Protein–RNA interactions for Protein: P29350

PTPN6, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 6, humanhuman

Predictions only

Length 595 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN6P29350 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
PTPN6P29350 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
PTPN6P29350 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
PTPN6P29350 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.83■■□□□ 1.73
PTPN6P29350 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC25.83■■□□□ 1.73
PTPN6P29350 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
PTPN6P29350 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
PTPN6P29350 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
PTPN6P29350 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
PTPN6P29350 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
PTPN6P29350 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
PTPN6P29350 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
PTPN6P29350 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
PTPN6P29350 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
PTPN6P29350 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC25.79■■□□□ 1.72
PTPN6P29350 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
PTPN6P29350 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
PTPN6P29350 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
PTPN6P29350 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
PTPN6P29350 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
PTPN6P29350 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
PTPN6P29350 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
PTPN6P29350 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
PTPN6P29350 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
PTPN6P29350 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
PTPN6P29350 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
PTPN6P29350 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
PTPN6P29350 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
PTPN6P29350 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC25.67■■□□□ 1.7
PTPN6P29350 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
PTPN6P29350 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
PTPN6P29350 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
PTPN6P29350 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
PTPN6P29350 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
PTPN6P29350 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
PTPN6P29350 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
PTPN6P29350 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC25.62■■□□□ 1.69
PTPN6P29350 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
PTPN6P29350 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
PTPN6P29350 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
PTPN6P29350 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
PTPN6P29350 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
PTPN6P29350 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
PTPN6P29350 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
PTPN6P29350 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
PTPN6P29350 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
PTPN6P29350 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
PTPN6P29350 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
PTPN6P29350 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
PTPN6P29350 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
PTPN6P29350 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.68
PTPN6P29350 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.68
PTPN6P29350 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
PTPN6P29350 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC25.57■■□□□ 1.68
PTPN6P29350 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
PTPN6P29350 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
PTPN6P29350 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
PTPN6P29350 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
PTPN6P29350 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
PTPN6P29350 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
PTPN6P29350 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
PTPN6P29350 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC25.52■■□□□ 1.68
PTPN6P29350 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
PTPN6P29350 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
PTPN6P29350 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
PTPN6P29350 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
PTPN6P29350 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
PTPN6P29350 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
PTPN6P29350 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
PTPN6P29350 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
PTPN6P29350 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
PTPN6P29350 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
PTPN6P29350 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
PTPN6P29350 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
PTPN6P29350 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
PTPN6P29350 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC25.47■■□□□ 1.67
PTPN6P29350 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
PTPN6P29350 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
PTPN6P29350 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
PTPN6P29350 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
PTPN6P29350 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
PTPN6P29350 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC25.45■■□□□ 1.66
PTPN6P29350 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
PTPN6P29350 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
PTPN6P29350 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
PTPN6P29350 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
PTPN6P29350 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
PTPN6P29350 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
PTPN6P29350 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
PTPN6P29350 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
PTPN6P29350 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
PTPN6P29350 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
PTPN6P29350 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
PTPN6P29350 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
PTPN6P29350 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
PTPN6P29350 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
PTPN6P29350 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC25.4■■□□□ 1.66
PTPN6P29350 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
PTPN6P29350 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC25.39■■□□□ 1.66
PTPN6P29350 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.4 ms