Protein–RNA interactions for Protein: Q92900

UPF1, Regulator of nonsense transcripts 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,129 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF1Q92900 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.27■■■□□ 2.62e-10■■■■■ 32
UPF1Q92900 C7orf50-201ENST00000357429 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.842e-10■■■■■ 32
UPF1Q92900 C7orf50-203ENST00000397100 1264 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC24.88■■□□□ 1.572e-10■■■■■ 32
UPF1Q92900 MED9-201ENST00000268711 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.035e-7■■■■■ 32
UPF1Q92900 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.79e-9■■■■■ 32
UPF1Q92900 PLLP-205ENST00000613167 7578 ntTSL 5 BASIC14.4□□□□□ -0.19e-9■■■■■ 32
UPF1Q92900 SH3BP5L-203ENST00000484202 3110 ntTSL 215.89■□□□□ 0.135e-8■■■■■ 32
UPF1Q92900 SH3BP5L-201ENST00000366472 3861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.075e-8■■■■■ 32
UPF1Q92900 SH3BP5L-202ENST00000475978 4122 ntTSL 213.74□□□□□ -0.215e-8■■■■■ 32
UPF1Q92900 RNPS1-219ENST00000566397 1685 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.314e-8■■■■■ 32
UPF1Q92900 RNPS1-205ENST00000561718 1806 ntTSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.884e-8■■■■■ 32
UPF1Q92900 RNPS1-203ENST00000397086 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.724e-8■■■■■ 32
UPF1Q92900 RNPS1-202ENST00000320225 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.444e-8■■■■■ 32
UPF1Q92900 RNPS1-220ENST00000566458 2037 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.424e-8■■■■■ 32
UPF1Q92900 RNPS1-206ENST00000562205 2223 ntTSL 215.86■□□□□ 0.134e-8■■■■■ 32
UPF1Q92900 RNPS1-216ENST00000565678 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.034e-8■■■■■ 32
UPF1Q92900 TRIM56-202ENST00000412507 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best)26.38■■□□□ 1.811e-10■■■■■ 32
UPF1Q92900 TRIM56-201ENST00000306085 10952 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.31e-10■■■■■ 32
UPF1Q92900 AQP1-204ENST00000441328 2487 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.384e-8■■■■■ 32
UPF1Q92900 AQP1-201ENST00000311813 2913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.054e-8■■■■■ 32
UPF1Q92900 FASN-206ENST00000634990 8407 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.266e-20■■■■■ 32
UPF1Q92900 FASN-201ENST00000306749 8565 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.316e-20■■■■■ 32
UPF1Q92900 ADIPOR2-201ENST00000357103 4018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.4□□□□□ -0.423e-7■■■■■ 32
UPF1Q92900 SLC12A6-201ENST00000290209 7286 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC7.66□□□□□ -1.185e-9■■■■■ 32
UPF1Q92900 SUPT6H-201ENST00000314616 6523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.12□□□□□ -1.113e-9■■■■■ 31.9
UPF1Q92900 SLC44A2-210ENST00000589561 2577 ntTSL 216■□□□□ 0.154e-8■■■■■ 31.9
UPF1Q92900 SLC44A2-201ENST00000335757 3671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.154e-8■■■■■ 31.9
UPF1Q92900 SLC44A2-203ENST00000586078 3784 ntTSL 5 BASIC15□□□□□ -0.014e-8■■■■■ 31.9
UPF1Q92900 SLC44A2-202ENST00000407327 3301 ntTSL 1 (best) BASIC10.27□□□□□ -0.774e-8■■■■■ 31.9
UPF1Q92900 TATDN2-204ENST00000496355 1456 ntTSL 322.53■■□□□ 1.26e-10■■■■■ 31.9
UPF1Q92900 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.986e-10■■■■■ 31.9
UPF1Q92900 AC022384.1-202ENST00000450534 2831 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.036e-10■■■■■ 31.9
