Protein–RNA interactions for Protein: O43172

PRPF4, U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 522 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PRPF4O43172 SPTBN1-203ENST00000389980 2164 ntTSL 1 (best)12.26□□□□□ -0.451e-16■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.483e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 ARPC2-214ENST00000480062 508 ntTSL 224.17■■□□□ 1.463e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.453e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 ARPC2-204ENST00000420104 482 ntTSL 324.02■■□□□ 1.443e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 ARPC2-217ENST00000489598 1039 ntTSL 224.02■■□□□ 1.443e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 ARPC2-203ENST00000414983 713 ntTSL 323.46■■□□□ 1.353e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 ARPC2-218ENST00000491780 577 ntTSL 423.24■■□□□ 1.313e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 ARPC2-205ENST00000420201 732 ntTSL 322.79■■□□□ 1.243e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 AC145207.2-201ENST00000576021 479 ntTSL 319.01■□□□□ 0.633e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 TELO2-206ENST00000567427 634 ntTSL 318.9■□□□□ 0.623e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 SORBS3-208ENST00000520207 576 ntTSL 218.77■□□□□ 0.63e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 NCLN-208ENST00000592737 2735 ntTSL 318.07■□□□□ 0.483e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 SORBS3-206ENST00000519127 209 ntTSL 217.56■□□□□ 0.43e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 TRMT61A-201ENST00000299202 2827 ntTSL 1 (best)17.04■□□□□ 0.323e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 TELO2-208ENST00000569744 575 ntTSL 516.75■□□□□ 0.273e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 RABL6-205ENST00000435930 3328 ntTSL 215.81■□□□□ 0.123e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 TELO2-207ENST00000568240 1327 ntTSL 1 (best)15.67■□□□□ 0.13e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 VCP-207ENST00000493886 2942 ntTSL 214.21□□□□□ -0.133e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 VCP-201ENST00000358901 4370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.09□□□□□ -0.153e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 NCLN-206ENST00000591062 460 ntTSL 513.86□□□□□ -0.193e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 TRMT61A-202ENST00000389749 3229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.81□□□□□ -0.23e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 METTL3-214ENST00000545788 545 ntTSL 213.69□□□□□ -0.223e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 METTL3-209ENST00000542054 975 ntTSL 213.38□□□□□ -0.273e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 METTL3-205ENST00000536201 1592 ntTSL 213.35□□□□□ -0.273e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 SORBS3-204ENST00000517962 885 ntTSL 211.89□□□□□ -0.513e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 METTL3-202ENST00000367606 802 ntTSL 411.6□□□□□ -0.553e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 METTL3-213ENST00000545319 563 ntTSL 410.23□□□□□ -0.773e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 METTL3-207ENST00000538267 1553 ntTSL 210.15□□□□□ -0.783e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 ARPC2-208ENST00000465395 816 ntTSL 27.39□□□□□ -1.233e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 PPP1R10-206ENST00000484449 605 ntTSL 54.63□□□□□ -1.671e-8■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 PPP1R10-204ENST00000473954 470 ntTSL 33.82□□□□□ -1.81e-8■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 ARPC2-213ENST00000478612 528 ntTSL 32.45□□□□□ -2.023e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.225e-6■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.215e-6■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 KIFC3-213ENST00000563028 681 ntTSL 422.29■■□□□ 1.165e-6■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.161e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.085e-6■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 KIFC3-223ENST00000565684 623 ntTSL 521.5■■□□□ 1.035e-6■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 CCNDBP1-205ENST00000564630 2079 ntTSL 521.28■■□□□ 15e-6■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 TNFRSF14-212ENST00000475523 1645 ntTSL 1 (best)21.18■□□□□ 0.981e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 LINC00482-201ENST00000332012 2023 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.855e-6■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 CCNDBP1-208ENST00000566515 1634 ntTSL 519.86■□□□□ 0.775e-6■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 SPHK1-207ENST00000590959 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.765e-6■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 LTBP4-201ENST00000204005 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.725e-6■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.721e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 MARF1-206ENST00000548216 2529 ntTSL 519.36■□□□□ 0.695e-6■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 LTBP4-206ENST00000546155 1285 ntTSL 219.09■□□□□ 0.655e-6■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 SNHG12-201ENST00000461448 1629 ntTSL 1 (best)19.02■□□□□ 0.641e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 LTBP4-232ENST00000610893 578 ntTSL 418.94■□□□□ 0.625e-6■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 SNHG12-206ENST00000474814 1903 ntTSL 218.45■□□□□ 0.541e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 TNFRSF14-210ENST00000466750 2603 ntTSL 218.4■□□□□ 