Protein–RNA interactions for Protein: O43542

XRCC3, DNA repair protein XRCC3, humanhuman

Predictions only

Length 346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
XRCC3O43542 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
XRCC3O43542 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
XRCC3O43542 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
XRCC3O43542 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
XRCC3O43542 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
XRCC3O43542 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
XRCC3O43542 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
XRCC3O43542 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
XRCC3O43542 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
XRCC3O43542 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
XRCC3O43542 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
XRCC3O43542 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
XRCC3O43542 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
XRCC3O43542 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
XRCC3O43542 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC22.18■■□□□ 1.14
XRCC3O43542 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
XRCC3O43542 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
XRCC3O43542 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
XRCC3O43542 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
XRCC3O43542 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
XRCC3O43542 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
XRCC3O43542 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
XRCC3O43542 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
XRCC3O43542 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
XRCC3O43542 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
XRCC3O43542 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
XRCC3O43542 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
XRCC3O43542 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
XRCC3O43542 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
XRCC3O43542 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
XRCC3O43542 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
XRCC3O43542 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
XRCC3O43542 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
XRCC3O43542 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
XRCC3O43542 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
XRCC3O43542 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
XRCC3O43542 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
XRCC3O43542 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
XRCC3O43542 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
XRCC3O43542 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
XRCC3O43542 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
XRCC3O43542 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
XRCC3O43542 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
XRCC3O43542 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
XRCC3O43542 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
XRCC3O43542 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
XRCC3O43542 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
XRCC3O43542 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
XRCC3O43542 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
XRCC3O43542 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
XRCC3O43542 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC22.09■■□□□ 1.13
XRCC3O43542 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
XRCC3O43542 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
XRCC3O43542 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
XRCC3O43542 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
XRCC3O43542 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
XRCC3O43542 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
XRCC3O43542 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC22.08■■□□□ 1.12
XRCC3O43542 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
XRCC3O43542 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
XRCC3O43542 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
XRCC3O43542 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
XRCC3O43542 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
XRCC3O43542 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
XRCC3O43542 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
XRCC3O43542 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
XRCC3O43542 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
XRCC3O43542 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC22.04■■□□□ 1.12
XRCC3O43542 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
XRCC3O43542 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
XRCC3O43542 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
XRCC3O43542 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
XRCC3O43542 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
XRCC3O43542 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
XRCC3O43542 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
XRCC3O43542 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
XRCC3O43542 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
XRCC3O43542 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
XRCC3O43542 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
XRCC3O43542 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
XRCC3O43542 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
XRCC3O43542 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
XRCC3O43542 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
XRCC3O43542 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
XRCC3O43542 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
XRCC3O43542 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
XRCC3O43542 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
XRCC3O43542 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
XRCC3O43542 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
XRCC3O43542 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
XRCC3O43542 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
XRCC3O43542 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
XRCC3O43542 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
XRCC3O43542 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
XRCC3O43542 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
XRCC3O43542 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
XRCC3O43542 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
XRCC3O43542 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
XRCC3O43542 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
XRCC3O43542 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.7 ms