Protein–RNA interactions for Protein: Q92900

UPF1, Regulator of nonsense transcripts 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,129 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF1Q92900 NDRG2-226ENST00000554104 2146 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.283e-7■■■■■ 54.3
UPF1Q92900 NDRG2-274ENST00000557633 527 ntTSL 315.74■□□□□ 0.113e-7■■■■■ 54.3
UPF1Q92900 NDRG2-251ENST00000556147 2880 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC14.29□□□□□ -0.123e-7■■■■■ 54.3
UPF1Q92900 NDRG2-258ENST00000556716 2718 ntTSL 214.14□□□□□ -0.153e-7■■■■■ 54.3
UPF1Q92900 LMNB2-202ENST00000475819 885 ntTSL 524.71■■□□□ 1.554e-22■■■■■ 54.3
UPF1Q92900 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.79■■■□□ 2.524e-7■■■■■ 54.3
UPF1Q92900 SLC35A2-216ENST00000635460 706 ntTSL 533.76■■■□□ 2.992e-7■■■■■ 54.3
UPF1Q92900 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC30.85■■■□□ 2.532e-7■■■■■ 54.3
UPF1Q92900 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.382e-7■■■■■ 54.3
UPF1Q92900 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.122e-7■■■■■ 54.3
UPF1Q92900 SLC35A2-215ENST00000635285 2046 ntTSL 522.54■■□□□ 1.22e-7■■■■■ 54.3
UPF1Q92900 SLC35A2-206ENST00000413561 1857 ntTSL 221.31■■□□□ 12e-7■■■■■ 54.3
UPF1Q92900 SLC35A2-218ENST00000635628 2812 ntTSL 417.55■□□□□ 0.42e-7■■■■■ 54.3
UPF1Q92900 SLC35A2-204ENST00000376521 3047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.262e-7■■■■■ 54.3
UPF1Q92900 CALM3-201ENST00000291295 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.885e-22■■■■■ 54.3
UPF1Q92900 CALM3-205ENST00000486500 2536 ntTSL 212.24□□□□□ -0.455e-22■■■■■ 54.3
UPF1Q92900 ISM2-201ENST00000216481 3045 ntTSL 213.4□□□□□ -0.262e-9■■■■■ 54.2
UPF1Q92900 ISM2-202ENST00000342219 2971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.312e-9■■■■■ 54.2
UPF1Q92900 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC28.31■■■□□ 2.122e-9■■■■■ 54.2
UPF1Q92900 HDAC11-204ENST00000404040 967 ntTSL 3 BASIC27.27■■□□□ 1.962e-9■■■■■ 54.2
UPF1Q92900 TMEM164-206ENST00000464177 761 ntTSL 519.59■□□□□ 0.732e-15■■■■■ 54.2
UPF1Q92900 TMEM164-203ENST00000372072 4975 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.312e-15■■■■■ 54.2
UPF1Q92900 TMEM164-202ENST00000372068 5566 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.54□□□□□ -0.42e-15■■■■■ 54.2
UPF1Q92900 TMEM164-204ENST00000372073 5567 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC12.34□□□□□ -0.432e-15■■■■■ 54.2
UPF1Q92900 TMEM164-201ENST00000288381 5452 ntTSL 5 BASIC11.76□□□□□ -0.532e-15■■■■■ 54.2
UPF1Q92900 TAF13-201ENST00000338366 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.54□□□□□ -0.885e-20■■■■■ 54.1
UPF1Q92900 POFUT1-202ENST00000375749 5235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.252e-7■■■■■ 54
UPF1Q92900 GRB2-202ENST00000316804 3248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.244e-17■■■■■ 54
UPF1Q92900 GRB2-201ENST00000316615 3181 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.144e-17■■■■■ 54
UPF1Q92900 GRB2-203ENST00000392562 3729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.82□□□□□ -0.24e-17■■■■■ 54
UPF1Q92900 GRB2-209ENST00000581959 359 ntTSL 312.87□□□□□ -0.354e-17■■■■■ 54
UPF1Q92900 GRB2-204ENST00000392563 2851 ntTSL 1 (best) BASIC11.07□□□□□ -0.644e-17■■■■■ 54
