Protein–RNA interactions for Protein: Q15427

SF3B4, Splicing factor 3B subunit 4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 424 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B4Q15427 ZMYND8-218ENST00000540497 3405 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.17□□□□□ -0.947e-7■■■■■ 38.4
SF3B4Q15427 ZMYND8-212ENST00000458360 3729 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.69□□□□□ -1.027e-7■■■■■ 38.4
SF3B4Q15427 ZMYND8-203ENST00000352431 3832 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.53□□□□□ -1.047e-7■■■■■ 38.4
SF3B4Q15427 ZMYND8-207ENST00000396281 5511 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC8.12□□□□□ -1.117e-7■■■■■ 38.4
SF3B4Q15427 ZMYND8-221ENST00000619049 4027 ntTSL 5 BASIC8.09□□□□□ -1.117e-7■■■■■ 38.4
SF3B4Q15427 ZMYND8-201ENST00000262975 4139 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC7.99□□□□□ -1.137e-7■■■■■ 38.4
SF3B4Q15427 ZMYND8-213ENST00000461685 3567 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC7.99□□□□□ -1.137e-7■■■■■ 38.4
SF3B4Q15427 ZMYND8-219ENST00000611941 5090 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC7.81□□□□□ -1.167e-7■■■■■ 38.4
SF3B4Q15427 ZMYND8-206ENST00000372023 5144 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC7.58□□□□□ -1.27e-7■■■■■ 38.4
SF3B4Q15427 ZMYND8-211ENST00000446994 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC7.32□□□□□ -1.247e-7■■■■■ 38.4
SF3B4Q15427 ZMYND8-216ENST00000471951 4053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC7.05□□□□□ -1.287e-7■■■■■ 38.4
SF3B4Q15427 PRPF40A-202ENST00000410080 8048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.78□□□□□ -0.686e-9■■■■■ 38.4
SF3B4Q15427 ATP5A1-218ENST00000592364 576 ntTSL 511□□□□□ -0.652e-7■■■■■ 38.4
SF3B4Q15427 CST3-202ENST00000398409 832 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.242e-11■■■■■ 38.4
SF3B4Q15427 CST3-201ENST00000376925 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.082e-11■■■■■ 38.4
SF3B4Q15427 CPD-201ENST00000225719 9394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.092e-11■■■■■ 38.4
SF3B4Q15427 CST3-203ENST00000398411 3286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.342e-11■■■■■ 38.4
SF3B4Q15427 SNRNP200-206ENST00000484372 581 ntTSL 211□□□□□ -0.652e-11■■■■■ 38.4
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SF3B4Q15427 MTHFD2-204ENST00000462026 599 ntTSL 510.23□□□□□ -0.772e-11■■■■■ 38.4
SF3B4Q15427 MTHFD2-201ENST00000394053 4456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.72□□□□□ -0.852e-11■■■■■ 38.4
SF3B4Q15427 MTHFD2-203ENST00000409804 1757 ntTSL 5 BASIC9.06□□□□□ -0.962e-11■■■■■ 38.4
SF3B4Q15427 MTHFD2-205ENST00000470592 1396 ntTSL 27.78□□□□□ -1.162e-11■■■■■ 38.4
SF3B4Q15427 MTHFD2-208ENST00000489041 1135 ntTSL 27.53□□□□□ -1.22e-11■■■■■ 38.4
SF3B4Q15427 CPD-202ENST00000543464 4007 ntTSL 2 BASIC2.65□□□□□ -1.992e-11■■■■■ 38.4
SF3B4Q15427 RBM39-242ENST00000498280 444 ntTSL 32.61□□□□□ -1.992e-11■■■■■ 38.4
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SF3B4Q15427 WBP2-213ENST00000590221 1745 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC17.52■□□□□ 0.391e-8■■■■■ 38.4
SF3B4Q15427 WBP2-204ENST00000585462 1895 ntTSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.311e-8■■■■■ 38.4
SF3B4Q15427 WBP2-215ENST00000591399 2225 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.081e-8■■■■■ 38.4
SF3B4Q15427 WBP2-205ENST00000586257 676 ntTSL 315.54■□□□□ 0.081e-8■■■■■ 38.4
SF3B4Q15427 WBP2-201ENST00000254806 1944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.031e-8■■■■■ 38.4
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SF3B4Q15427 WBP2-208ENST00000588373 1374 ntTSL 214.14□□□□□ -0.151e-8■■■■■ 38.4
SF3B4Q15427 WBP2-216ENST00000591831 1406 ntTSL 512.05□□□□□ -0.481e-8■■■■■ 38.4