UPF1Q92900 AC022384.1-201ENST00000437082 2270 ntAPPRIS P5 TSL 213.23□□□□□ -0.296e-10■■■■■ 31.9
UPF1Q92900 TATDN2-203ENST00000448281 4484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.24□□□□□ -0.776e-10■■■■■ 31.9
UPF1Q92900 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.31e-7■■■■■ 31.9
UPF1Q92900 CLN6-224ENST00000638076 2323 ntTSL 1 (best)22.99■■□□□ 1.271e-7■■■■■ 31.9
UPF1Q92900 AC107871.1-203ENST00000637054 3238 ntTSL 517.42■□□□□ 0.386e-7■■■■■ 31.9
UPF1Q92900 AC107871.1-201ENST00000637888 2941 ntTSL 517.26■□□□□ 0.356e-7■■■■■ 31.9
UPF1Q92900 AC107871.1-202ENST00000562767 3389 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.06■□□□□ 0.326e-7■■■■■ 31.9
UPF1Q92900 CLN6-217ENST00000636964 3335 ntTSL 212.87□□□□□ -0.351e-7■■■■■ 31.9
UPF1Q92900 NKIRAS2-207ENST00000449471 1461 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.187e-9■■■■■ 31.9
UPF1Q92900 CCND1-201ENST00000227507 4307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.42□□□□□ -0.427e-10■■■■■ 31.9
UPF1Q92900 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.13e-10■■■■■ 31.9
UPF1Q92900 CTSA-201ENST00000191018 1898 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.973e-10■■■■■ 31.9
UPF1Q92900 CTSA-204ENST00000372484 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.723e-10■■■■■ 31.9
UPF1Q92900 CTSA-207ENST00000484855 2183 ntTSL 1 (best)19.19■□□□□ 0.663e-10■■■■■ 31.9
UPF1Q92900 CTSA-202ENST00000354880 1820 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.633e-10■■■■■ 31.9
UPF1Q92900 CTSA-214ENST00000606788 3056 ntTSL 217.14■□□□□ 0.333e-10■■■■■ 31.9
UPF1Q92900 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.75e-9■■■■■ 31.9
UPF1Q92900 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC31.55■■■□□ 2.642e-9■■■■■ 31.9
UPF1Q92900 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.362e-9■■■■■ 31.9
UPF1Q92900 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.612e-9■■■■■ 31.9
UPF1Q92900 NLE1-202ENST00000442241 2588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.239e-8■■■■■ 31.9
UPF1Q92900 ORC2-201ENST00000234296 4312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.38□□□□□ -0.758e-8■■■■■ 31.8
UPF1Q92900 BRF1-201ENST00000327359 2292 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.31e-7■■■■■ 31.8
UPF1Q92900 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.83■■■□□ 2.218e-9■■■■■ 31.8
UPF1Q92900 NKIRAS2-205ENST00000393881 1598 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.088e-9■■■■■ 31.8
UPF1Q92900 SF3A1-201ENST00000215793 5143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.251e-6■■■■■ 31.8
UPF1Q92900 NECTIN2-201ENST00000252483 2466 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.032e-10■■■■■ 31.8
UPF1Q92900 MTHFR-204ENST00000376590 7094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.57□□□□□ -0.563e-13■■■■■ 31.8
UPF1Q92900 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.18■■■■□ 3.73e-14■■■■■ 31.8
UPF1Q92900 BCAR1-206ENST00000535626 2894 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.23e-7■■■■■ 31.8
UPF1Q92900 BCAR1-207ENST00000538440 3192 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.7□□□□□ -0.063e-7■■■■■ 31.8
UPF1Q92900 BCAR1-204ENST00000418647 3387 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.19□□□□□ -0.143e-7■■■■■ 31.8
UPF1Q92900 BCAR1-203ENST00000393422 4064 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.03□□□□□ -0.323e-7■■■■■ 31.8
