Protein–RNA interactions for Protein: P43489

TNFRSF4, Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4, humanhuman

Predictions only

Length 277 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TNFRSF4P43489 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
TNFRSF4P43489 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
TNFRSF4P43489 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
TNFRSF4P43489 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
TNFRSF4P43489 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
TNFRSF4P43489 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
TNFRSF4P43489 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
TNFRSF4P43489 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
TNFRSF4P43489 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
TNFRSF4P43489 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
TNFRSF4P43489 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
TNFRSF4P43489 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC25.02■■□□□ 1.6
TNFRSF4P43489 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
TNFRSF4P43489 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
TNFRSF4P43489 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
TNFRSF4P43489 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC25.01■■□□□ 1.59
TNFRSF4P43489 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
TNFRSF4P43489 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
TNFRSF4P43489 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
TNFRSF4P43489 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
TNFRSF4P43489 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
TNFRSF4P43489 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
TNFRSF4P43489 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
TNFRSF4P43489 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
TNFRSF4P43489 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
TNFRSF4P43489 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
TNFRSF4P43489 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
TNFRSF4P43489 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
TNFRSF4P43489 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
TNFRSF4P43489 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
TNFRSF4P43489 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC24.98■■□□□ 1.59
TNFRSF4P43489 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
TNFRSF4P43489 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
TNFRSF4P43489 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
TNFRSF4P43489 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
TNFRSF4P43489 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC24.97■■□□□ 1.59
TNFRSF4P43489 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
TNFRSF4P43489 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
TNFRSF4P43489 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
TNFRSF4P43489 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
TNFRSF4P43489 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
TNFRSF4P43489 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
TNFRSF4P43489 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
TNFRSF4P43489 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
TNFRSF4P43489 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
TNFRSF4P43489 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
TNFRSF4P43489 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
TNFRSF4P43489 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
TNFRSF4P43489 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
TNFRSF4P43489 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
TNFRSF4P43489 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
TNFRSF4P43489 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
TNFRSF4P43489 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
TNFRSF4P43489 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC24.93■■□□□ 1.58
TNFRSF4P43489 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
TNFRSF4P43489 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
TNFRSF4P43489 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
TNFRSF4P43489 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
TNFRSF4P43489 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.92■■□□□ 1.58
TNFRSF4P43489 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
TNFRSF4P43489 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
TNFRSF4P43489 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
TNFRSF4P43489 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
TNFRSF4P43489 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
TNFRSF4P43489 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
TNFRSF4P43489 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
TNFRSF4P43489 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
TNFRSF4P43489 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
TNFRSF4P43489 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
TNFRSF4P43489 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
TNFRSF4P43489 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
TNFRSF4P43489 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
TNFRSF4P43489 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
TNFRSF4P43489 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
TNFRSF4P43489 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
TNFRSF4P43489 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
TNFRSF4P43489 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
TNFRSF4P43489 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
TNFRSF4P43489 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
TNFRSF4P43489 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC24.89■■□□□ 1.58
TNFRSF4P43489 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
TNFRSF4P43489 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
TNFRSF4P43489 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
TNFRSF4P43489 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.88■■□□□ 1.57
TNFRSF4P43489 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
TNFRSF4P43489 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
TNFRSF4P43489 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC24.88■■□□□ 1.57
TNFRSF4P43489 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
TNFRSF4P43489 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
TNFRSF4P43489 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
TNFRSF4P43489 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
TNFRSF4P43489 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
TNFRSF4P43489 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
TNFRSF4P43489 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
TNFRSF4P43489 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
TNFRSF4P43489 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
TNFRSF4P43489 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
TNFRSF4P43489 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
TNFRSF4P43489 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
TNFRSF4P43489 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.7 ms