Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 VEGFA-214ENST00000493786 551 ntTSL 27.13□□□□□ -1.276e-19■■■■■ 30.5
SF3A3Q12874 UTRN-204ENST00000367545 12339 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.25□□□□□ -1.734e-6■■■■■ 30.5
SF3A3Q12874 PDXK-206ENST00000398085 796 ntTSL 318.76■□□□□ 0.591e-6■■■■■ 30.5
SF3A3Q12874 CYC1-204ENST00000533444 1832 ntTSL 1 (best)27.35■■□□□ 1.974e-16■■■■■ 30.5
SF3A3Q12874 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.564e-16■■■■■ 30.5
SF3A3Q12874 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.945e-8■■■■■ 30.4
SF3A3Q12874 MAST2-207ENST00000482881 858 ntTSL 38.21□□□□□ -1.16e-8■■■■■ 30.4
SF3A3Q12874 KHSRP-204ENST00000595112 745 ntTSL 315.21■□□□□ 0.038e-8■■■■■ 30.4
SF3A3Q12874 KHSRP-207ENST00000595548 801 ntTSL 214.63□□□□□ -0.078e-8■■■■■ 30.4
SF3A3Q12874 KHSRP-206ENST00000595258 672 ntTSL 514.18□□□□□ -0.148e-8■■■■■ 30.4
SF3A3Q12874 KHSRP-210ENST00000599395 837 ntTSL 512.2□□□□□ -0.468e-8■■■■■ 30.4
SF3A3Q12874 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.661e-6■■■■■ 30.4
SF3A3Q12874 RALY-206ENST00000448364 1204 ntTSL 221.42■■□□□ 1.021e-6■■■■■ 30.4
SF3A3Q12874 RALY-205ENST00000442805 871 ntTSL 520.82■□□□□ 0.921e-6■■■■■ 30.4
SF3A3Q12874 RALY-203ENST00000375114 6430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.881e-6■■■■■ 30.4
SF3A3Q12874 RALY-202ENST00000333552 786 ntTSL 320.51■□□□□ 0.871e-6■■■■■ 30.4
SF3A3Q12874 RABGGTA-218ENST00000560777 1197 ntTSL 5 BASIC11□□□□□ -0.658e-8■■■■■ 30.4
SF3A3Q12874 PDXK-204ENST00000398078 1069 ntTSL 214.88□□□□□ -0.039e-7■■■■■ 30.3
SF3A3Q12874 PDXK-209ENST00000467908 7194 ntTSL 3 BASIC12.63□□□□□ -0.399e-7■■■■■ 30.3
SF3A3Q12874 PDXK-211ENST00000468392 1094 ntTSL 212.14□□□□□ -0.479e-7■■■■■ 30.3
SF3A3Q12874 PDXK-203ENST00000343528 1101 ntTSL 1 (best)12.13□□□□□ -0.479e-7■■■■■ 30.3
SF3A3Q12874 LPIN3-201ENST00000373257 4363 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.16□□□□□ -0.37e-8■■■■■ 30.3
SF3A3Q12874 LPIN3-205ENST00000632009 4132 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.46□□□□□ -0.577e-8■■■■■ 30.3
SF3A3Q12874 TIMM44-204ENST00000595876 1206 ntTSL 1 (best)10.87□□□□□ -0.671e-9■■■■■ 30.3
SF3A3Q12874 ILF2-205ENST00000615950 1906 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.061e-6■■■■■ 30.3
SF3A3Q12874 ILF2-201ENST00000361891 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.78□□□□□ -0.041e-6■■■■■ 30.3
SF3A3Q12874 ILF2-204ENST00000480213 1008 ntTSL 56.43□□□□□ -1.381e-6■■■■■ 30.3
SF3A3Q12874 AC055811.2-201ENST00000427497 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.443e-7■■■■■ 30.3
SF3A3Q12874 FLCN-201ENST00000285071 3638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.03□□□□□ -0.163e-7■■■■■ 30.3
SF3A3Q12874 GPC3-202ENST00000394299 2379 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.112e-9■■■■■ 30.3
SF3A3Q12874 GPC3-201ENST00000370818 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.262e-9■■■■■ 30.3
SF3A3Q12874 GPC3-204ENST00000631057 1581 ntTSL 1 (best) BASIC8.47□□□□□ -1.052e-9■■■■■ 30.3
