RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000318988.10

CTDNEP1-201, Transcript of CTD nuclear envelope phosphatase 1, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene CTDNEP1, Length 1,549 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CTDNEP1-201ENST00000318988 NISCHQ9Y2I1 1504 aa63.74■■■■■ 7.79
CTDNEP1-201ENST00000318988 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa56■■■■■ 6.56
CTDNEP1-201ENST00000318988 ABCC9O60706 1549 aa53.68■■■■■ 6.18
CTDNEP1-201ENST00000318988 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP53.36■■■■■ 6.13
CTDNEP1-201ENST00000318988 DCAF8L2P0C7V8 631 aa53.01■■■■■ 6.08
CTDNEP1-201ENST00000318988 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa52.74■■■■■ 6.03
CTDNEP1-201ENST00000318988 MYO15BQ96JP2 1530 aa52.46■■■■■ 5.99
CTDNEP1-201ENST00000318988 NACADO15069 1562 aa52.41■■■■■ 5.98
CTDNEP1-201ENST00000318988 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa52.16■■■■■ 5.94
CTDNEP1-201ENST00000318988 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa51.37■■■■■ 5.81
CTDNEP1-201ENST00000318988 SCRIBQ14160 1630 aa51.33■■■■■ 5.81
CTDNEP1-201ENST00000318988 UNC13AQ9UPW8 1703 aa50.86■■■■■ 5.73
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CTDNEP1-201ENST00000318988 BICRAQ9NZM4 1560 aa50.44■■■■■ 5.67
CTDNEP1-201ENST00000318988 CECR2Q9BXF3 1484 aa49.52■■■■■ 5.52
CTDNEP1-201ENST00000318988 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP49.33■■■■■ 5.49
CTDNEP1-201ENST00000318988 SMARCA4P51532 1647 aa49.16■■■■■ 5.46
CTDNEP1-201ENST00000318988 MROH2BQ7Z745 1585 aa49.16■■■■■ 5.46
CTDNEP1-201ENST00000318988 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP49.1■■■■■ 5.45
CTDNEP1-201ENST00000318988 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP49.07■■■■■ 5.45
CTDNEP1-201ENST00000318988 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP49.07■■■■■ 5.45
CTDNEP1-201ENST00000318988 WIZO95785 1651 aa48.69■■■■■ 5.39
CTDNEP1-201ENST00000318988 SMARCA2P51531 1590 aa48.6■■■■■ 5.37
CTDNEP1-201ENST00000318988 PEG3Q9GZU2 1588 aa48.6■■■■■ 5.37
CTDNEP1-201ENST00000318988 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa48.59■■■■■ 5.37
CTDNEP1-201ENST00000318988 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa48.55■■■■■ 5.36
CTDNEP1-201ENST00000318988 NCAPD3P42695 1498 aa48.34■■■■■ 5.33
CTDNEP1-201ENST00000318988 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP48.31■■■■■ 5.32
CTDNEP1-201ENST00000318988 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP48.25■■■■■ 5.31
CTDNEP1-201ENST00000318988 HMGXB3Q12766 1538 aa48.2■■■■■ 5.31
CTDNEP1-201ENST00000318988 DNAJC5BQ9UF47 199 aa48.02■■■■■ 5.28
CTDNEP1-201ENST00000318988 CCDC88BA6NC98 1476 aa47.72■■■■■ 5.23
CTDNEP1-201ENST00000318988 CADPSQ9ULU8 1353 aa47.07■■■■■ 5.13
CTDNEP1-201ENST00000318988 CFTRP13569 1480 aa47.02■■■■■ 5.12
CTDNEP1-201ENST00000318988 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa46.86■■■■■ 5.09
CTDNEP1-201ENST00000318988 NESP48681 1621 aa46.8■■■■■ 5.08
CTDNEP1-201ENST00000318988 PRDM2Q13029 1718 aa46.67■■■■■ 5.06
CTDNEP1-201ENST00000318988 PDS5BQ9NTI5 1447 aa46.58■■■■■ 5.05
CTDNEP1-201ENST00000318988 FANCD2Q9BXW9 1451 aa46.53■■■■■ 5.04
CTDNEP1-201ENST00000318988 CHIC1Q5VXU3 224 aa46.49■■■■■ 5.03
CTDNEP1-201ENST00000318988 ABCC8Q09428 1581 aa46.39■■■■■ 5.02
CTDNEP1-201ENST00000318988 CEP164Q9UPV0 1460 aa46.35■■■■■ 5.01
CTDNEP1-201ENST00000318988 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP46.3■■■■■ 5
CTDNEP1-201ENST00000318988 TRIM41Q8WV44 630 aa46.27■■■■■ 5
CTDNEP1-201ENST00000318988 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa46.23■■■■■ 4.99
CTDNEP1-201ENST00000318988 ERCC6Q03468 1493 aa46.22■■■■■ 4.99
CTDNEP1-201ENST00000318988 SYNJ1O43426 1573 aa46.04■■■■■ 4.96
CTDNEP1-201ENST00000318988 CUX1P39880 1505 aa46.04■■■■■ 4.96
CTDNEP1-201ENST00000318988 TOP2BQ02880 1626 aa45.98■■■■■ 4.95
CTDNEP1-201ENST00000318988 MRC2Q9UBG0 1479 aa45.98■■■■■ 4.95
