Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
LIMA1Q9UHB6 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC28.15■■■□□ 2.1
LIMA1Q9UHB6 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
LIMA1Q9UHB6 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC28.14■■■□□ 2.09
LIMA1Q9UHB6 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.09
LIMA1Q9UHB6 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
LIMA1Q9UHB6 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
LIMA1Q9UHB6 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
LIMA1Q9UHB6 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
LIMA1Q9UHB6 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
LIMA1Q9UHB6 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
LIMA1Q9UHB6 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
LIMA1Q9UHB6 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
LIMA1Q9UHB6 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC28.11■■■□□ 2.09
LIMA1Q9UHB6 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
LIMA1Q9UHB6 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
LIMA1Q9UHB6 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
LIMA1Q9UHB6 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
LIMA1Q9UHB6 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
LIMA1Q9UHB6 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
LIMA1Q9UHB6 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC28.09■■■□□ 2.09
LIMA1Q9UHB6 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
LIMA1Q9UHB6 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
LIMA1Q9UHB6 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
LIMA1Q9UHB6 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
LIMA1Q9UHB6 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
LIMA1Q9UHB6 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
LIMA1Q9UHB6 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
LIMA1Q9UHB6 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC28.07■■■□□ 2.08
LIMA1Q9UHB6 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
LIMA1Q9UHB6 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
LIMA1Q9UHB6 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
LIMA1Q9UHB6 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC28.06■■■□□ 2.08
LIMA1Q9UHB6 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
LIMA1Q9UHB6 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
LIMA1Q9UHB6 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
LIMA1Q9UHB6 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC28.05■■■□□ 2.08
LIMA1Q9UHB6 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
LIMA1Q9UHB6 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
LIMA1Q9UHB6 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
LIMA1Q9UHB6 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC28.04■■■□□ 2.08
LIMA1Q9UHB6 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
LIMA1Q9UHB6 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
LIMA1Q9UHB6 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
LIMA1Q9UHB6 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC28.03■■■□□ 2.08
LIMA1Q9UHB6 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
LIMA1Q9UHB6 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC28.02■■■□□ 2.08
LIMA1Q9UHB6 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
LIMA1Q9UHB6 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
LIMA1Q9UHB6 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
LIMA1Q9UHB6 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC28.01■■■□□ 2.07
LIMA1Q9UHB6 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
LIMA1Q9UHB6 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
LIMA1Q9UHB6 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
LIMA1Q9UHB6 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
LIMA1Q9UHB6 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
LIMA1Q9UHB6 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
LIMA1Q9UHB6 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
LIMA1Q9UHB6 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC27.98■■■□□ 2.07
LIMA1Q9UHB6 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
LIMA1Q9UHB6 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC27.98■■■□□ 2.07
LIMA1Q9UHB6 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
LIMA1Q9UHB6 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
LIMA1Q9UHB6 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
LIMA1Q9UHB6 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC27.96■■■□□ 2.07
LIMA1Q9UHB6 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
LIMA1Q9UHB6 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
LIMA1Q9UHB6 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
LIMA1Q9UHB6 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
LIMA1Q9UHB6 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
LIMA1Q9UHB6 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
LIMA1Q9UHB6 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
LIMA1Q9UHB6 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC27.94■■■□□ 2.06
LIMA1Q9UHB6 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
LIMA1Q9UHB6 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC27.94■■■□□ 2.06
LIMA1Q9UHB6 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
LIMA1Q9UHB6 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
LIMA1Q9UHB6 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
LIMA1Q9UHB6 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
LIMA1Q9UHB6 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
LIMA1Q9UHB6 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
LIMA1Q9UHB6 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
LIMA1Q9UHB6 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
LIMA1Q9UHB6 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
LIMA1Q9UHB6 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
LIMA1Q9UHB6 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
LIMA1Q9UHB6 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
LIMA1Q9UHB6 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC27.91■■■□□ 2.06
LIMA1Q9UHB6 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
LIMA1Q9UHB6 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
LIMA1Q9UHB6 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
LIMA1Q9UHB6 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.06
LIMA1Q9UHB6 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC27.89■■■□□ 2.06
LIMA1Q9UHB6 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
LIMA1Q9UHB6 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
LIMA1Q9UHB6 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC27.89■■■□□ 2.06
LIMA1Q9UHB6 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC27.88■■■□□ 2.05
LIMA1Q9UHB6 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
LIMA1Q9UHB6 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
LIMA1Q9UHB6 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.1 ms