Protein–RNA interactions for Protein: P23246

SFPQ, Splicing factor, proline- and glutamine-rich, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 707 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SFPQP23246 DNAAF5-203ENST00000437419 585 ntTSL 522.46■■□□□ 1.193e-9■■■■■ 47.3
SFPQP23246 DNAAF5-204ENST00000438961 579 ntTSL 421.73■■□□□ 1.073e-9■■■■■ 47.3
SFPQP23246 DNAAF5-205ENST00000440747 2350 ntAPPRIS ALT2 TSL 219.44■□□□□ 0.73e-9■■■■■ 47.3
SFPQP23246 DNAAF5-201ENST00000297440 3410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.553e-9■■■■■ 47.3
SFPQP23246 SMYD3-203ENST00000391836 732 ntTSL 512.86□□□□□ -0.353e-10■■■■■ 44.5
SFPQP23246 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.438e-10■■■■■ 42.5
SFPQP23246 ETV4-201ENST00000319349 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.18e-10■■■■■ 42.5
SFPQP23246 ETV4-206ENST00000585508 760 ntTSL 521.4■■□□□ 1.028e-10■■■■■ 42.5
SFPQP23246 SDK1-202ENST00000404826 10397 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.988e-10■■■■■ 42.5
SFPQP23246 ETV4-204ENST00000545089 1628 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.978e-10■■■■■ 42.5
SFPQP23246 ETV4-211ENST00000591713 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.748e-10■■■■■ 42.5
SFPQP23246 ETV4-205ENST00000545954 1775 ntTSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.618e-10■■■■■ 42.5
SFPQP23246 ETV4-210ENST00000590236 616 ntTSL 317.76■□□□□ 0.438e-10■■■■■ 42.5
SFPQP23246 SDK1-210ENST00000615806 10258 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.388e-10■■■■■ 42.5
SFPQP23246 ETV4-203ENST00000538265 2147 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.238e-10■■■■■ 42.5
SFPQP23246 ETV4-202ENST00000393664 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.178e-10■■■■■ 42.5
SFPQP23246 ETV4-209ENST00000587151 582 ntTSL 515.79■□□□□ 0.128e-10■■■■■ 42.5
SFPQP23246 UBE2D2-208ENST00000511725 656 ntTSL 2 BASIC11.47□□□□□ -0.578e-10■■■■■ 42.5
SFPQP23246 ATXN10-202ENST00000381061 3135 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.391e-11■■■■■ 41.9
SFPQP23246 ATXN10-201ENST00000252934 3329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.111e-11■■■■■ 41.9
SFPQP23246 ATXN10-204ENST00000435026 653 ntTSL 311.17□□□□□ -0.621e-11■■■■■ 41.9
SFPQP23246 ATXN10-205ENST00000451241 514 ntTSL 36□□□□□ -1.451e-11■■■■■ 41.9
SFPQP23246 ATXN10-210ENST00000493643 617 ntTSL 55.35□□□□□ -1.551e-11■■■■■ 41.9
SFPQP23246 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.662e-9■■■■■ 40.6
SFPQP23246 ZNF503-AS2-203ENST00000484411 1125 ntTSL 1 (best)25.1■■□□□ 1.612e-9■■■■■ 40.6
SFPQP23246 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.612e-9■■■■■ 40.6
SFPQP23246 ZNF503-AS2-205ENST00000491557 1006 ntTSL 223.55■■□□□ 1.362e-9■■■■■ 40.6
SFPQP23246 ZNF503-AS2-204ENST00000486015 628 ntTSL 319.46■□□□□ 0.712e-9■■■■■ 40.6
SFPQP23246 ZNF503-AS2-206ENST00000527641 560 ntTSL 418.66■□□□□ 0.582e-9■■■■■ 40.6
SFPQP23246 SBNO2-201ENST00000361757 4923 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.141e-6■■■■■ 39.6
SFPQP23246 SBNO2-207ENST00000590176 561 ntTSL 421.13■□□□□ 0.971e-6■■■■■ 39.6
