RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000628018.2

CAPNS1-215, Transcript of calpain small subunit 1, human

APPRIS ALT2 TSL 5 BASIC

Gene CAPNS1, Length 1,509 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CAPNS1-215	ENST00000628018	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		57.35	■■■■■ 6.77
CAPNS1-215	ENST00000628018	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		50.22	■■■■■ 5.63
CAPNS1-215	ENST00000628018	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	48.11	■■■■■ 5.29
CAPNS1-215	ENST00000628018	ABCC9	O60706	1549 aa		47.69	■■■■■ 5.22
CAPNS1-215	ENST00000628018	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		47.47	■■■■■ 5.19
CAPNS1-215	ENST00000628018	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		47.32	■■■■■ 5.17
CAPNS1-215	ENST00000628018	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		47.06	■■■■■ 5.12
CAPNS1-215	ENST00000628018	NACAD	O15069	1562 aa		46.84	■■■■■ 5.09
CAPNS1-215	ENST00000628018	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		46.5	■■■■■ 5.03
CAPNS1-215	ENST00000628018	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		46.39	■■■■■ 5.02
CAPNS1-215	ENST00000628018	SCRIB	Q14160	1630 aa		46.03	■■■■■ 4.96
CAPNS1-215	ENST00000628018	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		45.56	■■■■■ 4.88
CAPNS1-215	ENST00000628018	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		45.12	■■■■■ 4.81
CAPNS1-215	ENST00000628018	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	44.87	■■■■■ 4.77
CAPNS1-215	ENST00000628018	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		44.55	■■■■■ 4.72
CAPNS1-215	ENST00000628018	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	44.46	■■■■■ 4.71
CAPNS1-215	ENST00000628018	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	44.33	■■■■■ 4.69
CAPNS1-215	ENST00000628018	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	44.31	■■■■■ 4.68
CAPNS1-215	ENST00000628018	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		44.26	■■■■■ 4.68
CAPNS1-215	ENST00000628018	SMARCA4	P51532	1647 aa		44.15	■■■■■ 4.66
CAPNS1-215	ENST00000628018	WIZ	O95785	1651 aa		43.89	■■■■■ 4.62
CAPNS1-215	ENST00000628018	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	43.76	■■■■■ 4.6
CAPNS1-215	ENST00000628018	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		43.68	■■■■■ 4.58
CAPNS1-215	ENST00000628018	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		43.51	■■■■■ 4.56
CAPNS1-215	ENST00000628018	SMARCA2	P51531	1590 aa		43.49	■■■■■ 4.55
CAPNS1-215	ENST00000628018	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	43.44	■■■■■ 4.55
CAPNS1-215	ENST00000628018	NCAPD3	P42695	1498 aa		43.22	■■■■■ 4.51
CAPNS1-215	ENST00000628018	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	43.22	■■■■■ 4.51
CAPNS1-215	ENST00000628018	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		43.2	■■■■■ 4.51
CAPNS1-215	ENST00000628018	HMGXB3	Q12766	1538 aa		43.14	■■■■■ 4.5
CAPNS1-215	ENST00000628018	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		42.98	■■■■■ 4.47
CAPNS1-215	ENST00000628018	CHIC1	Q5VXU3	224 aa		42.44	■■■■■ 4.38
CAPNS1-215	ENST00000628018	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		42.37	■■■■■ 4.37
CAPNS1-215	ENST00000628018	CFTR	P13569	1480 aa		42.16	■■■■■ 4.34
CAPNS1-215	ENST00000628018	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		42.06	■■■■■ 4.32
CAPNS1-215	ENST00000628018	PRDM2	Q13029	1718 aa		41.95	■■■■■ 4.31
CAPNS1-215	ENST00000628018	ABCC8	Q09428	1581 aa		41.93	■■■■■ 4.3
CAPNS1-215	ENST00000628018	TRIM41	Q8WV44	630 aa		41.88	■■■■■ 4.29
CAPNS1-215	ENST00000628018	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		41.81	■■■■■ 4.28
CAPNS1-215	ENST00000628018	NES	P48681	1621 aa		41.77	■■■■■ 4.28
CAPNS1-215	ENST00000628018	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	41.73	■■■■■ 4.27
CAPNS1-215	ENST00000628018	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		41.58	■■■■■ 4.25
CAPNS1-215	ENST00000628018	SYNJ1	O43426	1573 aa		41.58	■■■■■ 4.25
CAPNS1-215	ENST00000628018	TOP2B	Q02880	1626 aa		41.47	■■■■■ 4.23
CAPNS1-215	ENST00000628018	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		41.46	■■■■■ 4.23
CAPNS1-215	ENST00000628018	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		41.45	■■■■■ 4.23
CAPNS1-215	ENST00000628018	CUX1	P39880	1505 aa		41.42	■■■■■ 4.22
