Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 SMARCA4-215ENST00000590574 5282 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.63e-6■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 SMARCA4-203ENST00000429416 5691 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.513e-6■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 SMARCA4-201ENST00000344626 5392 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.333e-6■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 SMARCA4-207ENST00000541122 5139 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.223e-6■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 SMARCA4-214ENST00000589677 5181 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.183e-6■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 SMARCA4-202ENST00000413806 5512 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.013e-6■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 SMARCA4-204ENST00000444061 4938 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.58□□□□□ -0.073e-6■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 SMARCA4-205ENST00000450717 5506 ntTSL 5 BASIC14.33□□□□□ -0.123e-6■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 KMT2A-201ENST00000389506 13655 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.284e-8■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 KMT2A-213ENST00000534358 16602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.47□□□□□ -0.894e-8■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 GAK-201ENST00000314167 4442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.192e-6■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 GAK-214ENST00000511163 4280 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.182e-6■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 GAK-222ENST00000618573 1248 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.012e-6■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 ULK3-213ENST00000566631 1633 ntTSL 222.37■■□□□ 1.176e-7■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 ULK3-220ENST00000569437 2611 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.726e-7■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 ULK3-201ENST00000440863 2623 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.696e-7■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 ULK3-222ENST00000570276 2951 ntTSL 1 (best)19.03■□□□□ 0.646e-7■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 ULK3-216ENST00000568273 1711 ntTSL 218.99■□□□□ 0.636e-7■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 ULK3-217ENST00000568667 1470 ntTSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.596e-7■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 ULK3-215ENST00000568210 1717 ntTSL 218.24■□□□□ 0.516e-7■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 CDKN1A-204ENST00000448526 2104 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.92■□□□□ 0.462e-12■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 ULK3-211ENST00000565881 1565 ntTSL 517.91■□□□□ 0.466e-7■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 CDKN1A-201ENST00000244741 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.42e-12■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 ULK3-212ENST00000566479 2715 ntTSL 1 (best)17.54■□□□□ 0.46e-7■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 CDKN1A-203ENST00000405375 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.322e-12■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 ULK3-202ENST00000561725 2738 ntTSL 516.25■□□□□ 