UPF1Q92900 OXSR1-201ENST00000311806 4553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.462e-8■■■■■ 31.8
UPF1Q92900 FEM1A-201ENST00000269856 9593 ntAPPRIS P1 BASIC13.13□□□□□ -0.315e-8■■■■■ 31.8
UPF1Q92900 TMC6-201ENST00000306591 1681 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.482e-9■■■■■ 31.8
UPF1Q92900 TMC6-222ENST00000592076 693 ntTSL 322.74■■□□□ 1.232e-9■■■■■ 31.8
UPF1Q92900 FOXK1-203ENST00000496023 1928 ntTSL 221.93■■□□□ 1.12e-9■■■■■ 31.8
UPF1Q92900 TMC6-202ENST00000322914 2786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.662e-9■■■■■ 31.8
UPF1Q92900 TMC6-215ENST00000590494 702 ntTSL 218.88■□□□□ 0.612e-9■■■■■ 31.8
UPF1Q92900 TMC6-203ENST00000392467 2833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.562e-9■■■■■ 31.8
UPF1Q92900 AOC3-203ENST00000588033 542 ntTSL 416.98■□□□□ 0.312e-9■■■■■ 31.8
UPF1Q92900 AOC3-202ENST00000587330 545 ntTSL 516.98■□□□□ 0.312e-9■■■■■ 31.8
UPF1Q92900 MED18-202ENST00000398997 1106 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.134e-8■■■■■ 31.8
UPF1Q92900 CTIF-205ENST00000587860 2940 ntTSL 215.49■□□□□ 0.072e-9■■■■■ 31.8
UPF1Q92900 AOC3-205ENST00000592999 573 ntTSL 415.07■□□□□ 02e-9■■■■■ 31.8
UPF1Q92900 MED18-201ENST00000373842 1833 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.62□□□□□ -0.074e-8■■■■■ 31.8
UPF1Q92900 CTIF-202ENST00000382998 4407 ntTSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.112e-9■■■■■ 31.8
UPF1Q92900 DNMBP-201ENST00000324109 6400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.322e-9■■■■■ 31.8
UPF1Q92900 DNMBP-204ENST00000636706 5437 ntTSL 2 BASIC10.41□□□□□ -0.742e-9■■■■■ 31.8
UPF1Q92900 DNMBP-203ENST00000543621 4178 ntTSL 1 (best) BASIC7.77□□□□□ -1.172e-9■■■■■ 31.8
UPF1Q92900 HPCAL1-203ENST00000419810 4781 ntTSL 1 (best)13.24□□□□□ -0.291e-8■■■■■ 31.7
UPF1Q92900 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.941e-8■■■■■ 31.7
UPF1Q92900 TSPAN17-202ENST00000310032 2550 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.871e-8■■■■■ 31.7
UPF1Q92900 PLA2G15-209ENST00000566188 1203 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.641e-8■■■■■ 31.7
UPF1Q92900 TSPAN17-201ENST00000298564 2810 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.51e-8■■■■■ 31.7
UPF1Q92900 TSPAN17-209ENST00000515708 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.331e-8■■■■■ 31.7
UPF1Q92900 COMMD9-203ENST00000452374 917 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.131e-8■■■■■ 31.7
UPF1Q92900 TSPAN17-208ENST00000514705 4445 ntTSL 214.53□□□□□ -0.081e-8■■■■■ 31.7
UPF1Q92900 COMMD9-201ENST00000263401 2954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.18□□□□□ -0.621e-8■■■■■ 31.7
UPF1Q92900 COMMD9-207ENST00000533308 374 ntTSL 310.4□□□□□ -0.741e-8■■■■■ 31.7
UPF1Q92900 SKA1-201ENST00000285116 2905 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.1□□□□□ -0.631e-16■■■■■ 31.7
UPF1Q92900 MAP4K4-212ENST00000456652 3855 ntTSL 5 BASIC8.2□□□□□ -1.13e-14■■■■■ 31.7
UPF1Q92900 MAP4K4-207ENST00000417294 4251 ntTSL 56.42□□□□□ -1.383e-14■■■■■ 31.7
UPF1Q92900 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.49■■■□□ 2.312e-8■■■■■ 31.7
UPF1Q92900 AXIN1-201ENST00000262320 3643 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.322e-7■■■■■ 31.7
UPF1Q92900 AXIN1-204ENST00000461023 6340 ntTSL 215.31■□□□□ 0.042e-7■■■■■ 31.7
UPF1Q92900 AXIN1-202ENST00000354866 3324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.252e-7■■■■■ 31.7
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