Protein–RNA interactions for Protein: Q92900

UPF1, Regulator of nonsense transcripts 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,129 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF1Q92900 FADS2-213ENST00000523235 5073 ntTSL 214.02□□□□□ -0.176e-12■■■■■ 255.4
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UPF1Q92900 FADS2-201ENST00000257261 2964 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.16e-12■■■■■ 251.3
UPF1Q92900 LASP1-204ENST00000435347 3492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.329e-33■■■■■ 216.6
UPF1Q92900 LASP1-201ENST00000318008 4109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.589e-33■■■■■ 216.6
UPF1Q92900 LASP1-203ENST00000433206 4023 ntTSL 2 BASIC10.9□□□□□ -0.679e-33■■■■■ 216.6
UPF1Q92900 USP22-209ENST00000579645 1906 ntTSL 523.32■■□□□ 1.321e-36■■■■■ 173.6
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UPF1Q92900 NDUFC2-KCTD14-201ENST00000528251 566 ntTSL 4 BASIC17.13■□□□□ 0.335e-10■■■■■ 173.1
UPF1Q92900 NDUFC2-201ENST00000281031 2518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.035e-10■■■■■ 173.1
UPF1Q92900 NDUFC2-KCTD14-204ENST00000614236 386 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.025e-10■■■■■ 173.1
UPF1Q92900 NDUFC2-KCTD14-203ENST00000612612 530 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.21□□□□□ -0.135e-10■■■■■ 173.1
UPF1Q92900 NDUFC2-203ENST00000527806 1888 ntTSL 2 BASIC13.13□□□□□ -0.315e-10■■■■■ 173.1
UPF1Q92900 IGF2BP1-202ENST00000431824 1317 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.331e-323■■■■■ 164.2
UPF1Q92900 AP001505.2-201ENST00000616815 443 ntBASIC21.32■■□□□ 12e-13■■■■■ 163.4
UPF1Q92900 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.057e-28■■■■■ 160.4
UPF1Q92900 THEM6-203ENST00000520217 551 ntTSL 318.82■□□□□ 0.67e-28■■■■■ 160.4
UPF1Q92900 THEM6-202ENST00000518798 2279 ntTSL 216.8■□□□□ 0.287e-28■■■■■ 160.4
UPF1Q92900 ANGPTL8-203ENST00000591200 504 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.981e-58■■■■■ 160.2
UPF1Q92900 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.342e-20■■■■■ 152.4
UPF1Q92900 CTSB-211ENST00000526481 660 ntTSL 518.6■□□□□ 0.572e-29■■■■■ 151.5
UPF1Q92900 CTSB-202ENST00000353047 3875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.392e-29■■■■■ 151.5
UPF1Q92900 METTL7A-204ENST00000550097 1846 ntTSL 518.17■□□□□ 0.53e-63■■■■■ 149.7
UPF1Q92900 METTL7A-202ENST00000547104 1825 ntTSL 1 (best)17.24■□□□□ 0.353e-63■■■■■ 149.7
UPF1Q92900 METTL7A-201ENST00000332160 3390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.68□□□□□ -0.73e-63■■■■■ 149.7
UPF1Q92900 METTL7A-203ENST00000548553 4076 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC9.6□□□□□ -0.873e-63■■■■■ 149.7
UPF1Q92900 TMBIM1-215ENST00000445635 1251 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.073e-42■■■■■ 148
UPF1Q92900 FADS2-210ENST00000522056 1689 ntTSL 2 BASIC19.73■□□□□ 0.756e-11■■■■■ 147.8
UPF1Q92900 ZFAND3-204ENST00000440482 821 ntTSL 320.26■□□□□ 0.837e-35■■■■■ 146.2
UPF1Q92900 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC41.78■■■■■ 4.281e-32■■■■■ 145.6
UPF1Q92900 APOL1-203ENST00000397279 1564 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.234e-30■■■■■ 144.9
UPF1Q92900 PTTG1IP-203ENST00000397887 2413 ntTSL 4 BASIC20.34■□□□□ 0.858e-58■■■■■ 144.8
UPF1Q92900 PTTG1IP-204ENST00000445724 2497 ntTSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.698e-58■■■■■ 144.8
UPF1Q92900 PTTG1IP-201ENST00000330938 2760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.368e-58■■■■■ 144.8
UPF1Q92900 SCD-201ENST00000370355 5362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.93□□□□□ -0.985e-83■■■■■ 143.6
UPF1Q92900 SURF4-207ENST00000545297 2863 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.398e-33■■■■■ 140.1
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UPF1Q92900 SURF4-209ENST00000618229 3200 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.088e-33■■■■■ 140.1
UPF1Q92900 SURF4-202ENST00000371989 2984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.088e-33■■■■■ 140.1
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UPF1Q92900 ORMDL3-203ENST00000579287 349 ntTSL 317.14■□□□□ 0.331e-37■■■■■ 138.8
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UPF1Q92900 APOL1-201ENST00000319136 3000 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.11□□□□□ -0.633e-30■■■■■ 138.3
UPF1Q92900 APOL1-202ENST00000397278 2918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.72□□□□□ -0.693e-30■■■■■ 138.3
UPF1Q92900 APOL1-205ENST00000422706 2901 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC9.52□□□□□ -0.883e-30■■■■■ 138.3
UPF1Q92900 TMBIM1-201ENST00000258412 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.863e-26■■■■■ 135.7
UPF1Q92900 TMBIM1-202ENST00000396809 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.263e-26■■■■■ 135.7
UPF1Q92900 TMBIM1-219ENST00000465082 2874 ntTSL 213.36□□□□□ -0.273e-26■■■■■ 135.7