0.196e-7■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 CDKN1A-208ENST00000615513 2102 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.052e-12■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 CDKN1A-202ENST00000373711 793 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.312e-12■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 SMCHD1-205ENST00000581383 806 ntTSL 35.34□□□□□ -1.556e-7■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 CCDC183-207ENST00000496839 744 ntTSL 513.8□□□□□ -0.22e-7■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 NFKBIA-201ENST00000216797 1558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.188e-8■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 NFKBIA-203ENST00000554001 1396 ntTSL 512.61□□□□□ -0.398e-8■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 NFKBIA-208ENST00000557140 1400 ntTSL 5 BASIC10.88□□□□□ -0.678e-8■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 SRRM2-213ENST00000573311 732 ntTSL 213.6□□□□□ -0.234e-15■■■■■ 28
SF3A3Q12874 SRRM2-210ENST00000572721 841 ntTSL 212.25□□□□□ -0.454e-15■■■■■ 28
SF3A3Q12874 SRRM2-211ENST00000572883 887 ntTSL 29.97□□□□□ -0.814e-15■■■■■ 28
SF3A3Q12874 EFTUD2-202ENST00000426333 4548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.16□□□□□ -0.462e-6■■■■■ 28
SF3A3Q12874 EFTUD2-201ENST00000402521 3045 ntTSL 2 BASIC9.67□□□□□ -0.862e-6■■■■■ 28
SF3A3Q12874 EFTUD2-223ENST00000592576 3364 ntTSL 2 BASIC8.83□□□□□ -12e-6■■■■■ 28
SF3A3Q12874 EFTUD2-220ENST00000591382 3675 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC8.76□□□□□ -1.012e-6■■■■■ 28
SF3A3Q12874 EFTUD2-218ENST00000590367 3638 ntTSL 28.29□□□□□ -1.082e-6■■■■■ 28
SF3A3Q12874 TTYH3-207ENST00000498454 587 ntTSL 219.92■□□□□ 0.784e-7■■■■■ 28
SF3A3Q12874 CCDC142-201ENST00000290418 2835 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.573e-9■■■■■ 28
SF3A3Q12874 CCDC142-202ENST00000393965 3406 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.043e-9■■■■■ 28
SF3A3Q12874 MINK1-202ENST00000355280 4961 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.66e-9■■■■■ 28
SF3A3Q12874 MINK1-209ENST00000574453 4941 ntTSL 1 (best)17.87■□□□□ 0.456e-9■■■■■ 28
SF3A3Q12874 MINK1-207ENST00000572330 5299 ntTSL 517.57■□□□□ 0.46e-9■■■■■ 28
SF3A3Q12874 MINK1-201ENST00000347992 4863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.36e-9■■■■■ 28
SF3A3Q12874 MINK1-203ENST00000453408 3939 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.13□□□□□ -0.156e-9■■■■■ 28
SF3A3Q12874 TBCD-202ENST00000539345 3975 ntTSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.281e-6■■■■■ 28
SF3A3Q12874 TBCD-201ENST00000355528 7168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.31e-6■■■■■ 28
SF3A3Q12874 CNNM3-202ENST00000377060 3308 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.921e-6■■■■■ 28
SF3A3Q12874 CNNM3-201ENST00000305510 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.81e-6■■■■■ 28
SF3A3Q12874 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.815e-11■■■■■ 28
SF3A3Q12874 SDHA-201ENST00000264932 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.955e-11■■■■■ 28
SF3A3Q12874 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC20.65■□□□□ 0.95e-11■■■■■ 28
SF3A3Q12874 SDHA-206ENST00000505555 2230 ntTSL 220.59■□□□□ 0.895e-11■■■■■ 28
SF3A3Q12874 FBXO2-206ENST00000642025 2215 nt20.31■□□□□ 0.845e-11■■■■■ 28
SF3A3Q12874 UVSSA-205ENST00000507422 670 ntTSL 320.17■□□□□ 0.825e-11■■■■■ 28
SF3A3Q12874 CAPN1-220ENST00000530567 1415 ntTSL 219.83■□□□□ 0.765e-11■■■■■ 28
SF3A3Q12874 SDHA-204ENST00000504309 2067 ntTSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.595e-11■■■■■ 28
