Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 STK3-203ENST00000517832 594 ntTSL 310.19□□□□□ -0.787e-6■■■■■ 113.1
SF3B1O75533 IMPDH2-201ENST00000326739 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.23□□□□□ -0.459e-7■■■■■ 113.1
SF3B1O75533 IMPDH2-203ENST00000442157 865 ntTSL 210.57□□□□□ -0.729e-7■■■■■ 113.1
SF3B1O75533 FAM102A-203ENST00000373095 4144 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.49□□□□□ -0.419e-7■■■■■ 113.1
SF3B1O75533 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.342e-6■■■■■ 113
SF3B1O75533 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.262e-6■■■■■ 113
SF3B1O75533 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.172e-6■■■■■ 113
SF3B1O75533 RAB28-202ENST00000330852 1715 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.782e-6■■■■■ 113
SF3B1O75533 RAB28-205ENST00000508274 1551 ntTSL 1 (best)15.68■□□□□ 0.12e-6■■■■■ 113
SF3B1O75533 RAB28-207ENST00000511649 715 ntTSL 57.04□□□□□ -1.282e-6■■■■■ 113
SF3B1O75533 CTSD-205ENST00000438213 946 ntTSL 217.8■□□□□ 0.441e-6■■■■■ 113
SF3B1O75533 STRN4-224ENST00000602397 631 ntTSL 316.43■□□□□ 0.223e-8■■■■■ 113
SF3B1O75533 PRKCD-202ENST00000394729 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.952e-7■■■■■ 112.9
SF3B1O75533 GBGT1-208ENST00000540636 1934 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.671e-7■■■■■ 112.9
SF3B1O75533 GBGT1-203ENST00000372040 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.61e-7■■■■■ 112.9
SF3B1O75533 EFR3A-201ENST00000254624 5438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.596e-6■■■■■ 112.9
SF3B1O75533 PRKCD-203ENST00000464818 777 ntTSL 518.24■□□□□ 0.512e-7■■■■■ 112.9
SF3B1O75533 GBGT1-204ENST00000372043 1935 ntTSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.41e-7■■■■■ 112.9
SF3B1O75533 PRKCD-201ENST00000330452 2680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.372e-7■■■■■ 112.9
SF3B1O75533 GBGT1-202ENST00000372038 847 ntTSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.261e-7■■■■■ 112.9
SF3B1O75533 SEPT9-244ENST00000592420 2588 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.091e-6■■■■■ 112.9
SF3B1O75533 GBGT1-205ENST00000470431 2870 ntTSL 1 (best)15.1■□□□□ 0.011e-7■■■■■ 112.9
SF3B1O75533 GBGT1-206ENST00000472281 2948 ntTSL 214.4□□□□□ -0.11e-7■■■■■ 112.9
SF3B1O75533 NACC2-202ENST00000371753 6802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.146e-6■■■■■ 112.9
SF3B1O75533 TNRC6A-203ENST00000450465 3700 ntTSL 28.92□□□□□ -0.982e-6■■■■■ 112.9
SF3B1O75533 EZH1-201ENST00000415827 4608 ntTSL 1 (best) BASIC8.44□□□□□ -1.063e-6■■■■■ 112.9
SF3B1O75533 AL157778.1-201ENST00000626665 729 ntTSL 3 BASIC7.48□□□□□ -1.216e-6■■■■■ 112.9
SF3B1O75533 EZH1-202ENST00000428826 4623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.04□□□□□ -1.283e-6■■■■■ 112.9
SF3B1O75533 TNRC6A-207ENST00000491718 7956 ntTSL 1 (best)6.79□□□□□ -1.322e-6■■■■■ 112.9
SF3B1O75533 AL157778.1-202ENST00000627700 488 ntTSL 34.46□□□□□ -1.76e-6■■■■■ 112.9
SF3B1O75533 NR2C1-208ENST00000547594 614 ntTSL 52.57□□□□□ -26e-6■■■■■ 112.9
SF3B1O75533 GSTCD-201ENST00000360505 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.3□□□□□ -1.085e-6■■■■■ 112.8
SF3B1O75533 GSTCD-202ENST00000394728 2416 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC6.92□□□□□ -1.35e-6■■■■■ 112.8
