RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000382723.4

MSX1-201, Transcript of msh homeobox 1, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene MSX1, Length 1,939 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1-201ENST00000382723 NISCHQ9Y2I1 1504 aa61.54■■■■■ 7.44
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MSX1-201ENST00000382723 ABCC9O60706 1549 aa51.37■■■■■ 5.81
MSX1-201ENST00000382723 DCAF8L2P0C7V8 631 aa51.15■■■■■ 5.78
MSX1-201ENST00000382723 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa50.81■■■■■ 5.72
MSX1-201ENST00000382723 MYO15BQ96JP2 1530 aa50.34■■■■■ 5.65
MSX1-201ENST00000382723 NACADO15069 1562 aa50.21■■■■■ 5.63
MSX1-201ENST00000382723 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa50.09■■■■■ 5.61
MSX1-201ENST00000382723 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa49.9■■■■■ 5.58
MSX1-201ENST00000382723 SCRIBQ14160 1630 aa49.52■■■■■ 5.52
MSX1-201ENST00000382723 UNC13AQ9UPW8 1703 aa48.81■■■■■ 5.4
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MSX1-201ENST00000382723 BICRAQ9NZM4 1560 aa48.4■■■■■ 5.34
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MSX1-201ENST00000382723 CECR2Q9BXF3 1484 aa47.91■■■■■ 5.26
MSX1-201ENST00000382723 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP47.62■■■■■ 5.21
MSX1-201ENST00000382723 MROH2BQ7Z745 1585 aa47.56■■■■■ 5.2
MSX1-201ENST00000382723 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP47.54■■■■■ 5.2
MSX1-201ENST00000382723 SMARCA4P51532 1647 aa47.38■■■■■ 5.18
MSX1-201ENST00000382723 WIZO95785 1651 aa47.14■■■■■ 5.14
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MSX1-201ENST00000382723 PEG3Q9GZU2 1588 aa46.77■■■■■ 5.08
MSX1-201ENST00000382723 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa46.73■■■■■ 5.07
MSX1-201ENST00000382723 SMARCA2P51531 1590 aa46.66■■■■■ 5.06
MSX1-201ENST00000382723 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP46.62■■■■■ 5.05
MSX1-201ENST00000382723 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP46.47■■■■■ 5.03
MSX1-201ENST00000382723 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa46.41■■■■■ 5.02
MSX1-201ENST00000382723 NCAPD3P42695 1498 aa46.37■■■■■ 5.01
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MSX1-201ENST00000382723 CHIC1Q5VXU3 224 aa45.67■■■■■ 4.9
MSX1-201ENST00000382723 CFTRP13569 1480 aa45.25■■■■■ 4.83
MSX1-201ENST00000382723 CADPSQ9ULU8 1353 aa45.2■■■■■ 4.83
MSX1-201ENST00000382723 TRIM41Q8WV44 630 aa45.12■■■■■ 4.81
MSX1-201ENST00000382723 ABCC8Q09428 1581 aa45.1■■■■■ 4.81
MSX1-201ENST00000382723 NESP48681 1621 aa44.96■■■■■ 4.79
MSX1-201ENST00000382723 PRDM2Q13029 1718 aa44.87■■■■■ 4.77
MSX1-201ENST00000382723 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP44.85■■■■■ 4.77
MSX1-201ENST00000382723 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa44.84■■■■■ 4.77
MSX1-201ENST00000382723 FANCD2Q9BXW9 1451 aa44.7■■■■■ 4.75
MSX1-201ENST00000382723 SYNJ1O43426 1573 aa44.65■■■■■ 4.74
MSX1-201ENST00000382723 PDS5BQ9NTI5 1447 aa44.56■■■■■ 4.72
MSX1-201ENST00000382723 CUX1P39880 1505 aa44.49■■■■■ 4.71
MSX1-201ENST00000382723 TOP2BQ02880 1626 aa44.47■■■■■ 4.71
MSX1-201ENST00000382723 CEP164Q9UPV0 1460 aa44.45■■■■■ 4.71
MSX1-201ENST00000382723 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa44.41■■■■■ 4.7
MSX1-201ENST00000382723 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP44.36■■■■■ 4.69
MSX1-201ENST00000382723 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa44.34■■■■■ 4.69
MSX1-201ENST00000382723 SOGA1O94964 1423 aa44.2■■■■■ 4.67