SF3A3Q12874 SDHA-213ENST00000510361 2148 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.555e-11■■■■■ 28
SF3A3Q12874 FBXO2-203ENST00000466919 774 ntTSL 516.88■□□□□ 0.295e-11■■■■■ 28
SF3A3Q12874 FBXO2-204ENST00000471501 725 ntTSL 216.81■□□□□ 0.285e-11■■■■■ 28
SF3A3Q12874 PLCG1-211ENST00000490253 527 ntTSL 216.26■□□□□ 0.195e-11■■■■■ 28
SF3A3Q12874 METTL12-202ENST00000529868 2870 ntTSL 1 (best)16.11■□□□□ 0.175e-11■■■■■ 28
SF3A3Q12874 CAPN1-214ENST00000528165 2828 ntTSL 215.99■□□□□ 0.155e-11■■■■■ 28
SF3A3Q12874 FANCA-206ENST00000561660 762 ntTSL 515.89■□□□□ 0.134e-6■■■■■ 28
SF3A3Q12874 SDHA-205ENST00000504824 1430 ntTSL 515.18■□□□□ 0.025e-11■■■■■ 28
SF3A3Q12874 METTL12-203ENST00000532971 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.05□□□□□ -0.165e-11■■■■■ 28
SF3A3Q12874 RPL23A-206ENST00000496182 636 ntTSL 3 BASIC13.63□□□□□ -0.235e-11■■■■■ 28
SF3A3Q12874 FANCA-201ENST00000305699 1430 ntTSL 213.6□□□□□ -0.234e-6■■■■■ 28
SF3A3Q12874 SDHA-216ENST00000514027 2209 ntTSL 213.33□□□□□ -0.285e-11■■■■■ 28
SF3A3Q12874 RPL23A-204ENST00000422514 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.24□□□□□ -0.295e-11■■■■■ 28
SF3A3Q12874 RPL23A-208ENST00000580755 412 ntTSL 213.15□□□□□ -0.35e-11■■■■■ 28
SF3A3Q12874 METTL12-201ENST00000398922 1368 ntTSL 413.09□□□□□ -0.315e-11■■■■■ 28
SF3A3Q12874 STK36-209ENST00000462031 582 ntTSL 211.61□□□□□ -0.555e-11■■■■■ 28
SF3A3Q12874 SDHA-210ENST00000509420 580 ntTSL 211.47□□□□□ -0.575e-11■■■■■ 28
SF3A3Q12874 STK36-215ENST00000486644 730 ntTSL 511.21□□□□□ -0.615e-11■■■■■ 28
SF3A3Q12874 STK36-204ENST00000419433 2093 ntTSL 211.14□□□□□ -0.635e-11■■■■■ 28
SF3A3Q12874 FANCA-229ENST00000567988 915 ntTSL 510.97□□□□□ -0.654e-6■■■■■ 28
SF3A3Q12874 RPL23A-205ENST00000472628 639 ntTSL 1 (best) BASIC10.26□□□□□ -0.775e-11■■■■■ 28
SF3A3Q12874 RPL23A-202ENST00000394935 580 ntTSL 39.38□□□□□ -0.915e-11■■■■■ 28
SF3A3Q12874 ANKRD27-201ENST00000306065 4450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.26□□□□□ -0.938e-7■■■■■ 28
SF3A3Q12874 CAPN1-225ENST00000533704 643 ntTSL 39.19□□□□□ -0.945e-11■■■■■ 28
SF3A3Q12874 SDHA-217ENST00000514233 558 ntTSL 47.72□□□□□ -1.175e-11■■■■■ 28
SF3A3Q12874 RPL23A-203ENST00000394938 688 ntTSL 2 BASIC6.81□□□□□ -1.325e-11■■■■■ 28
SF3A3Q12874 RPL23A-201ENST00000355731 587 ntTSL 55.79□□□□□ -1.485e-11■■■■■ 28
SF3A3Q12874 METTL12-204ENST00000594728 376 nt4.34□□□□□ -1.715e-11■■■■■ 28
SF3A3Q12874 CLK1-214ENST00000496205 480 ntTSL 24.23□□□□□ -1.735e-11■■■■■ 28
SF3A3Q12874 RPL23A-207ENST00000578181 593 ntTSL 23□□□□□ -1.935e-11■■■■■ 28
SF3A3Q12874 PGK1-201ENST00000373316 4887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.98□□□□□ -0.651e-16■■■■■ 28
SF3A3Q12874 TNS3-208ENST00000457718 3836 ntTSL 512.28□□□□□ -0.447e-7■■■■■ 28
SF3A3Q12874 CACNA2D4-201ENST00000280663 5936 ntTSL 214.86□□□□□ -0.035e-7■■■■■ 27.9
SF3A3Q12874 CACNA2D4-206ENST00000537784 2876 ntTSL 1 (best)13.02□□□□□ -0.335e-7■■■■■ 27.9
SF3A3Q12874 CACNA2D4-219ENST00000585708 3273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.15□□□□□ -0.465e-7■■■■■ 27.9
SF3A3Q12874 CACNA2D4-202ENST00000382722 5475 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.94□□□□□ -0.55e-7■■■■■ 27.9
SF3A3Q12874 CACNA2D4-222ENST00000587995 3883 ntTSL 5 BASIC10.92□□□□□ -0.665e-7■■■■■ 27.9
SF3A3Q12874 CACNA2D4-223ENST00000588077 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.49□□□□□ -0.735e-7■■■■■ 27.9
SF3A3Q12874 CACNA2D4-221ENST00000586184 3499 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.49□□□□□ -0.735e-7■■■■■ 27.9
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