SFPQP23246 SBNO2-204ENST00000587024 4861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.721e-6■■■■■ 39.6
SFPQP23246 SBNO2-205ENST00000587655 914 ntTSL 317.67■□□□□ 0.421e-6■■■■■ 39.6
SFPQP23246 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.476e-9■■■■■ 38.7
SFPQP23246 EEFSEC-202ENST00000483457 1859 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.686e-9■■■■■ 38.7
SFPQP23246 EEFSEC-204ENST00000484438 640 ntTSL 317.98■□□□□ 0.476e-9■■■■■ 38.7
SFPQP23246 TTC28-207ENST00000490475 724 ntTSL 511.63□□□□□ -0.551e-10■■■■■ 37.9
SFPQP23246 CDKAL1-202ENST00000378610 3115 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC7.63□□□□□ -1.192e-8■■■■■ 36.7
SFPQP23246 CDKAL1-201ENST00000274695 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.89□□□□□ -1.312e-8■■■■■ 36.7
SFPQP23246 CCDC144NL-AS1-212ENST00000580056 521 ntTSL 417.77■□□□□ 0.446e-10■■■■■ 35.9
SFPQP23246 CCDC144NL-AS1-216ENST00000582583 1670 ntTSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.236e-10■■■■■ 35.9
SFPQP23246 CCDC144NL-AS1-202ENST00000423473 839 ntTSL 5 BASIC10.22□□□□□ -0.776e-10■■■■■ 35.9
SFPQP23246 CCDC144NL-AS1-217ENST00000583481 710 ntTSL 310.02□□□□□ -0.816e-10■■■■■ 35.9
SFPQP23246 CCDC144NL-AS1-203ENST00000433763 647 ntTSL 38.16□□□□□ -1.16e-10■■■■■ 35.9
SFPQP23246 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.95e-8■■■■■ 34.8
SFPQP23246 BTBD2-206ENST00000589200 858 ntTSL 525.22■■□□□ 1.635e-8■■■■■ 34.8
SFPQP23246 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.215e-8■■■■■ 34.8
SFPQP23246 ENTPD2-202ENST00000355097 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.845e-8■■■■■ 34.8
SFPQP23246 ELL-204ENST00000596915 623 ntTSL 317.83■□□□□ 0.445e-8■■■■■ 34.8
SFPQP23246 ELL-201ENST00000262809 4027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.245e-8■■■■■ 34.8
SFPQP23246 BTBD2-208ENST00000590646 572 ntTSL 416.51■□□□□ 0.235e-8■■■■■ 34.8
SFPQP23246 BTBD2-205ENST00000588395 352 ntTSL 515.71■□□□□ 0.115e-8■■■■■ 34.8
SFPQP23246 ELL-202ENST00000594635 4074 ntTSL 1 (best)15.68■□□□□ 0.15e-8■■■■■ 34.8
SFPQP23246 BTBD2-203ENST00000587742 559 ntTSL 515.18■□□□□ 0.025e-8■■■■■ 34.8
SFPQP23246 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.771e-6■■■■■ 34.7
SFPQP23246 TRAP1-207ENST00000571804 781 ntTSL 525.85■■□□□ 1.731e-6■■■■■ 34.7
SFPQP23246 TRAP1-215ENST00000576106 555 ntTSL 425.49■■□□□ 1.671e-6■■■■■ 34.7
SFPQP23246 TRAP1-203ENST00000570403 521 ntTSL 425.31■■□□□ 1.641e-6■■■■■ 34.7
SFPQP23246 TRAP1-205ENST00000571011 480 ntTSL 523.84■■□□□ 1.411e-6■■■■■ 34.7
SFPQP23246 TRAP1-211ENST00000574941 558 ntTSL 421.81■■□□□ 1.081e-6■■■■■ 34.7
SFPQP23246 TRAP1-201ENST00000246957 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.121e-6■■■■■ 34.7
SFPQP23246 ZMIZ1-203ENST00000472035 457 ntTSL 215.45■□□□□ 0.062e-6■■■■■ 34.7
SFPQP23246 PQLC1-214ENST00000593030 764 ntTSL 528.62■■■□□ 2.179e-9■■■■■ 33.4
SFPQP23246 PQLC1-213ENST00000591964 856 ntTSL 328.43■■■□□ 2.149e-9■■■■■ 33.4
SFPQP23246 PQLC1-208ENST00000494607 666 ntTSL 317.88■□□□□ 0.459e-9■■■■■ 33.4
SFPQP23246 PQLC1-207ENST00000478144 409 ntTSL 312.97□□□□□ -0.339e-9■■■■■ 33.4
