Protein–RNA interactions for Protein: P55347

PKNOX1, Homeobox protein PKNOX1, humanhuman

Predictions only

Length 436 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PKNOX1P55347 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
PKNOX1P55347 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC24.8■■□□□ 1.56
PKNOX1P55347 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
PKNOX1P55347 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
PKNOX1P55347 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
PKNOX1P55347 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
PKNOX1P55347 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
PKNOX1P55347 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
PKNOX1P55347 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC24.79■■□□□ 1.56
PKNOX1P55347 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
PKNOX1P55347 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
PKNOX1P55347 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
PKNOX1P55347 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
PKNOX1P55347 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
PKNOX1P55347 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
PKNOX1P55347 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
PKNOX1P55347 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
PKNOX1P55347 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC24.76■■□□□ 1.55
PKNOX1P55347 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
PKNOX1P55347 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
PKNOX1P55347 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
PKNOX1P55347 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
PKNOX1P55347 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
PKNOX1P55347 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
PKNOX1P55347 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
PKNOX1P55347 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
PKNOX1P55347 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
PKNOX1P55347 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
PKNOX1P55347 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
PKNOX1P55347 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
PKNOX1P55347 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
PKNOX1P55347 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
PKNOX1P55347 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
PKNOX1P55347 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
PKNOX1P55347 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
PKNOX1P55347 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.55
PKNOX1P55347 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
PKNOX1P55347 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
PKNOX1P55347 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
PKNOX1P55347 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
PKNOX1P55347 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
PKNOX1P55347 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
PKNOX1P55347 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
PKNOX1P55347 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
PKNOX1P55347 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
PKNOX1P55347 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
PKNOX1P55347 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
PKNOX1P55347 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
PKNOX1P55347 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
PKNOX1P55347 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
PKNOX1P55347 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
PKNOX1P55347 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
PKNOX1P55347 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
PKNOX1P55347 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
PKNOX1P55347 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
PKNOX1P55347 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
PKNOX1P55347 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
PKNOX1P55347 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
PKNOX1P55347 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
PKNOX1P55347 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
PKNOX1P55347 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
PKNOX1P55347 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
PKNOX1P55347 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
PKNOX1P55347 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
PKNOX1P55347 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
PKNOX1P55347 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
PKNOX1P55347 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
PKNOX1P55347 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
PKNOX1P55347 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
PKNOX1P55347 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
PKNOX1P55347 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
PKNOX1P55347 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
PKNOX1P55347 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
PKNOX1P55347 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
PKNOX1P55347 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
PKNOX1P55347 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
PKNOX1P55347 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
PKNOX1P55347 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
PKNOX1P55347 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
PKNOX1P55347 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
PKNOX1P55347 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
PKNOX1P55347 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
PKNOX1P55347 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
PKNOX1P55347 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
PKNOX1P55347 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
PKNOX1P55347 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
PKNOX1P55347 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
PKNOX1P55347 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
PKNOX1P55347 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
PKNOX1P55347 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
PKNOX1P55347 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
PKNOX1P55347 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
PKNOX1P55347 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
PKNOX1P55347 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
PKNOX1P55347 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
PKNOX1P55347 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
PKNOX1P55347 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
PKNOX1P55347 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC24.56■■□□□ 1.52
PKNOX1P55347 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
PKNOX1P55347 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.4 ms