Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC20.83■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
USF3Q68DE3 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
USF3Q68DE3 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
USF3Q68DE3 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
USF3Q68DE3 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC20.82■□□□□ 0.92
USF3Q68DE3 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC20.81■□□□□ 0.92
USF3Q68DE3 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
USF3Q68DE3 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
USF3Q68DE3 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
USF3Q68DE3 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
USF3Q68DE3 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
USF3Q68DE3 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC20.81■□□□□ 0.92
USF3Q68DE3 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
USF3Q68DE3 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC20.8■□□□□ 0.92
USF3Q68DE3 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC20.8■□□□□ 0.92
USF3Q68DE3 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
USF3Q68DE3 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
USF3Q68DE3 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
USF3Q68DE3 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
USF3Q68DE3 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
USF3Q68DE3 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC20.8■□□□□ 0.92
USF3Q68DE3 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
USF3Q68DE3 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
USF3Q68DE3 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
USF3Q68DE3 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
USF3Q68DE3 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
USF3Q68DE3 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.78■□□□□ 0.92
USF3Q68DE3 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
USF3Q68DE3 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
USF3Q68DE3 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC20.78■□□□□ 0.92
USF3Q68DE3 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
USF3Q68DE3 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
USF3Q68DE3 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
USF3Q68DE3 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
USF3Q68DE3 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
USF3Q68DE3 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
USF3Q68DE3 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
USF3Q68DE3 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
USF3Q68DE3 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
USF3Q68DE3 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
USF3Q68DE3 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.91
USF3Q68DE3 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC20.76■□□□□ 0.91
USF3Q68DE3 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
USF3Q68DE3 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
USF3Q68DE3 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
USF3Q68DE3 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
USF3Q68DE3 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
USF3Q68DE3 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
USF3Q68DE3 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
USF3Q68DE3 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
USF3Q68DE3 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
USF3Q68DE3 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
USF3Q68DE3 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
USF3Q68DE3 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC20.74■□□□□ 0.91
USF3Q68DE3 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
USF3Q68DE3 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
USF3Q68DE3 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
USF3Q68DE3 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
USF3Q68DE3 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
USF3Q68DE3 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC20.74■□□□□ 0.91
USF3Q68DE3 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
USF3Q68DE3 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
USF3Q68DE3 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
USF3Q68DE3 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
USF3Q68DE3 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
USF3Q68DE3 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC20.73■□□□□ 0.91
USF3Q68DE3 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
USF3Q68DE3 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
USF3Q68DE3 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
USF3Q68DE3 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
USF3Q68DE3 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
USF3Q68DE3 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
USF3Q68DE3 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
USF3Q68DE3 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
USF3Q68DE3 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
USF3Q68DE3 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
USF3Q68DE3 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
USF3Q68DE3 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC20.71■□□□□ 0.91
USF3Q68DE3 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC20.71■□□□□ 0.91
USF3Q68DE3 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
USF3Q68DE3 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC20.71■□□□□ 0.91
USF3Q68DE3 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
USF3Q68DE3 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
USF3Q68DE3 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
USF3Q68DE3 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.9 ms