 ntTSL 414.41□□□□□ -0.11e-6■■■■■ 87.1
SF3B1O75533 ZNF564-205ENST00000596193 524 ntTSL 414.41□□□□□ -0.11e-6■■■■■ 87.1
SF3B1O75533 ZNF564-201ENST00000339282 2935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.251e-6■■■■■ 87.1
SF3B1O75533 AC010422.6-201ENST00000593682 5857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.13□□□□□ -0.471e-6■■■■■ 87.1
SF3B1O75533 AC008758.1-201ENST00000428311 4505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC9.63□□□□□ -0.871e-6■■■■■ 87.1
SF3B1O75533 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.143e-8■■■■■ 87.1
SF3B1O75533 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.993e-8■■■■■ 87.1
SF3B1O75533 KDM4B-210ENST00000592175 562 ntTSL 417.9■□□□□ 0.462e-6■■■■■ 87.1
SF3B1O75533 B3GAT3-206ENST00000534715 868 ntTSL 524.24■■□□□ 1.476e-7■■■■■ 87.1
SF3B1O75533 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.436e-7■■■■■ 87.1
SF3B1O75533 B3GAT3-205ENST00000534026 1120 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.056e-7■■■■■ 87.1
SF3B1O75533 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.936e-7■■■■■ 87.1
SF3B1O75533 B3GAT3-203ENST00000532585 1534 ntTSL 1 (best)20.54■□□□□ 0.886e-7■■■■■ 87.1
SF3B1O75533 CHD2-201ENST00000394196 9363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC9.5□□□□□ -0.892e-6■■■■■ 87.1
SF3B1O75533 CHD2-208ENST00000626874 7764 ntTSL 1 (best) BASIC7.2□□□□□ -1.262e-6■■■■■ 87.1
SF3B1O75533 GIGYF2-225ENST00000463554 1085 ntTSL 513.97□□□□□ -0.175e-6■■■■■ 87
SF3B1O75533 TBC1D14-208ENST00000451522 4149 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.37□□□□□ -0.277e-6■■■■■ 87
SF3B1O75533 GIGYF2-209ENST00000423659 2329 ntTSL 511.92□□□□□ -0.55e-6■■■■■ 87
SF3B1O75533 GIGYF2-202ENST00000409196 5747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.91□□□□□ -0.665e-6■■■■■ 87
SF3B1O75533 TBC1D14-202ENST00000410031 4201 ntTSL 5 BASIC10.47□□□□□ -0.737e-6■■■■■ 87
SF3B1O75533 TBC1D14-206ENST00000446947 4021 ntTSL 5 BASIC10.18□□□□□ -0.787e-6■■■■■ 87
SF3B1O75533 GIGYF2-203ENST00000409451 5937 ntTSL 1 (best) BASIC9.73□□□□□ -0.855e-6■■■■■ 87
SF3B1O75533 GIGYF2-204ENST00000409480 5976 ntTSL 5 BASIC9.36□□□□□ -0.915e-6■■■■■ 87
SF3B1O75533 GIGYF2-205ENST00000409547 5978 ntTSL 1 (best) BASIC9.31□□□□□ -0.925e-6■■■■■ 87
SF3B1O75533 GIGYF2-220ENST00000440945 2658 ntTSL 1 (best)9.01□□□□□ -0.975e-6■■■■■ 87
SF3B1O75533 GIGYF2-201ENST00000373563 5847 ntTSL 1 (best) BASIC8.89□□□□□ -0.995e-6■■■■■ 87
SF3B1O75533 GIGYF2-210ENST00000424038 626 ntTSL 36.49□□□□□ -1.375e-6■■■■■ 87
SF3B1O75533 TGFB1-201ENST00000221930 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.086e-7■■■■■ 87
SF3B1O75533 CEP250-209ENST00000461386 2295 ntTSL 214.02□□□□□ -0.162e-6■■■■■ 87
SF3B1O75533 AIG1-204ENST00000367601 727 ntTSL 513.85□□□□□ -0.192e-6■■■■■ 87
SF3B1O75533 AIG1-205ENST00000447498 444 ntTSL 513.31□□□□□ -0.282e-6■■■■■ 87
SF3B1O75533 AIG1-202ENST00000357847 1395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.47□□□□□ -0.732e-6■■■■■ 87
SF3B1O75533 AIG1-201ENST00000275235 1202 ntTSL 2 BASIC9.53□□□□□ -0.882e-6■■■■■ 87
SF3B1O75533 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.191e-6■■■■■ 87
SF3B1O75533 MTCH2-203ENST00000530428 930 ntTSL 520.23■□□□□ 0.831e-6■■■■■ 87
SF3B1O75533 MTCH2-205ENST00000534074 811 ntTSL 25□□□□□ -1.611e-6■■■■■ 87
SF3B1O75533 MTCH2-206ENST00000539759 581 ntTSL 54.78□□□□□ -1.641e-6■■■■■ 87
SF3B1O75533 MTCH2-202ENST00000525649 599 ntTSL 24.19□□□□□ -1.741e-6■■■■■ 87
SF3B1O75533 ATG13-202ENST00000395549 937 ntTSL 518.01■□□□□ 0.472e-6■■■■■ 87
SF3B1O75533 ATG13-216ENST00000530500 2030 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.262e-6■■■■■ 87
SF3B1O75533 ATG13-222ENST00000534610 1655 ntTSL 516.09■□□□□ 0.172e-6■■■■■ 87
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1364.5 ms