UPF1Q92900 GRB2-205ENST00000392564 3182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.85□□□□□ -0.674e-17■■■■■ 54
UPF1Q92900 SLC38A3-206ENST00000614032 2978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.341e-11■■■■■ 53.9
UPF1Q92900 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.655e-20■■■■■ 53.9
UPF1Q92900 GPS1-218ENST00000583486 796 ntTSL 223.38■■□□□ 1.335e-20■■■■■ 53.9
UPF1Q92900 GPS1-205ENST00000578168 583 ntTSL 221.86■■□□□ 1.095e-20■■■■■ 53.9
UPF1Q92900 GPS1-208ENST00000578552 1874 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.885e-20■■■■■ 53.9
UPF1Q92900 GPS1-226ENST00000623691 1839 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.85e-20■■■■■ 53.9
UPF1Q92900 GPS1-201ENST00000306823 1842 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.85e-20■■■■■ 53.9
UPF1Q92900 GPS1-228ENST00000624957 1825 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.795e-20■■■■■ 53.9
UPF1Q92900 GPS1-224ENST00000584460 1855 ntTSL 219.29■□□□□ 0.685e-20■■■■■ 53.9
UPF1Q92900 GPS1-202ENST00000320548 1949 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.645e-20■■■■■ 53.9
UPF1Q92900 GPS1-227ENST00000623761 1943 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.615e-20■■■■■ 53.9
UPF1Q92900 GPS1-203ENST00000392357 4076 ntTSL 1 (best)13.88□□□□□ -0.195e-20■■■■■ 53.9
UPF1Q92900 NDRG1-218ENST00000521438 2810 ntTSL 211.84□□□□□ -0.513e-21■■■■■ 53.8
UPF1Q92900 ADD1-217ENST00000513328 3107 ntTSL 5 BASIC11.62□□□□□ -0.552e-11■■■■■ 53.7
UPF1Q92900 PPM1F-201ENST00000263212 5143 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.084e-15■■■■■ 53.7
UPF1Q92900 PLOD1-209ENST00000491536 639 ntTSL 314.27□□□□□ -0.134e-18■■■■■ 53.7
UPF1Q92900 PLOD1-201ENST00000196061 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.264e-18■■■■■ 53.7
UPF1Q92900 PLOD1-207ENST00000481933 2339 ntTSL 211.29□□□□□ -0.64e-18■■■■■ 53.7
UPF1Q92900 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.223e-18■■■■■ 53.7
UPF1Q92900 HDGF-207ENST00000477306 686 ntTSL 221.92■■□□□ 1.14e-30■■■■■ 53.6
UPF1Q92900 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.782e-17■■■■■ 53.6
UPF1Q92900 CARM1-203ENST00000586221 2766 ntTSL 1 (best)15.45■□□□□ 0.062e-17■■■■■ 53.6
UPF1Q92900 ACADS-201ENST00000242592 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.161e-13■■■■■ 53.5
UPF1Q92900 FGFR4-215ENST00000513423 445 ntTSL 218.44■□□□□ 0.544e-7■■■■■ 53.5
UPF1Q92900 FGFR3-210ENST00000613647 4438 ntTSL 5 BASIC19.77■□□□□ 0.761e-8■■■■■ 53.5
UPF1Q92900 FGFR3-202ENST00000340107 4293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.561e-8■■■■■ 53.5
UPF1Q92900 FGFR3-205ENST00000440486 4287 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.521e-8■■■■■ 53.5
UPF1Q92900 FGFR3-208ENST00000481110 4217 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.271e-8■■■■■ 53.5
UPF1Q92900 FGFR3-204ENST00000412135 3951 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.121e-8■■■■■ 53.5
UPF1Q92900 HDAC11-214ENST00000446613 2875 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.092e-7■■■■■ 53.3
UPF1Q92900 HDAC11-213ENST00000437379 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.062e-7■■■■■ 53.3
UPF1Q92900 HDAC11-201ENST00000295757 2960 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.082e-7■■■■■ 53.3
UPF1Q92900 PRPF19-201ENST00000227524 2157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.698e-15■■■■■ 53.3
