Protein–RNA interactions for Protein: P23560

BDNF, Brain-derived neurotrophic factor, humanhuman

Predictions only

Length 247 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BDNFP23560 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
BDNFP23560 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
BDNFP23560 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
BDNFP23560 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
BDNFP23560 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
BDNFP23560 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
BDNFP23560 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
BDNFP23560 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
BDNFP23560 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
BDNFP23560 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC27.22■■□□□ 1.95
BDNFP23560 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
BDNFP23560 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
BDNFP23560 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC27.21■■□□□ 1.95
BDNFP23560 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
BDNFP23560 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.94
BDNFP23560 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
BDNFP23560 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC27.19■■□□□ 1.94
BDNFP23560 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
BDNFP23560 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
BDNFP23560 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
BDNFP23560 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
BDNFP23560 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC27.17■■□□□ 1.94
BDNFP23560 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
BDNFP23560 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
BDNFP23560 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
BDNFP23560 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
BDNFP23560 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
BDNFP23560 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
BDNFP23560 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC27.16■■□□□ 1.94
BDNFP23560 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
BDNFP23560 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC27.16■■□□□ 1.94
BDNFP23560 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
BDNFP23560 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
BDNFP23560 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
BDNFP23560 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
BDNFP23560 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
BDNFP23560 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
BDNFP23560 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
BDNFP23560 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
BDNFP23560 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.12■■□□□ 1.93
BDNFP23560 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
BDNFP23560 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC27.11■■□□□ 1.93
BDNFP23560 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
BDNFP23560 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
BDNFP23560 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC27.1■■□□□ 1.93
BDNFP23560 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
BDNFP23560 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
BDNFP23560 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
BDNFP23560 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
BDNFP23560 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
BDNFP23560 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
BDNFP23560 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
BDNFP23560 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC27.09■■□□□ 1.93
BDNFP23560 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
BDNFP23560 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
BDNFP23560 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
BDNFP23560 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
BDNFP23560 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
BDNFP23560 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
BDNFP23560 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
BDNFP23560 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC27.08■■□□□ 1.93
BDNFP23560 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
BDNFP23560 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
BDNFP23560 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
BDNFP23560 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
BDNFP23560 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
BDNFP23560 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
BDNFP23560 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
BDNFP23560 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC27.06■■□□□ 1.92
BDNFP23560 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC27.05■■□□□ 1.92
BDNFP23560 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
BDNFP23560 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
BDNFP23560 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
BDNFP23560 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
BDNFP23560 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC27.03■■□□□ 1.92
BDNFP23560 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
BDNFP23560 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
BDNFP23560 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
BDNFP23560 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
BDNFP23560 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
BDNFP23560 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.92
BDNFP23560 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
BDNFP23560 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
BDNFP23560 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
BDNFP23560 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
BDNFP23560 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
BDNFP23560 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
BDNFP23560 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
BDNFP23560 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
BDNFP23560 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
BDNFP23560 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
BDNFP23560 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC26.98■■□□□ 1.91
BDNFP23560 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
BDNFP23560 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
BDNFP23560 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
BDNFP23560 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
BDNFP23560 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
BDNFP23560 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
BDNFP23560 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
BDNFP23560 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10 ms