Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
SF3A1Q15459 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.16■■■□□ 2.26
SF3A1Q15459 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
SF3A1Q15459 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
SF3A1Q15459 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC29.16■■■□□ 2.26
SF3A1Q15459 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
SF3A1Q15459 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC29.15■■■□□ 2.26
SF3A1Q15459 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
SF3A1Q15459 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC29.14■■■□□ 2.26
SF3A1Q15459 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
SF3A1Q15459 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
SF3A1Q15459 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC29.13■■■□□ 2.25
SF3A1Q15459 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
SF3A1Q15459 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC29.13■■■□□ 2.25
SF3A1Q15459 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.13■■■□□ 2.25
SF3A1Q15459 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
SF3A1Q15459 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
SF3A1Q15459 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.12■■■□□ 2.25
SF3A1Q15459 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
SF3A1Q15459 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.11■■■□□ 2.25
SF3A1Q15459 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
SF3A1Q15459 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.1■■■□□ 2.25
SF3A1Q15459 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC29.1■■■□□ 2.25
SF3A1Q15459 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC29.09■■■□□ 2.25
SF3A1Q15459 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC29.09■■■□□ 2.25
SF3A1Q15459 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.09■■■□□ 2.25
SF3A1Q15459 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
SF3A1Q15459 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC29.08■■■□□ 2.25
SF3A1Q15459 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC29.08■■■□□ 2.25
SF3A1Q15459 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC29.08■■■□□ 2.25
SF3A1Q15459 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC29.08■■■□□ 2.25
SF3A1Q15459 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
SF3A1Q15459 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
SF3A1Q15459 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC29.07■■■□□ 2.24
SF3A1Q15459 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC29.06■■■□□ 2.24
SF3A1Q15459 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
SF3A1Q15459 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
SF3A1Q15459 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
SF3A1Q15459 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
SF3A1Q15459 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
SF3A1Q15459 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
SF3A1Q15459 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC29.04■■■□□ 2.24
SF3A1Q15459 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
SF3A1Q15459 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
SF3A1Q15459 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
SF3A1Q15459 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
SF3A1Q15459 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
SF3A1Q15459 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC29.03■■■□□ 2.24
SF3A1Q15459 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.03■■■□□ 2.24
SF3A1Q15459 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC29.03■■■□□ 2.24
SF3A1Q15459 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
SF3A1Q15459 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
SF3A1Q15459 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
SF3A1Q15459 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
SF3A1Q15459 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC29.02■■■□□ 2.24
SF3A1Q15459 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
SF3A1Q15459 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
SF3A1Q15459 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
SF3A1Q15459 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
SF3A1Q15459 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
SF3A1Q15459 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
SF3A1Q15459 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
SF3A1Q15459 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
SF3A1Q15459 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC28.98■■■□□ 2.23
SF3A1Q15459 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC28.98■■■□□ 2.23
SF3A1Q15459 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
SF3A1Q15459 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC28.97■■■□□ 2.23
SF3A1Q15459 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
SF3A1Q15459 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
SF3A1Q15459 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
SF3A1Q15459 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC28.96■■■□□ 2.23
SF3A1Q15459 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
SF3A1Q15459 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
SF3A1Q15459 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.23
SF3A1Q15459 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.23
SF3A1Q15459 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
SF3A1Q15459 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.22
SF3A1Q15459 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
SF3A1Q15459 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
SF3A1Q15459 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
SF3A1Q15459 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
SF3A1Q15459 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
SF3A1Q15459 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
SF3A1Q15459 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
SF3A1Q15459 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
SF3A1Q15459 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
SF3A1Q15459 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
SF3A1Q15459 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
SF3A1Q15459 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
SF3A1Q15459 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
SF3A1Q15459 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
SF3A1Q15459 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
SF3A1Q15459 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
SF3A1Q15459 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.9■■■□□ 2.22
SF3A1Q15459 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
SF3A1Q15459 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
SF3A1Q15459 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
SF3A1Q15459 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC28.89■■■□□ 2.22
SF3A1Q15459 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
SF3A1Q15459 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.9 ms