Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 BRD2-206ENST00000456339 887 ntTSL 412.52□□□□□ -0.411e-6■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 WDR55-202ENST00000504897 2953 ntTSL 216.58■□□□□ 0.243e-6■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 WDR55-203ENST00000506393 2477 ntTSL 213.97□□□□□ -0.173e-6■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 CSNK2A1-206ENST00000608066 577 ntTSL 413.74□□□□□ -0.213e-6■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 CSNK2A1-209ENST00000609606 589 ntTSL 213.74□□□□□ -0.213e-6■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 WDR55-205ENST00000520764 1696 ntTSL 213.63□□□□□ -0.233e-6■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 WDR55-201ENST00000358337 4080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.09□□□□□ -0.633e-6■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 WDR55-204ENST00000511232 3812 ntTSL 210.61□□□□□ -0.713e-6■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 CSNK2A1-208ENST00000609525 581 ntTSL 54.49□□□□□ -1.693e-6■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 PFN1-202ENST00000572383 539 ntTSL 316.65■□□□□ 0.261e-14■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 PFN1-201ENST00000225655 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.231e-14■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 PFN1-203ENST00000574872 1173 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.011e-14■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 HMGN1-217ENST00000489072 1014 ntTSL 322.01■■□□□ 1.116e-7■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 HMGN1-206ENST00000431390 1552 ntTSL 317.72■□□□□ 0.436e-7■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 HMGN1-207ENST00000436324 1045 ntTSL 216.23■□□□□ 0.196e-7■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 HMGN1-219ENST00000491183 527 ntTSL 215.66■□□□□ 0.16e-7■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 HMGN1-214ENST00000482733 701 ntTSL 215.04■□□□□ -06e-7■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 HMGN1-204ENST00000380749 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.066e-7■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 HMGN1-216ENST00000486741 4299 ntTSL 214.49□□□□□ -0.096e-7■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 HMGN1-209ENST00000463631 583 ntTSL 314.12□□□□□ -0.156e-7■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 HMGN1-210ENST00000464078 508 ntTSL 514.12□□□□□ -0.156e-7■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 HMGN1-203ENST00000380748 829 ntTSL 3 BASIC13.7□□□□□ -0.226e-7■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 HMGN1-212ENST00000479586 841 ntTSL 213.7□□□□□ -0.226e-7■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 HMGN1-220ENST00000492280 2707 ntTSL 513.41□□□□□ -0.266e-7■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 HMGN1-211ENST00000471260 615 ntTSL 312.4□□□□□ -0.426e-7■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 HMGN1-208ENST00000443046 823 ntTSL 311.49□□□□□ -0.576e-7■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 HMGN1-213ENST00000482192 793 ntTSL 310.49□□□□□ -0.736e-7■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 HMGN1-215ENST00000485550 745 ntTSL 59.1□□□□□ -0.956e-7■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 HMGN1-202ENST00000380747 709 ntTSL 3 BASIC8.4□□□□□ -1.066e-7■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 HMGN1-201ENST00000288344 1303 ntTSL 28.18□□□□□ -1.16e-7■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 HMGN1-205ENST00000419378 850 ntTSL 26.13□□□□□ -1.436e-7■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.153e-8■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 NUTF2-205ENST00000568396 1179 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.183e-8■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 NUTF2-206ENST00000569436 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.073e-8■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 MCRIP2-211ENST00000629534 341 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.073e-8■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 GANAB-205ENST00000526210 533 ntTSL 415.37■□□□□ 0.053e-8■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 GANAB-206ENST00000526392 257 ntTSL 314.76□□□□□ -0.053e-8■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 GANAB-209ENST00000529737 577 ntTSL 412.83□□□□□ -0.363e-8■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 NUTF2-202ENST00000567105 582 ntTSL 312.66□□□□□ -0.383e-8■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 NUTF2-208ENST00000587481 2608 nt9.5□□□□□ -0.893e-8■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 GANAB-212ENST00000534419 640 ntTSL 48.27□□□□□ -1.093e-8■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 ARHGAP17-204ENST00000570320 2847 ntTSL 26.89□□□□□ -1.313e-8■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 MDN1-205ENST00000629399 17400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.85□□□□□ -1.313e-8■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 CDKAL1-204ENST00000613575 1673 ntTSL 1 (best) BASIC6.65□□□□□ -1.343e-8■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 MDN1-201ENST00000369393 18413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.54□□□□□ -1.363e-8■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 CDKAL1-201ENST00000274695 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.07□□□□□ -1.443e-8■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 FANCI-206ENST00000564350 761 ntTSL 34.24□□□□□ -1.733e-8■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 SLC38A2-208ENST00000549258 4384 ntTSL 24.14□□□□□ -1.752e-8■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 TMX2-CTNND1-201ENST00000528395 585 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC10.08□□□□□ -0.82e-6■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 POLR2A-209ENST00000617998 6751 ntTSL 1 (best)11.13□□□□□ -0.631e-6■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 MGRN1-214ENST00000591673 568 ntTSL 410.05□□□□□ -0.81e-6■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 MRPL52-210ENST00000555345 895 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.315e-13■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 MRPL52-215ENST00000556840 398 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.255e-13■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 MRPL52-201ENST00000311892 1042 ntTSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.185e-13■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 MRPL52-208ENST00000553711 586 ntTSL 3 BASIC15.66■□□□□ 0.15e-13■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 MRPL52-202ENST00000355151 1118 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.15e-13■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 MRPL52-203ENST00000397496 1111 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.65■□□□□ 0.15e-13■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 MRPL52-213ENST00000556465 220 ntTSL 313.86□□□□□ -0.195e-13■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 MRPL52-216ENST00000557221 922 ntTSL 2 BASIC12.95□□□□□ -0.345e-13■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 MRPL52-205ENST00000432849 411 ntTSL 2 BASIC11.06□□□□□ -0.645e-13■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 MRPL52-204ENST00000397505 333 ntTSL 5 BASIC10.21□□□□□ -0.775e-13■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 MRPL52-214ENST00000556654 362 ntTSL 37.29□□□□□ -1.245e-13■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 DDX5-234ENST00000585317 923 ntTSL 23.56□□□□□ -1.842e-11■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 SGPL1-202ENST00000373202 5745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.432e-7■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 ZNF518A-207ENST00000539666 485 ntTSL 45.1□□□□□ -1.592e-9■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 C3-214ENST00000600763 406 ntTSL 314.03□□□□□ -0.161e-10■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 PCID2-203ENST00000375457 2372 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.061e-6■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 PCID2-202ENST00000337344 1898 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.44■□□□□ 0.71e-6■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 PCID2-205ENST00000375477 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.09□□□□□ -0.151e-6■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 PCID2-204ENST00000375459 1668 ntTSL 2 BASIC12.61□□□□□ -0.391e-6■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 PCID2-206ENST00000375479 1671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.43□□□□□ -0.421e-6■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 PCID2-216ENST00000622406 1937 ntTSL 5 BASIC10.97□□□□□ -0.651e-6■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 PCID2-201ENST00000246505 1786 ntTSL 2 BASIC9.45□□□□□ -0.91e-6■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 PCID2-210ENST00000473462 859 ntTSL 59.26□□□□□ -0.931e-6■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 PCID2-213ENST00000484641 800 ntTSL 58.75□□□□□ -1.011e-6■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 PCID2-215ENST00000493650 4202 ntTSL 26□□□□□ -1.451e-6■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 PCID2-211ENST00000475433 776 ntTSL 54.82□□□□□ -1.641e-6■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 PCID2-212ENST00000480971 701 ntTSL 52.53□□□□□ -21e-6■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 WDR6-218ENST00000492780 537 ntTSL 212.93□□□□□ -0.347e-39■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 CERS4-203ENST00000558268 713 ntTSL 322.74■■□□□ 1.232e-6■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 CERS4-213ENST00000561053 768 ntTSL 518.09■□□□□ 0.492e-6■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 CERS4-211ENST00000560412 568 ntTSL 415.67■□□□□ 0.12e-6■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 PRPF3-201ENST00000324862 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.026e-6■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 CERS4-212ENST00000561008 531 ntTSL 412.97□□□□□ -0.332e-6■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 PRPF3-202ENST00000467329 2595 ntTSL 59.28□□□□□ -0.926e-6■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 SH3D19-204ENST00000427414 2656 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC8.99□□□□□ -0.972e-6■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 SH3D19-202ENST00000409252 4888 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC8.59□□□□□ -1.032e-6■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 TRRAP-205ENST00000456197 11654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best)8.2□□□□□ -1.16e-6■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 SH3D19-207ENST00000478503 4038 ntTSL 26.55□□□□□ -1.362e-6■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 PRPF3-205ENST00000476970 1005 ntTSL 25.72□□□□□ -1.496e-6■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 CSNK2A1-205ENST00000460062 552 ntTSL 413.74□□□□□ -0.215e-6■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 ILF3-215ENST00000589485 620 ntTSL 218.48■□□□□ 0.551e-11■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 ILF3-214ENST00000589416 773 ntTSL 414.78□□□□□ -0.041e-11■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 ILF3-218ENST00000590009 953 ntTSL 512.92□□□□□ -0.341e-11■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 ILF3-206ENST00000587505 791 ntTSL 512.63□□□□□ -0.391e-11■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 ILF3-207ENST00000587840 655 ntTSL 512.44□□□□□ -0.421e-11■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 ILF3-211ENST00000589052 637 ntTSL 58.38□□□□□ -1.071e-11■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 CTTN-212ENST00000527962 587 ntTSL 213□□□□□ -0.332e-11■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 CTTN-208ENST00000498223 523 ntTSL 310.83□□□□□ -0.682e-11■□□□□ 11.3
SF3A3Q12874 CTTN-207ENST00000483662 736 ntTSL 25.77□□□□□ -1.492e-11■□□□□ 11.3
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