Protein–RNA interactions for Protein: Q92900

UPF1, Regulator of nonsense transcripts 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,129 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF1Q92900 SLC4A1-206ENST00000631130 1433 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.492e-6■■■■■ 31.7
UPF1Q92900 PRELID3A-208ENST00000590956 777 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.558e-7■■■■■ 31.7
UPF1Q92900 PRELID3A-206ENST00000589565 777 ntTSL 323.69■■□□□ 1.388e-7■■■■■ 31.7
UPF1Q92900 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.44e-7■■■■■ 31.7
UPF1Q92900 HECTD4-209ENST00000549141 564 ntTSL 25.39□□□□□ -1.553e-7■■■■■ 31.7
UPF1Q92900 SEC14L1-205ENST00000443798 2908 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.249e-8■■■■■ 31.7
UPF1Q92900 SEC14L1-204ENST00000436233 5295 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.25□□□□□ -0.459e-8■■■■■ 31.7
UPF1Q92900 SEC14L1-202ENST00000430767 5283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC11.87□□□□□ -0.519e-8■■■■■ 31.7
UPF1Q92900 SEC14L1-201ENST00000392476 2957 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC10.43□□□□□ -0.749e-8■■■■■ 31.7
UPF1Q92900 SDF4-206ENST00000478938 2591 ntTSL 220.19■□□□□ 0.825e-9■■■■■ 31.6
UPF1Q92900 SDF4-207ENST00000494748 3516 ntTSL 214.53□□□□□ -0.085e-9■■■■■ 31.6
UPF1Q92900 ADM-203ENST00000525063 867 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.51■□□□□ 0.711e-8■■■■■ 31.6
UPF1Q92900 SUN1-222ENST00000457861 2975 ntTSL 215.26■□□□□ 0.037e-8■■■■■ 31.6
UPF1Q92900 C19orf48-207ENST00000596655 1639 ntTSL 226■■□□□ 1.751e-15■■■■■ 31.6
UPF1Q92900 C19orf48-202ENST00000391812 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.511e-15■■■■■ 31.6
UPF1Q92900 C19orf48-201ENST00000345523 1503 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.431e-15■■■■■ 31.6
UPF1Q92900 C19orf48-216ENST00000641834 1718 nt17.68■□□□□ 0.421e-15■■■■■ 31.6
UPF1Q92900 C19orf48-210ENST00000598463 1844 ntTSL 1 (best)16.36■□□□□ 0.211e-15■■■■■ 31.6
UPF1Q92900 AL138756.1-201ENST00000563434 4488 ntTSL 2 BASIC8.47□□□□□ -1.052e-7■■■■■ 31.6
UPF1Q92900 DENND1A-203ENST00000373624 5010 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.564e-7■■■■■ 31.6
UPF1Q92900 DENND1A-206ENST00000473039 4800 ntTSL 1 (best)11.73□□□□□ -0.534e-7■■■■■ 31.6
UPF1Q92900 NUCB1-212ENST00000492367 1515 ntTSL 223.25■■□□□ 1.317e-10■■■■■ 31.5
UPF1Q92900 NUCB1-202ENST00000407032 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.357e-10■■■■■ 31.5
UPF1Q92900 NUCB1-201ENST00000405315 2668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.127e-10■■■■■ 31.5
UPF1Q92900 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.084e-9■■■■■ 31.5
UPF1Q92900 SLC29A1-202ENST00000371713 2168 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.984e-9■■■■■ 31.5
UPF1Q92900 SLC29A1-203ENST00000371724 2275 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.664e-9■■■■■ 31.5
UPF1Q92900 SLC29A1-208ENST00000393844 2326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.554e-9■■■■■ 31.5
UPF1Q92900 SLC29A1-206ENST00000371755 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.534e-9■■■■■ 31.5
UPF1Q92900 SLC29A1-205ENST00000371740 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.244e-9■■■■■ 31.5
UPF1Q92900 SLC29A1-204ENST00000371731 2258 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.234e-9■■■■■ 31.5
UPF1Q92900 SLC29A1-209ENST00000427851 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.24e-9■■■■■ 31.5
UPF1Q92900 SLC29A1-201ENST00000371708 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.084e-9■■■■■ 31.5
UPF1Q92900 DGAT1-206ENST00000528718 3711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.051e-6■■■■■ 31.5
UPF1Q92900 MED29-202ENST00000594368 1471 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.44e-8■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 MED29-204ENST00000599213 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.184e-8■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 MED29-205ENST00000599417 2941 ntTSL 214.71□□□□□ -0.064e-8■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 MED29-201ENST00000315588 3653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.6□□□□□ -0.554e-8■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 MED29-207ENST00000615911 3565 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.3□□□□□ -0.64e-8■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 MPDU1-208ENST00000571877 1195 ntTSL 1 (best)19.32■□□□□ 0.685e-9■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 PTK7-202ENST00000230419 4272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.299e-8■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 PTK7-216ENST00000489707 1935 ntTSL 1 (best)16.5■□□□□ 0.239e-8■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 PTK7-208ENST00000470019 4016 ntTSL 515.45■□□□□ 0.069e-8■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 PTK7-201ENST00000230418 3958 ntTSL 1 (best)15.02□□□□□ -0.019e-8■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 PTK7-215ENST00000487673 5282 ntTSL 214.68□□□□□ -0.069e-8■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 PTK7-205ENST00000352931 4023 ntTSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.099e-8■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 PTK7-203ENST00000345201 4071 ntTSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.129e-8■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 PTK7-204ENST00000349241 3801 ntTSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.299e-8■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 GPRC5C-211ENST00000582873 393 ntTSL 334.28■■■■□ 3.089e-34■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 TRIM25-201ENST00000316881 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.116e-7■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 TRIM25-202ENST00000537230 2906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.275e-7■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 CDIP1-206ENST00000563507 1463 