MSX1-201ENST00000382723 DNMBPQ6XZF7 1577 aa44.19■■■■■ 4.66
MSX1-201ENST00000382723 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP44.16■■■■■ 4.66
MSX1-201ENST00000382723 TOPBP1Q92547 1522 aa44.16■■■■■ 4.66
MSX1-201ENST00000382723 ERCC6Q03468 1493 aa44.08■■■■■ 4.65
MSX1-201ENST00000382723 FGD5Q6ZNL6 1462 aa44.08■■■■■ 4.65
MSX1-201ENST00000382723 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa44.05■■■■■ 4.64
MSX1-201ENST00000382723 MRC2Q9UBG0 1479 aa44■■■■■ 4.63
MSX1-201ENST00000382723 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa43.97■■■■■ 4.63
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MSX1-201ENST00000382723 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP43.92■■■■■ 4.62
MSX1-201ENST00000382723 CSRNP3Q8WYN3 585 aa43.83■■■■■ 4.61
MSX1-201ENST00000382723 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa43.82■■■■■ 4.6
MSX1-201ENST00000382723 EHMT2Q96KQ7 1210 aa43.81■■■■■ 4.6
MSX1-201ENST00000382723 WDR62O43379 1518 aa43.76■■■■■ 4.6
MSX1-201ENST00000382723 KIF27Q86VH2 1401 aa43.75■■■■■ 4.59
MSX1-201ENST00000382723 CUX2O14529 1486 aa43.75■■■■■ 4.59
MSX1-201ENST00000382723 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP43.71■■■■■ 4.59
MSX1-201ENST00000382723 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa43.65■■■■■ 4.58
MSX1-201ENST00000382723 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP43.49■■■■■ 4.55
MSX1-201ENST00000382723 WDR97A6NE52 1622 aa43.49■■■■■ 4.55
MSX1-201ENST00000382723 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP43.45■■■■■ 4.55
MSX1-201ENST00000382723 IGF1RP08069 1367 aa43.4■■■■■ 4.54
MSX1-201ENST00000382723 IFT140Q96RY7 1462 aa43.4■■■■■ 4.54
MSX1-201ENST00000382723 KIF21BO75037 1637 aa43.38■■■■■ 4.53
MSX1-201ENST00000382723 GOLGA3Q08378 1498 aa43.36■■■■■ 4.53
MSX1-201ENST00000382723 PRXQ9BXM0 1461 aa43.32■■■■■ 4.53
MSX1-201ENST00000382723 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa43.3■■■■■ 4.52
MSX1-201ENST00000382723 GAPVD1Q14C86 1478 aa43.29■■■■■ 4.52
MSX1-201ENST00000382723 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa43.29■■■■■ 4.52
MSX1-201ENST00000382723 UBTFP17480 764 aaKnown RBP43.29■■■■■ 4.52
MSX1-201ENST00000382723 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP43.23■■■■■ 4.518e-10■■■■■ 34.3
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MSX1-201ENST00000382723 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa43.19■■■■■ 4.5
MSX1-201ENST00000382723 ERICH3Q5RHP9 1530 aa43.17■■■■■ 4.5
MSX1-201ENST00000382723 TNIKQ9UKE5 1360 aa43.15■■■■■ 4.5
MSX1-201ENST00000382723 CUL7Q14999 1698 aa43.03■■■■■ 4.48
MSX1-201ENST00000382723 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP43.02■■■■■ 4.48
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MSX1-201ENST00000382723 GRIN2BQ13224 1484 aa43.01■■■■■ 4.48
MSX1-201ENST00000382723 CEP162Q5TB80 1403 aa42.92■■■■■ 4.46
MSX1-201ENST00000382723 FHAD1B1AJZ9 1412 aa42.81■■■■■ 4.44
MSX1-201ENST00000382723 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa42.8■■■■■ 4.44
MSX1-201ENST00000382723 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP42.79■■■■■ 4.44
MSX1-201ENST00000382723 ADAMTS12P58397 1594 aa42.79■■■■■ 4.44
MSX1-201ENST00000382723 CLIP1P30622 1438 aa42.69■■■■■ 4.42
MSX1-201ENST00000382723 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP42.66■■■■■ 4.42
MSX1-201ENST00000382723 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP42.53■■■■■ 4.4
MSX1-201ENST00000382723 SYNJ2O15056 1496 aa42.53■■■■■ 4.4
MSX1-201ENST00000382723 FBLN2P98095 1184 aa42.52■■■■■ 4.4
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