Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 FOXP1-220ENST00000614176 6384 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC9.58□□□□□ -0.882e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 DCAF1-203ENST00000504652 5951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.42□□□□□ -0.92e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 TRAP1-204ENST00000570514 412 ntTSL 29.32□□□□□ -0.922e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 AP2A2-217ENST00000529818 549 ntTSL 49.24□□□□□ -0.932e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 AP2A2-203ENST00000524559 935 ntTSL 59.21□□□□□ -0.942e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 BECN1-202ENST00000438274 1569 ntTSL 2 BASIC8.99□□□□□ -0.972e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 GNB1-204ENST00000439272 602 ntTSL 58.77□□□□□ -1.012e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 DDX41-211ENST00000510171 569 ntTSL 38.74□□□□□ -1.012e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 TRAP1-217ENST00000576788 568 ntTSL 48.7□□□□□ -1.022e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 LRP5L-205ENST00000468442 600 ntTSL 38.52□□□□□ -1.052e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 MADD-217ENST00000489415 923 ntTSL 38.47□□□□□ -1.052e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 G3BP1-205ENST00000518726 869 ntTSL 1 (best)8.41□□□□□ -1.062e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 BECN1-205ENST00000586589 731 ntTSL 38.35□□□□□ -1.072e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 KIAA0319L-206ENST00000461312 670 ntTSL 58.29□□□□□ -1.083e-6■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 GNB1-202ENST00000434686 684 ntTSL 38.25□□□□□ -1.092e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 FOXP1-203ENST00000327590 5685 ntTSL 28.23□□□□□ -1.092e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 POLR1B-204ENST00000417433 3836 ntTSL 2 BASIC8.22□□□□□ -1.092e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 ITSN1-206ENST00000381318 17015 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC8.16□□□□□ -1.12e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 TTC19-207ENST00000481107 3075 ntTSL 28.08□□□□□ -1.122e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 FOXP1-215ENST00000497355 1778 ntTSL 1 (best)8.05□□□□□ -1.122e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 SUPT20H-224ENST00000542180 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC8.03□□□□□ -1.122e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 SUPT20H-220ENST00000490716 3811 ntTSL 58□□□□□ -1.132e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 SUPT20H-205ENST00000464744 2625 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC7.99□□□□□ -1.132e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 GRAMD1A-210ENST00000599476 599 ntTSL 27.96□□□□□ -1.142e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 BECN1-208ENST00000588276 769 ntTSL 37.91□□□□□ -1.142e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 FOXP1-212ENST00000491238 2250 ntTSL 2 BASIC7.48□□□□□ -1.212e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 POLR1B-210ENST00000458012 923 ntTSL 57.42□□□□□ -1.222e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 FOXP1-208ENST00000472382 713 ntTSL 37.42□□□□□ -1.222e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 ITSN1-222ENST00000462212 1102 ntTSL 1 (best)7.41□□□□□ -1.222e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 FIZ1-202ENST00000587414 462 ntTSL 37.11□□□□□ -1.272e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 ITSN1-228ENST00000479424 647 ntTSL 1 (best)7.11□□□□□ -1.272e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 AL049650.1-201ENST00000461548 823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC6.91□□□□□ -1.32e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 GYS1-206ENST00000496048 536 ntTSL 36.68□□□□□ -1.342e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 CALM3-204ENST00000482455 650 ntTSL 46.6□□□□□ -1.352e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 ITSN1-216ENST00000428240 213 ntTSL 1 (best)6.45□□□□□ -1.382e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 ABHD15-AS1-201ENST00000581474 187 ntTSL 5 BASIC6.39□□□□□ -1.392e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 G3BP1-202ENST00000394123 10240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.26□□□□□ -1.412e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 BECN1-209ENST00000589492 597 ntTSL 26.2□□□□□ -1.422e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 BECN1-206ENST00000586754 475 ntTSL 36.18□□□□□ -1.422e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 SUPT20H-207ENST00000469488 1313 ntTSL 56.01□□□□□ -1.452e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 ITSN1-232ENST00000495656 535 ntTSL 1 (best)5.67□□□□□ -1.52e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 ITSN1-225ENST00000472548 529 ntTSL 1 (best)5.67□□□□□ -1.52e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 ITSN1-217ENST00000437126 514 ntTSL 55.47□□□□□ -1.532e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 HDAC1-204ENST00000471488 726 ntTSL 55.47□□□□□ -1.532e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 SUPT20H-217ENST00000484078 1876 ntTSL 1 (best)5.4□□□□□ -1.552e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 