UPF1Q92900 TMBIM1-214ENST00000444881 2936 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.24□□□□□ -0.613e-26■■■■■ 135.7
UPF1Q92900 PGAM5-203ENST00000498926 2834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.832e-12■■■■■ 135.1
UPF1Q92900 ORMDL3-201ENST00000304046 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.652e-32■■■■■ 131.1
UPF1Q92900 ORMDL3-204ENST00000579695 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.612e-32■■■■■ 131.1
UPF1Q92900 ANGPTL8-201ENST00000252453 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.961e-12■■■■■ 130.1
UPF1Q92900 ANGPTL8-204ENST00000616433 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.811e-12■■■■■ 130.1
UPF1Q92900 ANGPTL8-202ENST00000587543 432 ntTSL 1 (best)17.15■□□□□ 0.341e-12■■■■■ 130.1
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UPF1Q92900 PPP5C-213ENST00000527623 1215 ntTSL 228.44■■■□□ 2.144e-35■■■■■ 124.7
UPF1Q92900 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.384e-35■■■■■ 124.7
UPF1Q92900 PPP5C-206ENST00000486994 2209 ntTSL 222.39■■□□□ 1.184e-35■■■■■ 124.7
UPF1Q92900 PPP5C-202ENST00000391919 1929 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.154e-35■■■■■ 124.7
UPF1Q92900 PPP5C-205ENST00000478046 1886 ntTSL 1 (best)19.09■□□□□ 0.654e-35■■■■■ 124.7
UPF1Q92900 PPP5C-207ENST00000487483 4675 ntTSL 515.44■□□□□ 0.064e-35■■■■■ 124.7
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UPF1Q92900 SLC2A8-211ENST00000484208 402 ntTSL 315.14■□□□□ 0.012e-28■■■■■ 122.2
UPF1Q92900 FAM168A-204ENST00000450446 1364 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.892e-11■■■■■ 119.1
UPF1Q92900 FAM168A-202ENST00000356467 1767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.692e-11■■■■■ 119.1
UPF1Q92900 LASP1-205ENST00000443937 1482 ntTSL 1 (best)22.08■■□□□ 1.121e-31■■■■■ 118.8
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UPF1Q92900 TXN2-202ENST00000403313 912 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.28■□□□□ 0.24e-26■■■■■ 118.1
UPF1Q92900 PACSIN3-210ENST00000533686 443 ntTSL 321.83■■□□□ 1.093e-66■■■■■ 117.9
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UPF1Q92900 CTSB-220ENST00000531089 1436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.225e-29■■■■■ 114
UPF1Q92900 CTSB-222ENST00000531551 1855 ntTSL 1 (best)22.65■■□□□ 1.225e-29■■■■■ 114
UPF1Q92900 CTSB-219ENST00000530640 1389 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.25e-29■■■■■ 114
UPF1Q92900 CTSB-204ENST00000453527 2011 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.775e-29■■■■■ 114
UPF1Q92900 CTSB-232ENST00000534510 1989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.435e-29■■■■■ 114
UPF1Q92900 CTSB-201ENST00000345125 2028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.45e-29■■■■■ 114
UPF1Q92900 CTSB-228ENST00000533455 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.275e-29■■■■■ 114
UPF1Q92900 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.851e-39■■■■■ 113.4
UPF1Q92900 PTPA-213ENST00000419582 952 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.491e-39■■■■■ 113.4
UPF1Q92900 PTPA-217ENST00000434095 870 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.071e-39■■■■■ 113.4
UPF1Q92900 LBH-208ENST00000467242 1689 ntTSL 229.93■■■□□ 2.382e-17■■■■■ 112.5
UPF1Q92900 NCLN-203ENST00000587740 1210 ntTSL 1 (best)24.02■■□□□ 1.443e-12■■■■■ 112.2
UPF1Q92900 NCLN-206ENST00000591062 460 ntTSL 520.43■□□□□ 0.863e-12■■■■■ 112.2
UPF1Q92900 NCLN-208ENST00000592737 2735 ntTSL 316.22■□□□□ 0.193e-12■■■■■ 112.2
UPF1Q92900 NCLN-201ENST00000246117 4005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.243e-12■■■■■ 112.2
UPF1Q92900 ARF1-208ENST00000478336 930 ntTSL 232.87■■■□□ 2.853e-93■■■■■ 111.5
UPF1Q92900 ARF1-203ENST00000470558 820 ntTSL 221.35■■□□□ 1.013e-93■■■■■ 111.5
UPF1Q92900 GJB1-203ENST00000374029 1587 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.641e-44■■■■■ 110.8
UPF1Q92900 GJB1-201ENST00000361726 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.31e-44■■■■■ 110.8
UPF1Q92900 GJB1-202ENST00000374022 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.211e-44■■■■■ 110.8
UPF1Q92900 EFNA1-203ENST00000469878 1288 ntTSL 319.82■□□□□ 0.761e-35■■■■■ 108.6
UPF1Q92900 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.39■■■□□ 2.787e-36■■■■■ 108.3
UPF1Q92900 EFNA1-201ENST00000368406 1444 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.337e-36■■■■■ 108.3
UPF1Q92900 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.328e-26■■■■■ 105.7
UPF1Q92900 SDHC-202ENST00000367975 13566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.02□□□□□ -1.618e-26■■■■■ 105.7
UPF1Q92900 NFE2L1-203ENST00000362042 4774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.83□□□□□ -0.25e-20■■■■■ 103.5
UPF1Q92900 NFE2L1-222ENST00000585291 4390 ntTSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.265e-20■■■■■ 103.5
UPF1Q92900 NFE2L1-202ENST00000361665 4729 ntTSL 5 BASIC13.22□□□□□ -0.295e-20■■■■■ 103.5
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