CAPNS1-215	ENST00000628018	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		41.36	■■■■■ 4.21
CAPNS1-215	ENST00000628018	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		41.3	■■■■■ 4.2
CAPNS1-215	ENST00000628018	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		41.18	■■■■■ 4.18
CAPNS1-215	ENST00000628018	TOPBP1	Q92547	1522 aa		41.11	■■■■■ 4.17
CAPNS1-215	ENST00000628018	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	41.09	■■■■■ 4.17
CAPNS1-215	ENST00000628018	SOGA1	O94964	1423 aa		41.07	■■■■■ 4.16
CAPNS1-215	ENST00000628018	FAM9A	Q8IZU1	332 aa	Predicted RBP	41.03	■■■■■ 4.16
CAPNS1-215	ENST00000628018	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		41.01	■■■■■ 4.16
CAPNS1-215	ENST00000628018	EEA1	Q15075	1411 aa		40.97	■■■■■ 4.15
CAPNS1-215	ENST00000628018	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		40.96	■■■■■ 4.15
CAPNS1-215	ENST00000628018	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		40.94	■■■■■ 4.14
CAPNS1-215	ENST00000628018	ERCC6	Q03468	1493 aa		40.92	■■■■■ 4.14
CAPNS1-215	ENST00000628018	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	40.88	■■■■■ 4.13
CAPNS1-215	ENST00000628018	WDR62	O43379	1518 aa		40.78	■■■■■ 4.12
CAPNS1-215	ENST00000628018	LOC105371045	A0A1W2PR82	267 aa		40.76	■■■■■ 4.12
CAPNS1-215	ENST00000628018	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	40.74	■■■■■ 4.11
CAPNS1-215	ENST00000628018	CSRNP3	Q8WYN3	585 aa		40.73	■■■■■ 4.11
CAPNS1-215	ENST00000628018	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		40.71	■■■■■ 4.11
CAPNS1-215	ENST00000628018	KIF27	Q86VH2	1401 aa		40.7	■■■■■ 4.11
CAPNS1-215	ENST00000628018	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		40.67	■■■■■ 4.1
CAPNS1-215	ENST00000628018	CUX2	O14529	1486 aa		40.66	■■■■■ 4.1
CAPNS1-215	ENST00000628018	WDR97	A6NE52	1622 aa		40.59	■■■■■ 4.09
CAPNS1-215	ENST00000628018	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	40.55	■■■■■ 4.08
CAPNS1-215	ENST00000628018	KIF21B	O75037	1637 aa		40.46	■■■■■ 4.07
CAPNS1-215	ENST00000628018	EHMT2	Q96KQ7	1210 aa		40.41	■■■■■ 4.06
CAPNS1-215	ENST00000628018	IFT140	Q96RY7	1462 aa		40.41	■■■■■ 4.06
CAPNS1-215	ENST00000628018	IGF1R	P08069	1367 aa		40.38	■■■■■ 4.06
CAPNS1-215	ENST00000628018	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		40.38	■■■■■ 4.05
CAPNS1-215	ENST00000628018	PRX	Q9BXM0	1461 aa		40.37	■■■■■ 4.05
CAPNS1-215	ENST00000628018	GOLGA3	Q08378	1498 aa		40.36	■■■■■ 4.05
CAPNS1-215	ENST00000628018	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	40.33	■■■■■ 4.05
CAPNS1-215	ENST00000628018	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		40.28	■■■■■ 4.04
CAPNS1-215	ENST00000628018	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		40.26	■■■■■ 4.04
CAPNS1-215	ENST00000628018	RAPGEF2	Q9Y4G8	1499 aa		40.25	■■■■■ 4.03
CAPNS1-215	ENST00000628018	TNIK	Q9UKE5	1360 aa		40.17	■■■■■ 4.02
CAPNS1-215	ENST00000628018	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	40.16	■■■■■ 4.02
CAPNS1-215	ENST00000628018	CARMIL1	Q5VZK9	1371 aa		40.16	■■■■■ 4.02
CAPNS1-215	ENST00000628018	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	40.15	■■■■■ 4.02	8e-9	■□□□□ 10.5
CAPNS1-215	ENST00000628018	CUL7	Q14999	1698 aa		40.14	■■■■■ 4.02
CAPNS1-215	ENST00000628018	UBTF	P17480	764 aa	Known RBP	40.13	■■■■■ 4.01
CAPNS1-215	ENST00000628018	PBRM1	Q86U86	1689 aa		40.1	■■■■■ 4.01
CAPNS1-215	ENST00000628018	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	40.05	■■■■■ 4
CAPNS1-215	ENST00000628018	GRIN2B	Q13224	1484 aa		40.03	■■■■■ 4
CAPNS1-215	ENST00000628018	CEP162	Q5TB80	1403 aa		39.9	■■■■□ 3.98
CAPNS1-215	ENST00000628018	ADAMTS12	P58397	1594 aa		39.86	■■■■□ 3.97
CAPNS1-215	ENST00000628018	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		39.85	■■■■□ 3.97
CAPNS1-215	ENST00000628018	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		39.78	■■■■□ 3.96
CAPNS1-215	ENST00000628018	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	39.74	■■■■□ 3.95
CAPNS1-215	ENST00000628018	CLIP1	P30622	1438 aa		39.68	■■■■□ 3.94
CAPNS1-215	ENST00000628018	CTTNBP2	Q8WZ74	1663 aa		39.64	■■■■□ 3.94
CAPNS1-215	ENST00000628018	SYNJ2	O15056	1496 aa		39.58	■■■■□ 3.93
CAPNS1-215	ENST00000628018	GRIN2A	Q12879	1464 aa		39.54	■■■■□ 3.92
CAPNS1-215	ENST00000628018	RANGAP1	P46060	587 aa	Predicted RBP	39.51	■■■■□ 3.92

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