Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 CST3-202ENST00000398409 832 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.091e-6■■■■□ 24.1
SF3A3Q12874 CST3-203ENST00000398411 3286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.061e-6■■■■□ 24.1
SF3A3Q12874 CST3-201ENST00000376925 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.071e-6■■■■□ 24.1
SF3A3Q12874 PIH1D1-214ENST00000597577 698 ntTSL 515.3■□□□□ 0.043e-7■■■■□ 24.1
SF3A3Q12874 PIH1D1-215ENST00000598175 418 ntTSL 513.51□□□□□ -0.253e-7■■■■□ 24.1
SF3A3Q12874 NADSYN1-206ENST00000525593 928 ntTSL 511.9□□□□□ -0.56e-7■■■■□ 24.1
SF3A3Q12874 NADSYN1-211ENST00000527963 479 ntTSL 410.23□□□□□ -0.776e-7■■■■□ 24.1
SF3A3Q12874 MOV10-211ENST00000482545 380 ntTSL 58.63□□□□□ -1.032e-7■■■■□ 24.1
SF3A3Q12874 MOV10-213ENST00000488160 896 ntTSL 28.55□□□□□ -1.042e-7■■■■□ 24.1
SF3A3Q12874 PDXK-207ENST00000438837 342 ntTSL 36.72□□□□□ -1.336e-7■■■■□ 24.1
SF3A3Q12874 CLASP1-209ENST00000463621 536 ntTSL 45.21□□□□□ -1.586e-7■■■■□ 24.1
SF3A3Q12874 MOV10-210ENST00000481711 379 ntTSL 34.92□□□□□ -1.622e-7■■■■□ 24.1
SF3A3Q12874 PPIL2-212ENST00000626352 2625 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.271e-6■■■■□ 24.1
SF3A3Q12874 PPIL2-202ENST00000398831 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.091e-6■■■■□ 24.1
SF3A3Q12874 PPIL2-201ENST00000335025 4929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.261e-6■■■■□ 24.1
SF3A3Q12874 PPIL2-203ENST00000406385 3875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.84□□□□□ -0.671e-6■■■■□ 24.1
SF3A3Q12874 PPIL2-204ENST00000417788 4213 ntTSL 210.54□□□□□ -0.721e-6■■■■□ 24.1
SF3A3Q12874 CYP2W1-201ENST00000308919 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.617e-7■■■■□ 24.1
SF3A3Q12874 CYP2W1-202ENST00000340150 2361 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.567e-7■■■■□ 24.1
SF3A3Q12874 SMPD4-216ENST00000461187 659 ntTSL 312.4□□□□□ -0.422e-6■■■■□ 24.1
SF3A3Q12874 TRMU-210ENST00000470831 1860 ntTSL 216.97■□□□□ 0.316e-12■■■■□ 24.1
SF3A3Q12874 TRPV1-207ENST00000572705 4166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.79□□□□□ -0.682e-6■■■■□ 24.1
SF3A3Q12874 IQSEC1-201ENST00000273221 5279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.855e-7■■■■□ 24.1
SF3A3Q12874 IQSEC1-204ENST00000613206 3582 ntTSL 2 BASIC14.07□□□□□ -0.165e-7■■■■□ 24.1
SF3A3Q12874 IQSEC1-205ENST00000618604 3744 ntTSL 1 (best) BASIC12.53□□□□□ -0.45e-7■■■■□ 24.1
SF3A3Q12874 SLC7A5-201ENST00000261622 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.566e-7■■■■□ 24.1
SF3A3Q12874 SLC7A5-203ENST00000565644 3983 ntTSL 1 (best) BASIC12.4□□□□□ -0.426e-7■■■■□ 24.1
SF3A3Q12874 AFG3L1P-204ENST00000421164 1706 ntTSL 1 (best)16.67■□□□□ 0.269e-8■■■■□ 24.1
SF3A3Q12874 AFG3L1P-205ENST00000421780 526 ntTSL 1 (best)11.16□□□□□ -0.629e-8■■■■□ 24.1
SF3A3Q12874 AFG3L1P-206ENST00000423684 595 ntTSL 1 (best)11.16□□□□□ -0.629e-8■■■■□ 24.1
SF3A3Q12874 CYHR1-206ENST00000526887 1012 ntTSL 315.14■□□□□ 0.011e-6■■■■□ 24
SF3A3Q12874 ESPN-204ENST00000434576 750 ntTSL 313.19□□□□□ -0.33e-6■■■■□ 24
SF3A3Q12874 ESPN-209ENST00000477679 885 ntTSL 212.35□□□□□ -0.433e-6■■■■□ 24
SF3A3Q12874 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.359e-8■■■■□ 24
SF3A3Q12874 RNF220-213ENST00000480686 3835 ntTSL 214.48□□□□□ -0.099e-8■■■■□ 24
SF3A3Q12874 RNF220-210ENST00000474394 810 ntTSL 39.79□□□□□ -0.849e-8■■■■□ 24
