Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 CNOT3-210ENST00000618939 4516 ntTSL 515.15■□□□□ 0.023e-6■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 CNOT3-202ENST00000358389 4118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.353e-6■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 SLC38A10-204ENST00000539748 528 ntTSL 312.04□□□□□ -0.481e-7■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 MPC1-205ENST00000487218 918 ntTSL 56.38□□□□□ -1.392e-6■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 MPC1-204ENST00000475708 651 ntTSL 52.26□□□□□ -2.052e-6■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 ACADVL-236ENST00000583850 903 ntTSL 217.32■□□□□ 0.362e-8■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 DCAF5-201ENST00000341516 5953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.533e-6■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 DCAF5-209ENST00000557386 2883 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.093e-6■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 DCAF5-202ENST00000389997 2837 ntTSL 1 (best) BASIC12.18□□□□□ -0.463e-6■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 DCAF5-206ENST00000554681 759 ntTSL 211.21□□□□□ -0.613e-6■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 DCAF5-207ENST00000556111 728 ntTSL 39.49□□□□□ -0.893e-6■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 SYMPK-202ENST00000593504 5107 ntTSL 216.39■□□□□ 0.213e-6■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 SYMPK-215ENST00000600237 5164 ntTSL 515.81■□□□□ 0.123e-6■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 SYMPK-213ENST00000599460 5449 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.123e-6■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 SYMPK-201ENST00000245934 4195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.41□□□□□ -0.13e-6■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 SYMPK-214ENST00000599814 6537 ntTSL 2 BASIC14.22□□□□□ -0.133e-6■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 SORBS3-216ENST00000523348 680 ntTSL 211.54□□□□□ -0.562e-6■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 UBR4-206ENST00000419533 5583 ntTSL 58.99□□□□□ -0.972e-6■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 VPS28-205ENST00000526204 2120 ntTSL 522.36■■□□□ 1.173e-6■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 VPS28-209ENST00000528142 1821 ntTSL 320.98■□□□□ 0.953e-6■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 VPS28-212ENST00000530836 1613 ntTSL 520.78■□□□□ 0.923e-6■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 VPS28-208ENST00000527797 1609 ntTSL 520.67■□□□□ 0.93e-6■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 VPS28-213ENST00000530983 2337 ntTSL 520.58■□□□□ 0.893e-6■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 VPS28-207ENST00000526977 2036 ntTSL 519.12■□□□□ 0.653e-6■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 VPS28-215ENST00000531924 695 ntTSL 312.59□□□□□ -0.393e-6■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 VPS28-210ENST00000529182 1010 ntTSL 2 BASIC12.23□□□□□ -0.453e-6■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 VPS28-201ENST00000292510 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.23□□□□□ -0.453e-6■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 VPS28-202ENST00000377348 1097 ntTSL 1 (best) BASIC12.23□□□□□ -0.453e-6■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 VPS28-216ENST00000533806 650 ntTSL 311.66□□□□□ -0.543e-6■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 VPS28-214ENST00000531032 573 ntTSL 1 (best)9.71□□□□□ -0.863e-6■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 VPS28-204ENST00000526054 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.26□□□□□ -0.933e-6■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 GIT2-202ENST00000354574 5387 ntTSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.537e-7■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 RUFY2-203ENST00000388768 4502 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.477e-7■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 GIT2-220ENST00000553118 2424 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.357e-7■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 GIT2-217ENST00000551455 2014 ntTSL 216.94■□□□□ 0.37e-7■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 CCDC57-207ENST00000419322 2829 ntAPPRIS ALT2 TSL 516.46■□□□□ 0.237e-7■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 GIT2-201ENST00000320063 2094 ntTSL 5 BASIC14.62□□□□□ -0.077e-7■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 CCDC57-205ENST00000392346 2964 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.77□□□□□ -0.367e-7■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 GIT2-204ENST00000361006 5444 ntTSL 5 BASIC12.61□□□□□ -0.397e-7■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 GIT2-209ENST00000547815 2989 ntTSL 1 (best) BASIC12.24□□□□□ -0.457e-7■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 GIT2-203ENST00000355312 5466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.01□□□□□ -0.497e-7■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 GIT2-214ENST00000550186 1977 ntTSL 211.33□□□□□ -0.67e-7■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 GIT2-205ENST00000457474 5291 ntTSL 1 (best) BASIC10.91□□□□□ -0.667e-7■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 INPPL1-210ENST00000541303 1238 ntTSL 210.9□□□□□ -0.668e-23■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 RUFY2-213ENST00000602465 3863 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.81□□□□□ -0.687e-7■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 GIT2-216ENST00000551209 2127 ntTSL 5 BASIC10.63□□□□□ -0.717e-7■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 RUFY2-201ENST00000265865 2033 ntTSL 2 BASIC10.07□□□□□ -0.87e-7■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 RUFY2-210ENST00000473398 603 ntTSL 28.87□□□□□ -0.997e-7■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 GIT2-218ENST00000551721 2362 ntTSL 58.7□□□□□ -1.027e-7■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 RUFY2-211ENST00000484083 686 ntTSL 37.71□□□□□ -1.187e-7■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 RUFY2-206ENST00000463210 405 ntTSL 36.24□□□□□ -1.417e-7■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 RUFY2-208ENST00000466493 2110 ntTSL 1 (best)5.66□□□□□ -1.57e-7■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 SUN1-218ENST00000450881 513 ntTSL 414.01□□□□□ -0.172e-7■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 DOCK6-210ENST00000588666 444 ntTSL 511.62□□□□□ -0.557e-7■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 INTS11-240ENST00000531020 548 ntTSL 414.1□□□□□ -0.151e-10■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 LAMB2-202ENST00000418109 5674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.067e-7■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 LAMB2-201ENST00000305544 5643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.017e-7■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 INTS1-201ENST00000404767 6959 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.081e-6■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 RALGAPB-201ENST00000262879 8663 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.224e-7■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 RALGAPB-203ENST00000397042 8652 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.224e-7■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 RALGAPB-202ENST00000397040 8435 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.42□□□□□ -1.544e-7■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 ACADVL-206ENST00000577191 1212 ntTSL 217.65■□□□□ 0.426e-7■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 ACADVL-232ENST00000583074 410 ntTSL 516.8■□□□□ 0.282e-8■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 ACADVL-218ENST00000579391 341 ntTSL 214.55□□□□□ -0.082e-8■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 ACADVL-222ENST00000579894 429 ntTSL 212.27□□□□□ -0.452e-8■■■■□ 25.6
SF3A3Q12874 OSGEP-201ENST00000206542 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.381e-6■■■■□ 25.5
SF3A3Q12874 OSGEP-207ENST00000555223 773 ntTSL 512.88□□□□□ -0.351e-6■■■■□ 25.5
SF3A3Q12874 AC024592.3-201ENST00000592091 2118 ntTSL 218.6■□□□□ 0.572e-6■■■■□ 25.5
SF3A3Q12874 NDUFA11-205ENST00000592634 2154 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.382e-6■■■■□ 25.5
SF3A3Q12874 TEN1-CDK3-201ENST00000567351 3897 ntTSL 217.29■□□□□ 0.363e-8■■■■□ 25.5
SF3A3Q12874 TEN1-CDK3-202ENST00000569284 3287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.343e-8■■■■□ 25.5
SF3A3Q12874 NDUFA11-201ENST00000308961 539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.212e-6■■■■□ 25.5
SF3A3Q12874 NDUFA11-202ENST00000418389 2406 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.152e-6■■■■□ 25.5
SF3A3Q12874 ZGPAT-211ENST00000484569 749 ntTSL 215.33■□□□□ 0.043e-6■■■■□ 25.5
SF3A3Q12874 AC024592.3-203ENST00000585661 431 ntAPPRIS P1 TSL 215.14■□□□□ 0.012e-6■■■■□ 25.5
SF3A3Q12874 AC024592.3-202ENST00000586349 506 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.012e-6■■■■□ 25.5
SF3A3Q12874 CDK3-201ENST00000425876 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.113e-8■■■■□ 25.5
SF3A3Q12874 CDK3-202ENST00000448471 1570 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.39□□□□□ -0.113e-8■■■■□ 25.5
SF3A3Q12874 NDUFA11-206ENST00000593233 657 ntTSL 314.2□□□□□ -0.142e-6■■■■□ 25.5
SF3A3Q12874 PLXNB1-214ENST00000478171 576 ntTSL 313.66□□□□□ -0.224e-7■■■■□ 25.5
SF3A3Q12874 NUP85-215ENST00000580879 583 ntTSL 312□□□□□ -0.493e-8■■■■□ 25.5
SF3A3Q12874 CDK3-204ENST00000588812 570 ntTSL 310.35□□□□□ -0.753e-8■■■■□ 25.5
SF3A3Q12874 NUP85-218ENST00000582681 595 ntTSL 26.98□□□□□ -1.293e-8■■■■□ 25.5
SF3A3Q12874 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.861e-7■■■■□ 25.5
SF3A3Q12874 SYTL1-210ENST00000616558 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.711e-7■■■■□ 25.5
SF3A3Q12874 SYTL1-204ENST00000483926 2525 ntTSL 219.49■□□□□ 0.711e-7■■■■□ 25.5
SF3A3Q12874 SYTL1-208ENST00000543823 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.71e-7■■■■□ 25.5
SF3A3Q12874 SYTL1-201ENST00000318074 1900 ntTSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.581e-7■■■■□ 25.5
SF3A3Q12874 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.326e-7■■■■□ 25.5
SF3A3Q12874 FANCI-212ENST00000566895 4663 ntTSL 26.69□□□□□ -1.342e-6■■■■□ 25.5
SF3A3Q12874 FANCI-201ENST00000300027 4713 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC5.52□□□□□ -1.532e-6■■■■□ 25.5
SF3A3Q12874 FANCI-202ENST00000310775 4743 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.6□□□□□ -1.672e-6■■■■□ 25.5
SF3A3Q12874 FANCI-203ENST00000447611 3690 ntTSL 23.11□□□□□ -1.912e-6■■■■□ 25.5
SF3A3Q12874 FANCI-210ENST00000565522 233 ntTSL 52.94□□□□□ -1.942e-6■■■■□ 25.5
SF3A3Q12874 FANCI-204ENST00000561894 3268 ntTSL 22.73□□□□□ -1.972e-6■■■■□ 25.5
SF3A3Q12874 SRRM2-218ENST00000574331 1759 ntTSL 217.94■□□□□ 0.461e-323■■■■□ 25.5
SF3A3Q12874 SRRM2-221ENST00000574866 638 ntTSL 316.94■□□□□ 0.31e-323■■■■□ 25.5
SF3A3Q12874 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.791e-6■■■■□ 25.5
SF3A3Q12874 GRK2-201ENST00000308595 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.061e-6■■■■□ 25.5
SF3A3Q12874 GRK2-202ENST00000416281 4493 ntTSL 215.45■□□□□ 0.061e-6■■■■□ 25.5
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