SF3A3Q12874 ACTR1B-202ENST00000451664 1151 ntTSL 511.76□□□□□ -0.533e-6■■■■■ 30.3
SF3A3Q12874 HGS-212ENST00000575058 632 ntTSL 314.28□□□□□ -0.123e-14■■■■■ 30.3
SF3A3Q12874 INPPL1-216ENST00000545355 1124 ntTSL 511.26□□□□□ -0.612e-6■■■■■ 30.2
SF3A3Q12874 ING5-202ENST00000406941 946 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.173e-6■■■■■ 30.2
SF3A3Q12874 ING5-204ENST00000445620 662 ntTSL 36.31□□□□□ -1.43e-6■■■■■ 30.2
SF3A3Q12874 JARID2-201ENST00000341776 5755 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.143e-6■■■■■ 30.2
SF3A3Q12874 JARID2-202ENST00000397311 5595 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.063e-6■■■■■ 30.2
SF3A3Q12874 MAN2C1-226ENST00000565784 571 ntTSL 415.02■□□□□ -08e-8■■■■■ 30.2
SF3A3Q12874 PFKL-208ENST00000491298 819 ntTSL 512.54□□□□□ -0.47e-7■■■■■ 30.2
SF3A3Q12874 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.152e-12■■■■■ 30.2
SF3A3Q12874 LPCAT4-205ENST00000563748 1357 ntTSL 216■□□□□ 0.152e-12■■■■■ 30.2
SF3A3Q12874 LPCAT4-209ENST00000617710 1719 ntTSL 5 BASIC12.66□□□□□ -0.382e-12■■■■■ 30.2
SF3A3Q12874 LPCAT4-207ENST00000567507 672 ntTSL 38.28□□□□□ -1.082e-12■■■■■ 30.2
SF3A3Q12874 CPNE1-226ENST00000486021 506 ntTSL 26.39□□□□□ -1.398e-8■■■■■ 30.1
SF3A3Q12874 NT5C-206ENST00000579023 726 ntTSL 319.84■□□□□ 0.779e-7■■■■■ 30.1
SF3A3Q12874 NT5C-213ENST00000583655 1315 ntTSL 219.12■□□□□ 0.659e-7■■■■■ 30.1
SF3A3Q12874 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.329e-7■■■■■ 30.1
SF3A3Q12874 NT5C-209ENST00000580758 958 ntTSL 216.31■□□□□ 0.29e-7■■■■■ 30.1
SF3A3Q12874 NT5C-207ENST00000579082 503 ntTSL 315.59■□□□□ 0.099e-7■■■■■ 30.1
SF3A3Q12874 NT5C-205ENST00000578407 720 ntTSL 315.53■□□□□ 0.089e-7■■■■■ 30.1
SF3A3Q12874 NT5C-211ENST00000582170 653 ntTSL 3 BASIC14.82□□□□□ -0.049e-7■■■■■ 30.1
SF3A3Q12874 NT5C-203ENST00000578095 648 ntTSL 314.22□□□□□ -0.139e-7■■■■■ 30.1
SF3A3Q12874 WDR13-206ENST00000479279 2486 ntTSL 1 (best)19.8■□□□□ 0.761e-6■■■■■ 30.1
SF3A3Q12874 WDR13-201ENST00000218056 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.531e-6■■■■■ 30.1
SF3A3Q12874 WDR13-202ENST00000376729 5469 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.391e-6■■■■■ 30.1
SF3A3Q12874 MPV17-220ENST00000620797 624 ntTSL 35.61□□□□□ -1.512e-13■■■■■ 30.1
SF3A3Q12874 GCDH-214ENST00000591043 1764 ntTSL 520.75■□□□□ 0.911e-6■■■■■ 30.1
SF3A3Q12874 GCDH-216ENST00000591470 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.71e-6■■■■■ 30.1
SF3A3Q12874 GCDH-201ENST00000222214 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.461e-6■■■■■ 30.1
SF3A3Q12874 GCDH-202ENST00000421816 1109 ntTSL 217.7■□□□□ 0.421e-6■■■■■ 30.1
SF3A3Q12874 GCDH-212ENST00000590530 1871 ntTSL 216.8■□□□□ 0.281e-6■■■■■ 30.1
SF3A3Q12874 GCDH-203ENST00000585420 1730 ntTSL 216.07■□□□□ 0.161e-6■■■■■ 30.1
SF3A3Q12874 GCDH-213ENST00000590627 1051 ntTSL 1 (best)15.71■□□□□ 0.111e-6■■■■■ 30.1
SF3A3Q12874 GCDH-205ENST00000587072 453 ntTSL 515.07■□□□□ 01e-6■■■■■ 30.1
SF3A3Q12874 GCDH-210ENST00000590445 496 ntTSL 414.65□□□□□ -0.061e-6■■■■■ 30.1