SF3A3Q12874 ANKRD28-204ENST00000451422 2485 ntTSL 28.08□□□□□ -1.129e-8■■■■□ 24
SF3A3Q12874 ANKRD28-212ENST00000497037 3509 ntTSL 24.97□□□□□ -1.619e-8■■■■□ 24
SF3A3Q12874 ANKRD28-202ENST00000412318 4408 ntTSL 24.63□□□□□ -1.679e-8■■■■□ 24
SF3A3Q12874 ANKRD28-215ENST00000624145 6383 ntTSL 2 BASIC4.44□□□□□ -1.79e-8■■■■□ 24
SF3A3Q12874 ANKRD28-213ENST00000498524 4289 ntTSL 24.12□□□□□ -1.759e-8■■■■□ 24
SF3A3Q12874 ANKRD28-211ENST00000492895 539 ntTSL 43.37□□□□□ -1.879e-8■■■■□ 24
SF3A3Q12874 GNAS-237ENST00000480232 893 ntTSL 521.91■■□□□ 1.19e-7■■■■□ 24
SF3A3Q12874 GNAS-248ENST00000488652 953 ntTSL 518.67■□□□□ 0.589e-7■■■■□ 24
SF3A3Q12874 GNAS-247ENST00000488546 897 ntTSL 510.06□□□□□ -0.89e-7■■■■□ 24
SF3A3Q12874 TMC6-206ENST00000586271 970 ntTSL 218■□□□□ 0.473e-8■■■■□ 24
SF3A3Q12874 SND1-201ENST00000354725 3476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.32□□□□□ -0.63e-7■■■■□ 24
SF3A3Q12874 NSMF-209ENST00000482448 551 ntTSL 39.63□□□□□ -0.876e-7■■■■□ 24
SF3A3Q12874 MSH5-213ENST00000468136 690 ntTSL 210.09□□□□□ -0.793e-6■■■■□ 24
SF3A3Q12874 TOP3A-216ENST00000583804 1465 ntTSL 510.68□□□□□ -0.71e-6■■■■□ 24
SF3A3Q12874 BIRC6-201ENST00000421745 15703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.16□□□□□ -1.19e-7■■■■□ 24
SF3A3Q12874 XYLB-201ENST00000207870 3664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.552e-6■■■■□ 24
SF3A3Q12874 XYLB-202ENST00000424034 3484 ntTSL 210.39□□□□□ -0.752e-6■■■■□ 24
SF3A3Q12874 LTBP3-214ENST00000529582 1889 ntTSL 523.31■■□□□ 1.322e-13■■■■□ 24
SF3A3Q12874 LTBP3-219ENST00000530990 531 ntTSL 210.84□□□□□ -0.672e-13■■■■□ 24
SF3A3Q12874 SPPL2B-208ENST00000612623 495 ntTSL 514.15□□□□□ -0.141e-7■■■■□ 24
SF3A3Q12874 WDR81-204ENST00000419248 3315 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.522e-6■■■■□ 24
SF3A3Q12874 WDR81-206ENST00000446363 2968 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.472e-6■■■■□ 24
SF3A3Q12874 WDR81-202ENST00000409644 6733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.392e-6■■■■□ 24
SF3A3Q12874 WDR81-205ENST00000437219 3184 ntTSL 2 BASIC14.57□□□□□ -0.082e-6■■■■□ 24
SF3A3Q12874 WDR81-208ENST00000464528 4432 ntTSL 214.23□□□□□ -0.132e-6■■■■□ 24
SF3A3Q12874 WDR81-201ENST00000309182 3808 ntTSL 2 BASIC13.19□□□□□ -0.32e-6■■■■□ 24
SF3A3Q12874 SREBF2-205ENST00000463741 634 ntTSL 212.42□□□□□ -0.424e-8■■■■□ 24
SF3A3Q12874 PKM-205ENST00000561609 1568 ntTSL 1 (best)11.25□□□□□ -0.611e-6■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 COL9A3-204ENST00000463487 760 ntTSL 518.19■□□□□ 0.56e-8■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 NDRG1-202ENST00000414097 3755 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.65e-7■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 NDRG1-209ENST00000518176 888 ntTSL 2 BASIC14.13□□□□□ -0.155e-7■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 NDRG1-222ENST00000522476 1385 ntTSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.285e-7■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 NDRG1-204ENST00000517599 2918 ntTSL 212.88□□□□□ -0.355e-7■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 NDRG1-229ENST00000537882 2975 ntTSL 2 BASIC12.36□□□□□ -0.435e-7■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 NDRG1-201ENST00000323851 3014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.44□□□□□ -0.585e-7■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 NDRG1-207ENST00000518066 560 ntTSL 5 BASIC11.16□□□□□ -0.625e-7■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 TOP3B-201ENST00000357179 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.149e-7■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 TOP3B-213ENST00000457179 3061 ntTSL 514.91□□□□□ -0.029e-7■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 TOP3B-202ENST00000398793 3107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.199e-7■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 TOP3B-210ENST00000444502 4163 ntTSL 211.49□□□□□ -0.579e-7■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 THOP1-201ENST00000307741 4804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.871e-6■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 THOP1-205ENST00000586677 1872 ntTSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.571e-6■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.572e-8■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 ATAD3B-205ENST00000485748 3233 ntTSL 216.06■□□□□ 0.162e-8■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 ATAD3B-204ENST00000474481 3367 ntTSL 215.52■□□□□ 0.072e-8■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 ATAD3B-203ENST00000472194 4314 ntTSL 1 (best)12.97□□□□□ -0.332e-8■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 ASGR1-203ENST00000570576 627 ntTSL 513.27□□□□□ -0.291e-10■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 FBRSL1-208ENST00000543453 205 ntTSL 39.65□□□□□ -0.868e-8■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.344e-7■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.334e-7■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 SLC25A29-218ENST00000556868 1067 ntTSL 220.83■□□□□ 0.934e-7■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 ASCC2-202ENST00000397771 2823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.834e-7■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 ELL2-201ENST00000237853 6046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.793e-6■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.584e-7■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 ASCC2-223ENST00000542393 2594 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.554e-7■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 ASCC2-210ENST00000460313 568 ntTSL 218.23■□□□□ 0.514e-7■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 SLC25A29-216ENST00000556715 1025 ntTSL 317.76■□□□□ 0.434e-7■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 SLC25A29-206ENST00000554224 1124 ntTSL 317.67■□□□□ 0.424e-7■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 SLC25A29-215ENST00000556505 1540 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.414e-7■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 ASCC2-206ENST00000449900 580 ntTSL 317.45■□□□□ 0.384e-7■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 HPD-202ENST00000535114 582 ntTSL 416.77■□□□□ 0.284e-7■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 ASCC2-222ENST00000495967 554 ntTSL 416.64■□□□□ 0.254e-7■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 ASCC2-221ENST00000495681 536 ntTSL 516.64■□□□□ 0.254e-7■■■■□ 23.9
SF3A3Q12874 SLC25A29-205ENST00000554060 674 ntTSL 216.26■□□□□ 0.194e-7■■■■□ 23.9
Retrieved 100 of 27,864 protein–RNA pairs in 242.9 ms