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.123e-11■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 FADS1-206ENST00000460649 1559 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.512e-10■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 SERPINA7-202ENST00000372563 1600 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC7.72□□□□□ -1.175e-10■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 SERPINA7-201ENST00000327674 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.9□□□□□ -1.475e-10■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 CPN2-201ENST00000323830 3028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.1□□□□□ -0.152e-7■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.762e-7■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.584e-9■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 C7orf49-209ENST00000483029 596 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.542e-7■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.52e-7■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 CBY1-211ENST00000619293 1118 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.452e-7■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 CBY1-202ENST00000396811 1269 ntAPPRIS P1 TSL 223.89■■□□□ 1.412e-7■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.342e-7■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 AMDHD2-210ENST00000565570 1844 ntTSL 522.37■■□□□ 1.172e-7■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 CBY1-201ENST00000216029 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.062e-7■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 SNX1-203ENST00000558040 774 ntTSL 521.04■□□□□ 0.962e-7■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 TPRN-201ENST00000333046 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 219.34■□□□□ 0.694e-9■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 CBY1-208ENST00000489847 776 ntTSL 219.17■□□□□ 0.662e-7■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 MEGF8-204ENST00000593647 2691 ntTSL 1 (best)18.45■□□□□ 0.542e-7■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 FKRP-202ENST00000391909 2801 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.522e-7■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 NUPR1-203ENST00000567646 598 ntTSL 318.11■□□□□ 0.492e-7■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 RPUSD4-203ENST00000526942 1791 ntTSL 517.96■□□□□ 0.472e-8■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 C7orf49-206ENST00000472428 723 ntTSL 216.94■□□□□ 0.32e-7■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 C7orf49-207ENST00000477820 531 ntTSL 316.94■□□□□ 0.32e-7■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 FKRP-201ENST00000318584 3332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.082e-7■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 SNX1-212ENST00000560861 850 ntTSL 314.32□□□□□ -0.122e-7■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 AMDHD2-202ENST00000302956 3273 ntTSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.182e-7■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 MEGF8-201ENST00000251268 9549 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.19□□□□□ -0.32e-7■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 TPRN-203ENST00000477345 3350 ntTSL 1 (best)12.75□□□□□ -0.374e-9■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 NUPR1-201ENST00000324873 5491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.96□□□□□ -0.652e-7■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 FKRP-220ENST00000600646 584 ntTSL 310.4□□□□□ -0.742e-7■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 NUPR1-202ENST00000395641 550 ntTSL 2 BASIC10.39□□□□□ -0.752e-7■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 SNX1-202ENST00000380285 8119 ntTSL 1 (best)9.35□□□□□ -0.912e-7■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 FKRP-214ENST00000597339 420 ntTSL 58.78□□□□□ -12e-7■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 LMAN2L-204ENST00000434865 1163 ntTSL 222.1■■□□□ 1.135e-7■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 LMAN2L-205ENST00000440610 1008 ntTSL 222.09■■□□□ 1.135e-7■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 LMAN2L-206ENST00000446780 1400 ntTSL 220.89■□□□□ 0.945e-7■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 TMEM120B-201ENST00000342607 2766 ntTSL 223.06■■□□□ 1.285e-7■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 TMEM120B-207ENST00000541467 2959 ntTSL 513.66□□□□□ -0.225e-7■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 TMEM120B-204ENST00000449592 7461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.381e-6■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 NMT1-206ENST00000587670 537 ntTSL 321.7■■□□□ 1.067e-12■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 MKL1-213ENST00000620651 3757 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.147e-7■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 MKL1-210ENST00000614754 3917 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.037e-7■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 MKL1-211ENST00000618196 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.017e-7■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 MKL1-202ENST00000396617 4505 ntTSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.127e-7■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 MKL1-203ENST00000402042 4343 ntTSL 1 (best) BASIC14.17□□□□□ -0.147e-7■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 MKL1-205ENST00000407029 4091 ntTSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.187e-7■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 MKL1-201ENST00000355630 4496 ntTSL 1 (best) BASIC13.27□□□□□ -0.287e-7■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 CDC42EP4-201ENST00000335793 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.353e-7■■■■■ 31.4
UPF1Q92900 CDC42EP4-202ENST00000439510 2879 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.243e-7■■■■■ 31.4
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