SF3A3Q12874 GCDH-209ENST00000589039 523 ntTSL 514.49□□□□□ -0.091e-6■■■■■ 30.1
SF3A3Q12874 GCDH-206ENST00000587832 791 ntTSL 214.45□□□□□ -0.11e-6■■■■■ 30.1
SF3A3Q12874 GCDH-208ENST00000588905 562 ntTSL 513.95□□□□□ -0.181e-6■■■■■ 30.1
SF3A3Q12874 GCDH-204ENST00000585760 475 ntTSL 212.81□□□□□ -0.361e-6■■■■■ 30.1
SF3A3Q12874 PLXNA3-201ENST00000369682 10885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.271e-6■■■■■ 30.1
SF3A3Q12874 NGDN-202ENST00000408901 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.75□□□□□ -0.214e-7■■■■■ 30.1
SF3A3Q12874 NGDN-201ENST00000397154 2204 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC7.02□□□□□ -1.294e-7■■■■■ 30.1
SF3A3Q12874 NGDN-209ENST00000556483 838 ntAPPRIS ALT2 TSL 54.89□□□□□ -1.634e-7■■■■■ 30.1
SF3A3Q12874 NGDN-204ENST00000553439 2763 ntTSL 24.69□□□□□ -1.664e-7■■■■■ 30.1
SF3A3Q12874 NDST1-207ENST00000523767 3449 ntTSL 2 BASIC13.25□□□□□ -0.291e-6■■■■■ 30
SF3A3Q12874 NDST1-201ENST00000261797 8030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.5□□□□□ -0.411e-6■■■■■ 30
SF3A3Q12874 AEN-201ENST00000332810 3117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.253e-11■■■■■ 30
SF3A3Q12874 AEN-203ENST00000557927 5039 ntTSL 1 (best)13.99□□□□□ -0.173e-11■■■■■ 30
SF3A3Q12874 ATP13A1-207ENST00000473243 4729 ntTSL 215.88■□□□□ 0.131e-6■■■■■ 30
SF3A3Q12874 AKT1-207ENST00000554192 922 ntTSL 214.2□□□□□ -0.146e-7■■■■■ 30
SF3A3Q12874 NADK-201ENST00000341426 3235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.94e-9■■■■■ 30
SF3A3Q12874 RCC1-202ENST00000373832 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.64e-8■■■■■ 30
SF3A3Q12874 AUP1-207ENST00000472800 663 ntTSL 418.19■□□□□ 0.54e-8■■■■■ 30
SF3A3Q12874 NADK-203ENST00000342348 1722 ntAPPRIS ALT2 TSL 216.79■□□□□ 0.284e-9■■■■■ 30
SF3A3Q12874 RCC1-209ENST00000430407 1121 ntTSL 515.59■□□□□ 0.094e-8■■■■■ 30
SF3A3Q12874 NADK-202ENST00000341991 3098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.014e-9■■■■■ 30
SF3A3Q12874 RCC1-201ENST00000373831 1577 ntTSL 1 (best) BASIC14.09□□□□□ -0.154e-8■■■■■ 30
SF3A3Q12874 RCC1-205ENST00000411533 1169 ntTSL 513.26□□□□□ -0.294e-8■■■■■ 30
SF3A3Q12874 NADK-204ENST00000378625 3653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.324e-9■■■■■ 30
SF3A3Q12874 RCC1-206ENST00000419074 997 ntTSL 512.65□□□□□ -0.384e-8■■■■■ 30
SF3A3Q12874 RCC1-208ENST00000429051 538 ntTSL 310.15□□□□□ -0.784e-8■■■■■ 30
SF3A3Q12874 C3-208ENST00000596548 576 ntTSL 33.82□□□□□ -1.83e-34■■■■■ 30
SF3A3Q12874 SUN1-231ENST00000480475 680 ntTSL 414.9□□□□□ -0.029e-9■■■■■ 30
SF3A3Q12874 SUN1-225ENST00000464442 580 ntTSL 413.62□□□□□ -0.239e-9■■■■■ 30
SF3A3Q12874 CAMSAP1-204ENST00000460094 371 ntTSL 24.75□□□□□ -1.651e-12■■■■■ 30
SF3A3Q12874 SGSM2-207ENST00000573062 1335 ntTSL 224.22■■□□□ 1.472e-6■■■■■ 30
SF3A3Q12874 SGSM2-212ENST00000574650 242 ntTSL 313.55□□□□□ -0.242e-6■■■■■ 30
SF3A3Q12874 CCDC183-206ENST00000484858 422 ntTSL 316.95■□□□□ 0.34e-7■■■■■ 30
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