SF3B1O75533 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.992e-7■■■■■ 112.8
SF3B1O75533 WIPI2-211ENST00000484262 1504 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.562e-6■■■■■ 112.8
SF3B1O75533 MCM5-203ENST00000416905 739 ntTSL 314.76□□□□□ -0.051e-6■■■■■ 112.7
SF3B1O75533 MCM5-202ENST00000382011 2402 ntTSL 2 BASIC12.31□□□□□ -0.441e-6■■■■■ 112.7
SF3B1O75533 MCM5-201ENST00000216122 3534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.97□□□□□ -0.651e-6■■■■■ 112.7
SF3B1O75533 MCM5-205ENST00000444778 551 ntTSL 59.45□□□□□ -0.91e-6■■■■■ 112.7
SF3B1O75533 MCM5-204ENST00000417343 557 ntTSL 55.78□□□□□ -1.481e-6■■■■■ 112.7
SF3B1O75533 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.262e-6■■■■■ 112.7
SF3B1O75533 RASSF3-201ENST00000283172 1099 ntTSL 217.94■□□□□ 0.463e-6■■■■■ 112.7
SF3B1O75533 KCNQ4-202ENST00000443478 2435 ntAPPRIS ALT2 TSL 516.29■□□□□ 0.22e-6■■■■■ 112.7
SF3B1O75533 RASSF3-202ENST00000336061 1030 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.073e-6■■■■■ 112.7
SF3B1O75533 KCNQ4-201ENST00000347132 4099 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.022e-6■■■■■ 112.7
SF3B1O75533 RASSF3-204ENST00000542104 3492 ntTSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.063e-6■■■■■ 112.7
SF3B1O75533 KCNQ4-203ENST00000506017 3335 ntTSL 213.15□□□□□ -0.32e-6■■■■■ 112.7
SF3B1O75533 RASSF3-206ENST00000637125 1060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC8.83□□□□□ -13e-6■■■■■ 112.7
SF3B1O75533 CHTF18-216ENST00000565787 607 ntTSL 525.89■■□□□ 1.742e-8■■■■■ 112.6
SF3B1O75533 CHTF18-218ENST00000569270 711 ntTSL 521.3■■□□□ 12e-8■■■■■ 112.6
SF3B1O75533 DENND1A-203ENST00000373624 5010 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.631e-6■■■■■ 112.6
SF3B1O75533 AFF4-203ENST00000378595 3348 ntTSL 1 (best) BASIC12.03□□□□□ -0.482e-6■■■■■ 112.6
SF3B1O75533 MBTPS1-201ENST00000343411 4338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.73□□□□□ -0.371e-6■■■■■ 112.6
SF3B1O75533 THRA-208ENST00000578218 907 ntTSL 427.62■■■□□ 2.013e-6■■■■■ 112.6
SF3B1O75533 SCRIB-207ENST00000531942 421 ntTSL 224.13■■□□□ 1.452e-6■■■■■ 112.6
SF3B1O75533 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.43e-6■■■■■ 112.6
SF3B1O75533 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.333e-6■■■■■ 112.6
SF3B1O75533 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.323e-6■■■■■ 112.6
SF3B1O75533 THRA-203ENST00000450525 4895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.143e-6■■■■■ 112.6
SF3B1O75533 BRCA1-225ENST00000586385 781 ntTSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.31e-6■■■■■ 112.6
SF3B1O75533 BRCA1-227ENST00000591849 563 ntTSL 1 (best) BASIC10.98□□□□□ -0.651e-6■■■■■ 112.6
SF3B1O75533 BRCA1-226ENST00000591534 1282 ntTSL 1 (best) BASIC10.43□□□□□ -0.741e-6■■■■■ 112.6
SF3B1O75533 BRCA1-219ENST00000491747 2379 ntTSL 5 BASIC10.09□□□□□ -0.791e-6■■■■■ 112.6
SF3B1O75533 BRCA1-205ENST00000461221 5693 ntTSL 1 (best)9.31□□□□□ -0.921e-6■■■■■ 112.6
SF3B1O75533 BRCA1-208ENST00000468300 3273 ntTSL 1 (best) BASIC8.64□□□□□ -1.031e-6■■■■■ 112.6
SF3B1O75533 BRCA1-221ENST00000493795 5732 ntTSL 5 BASIC8.18□□□□□ -1.11e-6■■■■■ 112.6
SF3B1O75533 BRCA1-201ENST00000352993 3668 ntTSL 5 BASIC7.9□□□□□ -1.151e-6■■■■■ 112.6
