Protein–RNA interactions for Protein: Q8N3C7

CLIP4, CAP-Gly domain-containing linker protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 705 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP4Q8N3C7 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
CLIP4Q8N3C7 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CLIP4Q8N3C7 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CLIP4Q8N3C7 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CLIP4Q8N3C7 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CLIP4Q8N3C7 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CLIP4Q8N3C7 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CLIP4Q8N3C7 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CLIP4Q8N3C7 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CLIP4Q8N3C7 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CLIP4Q8N3C7 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CLIP4Q8N3C7 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CLIP4Q8N3C7 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CLIP4Q8N3C7 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CLIP4Q8N3C7 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CLIP4Q8N3C7 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CLIP4Q8N3C7 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CLIP4Q8N3C7 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CLIP4Q8N3C7 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CLIP4Q8N3C7 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CLIP4Q8N3C7 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CLIP4Q8N3C7 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CLIP4Q8N3C7 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CLIP4Q8N3C7 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CLIP4Q8N3C7 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
CLIP4Q8N3C7 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CLIP4Q8N3C7 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CLIP4Q8N3C7 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CLIP4Q8N3C7 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CLIP4Q8N3C7 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CLIP4Q8N3C7 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CLIP4Q8N3C7 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CLIP4Q8N3C7 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CLIP4Q8N3C7 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CLIP4Q8N3C7 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CLIP4Q8N3C7 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CLIP4Q8N3C7 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CLIP4Q8N3C7 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
CLIP4Q8N3C7 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC25■■□□□ 1.59
CLIP4Q8N3C7 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
CLIP4Q8N3C7 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CLIP4Q8N3C7 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
CLIP4Q8N3C7 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CLIP4Q8N3C7 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CLIP4Q8N3C7 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CLIP4Q8N3C7 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CLIP4Q8N3C7 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CLIP4Q8N3C7 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CLIP4Q8N3C7 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CLIP4Q8N3C7 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CLIP4Q8N3C7 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CLIP4Q8N3C7 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CLIP4Q8N3C7 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
CLIP4Q8N3C7 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CLIP4Q8N3C7 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CLIP4Q8N3C7 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CLIP4Q8N3C7 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CLIP4Q8N3C7 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CLIP4Q8N3C7 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CLIP4Q8N3C7 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CLIP4Q8N3C7 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CLIP4Q8N3C7 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CLIP4Q8N3C7 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CLIP4Q8N3C7 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CLIP4Q8N3C7 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CLIP4Q8N3C7 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CLIP4Q8N3C7 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CLIP4Q8N3C7 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CLIP4Q8N3C7 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
CLIP4Q8N3C7 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CLIP4Q8N3C7 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CLIP4Q8N3C7 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CLIP4Q8N3C7 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CLIP4Q8N3C7 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CLIP4Q8N3C7 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CLIP4Q8N3C7 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CLIP4Q8N3C7 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CLIP4Q8N3C7 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CLIP4Q8N3C7 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CLIP4Q8N3C7 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CLIP4Q8N3C7 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CLIP4Q8N3C7 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CLIP4Q8N3C7 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CLIP4Q8N3C7 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CLIP4Q8N3C7 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CLIP4Q8N3C7 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CLIP4Q8N3C7 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CLIP4Q8N3C7 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CLIP4Q8N3C7 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CLIP4Q8N3C7 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CLIP4Q8N3C7 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CLIP4Q8N3C7 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CLIP4Q8N3C7 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CLIP4Q8N3C7 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CLIP4Q8N3C7 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CLIP4Q8N3C7 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CLIP4Q8N3C7 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
CLIP4Q8N3C7 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CLIP4Q8N3C7 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CLIP4Q8N3C7 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.1 ms