0.541e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 TMEM94-219ENST00000581453 807 ntTSL 318.35■□□□□ 0.535e-6■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 LTBP4-239ENST00000622565 756 ntTSL 418.29■□□□□ 0.525e-6■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 LTBP4-212ENST00000595118 2446 ntTSL 218.25■□□□□ 0.515e-6■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 LTBP4-203ENST00000308370 4948 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.55e-6■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 TNFRSF14-205ENST00000435221 1225 ntAPPRIS ALT2 TSL 217.79■□□□□ 0.441e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 LTBP4-205ENST00000396819 4764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.375e-6■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 LTBP4-231ENST00000602251 671 ntTSL 217.38■□□□□ 0.375e-6■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 LTBP4-229ENST00000601032 2019 ntTSL 1 (best)17.35■□□□□ 0.375e-6■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 SNHG12-203ENST00000464115 712 ntTSL 317.27■□□□□ 0.361e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 SNHG12-208ENST00000481220 751 ntTSL 317.27■□□□□ 0.361e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 SF3A2-201ENST00000221494 1963 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.35e-6■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 CCNDBP1-204ENST00000563065 1450 ntTSL 216.49■□□□□ 0.235e-6■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 ARRB1-210ENST00000532525 925 ntTSL 516.34■□□□□ 0.211e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 CCNDBP1-211ENST00000567434 713 ntTSL 316.33■□□□□ 0.25e-6■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 RABGEF1-204ENST00000442563 553 ntTSL 416.04■□□□□ 0.165e-6■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 TMEM94-212ENST00000579898 2596 ntTSL 215.99■□□□□ 0.155e-6■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 SF3A2-203ENST00000587637 501 ntTSL 215.9■□□□□ 0.145e-6■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 CCNDBP1-215ENST00000569745 1356 ntTSL 515.62■□□□□ 0.095e-6■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 CCNDBP1-201ENST00000300213 3660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.065e-6■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 LTBP4-207ENST00000593463 573 ntTSL 415.34■□□□□ 0.055e-6■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 LTBP4-236ENST00000618486 567 ntTSL 415.34■□□□□ 0.055e-6■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 AHSA2-205ENST00000471542 1971 ntTSL 215.25■□□□□ 0.031e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 LTBP4-226ENST00000599724 910 ntTSL 515.08■□□□□ 05e-6■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 CCDC144NL-AS1-212ENST00000580056 521 ntTSL 415.01□□□□□ -0.015e-6■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 LTBP4-202ENST00000243562 3140 ntTSL 214.95□□□□□ -0.025e-6■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 TNFRSF14-202ENST00000409119 896 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC14.77□□□□□ -0.051e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 LTBP4-233ENST00000612121 755 ntTSL 314.66□□□□□ -0.065e-6■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 TNFRSF14-207ENST00000451778 827 ntAPPRIS ALT2 TSL 314.6□□□□□ -0.071e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 LTBP4-234ENST00000612845 527 ntTSL 414.31□□□□□ -0.125e-6■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 NPHP3-ACAD11-201ENST00000471702 7784 ntTSL 2 BASIC14.22□□□□□ -0.131e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 SF3A2-202ENST00000586396 543 ntAPPRIS ALT2 TSL 314.21□□□□□ -0.135e-6■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 TMEM94-231ENST00000584694 528 ntTSL 514.09□□□□□ -0.155e-6■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 FLOT1-207ENST00000454845 629 ntTSL 314.06□□□□□ -0.165e-6■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 SNHG12-210ENST00000483436 682 ntTSL 3 BASIC14.01□□□□□ -0.171e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 SF3A2-206ENST00000592314 885 ntTSL 513.98□□□□□ -0.175e-6■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 TNFRSF14-216ENST00000496064 1480 ntTSL 213.96□□□□□ -0.171e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 TNFRSF14-204ENST00000434817 834 ntAPPRIS ALT2 TSL 313.95□□□□□ -0.181e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 MCF2L-220ENST00000464800 720 ntTSL 213.91□□□□□ -0.185e-6■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 TMEM94-205ENST00000577247 922 ntTSL 513.91□□□□□ -0.185e-6■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 LTBP4-228ENST00000600499 580 ntTSL 213.87□□□□□ -0.195e-6■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 RABGEF1-210ENST00000437078 4319 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.81□□□□□ -0.25e-6■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 SNHG12-209ENST00000481368 1588 ntTSL 1 (best)13.64□□□□□ -0.231e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 ACAD11-204ENST00000481970 1891 ntTSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.261e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 SNHG12-202ENST00000461832 675 ntTSL 213.21□□□□□ -0.291e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 ARRB1-203ENST00000524400 593 ntTSL 413.11□□□□□ -0.311e-7■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 SPATS2L-205ENST00000409151 1979 ntTSL 2 BASIC13.01□□□□□ -0.335e-6■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 FLOT1-205ENST00000438162 888 ntTSL 512.94□□□□□ -0.345e-6■□□□□ 8.1
PRPF4O43172 LINC00482-202ENST00000577000 461 ntTSL 312.88□□□□□ -0.355e-6■□□□□ 8.1
Retrieved 100 of 20,551 protein–RNA pairs in 78.6 ms