SF3B1O75533 BRCA1-210ENST00000471181 5936 ntTSL 1 (best) BASIC7.12□□□□□ -1.271e-6■■■■■ 112.6
SF3B1O75533 GAB1-204ENST00000507070 677 ntTSL 36.02□□□□□ -1.454e-6■■■■■ 112.6
SF3B1O75533 BRCA1-203ENST00000357654 7094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.88□□□□□ -1.471e-6■■■■■ 112.6
SF3B1O75533 GAB1-208ENST00000510615 568 ntTSL 45.61□□□□□ -1.514e-6■■■■■ 112.6
SF3B1O75533 GAB1-206ENST00000508833 577 ntTSL 42.8□□□□□ -1.964e-6■■■■■ 112.6
SF3B1O75533 GAB1-211ENST00000512843 470 ntTSL 41.9□□□□□ -2.114e-6■■■■■ 112.6
SF3B1O75533 RALA-205ENST00000468201 705 ntTSL 420.51■□□□□ 0.873e-6■■■■■ 112.6
SF3B1O75533 RALA-201ENST00000005257 2880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.383e-6■■■■■ 112.6
SF3B1O75533 EXT1-201ENST00000378204 8270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.024e-6■■■■■ 112.6
SF3B1O75533 EXT1-203ENST00000437196 1446 ntTSL 514.51□□□□□ -0.094e-6■■■■■ 112.6
SF3B1O75533 EXT1-202ENST00000436216 700 ntTSL 313.55□□□□□ -0.244e-6■■■■■ 112.6
SF3B1O75533 RNF216P1-205ENST00000406089 807 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.814e-6■■■■■ 112.5
SF3B1O75533 RNF216P1-203ENST00000404404 2427 ntBASIC17.45■□□□□ 0.384e-6■■■■■ 112.5
SF3B1O75533 RNF216P1-201ENST00000403969 1360 ntTSL 1 (best)16.66■□□□□ 0.264e-6■■■■■ 112.5
SF3B1O75533 RNF216P1-211ENST00000477090 566 ntTSL 415.51■□□□□ 0.074e-6■■■■■ 112.5
SF3B1O75533 RNF216P1-212ENST00000493407 659 ntTSL 3 BASIC14.5□□□□□ -0.094e-6■■■■■ 112.5
SF3B1O75533 RNF216P1-202ENST00000404006 2201 ntTSL 1 (best)14.08□□□□□ -0.164e-6■■■■■ 112.5
SF3B1O75533 RNF216P1-207ENST00000429902 663 ntTSL 38.36□□□□□ -1.074e-6■■■■■ 112.5
SF3B1O75533 KSR1-217ENST00000583370 1041 ntTSL 318.88■□□□□ 0.612e-6■■■■■ 112.5
SF3B1O75533 KSR1-215ENST00000582311 693 ntTSL 215.62■□□□□ 0.092e-6■■■■■ 112.5
SF3B1O75533 SLC25A39-215ENST00000592372 867 ntTSL 318.3■□□□□ 0.521e-6■■■■■ 112.5
SF3B1O75533 SLC25A39-217ENST00000593166 797 ntTSL 316.86■□□□□ 0.291e-6■■■■■ 112.5
SF3B1O75533 CUL1-201ENST00000325222 3064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 01e-6■■■■■ 112.5
SF3B1O75533 CUL1-203ENST00000602748 3054 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.97□□□□□ -0.491e-6■■■■■ 112.5
SF3B1O75533 CUL1-202ENST00000409469 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.15□□□□□ -0.781e-6■■■■■ 112.5
SF3B1O75533 SZT2-209ENST00000562955 13968 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.08□□□□□ -0.642e-6■■■■■ 112.5
SF3B1O75533 SZT2-210ENST00000634258 11045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC9.08□□□□□ -0.962e-6■■■■■ 112.5
SF3B1O75533 PPFIA1-201ENST00000253925 5234 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.683e-6■■■■■ 112.4
SF3B1O75533 PPFIA1-222ENST00000532504 5159 ntTSL 1 (best)16.46■□□□□ 0.233e-6■■■■■ 112.4
SF3B1O75533 ASPSCR1-216ENST00000583503 641 ntTSL 319.7■□□□□ 0.741e-6■■■■■ 112.4
SF3B1O75533 RUVBL1-202ENST00000464873 2126 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.584e-7■■■■■ 112.4
SF3B1O75533 DMTN-223ENST00000523782 2235 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.352e-6■■■■■ 112.4
SF3B1O75533 DMTN-209ENST00000517600 1569 ntTSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.282e-6■■■■■ 112.4
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1788.3 ms