Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 SLC25A29-207ENST00000554291 569 ntTSL 416.09■□□□□ 0.174e-7■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 SLC25A29-208ENST00000554912 5169 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.094e-7■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 HPD-204ENST00000543163 1709 ntTSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.074e-7■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 ERBB2-222ENST00000584908 1316 ntTSL 1 (best)14.56□□□□□ -0.084e-7■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 GSN-207ENST00000432226 1042 ntTSL 514.51□□□□□ -0.094e-7■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 PLXNA1-201ENST00000393409 9066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.132e-7■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 ASCC2-201ENST00000307790 2793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.344e-7■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 HPD-203ENST00000542159 780 ntTSL 512.91□□□□□ -0.344e-7■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 ASCC2-207ENST00000453160 529 ntTSL 412.28□□□□□ -0.444e-7■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 ASCC2-209ENST00000458594 2753 ntTSL 512.02□□□□□ -0.484e-7■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 HPD-201ENST00000289004 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.544e-7■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 GSN-213ENST00000483960 802 ntTSL 310.46□□□□□ -0.734e-7■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 ASCC2-205ENST00000431535 873 ntTSL 59.28□□□□□ -0.924e-7■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 ASCC2-214ENST00000465667 876 ntTSL 38.99□□□□□ -0.974e-7■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 ASCC2-204ENST00000412689 742 ntTSL 38.99□□□□□ -0.974e-7■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 ASCC2-211ENST00000462454 491 ntTSL 38.84□□□□□ -0.994e-7■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 ASCC2-216ENST00000477074 554 ntTSL 44.28□□□□□ -1.724e-7■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 GRHPR-205ENST00000482603 597 ntTSL 38.77□□□□□ -1.015e-17■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 STXBP2-203ENST00000441779 1914 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.442e-7■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 STXBP2-202ENST00000414284 1859 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.292e-7■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 STXBP2-201ENST00000221283 1876 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.242e-7■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 STXBP2-211ENST00000597068 1785 ntTSL 1 (best)13.79□□□□□ -0.22e-7■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 STXBP2-217ENST00000599737 1523 ntTSL 513.76□□□□□ -0.212e-7■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 ACADVL-231ENST00000582450 294 ntTSL 213.54□□□□□ -0.247e-14■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 ACADVL-215ENST00000578809 709 ntTSL 211.36□□□□□ -0.597e-14■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 ACADVL-211ENST00000578319 718 ntTSL 311.01□□□□□ -0.657e-14■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 RPL13A-206ENST00000476268 1623 ntTSL 318.07■□□□□ 0.484e-34■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 RPL13A-208ENST00000477613 796 ntTSL 515.48■□□□□ 0.074e-34■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 RPL13A-212ENST00000488946 2312 ntTSL 214.86□□□□□ -0.034e-34■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 RPL13A-209ENST00000479992 850 ntTSL 314.59□□□□□ -0.074e-34■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 RPL13A-204ENST00000472481 728 ntTSL 214.05□□□□□ -0.164e-34■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 RPL13A-214ENST00000624069 1122 ntTSL 1 (best)13.79□□□□□ -0.24e-34■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 RPL13A-211ENST00000486930 652 ntTSL 313.44□□□□□ -0.264e-34■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 RPL13A-202ENST00000467825 660 ntTSL 513.14□□□□□ -0.314e-34■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 RPL13A-213ENST00000621674 1098 ntTSL 5 BASIC12.29□□□□□ -0.444e-34■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 RPL13A-210ENST00000484279 794 ntTSL 512.29□□□□□ -0.444e-34■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 RPL13A-201ENST00000391857 1181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.11□□□□□ -0.634e-34■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 SUGP2-202ENST00000337018 3640 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.249e-8■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 SUGP2-203ENST00000452918 6176 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.059e-8■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 SUGP2-204ENST00000593795 747 ntTSL 511.7□□□□□ -0.549e-8■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 SUGP2-201ENST00000330854 3629 ntTSL 1 (best)10.63□□□□□ -0.719e-8■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 SUGP2-206ENST00000594773 4169 ntTSL 210.62□□□□□ -0.719e-8■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 C21orf59-201ENST00000290155 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.423e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 C21orf59-206ENST00000440966 1082 ntTSL 316.63■□□□□ 0.253e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 C21orf59-202ENST00000300260 1243 ntTSL 216.3■□□□□ 0.23e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 C21orf59-203ENST00000382549 2503 ntTSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.023e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 C21orf59-208ENST00000483315 1872 ntTSL 214.91□□□□□ -0.023e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 AP000275.2-202ENST00000553001 929 ntTSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.033e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 C21orf59-204ENST00000425336 873 ntTSL 211.46□□□□□ -0.573e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 C21orf59-205ENST00000431599 417 ntTSL 310.73□□□□□ -0.693e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 AP000275.2-201ENST00000431216 891 ntAPPRIS P1 TSL 57.65□□□□□ -1.183e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 TFR2-208ENST00000473571 628 ntTSL 316.08■□□□□ 0.163e-7■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.192e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.142e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.882e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 PMS1-206ENST00000418224 3018 ntTSL 5 BASIC19.39■□□□□ 0.692e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 GNB1L-204ENST00000453108 702 ntTSL 319.31■□□□□ 0.682e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 PMS1-213ENST00000441310 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.562e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 PMS1-212ENST00000432292 3234 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.472e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 PMS1-221ENST00000624204 3417 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.352e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 GNB1L-205ENST00000460402 1197 ntTSL 316.01■□□□□ 0.152e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 GNB1L-206ENST00000481086 854 ntTSL 315.96■□□□□ 0.152e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 RTL10-204ENST00000416337 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 215.72■□□□□ 0.112e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 GNB1L-203ENST00000405009 1076 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.092e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 GNB1L-201ENST00000329517 6706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.082e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 RTL10-202ENST00000405640 6785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.072e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 RTL10-201ENST00000328554 6619 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.122e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 PMS1-201ENST00000342075 3012 ntTSL 213.72□□□□□ -0.212e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 PMS1-204ENST00000409823 2795 ntTSL 5 BASIC12.26□□□□□ -0.452e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 RTL10-205ENST00000484072 1385 ntTSL 212.19□□□□□ -0.462e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 RTL10-203ENST00000407472 6523 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.562e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 PMS1-217ENST00000450931 2817 ntTSL 25.24□□□□□ -1.572e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 PMS1-208ENST00000421722 2285 ntTSL 25.17□□□□□ -1.582e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 PMS1-215ENST00000447232 2576 ntTSL 2 BASIC2.2□□□□□ -2.062e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 PMS1-210ENST00000424307 2153 ntTSL 51.41□□□□□ -2.182e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 EHBP1-204ENST00000405482 1311 ntTSL 219.92■□□□□ 0.785e-7■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 EHBP1-211ENST00000449820 539 ntTSL 58.24□□□□□ -1.095e-7■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 SMPD4-219ENST00000491128 2570 ntTSL 1 (best)14.14□□□□□ -0.151e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 SMPD4-215ENST00000457039 940 ntTSL 513.03□□□□□ -0.321e-6■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 ANPEP-208ENST00000560030 896 ntTSL 512.8□□□□□ -0.366e-7■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 ANPEP-202ENST00000558177 918 ntTSL 37.7□□□□□ -1.186e-7■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 SCYL1-203ENST00000420247 2583 ntTSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.692e-11■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 SCYL1-214ENST00000533862 2570 ntTSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.462e-11■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 SCYL1-206ENST00000525364 2584 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.332e-11■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 SCYL1-201ENST00000270176 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.182e-11■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 SCYL1-208ENST00000527009 2586 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.122e-11■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 SCYL1-205ENST00000524944 2715 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.112e-11■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 AHRR-209ENST00000512529 1912 ntTSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.624e-8■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 AHRR-203ENST00000505113 2173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.44e-8■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 AHRR-201ENST00000316418 5661 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.364e-8■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 PDCD6-206ENST00000507528 1088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.244e-8■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 PDCD6-202ENST00000505221 672 ntTSL 3 BASIC15.01□□□□□ -0.014e-8■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 PDCD6-203ENST00000505526 1484 ntTSL 1 (best)14.85□□□□□ -0.034e-8■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 PDCD6-214ENST00000628729 1073 ntTSL 5 BASIC14.15□□□□□ -0.144e-8■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 PDCD6-212ENST00000614778 1050 ntTSL 2 BASIC14.02□□□□□ -0.174e-8■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 PDCD6-201ENST00000264933 1135 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.5□□□□□ -0.414e-8■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 PDCD6-213ENST00000618970 931 ntTSL 3 BASIC12.5□□□□□ -0.414e-8■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 PDCD6-210ENST00000513582 3500 ntTSL 212.47□□□□□ -0.414e-8■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 PDCD6-204ENST00000506909 458 ntTSL 312.15□□□□□ -0.464e-8■■■■□ 23.8
SF3A3Q12874 PDCD6-209ENST00000512466 3763 ntTSL 212.05□□□□□ -0.484e-8■■■■□ 23.8
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