SF3B4Q15427 WBP2-209ENST00000589236 747 ntTSL 211.9□□□□□ -0.51e-8■■■■■ 38.4
SF3B4Q15427 WBP2-207ENST00000587642 3718 ntTSL 29.31□□□□□ -0.921e-8■■■■■ 38.4
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SF3B4Q15427 ASAP3-207ENST00000484418 907 ntTSL 39.61□□□□□ -0.872e-10■■■■■ 38.4
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SF3B4Q15427 PCGF1-201ENST00000233630 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.086e-7■■■■■ 38.3
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SF3B4Q15427 PCGF1-204ENST00000475863 1056 ntTSL 1 (best)12.34□□□□□ -0.436e-7■■■■■ 38.3
SF3B4Q15427 MYOM3-203ENST00000448831 418 ntTSL 39.79□□□□□ -0.846e-7■■■■■ 38.3
SF3B4Q15427 PCGF1-205ENST00000480844 718 ntTSL 56.89□□□□□ -1.316e-7■■■■■ 38.3
SF3B4Q15427 PCGF1-203ENST00000465993 587 ntTSL 35.43□□□□□ -1.546e-7■■■■■ 38.3
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SF3B4Q15427 HAUS7-204ENST00000437046 543 ntTSL 29.88□□□□□ -0.832e-9■■■■■ 38.3
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SF3B4Q15427 LINC00894-203ENST00000432696 298 ntTSL 1 (best) BASIC4.73□□□□□ -1.658e-7■■■■■ 38.3
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SF3B4Q15427 PAN2-208ENST00000547994 2605 ntTSL 1 (best)9.31□□□□□ -0.922e-27■■■■■ 38.3
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SF3B4Q15427 MTSS1-215ENST00000523587 1643 ntTSL 1 (best)13.34□□□□□ -0.272e-10■■■■■ 38.3
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SF3B4Q15427 MTSS1-205ENST00000518547 4944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.46□□□□□ -0.742e-10■■■■■ 38.3
SF3B4Q15427 MTSS1-202ENST00000378017 4458 ntTSL 1 (best) BASIC9.74□□□□□ -0.852e-10■■■■■ 38.3
SF3B4Q15427 MTSS1-210ENST00000520771 3548 ntTSL 28.96□□□□□ -0.982e-10■■■■■ 38.3
SF3B4Q15427 MTSS1-213ENST00000522722 559 ntTSL 47.82□□□□□ -1.162e-10■■■■■ 38.3
SF3B4Q15427 CDK10-216ENST00000561477 535 ntTSL 314.03□□□□□ -0.162e-8■■■■■ 38.3
SF3B4Q15427 RNF44-204ENST00000506378 848 ntTSL 215.83■□□□□ 0.121e-8■■■■■ 38.3
SF3B4Q15427 PPP4R1-217ENST00000580583 743 ntTSL 55.44□□□□□ -1.541e-6■■■■■ 38.3
SF3B4Q15427 CCT8-207ENST00000481059 879 ntTSL 56.54□□□□□ -1.368e-7■■■■■ 38.3
SF3B4Q15427 CCT8-208ENST00000484403 808 ntTSL 35.15□□□□□ -1.598e-7■■■■■ 38.3
SF3B4Q15427 GABRE-201ENST00000370328 3152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.89□□□□□ -1.158e-8■■■■■ 38.2
SF3B4Q15427 PTBP1-206ENST00000585856 1217 ntTSL 224.39■■□□□ 1.492e-11■■■■■ 38.2
SF3B4Q15427 CD46-206ENST00000360212 3081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.88□□□□□ -0.993e-8■■■■■ 38.2
SF3B4Q15427 CD46-209ENST00000367047 3089 ntTSL 5 BASIC8.85□□□□□ -0.993e-8■■■■■ 38.2
SF3B4Q15427 CD46-214ENST00000480003 1258 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC8.57□□□□□ -1.043e-8■■■■■ 38.2
SF3B4Q15427 CD46-202ENST00000322918 3124 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.52□□□□□ -1.053e-8■■■■■ 38.2
SF3B4Q15427 CD46-203ENST00000354848 3233 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.07□□□□□ -1.123e-8■■■■■ 38.2
SF3B4Q15427 CD46-208ENST00000367042 3326 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8□□□□□ -1.133e-8■■■■■ 38.2
SF3B4Q15427 CD46-201ENST00000322875 3278 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC7.93□□□□□ -1.143e-8■■■■■ 38.2
SF3B4Q15427 CD46-207ENST00000367041 3281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC7.93□□□□□ -1.143e-8■■■■■ 38.2
SF3B4Q15427 CD46-205ENST00000358170 3371 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC7.8□□□□□ -1.163e-8■■■■■ 38.2
SF3B4Q15427 CD46-204ENST00000357714 3188 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC7.63□□□□□ -1.193e-8■■■■■ 38.2
SF3B4Q15427 CD46-212ENST00000469535 7826 ntTSL 1 (best)6.78□□□□□ -1.323e-8■■■■■ 38.2
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