SFPQP23246 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.531e-7■■■■■ 32.9
SFPQP23246 RBM38-201ENST00000342690 852 ntTSL 324.23■■□□□ 1.471e-7■■■■■ 32.9
SFPQP23246 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.451e-7■■■■■ 32.9
SFPQP23246 LMNB1-202ENST00000395354 1572 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.011e-7■■■■■ 32.9
SFPQP23246 RBM38-202ENST00000344785 2193 ntTSL 520.93■□□□□ 0.941e-7■■■■■ 32.9
SFPQP23246 LMNB1-204ENST00000463908 557 ntTSL 420.91■□□□□ 0.941e-7■■■■■ 32.9
SFPQP23246 LMNB1-206ENST00000492190 738 ntTSL 319.66■□□□□ 0.741e-7■■■■■ 32.9
SFPQP23246 LMNB1-201ENST00000261366 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.561e-7■■■■■ 32.9
SFPQP23246 CHD7-204ENST00000526846 500 ntTSL 217.86■□□□□ 0.451e-6■■■■■ 32.9
SFPQP23246 LMNB1-203ENST00000460265 3475 ntTSL 1 (best)17.6■□□□□ 0.411e-7■■■■■ 32.9
SFPQP23246 RBM38-204ENST00000371219 760 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.211e-7■■■■■ 32.9
SFPQP23246 KDM7A-201ENST00000397560 9272 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.17□□□□□ -0.141e-7■■■■■ 32.9
SFPQP23246 CHD7-201ENST00000423902 11568 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC9.38□□□□□ -0.911e-6■■■■■ 32.9
SFPQP23246 LMNB1-208ENST00000504788 1801 ntTSL 25.41□□□□□ -1.541e-7■■■■■ 32.9
SFPQP23246 LMNB1-205ENST00000472034 730 ntTSL 34.71□□□□□ -1.661e-7■■■■■ 32.9
SFPQP23246 CHST15-203ENST00000462406 826 ntTSL 28.75□□□□□ -1.017e-7■■■■■ 31.1
SFPQP23246 MAP4K3-206ENST00000437968 500 ntTSL 530.18■■■□□ 2.422e-8■■■■■ 30.9
SFPQP23246 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.022e-8■■■■■ 30.9
SFPQP23246 MAP4K3-204ENST00000429397 689 ntTSL 326.93■■□□□ 1.92e-8■■■■■ 30.9
SFPQP23246 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.42e-8■■■■■ 30.9
SFPQP23246 MAP4K3-202ENST00000341681 4271 ntTSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.732e-8■■■■■ 30.9
SFPQP23246 MAP4K3-201ENST00000263881 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.712e-8■■■■■ 30.9
SFPQP23246 FBXW7-209ENST00000604095 755 ntTSL 314.36□□□□□ -0.112e-8■■■■■ 30.9
SFPQP23246 FBXW7-205ENST00000603548 2562 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC10.85□□□□□ -0.672e-8■■■■■ 30.9
SFPQP23246 FBXW7-212ENST00000604872 970 ntTSL 1 (best) BASIC10.77□□□□□ -0.692e-8■■■■■ 30.9
SFPQP23246 AKT2-239ENST00000583859 567 ntTSL 528.44■■■□□ 2.144e-7■■■■■ 30.9
SFPQP23246 AKT2-203ENST00000391844 1795 ntTSL 1 (best)26.87■■□□□ 1.894e-7■■■■■ 30.9
SFPQP23246 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.584e-7■■■■■ 30.9
SFPQP23246 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.564e-7■■■■■ 30.9
SFPQP23246 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.544e-7■■■■■ 30.9
SFPQP23246 AKT2-214ENST00000456441 582 ntTSL 324.12■■□□□ 1.454e-7■■■■■ 30.9
SFPQP23246 AKT2-240ENST00000584288 1706 ntTSL 221.73■■□□□ 1.074e-7■■■■■ 30.9
SFPQP23246 THUMPD3-AS1-220ENST00000524210 2591 ntTSL 518.69■□□□□ 0.584e-7■■■■■ 30.9
SFPQP23246 THUMPD3-AS1-206ENST00000489616 583 ntTSL 217.93■□□□□ 0.464e-7■■■■■ 30.9
Retrieved 100 of 4,991 protein–RNA pairs in 34.5 ms