MIR6823-201ENST00000622118 61 ntBASIC5.34□□□□□ -1.552e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 BECN1-215ENST00000590764 854 ntTSL 25.2□□□□□ -1.582e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 MADD-212ENST00000428807 549 ntTSL 45.04□□□□□ -1.62e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 TTC19-202ENST00000465567 2801 ntTSL 1 (best)4.8□□□□□ -1.642e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 CSNK1E-214ENST00000498529 381 ntTSL 34.78□□□□□ -1.642e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 SUPT20H-206ENST00000466563 619 ntTSL 34.53□□□□□ -1.682e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 TMEM63B-203ENST00000371893 2921 ntTSL 1 (best)15.63■□□□□ 0.093e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 TMEM63B-202ENST00000323267 3198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.043e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 TMEM63B-201ENST00000259746 3318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.193e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 TMEM63B-210ENST00000534326 1934 ntTSL 213.56□□□□□ -0.243e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 MGAT4B-212ENST00000520134 592 ntTSL 319■□□□□ 0.632e-13■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 MGAT4B-221ENST00000523108 1080 ntTSL 519■□□□□ 0.632e-13■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 MGAT4B-208ENST00000519616 522 ntTSL 517.93■□□□□ 0.462e-13■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 MGAT4B-217ENST00000521305 1213 ntTSL 517.38■□□□□ 0.372e-13■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 MGAT4B-203ENST00000518168 1013 ntTSL 217.03■□□□□ 0.322e-13■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 MGAT4B-222ENST00000523329 543 ntTSL 316.43■□□□□ 0.222e-13■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 MGAT4B-215ENST00000520918 799 ntTSL 312.38□□□□□ -0.432e-13■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 TPCN1-219ENST00000552077 3293 ntTSL 217.8■□□□□ 0.448e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 TPCN1-201ENST00000335509 5274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.438e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 TPCN1-214ENST00000550785 5345 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.248e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 TPCN1-204ENST00000541517 5173 ntTSL 5 BASIC12.73□□□□□ -0.378e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 TPCN1-202ENST00000392569 2558 ntTSL 2 BASIC11.63□□□□□ -0.558e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.244e-9■■■■■ 27.1
SF3A3Q12874 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.094e-9■■■■■ 27.1
SF3A3Q12874 TMED4-204ENST00000477639 1950 ntTSL 221.75■■□□□ 1.074e-9■■■■■ 27.1
SF3A3Q12874 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.984e-9■■■■■ 27.1
SF3A3Q12874 TMED4-202ENST00000444131 545 ntTSL 415.67■□□□□ 0.14e-9■■■■■ 27.1
SF3A3Q12874 NELFE-211ENST00000492185 1786 ntTSL 220.26■□□□□ 0.835e-7■■■■■ 27.1
SF3A3Q12874 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.735e-7■■■■■ 27.1
SF3A3Q12874 NELFE-208ENST00000481121 1543 ntTSL 218.72■□□□□ 0.595e-7■■■■■ 27.1
SF3A3Q12874 NELFE-206ENST00000444811 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.425e-7■■■■■ 27.1
SF3A3Q12874 NELFE-209ENST00000488426 1855 ntTSL 512.57□□□□□ -0.45e-7■■■■■ 27.1
SF3A3Q12874 NELFE-201ENST00000375425 1405 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.28□□□□□ -0.445e-7■■■■■ 27.1
SF3A3Q12874 NELFE-205ENST00000441998 1075 ntAPPRIS ALT2 TSL 59.78□□□□□ -0.845e-7■■■■■ 27.1
SF3A3Q12874 ACADVL-214ENST00000578711 1732 nt16.5■□□□□ 0.231e-8■■■■■ 27.1
SF3A3Q12874 ACADVL-220ENST00000579546 582 ntTSL 515.4■□□□□ 0.061e-8■■■■■ 27.1
SF3A3Q12874 ACADVL-204ENST00000542255 1016 ntTSL 515.1■□□□□ 0.011e-8■■■■■ 27.1
SF3A3Q12874 AKT1-205ENST00000553506 2830 ntTSL 220.42■□□□□ 0.863e-7■■■■■ 27.1
SF3A3Q12874 AKT1-218ENST00000557552 8396 ntTSL 517.92■□□□□ 0.463e-7■■■■■ 27.1
SF3A3Q12874 AKT1-204ENST00000544168 1564 ntTSL 217.22■□□□□ 0.353e-7■■■■■ 27.1
SF3A3Q12874 PHKA2-203ENST00000469485 1945 ntTSL 217.44■□□□□ 0.381e-6■■■■■ 27.1
SF3A3Q12874 PPP6R2-207ENST00000470046 1211 ntTSL 216.64■□□□□ 0.252e-8■■■■■ 27.1
SF3A3Q12874 MAP2K3-205ENST00000477540 927 ntTSL 213.47□□□□□ -0.254e-8■■■■■ 27.1
SF3A3Q12874 RTEL1-TNFRSF6B-201ENST00000480273 5751 ntTSL 219.1■□□□□ 0.654e-7■■■■■ 27.1
SF3A3Q12874 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.923e-6■■■■■ 27.1
SF3A3Q12874 MFSD3-203ENST00000528047 1433 ntTSL 319.83■□□□□ 0.763e-6■■■■■ 27.1
SF3A3Q12874 MFSD3-202ENST00000526749 852 ntTSL 217.19■□□□□ 0.343e-6■■■■■ 27.1
SF3A3Q12874 MFSD3-204ENST00000534427 849 ntTSL 215.22■□□□□ 0.033e-6■■■■■ 27.1
SF3A3Q12874 RGS3-214ENST00000466314 550 ntTSL 414.02□□□□□ -0.175e-8■■■■■ 27.1
SF3A3Q12874 RGS3-213ENST00000464306 563 ntTSL 413.57□□□□□ -0.245e-8■■■■■ 27.1
SF3A3Q12874 CEP131-207ENST00000573053 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 521.22■□□□□ 0.991e-6■■■■■ 27
SF3A3Q12874 MAST2-201ENST00000361297 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.144e-8■■■■■ 27
SF3A3Q12874 MAST2-202ENST00000372008 2528 ntTSL 512.66□□□□□ -0.384e-8■■■■■ 27
SF3A3Q12874 DMKN-236ENST00000472065 426 ntTSL 414.9□□□□□ -0.024e-7■■■■■ 27
SF3A3Q12874 DMKN-232ENST00000470857 560 ntTSL 410.52□□□□□ -0.734e-7■■■■■ 27
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