UPF1Q92900 PRPF19-202ENST00000535326 779 ntTSL 515.55■□□□□ 0.088e-15■■■■■ 53.3
UPF1Q92900 PRPF19-205ENST00000540473 169 ntTSL 59.89□□□□□ -0.838e-15■■■■■ 53.3
UPF1Q92900 QPRT-202ENST00000395384 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.781e-10■■■■■ 53.3
UPF1Q92900 PYGB-201ENST00000216962 4134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.96□□□□□ -0.821e-11■■■■■ 53.3
UPF1Q92900 BLOC1S5-TXNDC5-201ENST00000439343 3030 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.55□□□□□ -0.089e-8■■■■■ 53.2
UPF1Q92900 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.264e-10■■■■■ 53.2
UPF1Q92900 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.784e-10■■■■■ 53.2
UPF1Q92900 TNFRSF12A-205ENST00000574699 583 ntTSL 227.57■■■□□ 22e-13■■■■■ 53.2
UPF1Q92900 CD276-208ENST00000559978 503 ntTSL 217.08■□□□□ 0.328e-7■■■■■ 53.1
UPF1Q92900 TTLL12-201ENST00000216129 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.611e-10■■■■■ 53
UPF1Q92900 SNX12-203ENST00000465030 946 ntTSL 225.95■■□□□ 1.749e-9■■■■■ 53
UPF1Q92900 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.086e-11■■■■■ 53
UPF1Q92900 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.96e-11■■■■■ 53
UPF1Q92900 SLC19A1-206ENST00000460174 600 ntTSL 318■□□□□ 0.476e-11■■■■■ 53
UPF1Q92900 SLC19A1-203ENST00000417954 3572 ntTSL 1 (best)14.19□□□□□ -0.146e-11■■■■■ 53
UPF1Q92900 SLC19A1-201ENST00000311124 3811 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.176e-11■■■■■ 53
UPF1Q92900 TMUB2-203ENST00000446571 1580 ntTSL 2 BASIC13.49□□□□□ -0.258e-8■■■■■ 52.9
UPF1Q92900 AL080251.1-201ENST00000494072 4369 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.39□□□□□ -0.438e-8■■■■■ 52.9
UPF1Q92900 PLXNA1-202ENST00000503234 4446 ntTSL 214.37□□□□□ -0.113e-11■■■■■ 52.8
UPF1Q92900 VHL-202ENST00000345392 2696 ntTSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.617e-15■■■■■ 52.7
UPF1Q92900 VHL-201ENST00000256474 3737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.22□□□□□ -0.297e-15■■■■■ 52.7
UPF1Q92900 DDX6-207ENST00000617381 2883 ntTSL 1 (best) BASIC11.12□□□□□ -0.631e-28■■■■■ 52.7
UPF1Q92900 RIPK4-202ENST00000352483 4016 ntTSL 5 BASIC13.64□□□□□ -0.232e-7■■■■■ 52.6
UPF1Q92900 RIPK4-201ENST00000332512 3889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.32e-7■■■■■ 52.6
UPF1Q92900 SLC43A2-204ENST00000571650 3261 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.125e-12■■■■■ 52.4
UPF1Q92900 SLC43A2-201ENST00000301335 8136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.125e-12■■■■■ 52.4
UPF1Q92900 EEF2K-201ENST00000263026 7388 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.17□□□□□ -0.464e-8■■■■■ 52.4
UPF1Q92900 GFER-203ENST00000565658 1365 ntTSL 1 (best)21.13■□□□□ 0.972e-8■■■■■ 52.2
UPF1Q92900 MBD3-209ENST00000592012 2379 ntTSL 521.5■■□□□ 1.034e-9■■■■■ 52.2
UPF1Q92900 MBD3-207ENST00000590550 2782 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.624e-9■■■■■ 52.2
UPF1Q92900 SGSH-206ENST00000571156 554 ntTSL 416.04■□□□□ 0.167e-9■■■■■ 51.9
UPF1Q92900 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC24.26■■□□□ 1.474e-11■■■■■ 51.8
UPF1Q92900 AC012184.2-203ENST00000443119 2110 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.98□□□□□ -0.018e-9■■■■■ 51.8
UPF1Q92900 CTSD-209ENST00000637158 1200 ntTSL 527.46■■□□□ 1.992e-13■■■■■ 51.7
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