CTDNEP1-201ENST00000318988 DNMBPQ6XZF7 1577 aa45.95■■■■■ 4.95
CTDNEP1-201ENST00000318988 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa45.93■■■■■ 4.94
CTDNEP1-201ENST00000318988 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP45.92■■■■■ 4.94
CTDNEP1-201ENST00000318988 TOPBP1Q92547 1522 aa45.9■■■■■ 4.94
CTDNEP1-201ENST00000318988 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP45.73■■■■■ 4.91
CTDNEP1-201ENST00000318988 WDR62O43379 1518 aa45.72■■■■■ 4.91
CTDNEP1-201ENST00000318988 FGD5Q6ZNL6 1462 aa45.7■■■■■ 4.91
CTDNEP1-201ENST00000318988 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP45.6■■■■■ 4.89
CTDNEP1-201ENST00000318988 SOGA1O94964 1423 aa45.51■■■■■ 4.88
CTDNEP1-201ENST00000318988 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa45.42■■■■■ 4.86
CTDNEP1-201ENST00000318988 CUX2O14529 1486 aa45.34■■■■■ 4.85
CTDNEP1-201ENST00000318988 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP45.31■■■■■ 4.84
CTDNEP1-201ENST00000318988 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa45.3■■■■■ 4.84
CTDNEP1-201ENST00000318988 IFT140Q96RY7 1462 aa45.3■■■■■ 4.84
CTDNEP1-201ENST00000318988 EEA1Q15075 1411 aa45.27■■■■■ 4.84
CTDNEP1-201ENST00000318988 KIF27Q86VH2 1401 aa45.26■■■■■ 4.84
CTDNEP1-201ENST00000318988 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP45.23■■■■■ 4.83
CTDNEP1-201ENST00000318988 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa45.2■■■■■ 4.83
CTDNEP1-201ENST00000318988 WDR97A6NE52 1622 aa45.14■■■■■ 4.82
CTDNEP1-201ENST00000318988 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP45.1■■■■■ 4.81
CTDNEP1-201ENST00000318988 CSRNP3Q8WYN3 585 aa45.06■■■■■ 4.8
CTDNEP1-201ENST00000318988 GAPVD1Q14C86 1478 aa44.98■■■■■ 4.79
CTDNEP1-201ENST00000318988 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP44.97■■■■■ 4.79
CTDNEP1-201ENST00000318988 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa44.95■■■■■ 4.79
CTDNEP1-201ENST00000318988 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP44.93■■■■■ 4.782e-6■■■■■ 28.6
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CTDNEP1-201ENST00000318988 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP44.83■■■■■ 4.77
CTDNEP1-201ENST00000318988 ERICH3Q5RHP9 1530 aa44.79■■■■■ 4.76
CTDNEP1-201ENST00000318988 GRIN2BQ13224 1484 aa44.78■■■■■ 4.76
CTDNEP1-201ENST00000318988 PBRM1Q86U86 1689 aa44.71■■■■■ 4.75
CTDNEP1-201ENST00000318988 EHMT2Q96KQ7 1210 aa44.68■■■■■ 4.74
CTDNEP1-201ENST00000318988 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa44.68■■■■■ 4.74
CTDNEP1-201ENST00000318988 PRXQ9BXM0 1461 aa44.65■■■■■ 4.74
CTDNEP1-201ENST00000318988 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa44.64■■■■■ 4.74
CTDNEP1-201ENST00000318988 CUL7Q14999 1698 aa44.63■■■■■ 4.74
CTDNEP1-201ENST00000318988 KIF21BO75037 1637 aa44.63■■■■■ 4.73
CTDNEP1-201ENST00000318988 GOLGA3Q08378 1498 aa44.55■■■■■ 4.72
CTDNEP1-201ENST00000318988 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa44.54■■■■■ 4.72
CTDNEP1-201ENST00000318988 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa44.53■■■■■ 4.72
CTDNEP1-201ENST00000318988 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP44.5■■■■■ 4.71
CTDNEP1-201ENST00000318988 FHAD1B1AJZ9 1412 aa44.5■■■■■ 4.71
CTDNEP1-201ENST00000318988 UBTFP17480 764 aaKnown RBP44.45■■■■■ 4.71
CTDNEP1-201ENST00000318988 ADAMTS12P58397 1594 aa44.45■■■■■ 4.71
CTDNEP1-201ENST00000318988 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP44.33■■■■■ 4.69
CTDNEP1-201ENST00000318988 SYNJ2O15056 1496 aa44.32■■■■■ 4.69
CTDNEP1-201ENST00000318988 FBLN2P98095 1184 aa44.29■■■■■ 4.68
CTDNEP1-201ENST00000318988 TNIKQ9UKE5 1360 aa44.24■■■■■ 4.67
CTDNEP1-201ENST00000318988 GRIN2AQ12879 1464 aa44.19■■■■■ 4.67
CTDNEP1-201ENST00000318988 CHD1O14646 1710 aa43.98■■■■■ 4.63
CTDNEP1-201ENST00000318988 CTTNBP2Q8WZ74 1663 aa43.95■■■■■ 4.63
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